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Dance Your Ph.D.:看不懂科學研究?那就用舞蹈跳給你看!

Peggy Sha
・2016/10/25 ・2348字 ・閱讀時間約 4 分鐘 ・SR值 532 ・七年級

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所以……你的博士研究到底在做什麼?

面對這可怕的大哉問,到底該如何回答?長篇大論地引用數據?把厚實的論文印出來叫他自己看?還是用無盡的簡報攻勢表現專業?面對一般大眾,這樣的解釋方式實在不夠親民,常常聽完解釋依舊一頭霧水。科普作家 John Bohannon 於是異想天開,決定鼓勵科學家們把論文「跳」出來,這瘋狂而有趣的想法讓「歌舞論文」(Dance Your Ph.D.)的比賽於焉誕生。

快來看科學家們跳舞喔!

你以為他們在開玩笑?拜託,他們可認真了!這場比賽由《科學》(Science)期刊舉辦,從 2007 年開始舉辦至今,每年都會收到為數眾多的投稿,比賽要求參賽者用舞蹈的方式跳出自己的論文,並需要附上淺顯易懂的解釋,最重要的是,研究者絕對要親自下場舞出一段,才算是符合規定喔。

你是不是覺得這個比賽很不可思議、難以想像呢?廢話不多說,先上一段 2013 年的得獎影片《精子大戰》(Sperm competition between brothers and female choice)。

這篇生物領域的論文是在研究紅色原雞(red jungle fowl)豐富多元的性伴侶選擇以及精子間的愛恨情仇。由於雌性的紅色原雞會擁有多個性伴侶,因此,如何讓雌雞順利受精以完成傳宗接代的大任,便成為了精子們拚死拚活要達成的目標。

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在影片中,我們可以看到雌雞首先找到了第一隻伴侶(A 雞),而後又出現另外兩隻雄雞,其中一隻雄雞(B 雞)跟雌雞的原伴侶(A 雞)有兄弟關係,另一隻(C 雞)則無。在一番激烈的纏鬥後,兩隻雄雞都順利地與雌雞完成交配的動作,而在交配的過程中,B 雞產生了更多的精子。

接著畫面一轉,我們可以看見穿著緊身衣的舞者們在草地上歡樂地搖擺,表現出精子成功進入雌雞體內後一片和樂融融的景象。接著,滾著透明充氣大球的卵子小姐出現了,精子們前仆後繼的朝她撲去,想要衝破氣球進入卵子。為了真實呈現精子的運動情形,舞者們更奮不顧身地跳入水中、使出全力游動,只為一獲芳心。

那麼,最後究竟是由哪邊的精子勝出了呢?可愛的卵子小姐拒絕了為數眾多的 B 雞精子,轉而對 C 雞的精子敞開懷抱。雖然身為兄弟的 B 雞製造了更多的精子,但非親非故的 C 雞最終卻使卵子有更高的受精機率。

看不過癮嗎?接下來為你隆重呈現 2015 年的化學類以及觀眾票選最愛的得獎影片《守護之網》(the NETs):

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這部影片演出了有關於免疫系統的研究,在片中,我們可以看到一群戴著白色面具的女生,她們正是我們免疫系統的中嗜中性球細胞(Neutrophil granulocyte),也是白血球中為數最多(約占40~75%)的一群守護者。每天都有約 1011 個嗜中性球細胞從骨隨的幹細胞中產生,它們攜帶著可以抵抗細菌的酶,而片中的女生挺著胸膛四處張望的模樣正是嗜中性球細胞在我們身體中盡責巡邏的模樣。

忽然之間,身穿黑衣的細菌們賊頭賊腦地出現,他們迅速地交疊在一起,象徵他們進入身體後快速的複製能力。而後,當他們高高跳起的同時,也釋放出有毒的化學物質去傷害健康的組織。嗜中性球細胞是首批迎接細菌的免疫細胞,她們團結地手拉著手,釋放出致命的酶,將細菌們圍困並消滅。這其實是嗜中性球在遭遇外來病菌時的防禦方式,透過解開細胞核中的染色體螺旋並釋放出去,形成一個網狀結構稱為嗜中性胞外網狀結構(Neutrophil Extracellular Traps, NETs)將細菌團團包圍,讓細菌無法擴散。然而,為了保護我們免受感染,她們最終犧牲了自己以完成细胞死亡程序(NETosis)。

而尿酸鈉鹽(monosodium urate, MSU)出現時,也會刺激嗜中性球細胞啟動細胞死亡程序,在影片中,當頭戴銀冠的尿酸鈉鹽出現時,我們可以看見嗜中性球細胞完美地阻止了邪惡的陰謀,為身體阻擋下痛風性關節炎(gouty arthritis)等會產生結晶的疾病。

但是,嗜中性粒細胞並非永遠都是忠誠的守護者,在某些極端的情況下,她們反而會成為傷害身體的兇手。當身體罹患自體免疫性疾病(如:狼瘡 Lupus、多發性硬化 Multiple Scerlosis、ANCA 血管炎 ANCA vasculitis 等)時,厲害的細胞死亡程序會轉而攻擊自身的健康細胞,帶來一場意料之外的戰爭。而在影片最後,我們可以看見原本健康的細胞也因為攻擊而死亡。

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什麼?這比賽也太有趣了吧!我想參加!

圖/2016 Dance Your PhD,https://www.youtube.com/watch?v=eQwk9fkJXDU
圖/2016 Dance Your PhD,擷取自參賽影片

你的舞蹈細胞是不是正在你體內咆哮?別急,想要參加這個比賽有些事情必須要特別注意。首先,參賽的論文內容須與「科學」相關,領域包含物理、化學、生物以及社會科學,如果不確定自己的論文是否符合標準,可以詢問比賽小天使協助判斷。 再者,參賽最重要的一點是讓評審「了解」你的論文究竟在做什麼,評審包含有科學家和藝術家,將依據作品的科學價值、藝術價值以及兩者結合的創意度去進行評分。所以,作品不但要清楚易懂,更要有豐富的內容和有趣的呈現方式。

聽起來是不是不太容易呢?這樣需要多才多藝的比賽可不是人人都能勝任的呢,不過,就算無法參賽也沒關係,這一屆的比賽正如火如荼地進行中,快快去看今(2016)年的參賽影片,為他們投下你珍貴的一票吧!

編按:2017年的比賽投票也進入倒數階段,快來看看有哪些作品吧!目前第一名的是「開發應用於法醫學的生物感測器。」(演屍體的人看起來很有事XDDDDDD)

參考資料:

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  1. Science launches the 2016 ‘Dance Your Ph.D.’ contest By John Bohannon Science [2016-06-02]
  2. The “Dance Your Ph.D.” Contest
  3. Dance your PhD 2013 winner: Sperm competition between brothers and female choice
  4. Audience choice award & Chemistry prize winner! Dance your PhD 2015: the NETs
  5. Cedric Kaiwei Tan, “The effect of relatedness on sexual dynamics. Studies of red junglefowl and fruit flies.” , University of Oxford, 2012
  6. Nakazawa D, Kumar S, Desai J, Anders HJ, “Neutrophil extracellular traps in tissue pathology. Histol Histopathol. 2016 Sep 5:11816., DOI:10.14670/HH-11-816
文章難易度
Peggy Sha
69 篇文章 ・ 390 位粉絲
曾經是泛科的 S 編,來自可愛的教育系,是一位正努力成為科青的女子,永遠都想要知道更多新的事情,好奇心怎樣都不嫌多。

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精子從哪裡進入卵子會影響胚胎發育?——《生命之舞》
商周出版_96
・2023/10/20 ・2697字 ・閱讀時間約 5 分鐘

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當我第一次驚喜瞥見打破對稱性的可能起源時,我驚訝地發現到這段歷程似乎很早就開始了,而這也為我運用綠色螢光蛋白追蹤細胞分化的研究鋪起了大道。卡羅琳娜與我想要進一步探索這個研究發現,所以我們提出了一個有關其終極源頭的簡單問題:精子進入卵子的位置是否對於胚胎一開始失去對稱性有任何影響?在線蟲與青蛙這類動物的胚胎中確實是這樣,但在哺乳動物(例如小鼠)的胚胎中也一樣嗎?

對稱藝術

當我們將生命的起源以動畫演繹出時,常常看到的影像就是精子設法進入沒有任何特徵的圓形卵子上,並融入其中。若情況是這樣的話,就很難看出精子進入卵子的位置是要如何對未來一切發育有所影響。在這個理想化的卵子上,任一處表面都與其他表面沒有任何差異。不過,當然還是存在有個參考指標,那個等同於「這邊是上面」的指標就是:極體。

圖/pexels

極體是從減數分裂的不對稱過程中所產生,細胞「骨架」在這個過程中會聚集以協助細胞進行分裂。這個細胞骨架稱為紡錘體,它會從細胞中心點往細胞邊緣移動,產生出一個大大的卵子與一個小小的極體。我們可以合理認為,紡錘體與染色體的移動可能打破了卵子的對稱性,也造成了擠壓極體的發育。許多人的確注意到極體最終總是會落在受精卵進行分裂的那個平面上。

理查.加德納這位我們之前見過的科學家,發現極體會附著在卵子上,它不只會確立受精卵首次分裂成兩個細胞的那個平面,它還會在幾天後確立出囊胚的對稱軸。這項發現讓我們有所啟發。這真的是因為卵子中的軸向資訊會一直持續到囊胚階段,還是有其他的因素會影響胚胎發育的對稱性?在我們進行科學研究的過程中,我與卡羅琳娜在當下這個時間點想要知道的是,精子進入卵子的位置是否也會影響胚胎發育,並提供第二個定位線索。

卵子上的座標——精子進入的位置會影響胚胎發育嗎?

就像在地表上某個地點跟北極的相對位置,可以定義所謂的經線,我與卡羅琳娜想要知道,精子進入卵子的位置是否也可以提供相對於極體位置的另一位置資訊。若真的是這樣,我們就能更精準確立進行首次分裂的那個平面。這感覺起來很合理,因為極體的形成與精子的進入位置都會重新排列之後會運用在卵子分裂上的細胞骨架。若不是這樣,分裂的那個平面與精子的進入位置之間就只有隨機的關係。

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以現代科技來說,我們很容易就可以解決這個問題。我們可以將這個過程拍成影片,來看看從精子進入卵子後到後續細胞進行分裂的幾天之間究竟發生了什麼事。但在我們開始研究的那個年代,不存在這樣的選項。我們無法拍攝小鼠胚胎從受精開始進入發育的影片,要等到幾天後胚胎進入囊胚階段才行。我們只能想辦法去標記精子進入的位置,以便可以追蹤它與受精卵在數小時後首次分裂的那個平面之間的關係。

圖/pexels

我一開始想著要用某種自然一點的東西,像是胚胎幹細胞這種非常微小的細胞,在卵子受精後馬上附著在精子進入點上,因為那時還可以看到進入點,但最後我有了更簡單的辦法:我們改用肉眼看不見的微小螢光珠。我們成功了,但我很後悔沒有給這些珠子取個像「微球體」這樣酷炫的科學名稱。當然,同領域人士不認同的不僅僅只是這些珠子要怎麼命名,但「珠子」這個名稱有種簡樸感,所以批評者會用這個名稱來貶低我們的研究,這就是我們得要付出的代價。

一開始很容易就能看到精子是從哪裡進入卵子的。它會留下一個名為受精錐(fertilization cone)的小小凸起。受精錐是由卵子的細胞骨架所建構,並由肌動蛋白的纖維所組成,它大約會凸起半個小時。這時間剛好足夠嵌入一至兩個珠子來標記位置。

我們將這些珠子浸到名為植物血凝素(phytohemagglutinin)的蛋白質混合物中,珠子就會具有黏性。植物血凝素常用於讓細胞聚集在一起。因為人的手不夠穩定,所以卡羅琳娜會以一隻機械手臂來拿取具有黏性的珠子,並將珠子放到卵子的表面上,同時還會以另一隻機械手臂牢牢固定住剛受精的卵子。

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圖/pexels

雖然珠子很小,直徑只有 0.0001 至 0.0002 公分,但在紫外線的照射下看起來大多了,亮綠色的點讓我們很容易就可以追蹤它的命運。觀察受精卵的發育時,我們發現珠子最終會來到細胞首次分裂所產生的兩個細胞之間的邊緣,或者是非常接近這個地方。

受精卵的分裂平面真的是由精子決定的嗎?

我們一直都在挑戰我們的思考與發現。上述情況有可能是任何落在卵子表面的珠子都會掉進分裂溝(cleavage furrow)中。所以為了確認,我們進行了一項對照實驗,卡羅琳娜將另一顆類似的珠子隨機放在卵子表面的其他地方。令我們欣慰的是,這顆珠子最終沒有掉進細胞分裂時所產生的分裂溝中。對我們而言,這表示精子進入卵子的位置以某種方式「被記住」了,並且成為受精卵偏好進行分裂的地點。換句話說,若我們是對的,受精卵之所以會在這個平面進行分裂,是因為偏好(biased)而非隨機(randomly)。

我們持續獲得了各種新發現。在胚胎從兩個細胞發育成四個細胞的階段中,帶有精子進入標記的那個細胞,會傾向於先進行分裂。這個細胞的命運之所以會改變,是因為精子帶入的物質滋養了它嗎?受精的三天後,精子進入標記會留置在囊胚兩部位之間的邊緣處,一個部位是含有會形成胚胎本體的胚胎部分,另一個則是胚外部分。

這表示了,兩細胞胚胎內的其中一個細胞較容易發育成胚胎,另一個則傾向於變成胚外部分。我們感到震驚。我們觀察影像好幾個小時,甚至好幾天。我一開始根本不敢相信這些發現,所以我請卡羅琳娜一再重複進行實驗,打破早期對稱性的證據怎麼這麼簡單,會不會太簡單了?

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可以理解地,對此感到懷疑的人士可能會吹毛求疵地表示,決定分裂平面的不是精子進入點,而是將珠子嵌在進入點的這個動作。為了驗證這個可能性,我們進行了許許多多的對照實驗,我之後會提到。我們已經確認過,將珠子放置在受精錐以外的任何一個地方,都不足以決定分裂的平面。但我們還有諸多其他事項要一而再、再而三的確認,因為我們必須很確定。

這張圖片的 alt 屬性值為空,它的檔案名稱為 0823--300.jpg

——本文摘自《生命之舞》,2023 年 9 月,商周出版,未經同意請勿轉載。

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論文好多看不完?研究生的救星!用 AI 幫你分析統整!
泛科學院_96
・2023/10/14 ・761字 ・閱讀時間約 1 分鐘

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近期科技界最熱烈討論的新聞,應該就屬韓國有研究單位宣布找到了新的室溫常壓超導體 LK-99 ,聽說可以在一般的高中大學實驗室中完成。這讓我不禁好奇它的製作原理,但,大部分的朋友應該跟我一樣都不是專業材料工程人員,看不懂論文怎麼辦呢?除了等泛科學出影片,別忘了我們有 AI 呀!今天我要來分享一套專門訓練來閱讀論文的 AI —— SciSpace Copilot。

今天的影片簡單的跟大家分享了基於 GPT 技術且針對閱讀學術文章進行特別優化的 AI —— SciSpace ,我只要遇到研究型文章都會特別開這個工具起來使用,其他的大語言模型都無法做到如此細緻。我覺得生成式人工智慧的未來就會到處是這種基於某種目的,比如讀論文,使用某個大模型進行微調 Fine-Tuning 之後的小模型,將會協助我們解決各種問題。

是說現在的研究生做研究的工具真是越來越多,你會想要把這支影片分享給你的指導老師看嗎?
歡迎你把使用的經驗與想法在影片下方留言與我分享!

也歡迎加入泛科學院的頻道會員,或者科學AI的Discord論壇,一起討論交流。

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如果這支影片對你有幫助的話,請幫我在影片下方點個喜歡,或是透過超級感謝展現你的心意,讓我製作更多實用有趣的 AI 教學影片,最後別忘了訂閱泛科學院的頻道,我們下支影片再見囉。

更多、更完整的內容,歡迎上泛科學院的 youtube 頻道觀看完整影片,並開啟訂閱獲得更多有趣的資訊!

泛科學院_96
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我是泛科學院的AJ,有15年的軟體測試與電腦教育經驗,善於協助偏鄉NPO提升資訊能力,以Maker角度用發明解決身邊大小問題。與你分享人工智慧相關應用,每週更新兩集,讓我們帶你進入科技與創新的奇妙世界,為未來開啟無限可能!

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論文騙局:故弄玄虛的用字,就算內容都是假的一樣可以發表?——《集體錯覺》
平安文化_96
・2023/01/13 ・2144字 ・閱讀時間約 4 分鐘

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精心策畫的論文騙局

1996 年,紐ㄝ大學物理學教授艾倫.索卡,在後現代研究期刊《社會文本》設計了一場論文騙局。圖/Envato Elements

一九九六年,紐約大學物理學教授艾倫.索卡(Alan D. Sokal)在後現代研究期刊《社會文本》(Social Text)上發表了一篇論文〈跨越邊界:朝向量子重力的轉形詮釋學〉(”Transgressing the Boundaries:Toward a Transformative Hermeneutics of Quantum Gravity” in the postmodern journal Social Text)。

根據論文摘要,你覺得這篇論文是在講什麼?

「本文的目標,是藉由探究量子重力的最新發展,進一步地深析指出,海森堡的量子力學和愛因斯坦廣義相對論,如今已經被合成和取代。本文將指出,在物理學的這項新興分支中,時空流形不再是客觀的物理實體;幾何學變成了仰賴脈絡的相對關係;過去科學的基本概念已經變成可以質疑的相對性範疇,就連存在本身也不例外。我認為這種觀念革命,對於後現代的自由科學,具有深遠意義。」

如果你覺得這整段話只是用一堆意義不明的術語堆砌起來的胡扯,恭喜你猜對了

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索卡教授瞎掰了一篇論文,投稿到《社會文本》期刊,六名編輯審查之後決定接受,當成嚴肅的學術著作放在該期刊的特刊。

然後索卡發文說整件事都是他設計的騙局。他之所以煞費苦心做這種事,是為了要證明很多學術界的人都會用故作高深的方式騙取名聲。

索卡教授為了證明學術界會用故作高深的方式騙取名聲。圖/Envato Elements

住在拉普達裡的學者

強納森.斯威夫特(Jonathan Swift)在一七二六年的《格列佛遊記》(Gulliver’s Travels)就諷刺過這種事情,故事中的天空之城拉普達,住著一群偏執的學者和理論家,整天只會研究一些脫離現實的沒用東西。

索卡跟斯威夫特一樣虛構了很多荒謬的東西來諷刺這種現象,他在論文中塞進許多解構主義的流行術語:「偶然的」(contingent)、「反霸權的」(counterhegemonic)、「知識論的」(epistemological)。事後他對《紐約時報》表示,「這篇文章是在刻意模仿某些學者胡亂引述數學與物理概念的行為。我把這些胡扯連在一起,然後發明一個說法去吹捧。整篇文章完全不需要符合任何知識標準,也不需要符合邏輯,所以超好寫的。」

索卡一邊諷刺文化研究與文學批評期刊那種用字吹毛求疵的無聊文化,一邊用詰屈聱牙的高深術語來諷刺那些學界的派系鬥爭。學界彼此批判時候很愛使用一些沒人看得懂的術語,經常搞到即使是同領域的學者,也看不懂作者在說什麼。

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索卡與《社會文本》高層兩方唇槍舌戰。圖/Envato Elements

事件發生之後,《社會文本》高層發表了一篇相當酸的回應:「索卡博士認為我們是知識相對主義者,他搞錯了。」共同創立該期刊的紐約大學教授史丹利.阿諾維茲(Stanley Aronowitz)表示,「而且這是因為他書讀得太少,學的東西也不夠多」。

索卡看到回應反唇相稽,「光是《社會文本》接受這篇文章,就已經證實那些後現代文學理論家的傲慢,已經誇張到可以無視邏輯。難怪他們從來不去問物理學家,那些引述物理的文字有沒有意義。在他們的世界裡,無法理解變成了某種美德;典故、隱喻、雙關語取代了證據跟邏輯。我的文章只是提供了一個例子,證明了這個流派多年以來的作風。」

學術界、法律界、醫學界這些白領人士,最容易被這種聲望連鎖反應所影響。當聲望決定一切,金字塔頂層的聲音就會過度放大,很多時候他們的說法可以廣傳,並不是因為說法有價值,而是因為其他人希望自己聽得懂他們在說什麼。即使其他專業人士聽不懂,通常也都會為了守住自己的飯碗而默默跟隨。

當聲望決定一切時,很多時候並不是因為說法有價值,而是其他人希望自己聽得懂他們在說什麼。圖/Envato Elements

扁桃體切除術就是個好例子。這種手術的效果欠缺科學根據,但因為「專業醫學意見」普遍認同,一度盛行了幾十年。在二十世紀最時興的時期,上百萬名兒童接受了扁桃體切除術,其中許多甚至因此受傷或死亡;直到某一天,醫學界才終於願意仔細檢查該手術的效果,然後很快就淘汰了它。

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當我們為了保障自身聲譽而服從權威時,我們會相信某一套既定的敘事,聽不進任何新資訊,所以很容易繼續以訛傳訛。這種時候,敘事的真假並不重要,因為在其他人眼中,我們這群附和的人都是專家,不太可能搞錯。

不過雖然以訛傳訛的效力很大,但它並非無懈可擊的高牆,反而更像一座疊疊樂——只要抽掉那根關鍵的木條,整座塔就會瞬間崩毀。

——本文摘自《集體錯覺:真相,不一定跟多數人站在同一邊!》,2022 年 12 月,平安文化出版,未經同意請勿轉載。

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平安文化_96
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