2011 年8月份的Proceedings of the National Academy of Sciences的一份新的研究報告,這個研究的故事就來自一個跨國的研究團隊發現了貝酵母的野生遠親:優貝酵母(尚無中文,筆者暫譯,原文 Saccharomyces eubayanus)。大概是因為啤酒這喝的玩意,跟生活、經濟、產業密切相關,報導這個研究的媒體真是不少,本文綜合Science New, Science Now, Economist, BBC, USAtoday, Wired.co.uk,簡單說明。
其中的一位成員Jose’ Paulo Sampaio,葡萄牙坎培拉的Nova de Lisboa大學的微生物學家說,他並不知道到底優貝酵母如何從山毛櫸的樹上移動到歐洲的啤酒釀酒廠。但是可以假設,酵母搭便車在某些動物或生物身上移動。另一位Vanderbilt大學的演化生物學家Antonis Rokas則猜測,優貝酵母可能隨著一片片的木料或山毛櫸製成的桶子,或是依附在水果、甚至果蠅的腹部遷徙。不管如何,最後還是到了歐洲,還找到為他量身打造的棲地和夥伴。這個研究開啟了新視野,也給人們臆測的空間。如USAToday的編輯用了「我們應該感謝哥倫布帶給我們拉格淡啤酒」(We have Columbus to thank for lager beer)。但是經濟學人(Economist)則認為這引發了另外一個謎,因為真菌從巴塔哥尼亞移動到歐洲的唯一可能方法,就是靠人類的運輸。但是歐洲直到15世紀末才開始探索新大陸,直到16世紀,歐洲人尚未抵達巴塔哥尼亞。但是記錄低溫發酵的啤酒的記載,最早始於1420年。計畫主持人 Hittinger 表示,也不排除優貝酵母住在某些被遺忘的舊大陸,顯然我們尚未搜尋整個地球的所有可能的棲息地。
1990 年,融合蛋白 CD4 免疫黏附素(CD4 immunoadhesin)誕生。這項設計,是為了對付令人類聞風喪膽的 HIV 病毒。
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我們知道 T 細胞是人體中一種非常重要的白血球。在這些 T 細胞中,大約有六到七成表面帶有一個叫做「CD4」的輔助受體。CD4 會和另一個受體 TCR 一起合作,幫助 T 細胞辨識其他細胞表面的抗原片段,等於是 T 細胞用來辨認壞人的「探測器」。表面擁有 CD4 受體的淋巴球,就稱為 CD4 淋巴球。
麻煩的來了。 HIV 病毒反將一軍,竟然把 T 細胞的 CD4 探測器,當成了自己辨識獵物的「標記」。沒錯,對 HIV 病毒來說,免疫細胞就是它的獵物。HIV 的表面有一種叫做 gp120 的蛋白,會主動去抓住 T 細胞上的 CD4 受體。
而另一端的 Fc 區域則有兩個重要作用:一是延長融合蛋白在體內的存活時間;二是理論上能掛上「這裡有敵人!」的標籤,這種機制稱為抗體依賴性細胞毒殺(ADCC)或免疫吞噬作用(ADCP)。當免疫細胞的 Fc 受體與 Fc 區域結合,就能促使免疫細胞清除被黏住的病毒顆粒。
不過,這裡有個關鍵細節。
在實際設計中,CD4免疫黏附素的 Fc 片段通常會關閉「吸引免疫細胞」的這個技能。原因是:HIV 專門攻擊的就是免疫細胞本身,許多病毒甚至已經藏在 CD4 細胞裡。若 Fc 區域過於活躍,反而可能引發強烈的發炎反應,甚至讓免疫系統錯把帶有病毒碎片的健康細胞也一併攻擊,這樣副作用太大。因此,CD4 免疫黏附素的 Fc 區域會加入特定突變,讓它只保留延長藥物壽命的功能,而不會與淋巴球的 Fc 受體結合,以避免誘發免疫反應。
從 DNA 藍圖到生物積木:融合蛋白的設計巧思
融合蛋白雖然潛力強大,但要製造出來可一點都不簡單。它並不是用膠水把兩段蛋白質黏在一起就好。「融合」這件事,得從最根本的設計圖,也就是 DNA 序列就開始規劃。
我們體內的大部分蛋白質,都是細胞照著 DNA 上的指令一步步合成的。所以,如果科學家想把蛋白 A 和蛋白 B 接在一起,就得先把這兩段基因找出來,然後再「拼」成一段新的 DNA。
例如,義大利普利亞區的經典麵包「阿爾塔穆拉麵包(Pane di Altamura)」;墨西哥將啤酒和雞蛋加入酸種麵團,製作墨西哥傳統麵包「比羅特麵包(Birote)」;日本木村屋( Kimuraya bakery)用酸麵種麵包來製作紅豆麵包,再將八重櫻花瓣醃製後放進麵包中心,提供給日本天皇享用。至於中式「老麵」饅頭,也是所謂的「酸種麵團」。
基於這些機制,乳酸菌和酸種麵包的風味、質地、陳化和保存期等息息相關,例如 L. sanfransiscensis 和 L. pontis 菌株被證明可以改善麵包的口感和氣味。
參考資料:
Vuyst, L. de, & Neysens, P. (2005). The Sourdough Microflora: Biodiversity and Metabolic Interactions. Trends in Food Science & Technology, 16(1–3), 43–56.