網站更新隱私權聲明
本網站使用 cookie 及其他相關技術分析以確保使用者獲得最佳體驗,通過我們的網站,您確認並同意本網站的隱私權政策更新,了解最新隱私權政策

0

10
1

文字

分享

0
10
1

Omicron 變異株來歷假說:長期感染?悄悄演化?跨物種回傳?

寒波_96
・2021/12/07 ・2569字 ・閱讀時間約 5 分鐘

COVID-19(武漢肺炎、新冠肺炎)感染人類兩年至今,最新局勢是一款新的 Omicron 變異株正在南非肆虐,根據初步資訊估計,它的傳染力強於前半年廣傳全球的 Delta 變異株,殺傷力則仍不清楚。它從何而來,目前有三種假說。

Omicron 現身,大量突變一次出現

SARS 二世冠狀病毒(SRAS-CoV-2),突變通常緩慢新增,少數品系卻曾在短期內累積大量突變,堪稱總加速師。其中影響最大,最有名的莫過於英國誕生的 Alpha、南非的 Beta、巴西的 Gamma,以及印度的 Delta。

世界衛生組織(WHO)以希臘字母命名一系列值得注意的病毒品系,在此之前已經用到 Mu,原本應該繼續使用 Nu,不過 WHO 直接跳過 Nu 和接下來的Xi,直接以 Omicron 命名最新款的總加速師,理由是 Xi 為常見姓氏。這只能怪 Mu 姓沒有人出人頭地,假如有成員當上中國領導人,WHO 就會替其避諱了。

原籍南非的 B.1.1.529 之所以獲得 Omicron 名號,一方面是它現蹤以後,存在感迅速增加,明顯超過同一時空下的 Delta。另一方面是它的基因組上存在許多變異,算是至今已知,改變幅度最大的變異株。

冠狀病毒以表面的 S 蛋白質(spike protein)接觸宿主細胞,之前 4 款總加速師的 S 蛋白質上都配備大量變異,有些對病毒有利。而 Omicron 出現更多突變,多處變異和之前的總加速師們重複,效果如何仍有待觀察。

根據各型號病毒 S 蛋白質的 S1 部分建構的演化樹。和目前流行的型號相比,Omicron 的差異最大。圖/參考資料 1

躲在暗處悄悄演化?

病毒累積突變需要時間,但是所有已知樣本遺傳上都和 Omicron 差異不少,缺乏中間型號。

Omicron 從何而來?目前有三大假說:第一,它一直潛伏在被忽視的角落,最近才冒出來。第二,它是在某位長期感染的患者體內演化而成。第三,它之前跨物種感染動物,最近又跳回人類宿主。

兩年下來,我們掌握極大量的病毒定序樣本,對照之下可知,Omicron 和之前的總加速師都沒有直接關係,包括之前同樣在南非肆虐的 Beta。

Omicron 的祖先似乎能一直回溯到 2020 年的中段,而現在是 2021 年底,也就是說它的祖先在某個角落,默默地存在超過一年。

不過 Omicron 演化成如今的遺傳狀態,肯定沒有經過一年那麼久,初步估計大概不會早於 2021 年 9 月。意思是它誕生至今,只過了幾個月。

根據已知 Omicron 樣本間的遺傳差異,初步估計共同祖先的日期,介於 2021 年 9 月初 到 10 月初之間。圖/參考資料 3

有些專家認為,南非一直是疫情嚴重的地區,累積大量定序資料,以這兒取樣定序的密度,不太可能超過一年都沒有偵測到 Omicron 的前身。由此推論,它之前是在其他地區悄悄演化,如今傳到南非才被發現。

長期感染加速突變?

然而,真的會那麼久都沒有被注意到嗎?

也有專家主張,南非新星 Omicron 的前身原本只是普通病毒(同期生可能都已經滅團),入侵某位免疫力低落的患者後,在人體內長期演化,漸漸累積新的突變,最近才脫穎而出。所以乍看之下突然獲得一大堆新突變,其餘地方卻不存在中間型號。

有人指出根據過去經驗,適合在一個人體內長期感染的突變效果,時常反而不利體外傳播(例如某些肺結核桿菌),因此懷疑長期感染的論點。但是 SARS 二世冠狀病毒的狀況,未必符合其他病原體的經驗。

事實上,上述兩個假說未必互斥。處於雷達之外默默生存一年,以及最近幾個月加速演化,無疑可以是先後發生的兩件事。Omicron 有可能是在南非某處醞釀,也可能是先在別的地方誕生,後來傳播到南非才脫穎而出。

初步估計南非疫區 Rt 數值,幾種方法都超過 2。圖/參考資料 3

第三個假說則主張,過去一年沒有見到 Omicron 的祖先,是因為它離開人類,改為在某種動物身上傳播;動物有別於人類,又因此衍生出一系列新突變,最近才回傳給人類。幾乎不清楚感染動物的病毒品系,這才沒有發現 Omicron 的前身。

我自己認為,人體長期感染後,醞釀出新品系的機會最大,動物總加速師的可能性不高。但是目前缺乏足夠證據,足以排除或證實某個假說。

初步估算:Omicron 傳染力超過 Delta 兩倍

另一方面,目前不確定南非新星 Omicron 的傳染力如何。初步分析估計,前一段時間它在南非的 Rt(有效傳染數,一位感染者平均傳染給幾個人)超過 2,而同一脈絡下的 Delta 小於 1。倘若直接換算,南非新星的傳染力超過 Delta 兩倍。

不過南非的傳染狀況,未必和其他地方一樣。Omicron 的殺傷力多強,也需要更多資訊。隨著南非新星持續入侵世界各地,恐怕不久後我們就會知道結果。

延伸閱讀

參考資料

  1. Where did ‘weird’ Omicron come from?
  2. Trevor Bedford 11 月 30 日推特
  3. Trevor Bedford 12 月 2 日推特

本文亦刊載於作者部落格《盲眼的尼安德塔石匠》暨其 facebook 同名專頁

文章難易度
寒波_96
156 篇文章 ・ 421 位粉絲
生命科學碩士、文學與電影愛好者、戳樂黨員,主要興趣為演化,希望把好東西介紹給大家。部落格《盲眼的尼安德塔石器匠》、同名粉絲團《盲眼的尼安德塔石器匠》。


0

0
0

文字

分享

0
0
0

提早部署「免疫負債」!接種流感疫苗,有助於降低新冠肺炎死亡率

careonline_96
・2022/01/20 ・2436字 ・閱讀時間約 5 分鐘
接種流感疫苗,有助降低新冠肺炎死亡率,感染科醫師圖解說明

新冠肺炎 COVID-19 疫情是大家高度關注的問題,不過流感病毒可沒有沉寂,流感會不會出現大反撲,是目前全世界都很關心的議題。臺大兒童醫院黃立民院長表示,流感疫情與邊境管制措施有關,隨著政策的調整,流感再流行的機會相當大。因為已經兩年沒有流行,加上監視結果顯示,流感病毒株已經改變,所以當流感疫情升溫,可能出現大流行。

大家常聽到的「免疫負債」意思就是說,大家為了預防新冠肺炎 COVID-19,所以會戴口罩、勤洗手、保持距離,使得呼吸道感染、腸胃道感染的機會降低,因此一些本來容易得到的傳染病,例如流感、腸病毒等在這兩年都少了許多。黃立民醫師解釋,造成的結果就是,一旦解除防疫限制,民眾開始不戴口罩、洗手頻率減少、社交距離拉近,其他病毒就會開始流行。由於已經連續兩年都較少人感染,可以感染的人數就會變多,這個時候就容易爆發流行,把過去兩年沒有爆發的流行補回來,所以叫做「免疫負債」,像是還債的概念。

「包括法國、紐西蘭,都有觀察到這個現象,一開放邊界,就馬上大爆發」黃立民醫師提醒,「要解決免疫負債,就是要大家趕緊去打疫苗。冬天需要施打的呼吸道疾病疫苗,最強調的還是流感疫苗。」

流行性感冒病毒(Influenza virus)是經由飛沫傳染,感染者的鼻咽部、口腔、還有呼吸道都有病毒,在講話、咳嗽、打噴嚏時,會把病毒噴到環境裡,黃立民醫師說,如果距離一到兩公尺之內,就有機會被飛沫噴到而感染;另外一個模式,叫做媒介物傳染,感染者會污染他的物品,例如杯子、桌面、門把等,如果有人進入這些環境,就可能碰觸病毒而遭到感染。我們生活在城市裡,流感患者可能搭捷運、進餐館,所以扶手、椅子、桌子都可能有病毒,這種傳染模式在大城市相當常見。

流感症狀較嚴重,不同於一般感冒

呼吸道感染可分成兩種,一種叫做一般感冒,一種叫做類流感,黃立民醫師解釋,一般感冒比較輕微,類流感會比較嚴重。類流感的定義,第一個是發燒,第二個是有呼吸道症狀,比如說咳嗽、流鼻水、喉嚨痛等。

類流感跟一般感冒最大的差別就是發燒,成年人得到一般感冒通常不會發燒,如果發燒了,代表狀況比較嚴重,黃立民醫師說,台灣的類流感通常都會伴隨著一些比較不舒服的表現,包括畏寒發燒、全身痠痛、倦怠感、劇烈頭痛、腰酸背痛,這些都是流感的典型症狀。

流感不同於一般感冒

流感除了讓人全身很不舒服外,還可能出現嚴重併發症,黃立民醫師說,流感病毒會跑到肺部引起肺炎、跑到心臟造成心肌炎、跑到腦部造成腦炎,其中最常見是肺炎。流感病毒還可能引起繼發性細菌感染,例如在感染肺部以後出現細菌感染。

「由於流感病毒會攻擊我們的組織,造成全身發炎,進而導致患者原有的慢性病惡化」黃立民醫師說,「例如心臟冠狀動脈本來塞了 75%,得到流感之後可能就會塞到 95%,導致心肌梗塞。無論是慢性心臟病、高血壓、糖尿病、慢性腎臟、肝臟疾病,都可能會惡化,甚至導致死亡。」

預先部屬,預防流感

預防流感就跟預防新冠肺炎 COVID-19 一樣,要戴口罩、勤洗手、保持社交距離,減少接觸病毒的機會,黃立民醫師說,另一方面可以在每年冬天施打流感疫苗,提升身體的保護力。因為流感病毒會突變,每一年流行的病毒株都不太一樣,而且流感疫苗的保護力持續時間較短,一般認為大概三、四個月之後效果就漸漸變差了,所以每年需要重新施打。

預先部屬,預防流感

呼吸道感染發生時常常是兩、三種病原體一起感染,黃立民醫師說,隨著檢驗工具的進步,我們會發現很多人並非只有一種細菌或病毒,而是多重感染。研究發現,新冠肺炎患者亦會同時找到兩種病原,流感與新冠肺炎可能同時感染,而且病情還會加重。

「研究指出,施打過流感疫苗,比較不會被診斷新冠肺炎 COVID-19;而且如果不幸得到新冠肺炎,死亡率也會降低。」黃立民醫師解釋,「因為很多新冠肺炎屬於輕症,如果患者單獨得到新冠肺炎,症狀可能不甚嚴重,而不會就醫。但如果同時得到新冠肺炎和流感,症狀比較嚴重使就醫機率高,也就較容易被診斷出來。」

其實不只流感病毒、新冠肺炎,呼吸道本來就是一個開放的環境,還有多種細菌、病毒都混在裡面,同時遭到兩、三種感染,是很常有的狀況。因此建議可同時接種呼吸道疾病疫苗,例如流感疫苗、百日咳疫苗、肺炎鏈球菌疫苗等,都可降低新冠肺炎死亡率約兩成至三成。

貼心小提醒

五十歲以上,或者是有慢性病,例如心臟病、肝病、癌症、或是服用免疫抑制劑的患者,得到流感時出現重症的機會較高,一定要記得施打流感疫苗,提高保護力。另外,家人之間的傳播是流感病毒很重要的傳染模式,學生是傳播流感病毒的重要族群,所以也需要施打流感疫苗。

黃立民醫師強調,接種疫苗後需要一段時間身體才能產生保護力,建議大家要在流感疫情升溫前趕快施打疫苗!

careonline_96
2 篇文章 ・ 2 位粉絲
台灣最大醫療入口網站