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以婚姻平權為名的蝸牛新種:彩虹大臍蝸牛

ecosea
・2014/10/14 ・1069字 ・閱讀時間約 2 分鐘 ・SR值 531 ・七年級
2014年發表的臺灣特有種蝸牛--彩虹大臍蝸牛Aegista diversifamilia,向世界各地與台灣為婚姻平權的努力致敬。
2014年發表的臺灣特有種蝸牛──彩虹大臍蝸牛Aegista diversifamilia,向世界各地與台灣為婚姻平權的努力致敬。

臺灣有超過300種以上的蝸牛,由於崎嶇複雜的地景等因素,使得許多外在形態相似,原本以為是同一種的蝸牛,實則在遺傳上已分化為不同物種。透過DNA和型態分析,原認為廣布全台灣的臺灣大臍蝸牛 Aegista subchinensis(Möllendorff, 1884),東部的族群其實是一個獨立的物種,命名為彩虹大臍蝸牛 Aegista diversifamilia,以彰顯各國與台灣在婚姻平權上的努力。此研究已於2014年10月13日,發表於《ZooKeys》期刊。

臺灣的地形崎嶇,地景變化多樣,相當多的親緣地理學研究發現,中央山脈、雪山山脈、苗栗台地等等的地景,阻礙生物的擴散,長時間演化下來,使得分居於地理障礙兩邊的族群產生遺傳分化,甚至形成新種。臺灣大臍蝸牛 Aegista subchinensis(Möllendorff, 1884),原認為廣布於臺灣全島的中低海拔森林。2003年,作者之一的李彥錚博士注意到中央山脈以東的臺灣大臍蝸牛和西部族群有形態上的差異,很可能是未被描述的新種。

為了進一步驗證李彥錚博士的觀察,師大生命科學系的博士候選人黃致維透過DNA分析,推斷物種間的親緣關係和遺傳分化程度,加上形態分析東、西部的大臍蝸牛族群,顯示臺灣東部和西部的臺灣大臍蝸牛,在遺傳和形態上已有相當的差異,東部族群應視為獨立的物種。就親緣關係分析的結果來看,臺灣東部的新種與分布在日本石垣島的Aegista vermis比較相近,而非住在中央山脈隔壁的臺灣大臍蝸牛。

分布於台灣東部的新種,命名為彩虹大臍蝸牛 Aegista diversifamilia,種小名是多元(diversity)家庭(family)之意。會如此命名有幾個原因:(1) 撰稿期間,正逢世界各地與臺灣為婚姻平權而努力,臺灣一開始提出的三個修法方向簡稱為多元成家;(2) 表達作者們與許多學術領域工作者對於同性婚姻合法化的支持;(3) 中文名取名為彩虹大臍蝸牛,因為彩虹正是LGBT(女同性戀 Lesbians、男同性戀 Gays、雙性戀 Bisexuals與跨性別 Transgender)的象徵,以此為中文名,簡短又能代表種名的意義;(4) 有肺類蝸牛(Pulmonata)是雌雄同體的生物,牠們也象徵多元的性傾向,蝸牛同時是異性戀、同性戀或雙性戀,自然界的生物本身就存在著多元,而非兩相對立或只有唯一。

此文由國立臺灣師範大學生命科學系博士候選人黃致維撰寫。此研究響應開放取用(open access)的理念,因此投稿於人人都可閱讀取得的網路學術期刊《ZooKeys》,以及響應PanSci 「自己的研究自己分享」,以增進眾人對基礎科學研究的了解。

參考文獻:Huang C, Lee Y, Lin S, Wu W (2014) Taxonomic revision of Aegista subchinensis(Möllendorff, 1884) (Stylommatophora, Bradybaenidae) and a description of a new species of Aegista from eastern Taiwan based on multilocus phylogeny and comparative morphology. ZooKeys 445: 31-55. doi: 10.3897/zookeys.445.7778

 

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天文影像工具也能找腫瘤?——臺灣首創 3D 數位病理影像暨 AI 分析平臺

科技大觀園_96
・2022/01/23 ・2878字 ・閱讀時間約 5 分鐘

攝影師運用影像,留存許多珍貴的記錄,講述不少精彩的故事。但影像的力量,可不僅限於此。科學家和醫生也拍照錄像,只不過對象不是一般人事物,而是遙遠的星辰,或微小的組織細胞。而臺灣的科研團隊,更成功讓傳統病理影像突破 2D 平面限制,完整展現 3D 全貌,幫助我們看清病魔的真面目,奪得搶救性命的機會。

為什麽癌症大魔王如此棘手?

在臺灣十大死因排行榜上,癌症已蟬聯榜首將近四十年。原本安分工作的人體細胞,可能受到細菌或病毒的感染、環境中的重金屬、放射線等致癌因子的影響,走上叛變、不正常增生一途,變成惡性腫瘤——也就是癌症。癌細胞會破壞各種重要臟器,掠奪體内大部分營養,最終可能造成人體因器官衰竭、營養不良、併發症而死亡。

十大死因
109 年國人十大死因。(資料來源:衛生福利部

癌症療法中,化療是以化學藥物來毒殺癌細胞,卻因為專一性低,讓病患往往傷敵一千,自損八百。後來發展出的標靶藥物療法,雖然不會無差別攻擊,但治療效果有限,有些種類的癌症更可能出現抗藥性。狡猾的癌細胞,還會產生抑制免疫細胞活性的蛋白質,來避開免疫系統的偵察和追擊。而 2018 年獲得諾貝爾生理醫學獎的「免疫療法」,就是以投放癌細胞表現的蛋白質之阻斷劑,來維持免疫細胞的戰鬥力的突破性療法。

然而,癌細胞也不是省油的燈。它們會與周圍細胞,如血管、纖維母細胞、免疫細胞等打成一片,藉由分泌各式細胞因子,創造利於自己生長的小天地,即腫瘤微環境(Tumor microenvironment)。例如,癌細胞會在微環境促進血管新生,且具備免疫抑制能力,讓免疫細胞鎩羽而歸。這麽一來,即使是副作用較低的免疫療法,也可能無用武之地。

當醫學邂逅天文學,跨領域碰撞出新解方

目前,癌症的診斷與療程的決定,主要還是仰賴切片檢測所得到的影像。所謂的切片檢測,就像到腫瘤細胞大本營去刺探敵情,醫生藉由手術開刀、内視鏡或針筒取得檢體組織,透過這第一手的情報,來判識腫瘤型態和病情嚴重程度,才能擬定對抗癌細胞的有效戰略。

麻煩的是,顯微鏡下的切片樣本只能看見同一平面上的細胞間交互作用,組織上還有用來標示特定蛋白質活細胞的螢光染劑。要把有著會互相干擾螢光訊號的樣本影像,拼接成可以觀察細胞交互作用的三維影像,可讓腫瘤學家傷透了腦筋。不過這個難題的解方,就剛好掌握在以望遠鏡觀察無數星星的天文學家手中!

有著不同特徵的衆多天體,就像是組織中發出不同螢光訊號、數百萬計的細胞。天體在宇宙中的相對位置與相互關係,也類比於細胞間的交互作用。這般異曲同工之妙,讓美國約翰 · 霍普金斯大學的腫瘤學家和天文學家決定並肩作戰,利用天文學的影像處理工具,來建立分析腫瘤切片影像的模型,這個跨領域碰撞的研究成果——AstroPath,更在今年 6 月登上 Science 期刊。

天體
有著不同特徵的衆多天體,就像是組織中發出不同螢光訊號、數百萬計的細胞。圖/pixabaywikipedia

臺灣打造全球第一個 3D 數位病理檢驗暨 AI 分析平臺!

腫瘤學家和天文學家的跨界合作,大大提高了組織切片影像分析的效率,表現令人贊嘆。不過臺灣研究團隊跑得更前面,直接突破傳統薄切片的限制,以獨家專利取得組織完整的立體影像,還進一步藉助人工智能之力,創立全世界首個 3D 數位病理檢驗暨 AI 分析平臺!

這個實現 Taiwan No.1 的團隊,緣起於國立清華大學生科系的楊嘉鈴教授研究團隊,邀請清華大學腦科學中心江安世院士團隊、分子與細胞生物所張大慈教授團隊及清華大學腦科學中心林彥穎研究員,携手合作克服過去 3D 組織影像的技術瓶頸。透過科技部價創計劃的輔導,承接了光電、生醫、影像及 AI 各領域最先進技術的捷絡生物科技股份有限公司 (JelloX Biotech Inc.) 在 2018 年成立。

捷絡生技獨步全球的病理檢驗平臺,包含了關鍵的三大部分:(1)快速組織澄清、(2)高速影像擷取及(3)3D 人工影像智慧分析。

流程示意圖
3D 人工智慧影像分析流程示意圖。圖/捷絡生技公司

過去 3D 組織影像無法實現,最大的難點,在於無法突破組織的透光障礙。捷絡生技專利化的光學組織澄清技術,最厲害之處是讓檢體樣本不被破壞就可以「變透明」,達到清水般的穿透率。傳統樣本處理,會經過物理切片及脫水,組織結構發生形變無可避免,讓病理全貌難以被量化和標準化來進行評估。但這項獨家的組織澄清處理技術,可最大程度保存樣本原來的面貌,還能讓樣本進行重複染色,再利用於各式生物檢驗。更重要的是,不再是單一切面的樣本,讓全自動影像掃描擷取,從不可能變得可能。

把檢體樣本透明化之後,研究團隊接著以高速鐳射顯微鏡,對樣本進行全身掃描後,數位縫合平行多叠影像。只要搭配適當的染色技術,就可迅速取得比傳統檢測還多百倍資訊量的高精度 3D 腫瘤影像。這些病理組織樣本的全景 3D 細節,讓醫生可以更清楚判別癌細胞的型態、分佈與周圍細胞的交互作用。

研究團隊也沒有停留在 3D 影像產製的完善,更抓緊大數據、巨量分析的趨勢,目標是要提供 AI 自動化病理組織影像分析。研究團隊建立不同癌症的 3D 數位病理影像資料庫,讓電腦進行機器學習,透過癌組織的特徵辨識訓練,目前已可得到超過 90 % 的準確度。AI 自動化分析能克服傳統人工判讀模式潛藏的誤差(如不同判讀者的差異、視覺疲勞與檢體採樣量不足等問題),大大減輕臨床病理醫師的工作負擔,加快診斷的效率。癌症的治療,就像與死神賽跑,所以盡速決定對風險最小、成效最佳的療法,對提高病患的存活率至關重要。

未來,捷絡生技這個領先全球的 3D 數位病理檢驗暨 AI 分析平臺,預期可實際應用在檢測藥物的穿透性、篩選適合免疫療法的病患、分析腫瘤微環境等方向。不管是從美國或是臺灣的例子,都讓我們看見不同領域相互激蕩的成果,並非止步於學術象牙塔的研究,而是可以被實際應用在日常生活中的技術。

參考資料

 

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科技大觀園_96
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