不管是中國還是外國，大蒜除了食用，都有著許多傳說中的藥用。光是那種刺鼻的氣味，就能讓人產生「藥」的感覺來。這些傳說中的用途，包括了降低膽固醇、防治心臟病、降血壓、抗癌等等。除了直接吃蒜，各種蒜的「保健品」也應運而生，比如大蒜粉、大蒜油、大蒜藥片、大蒜提取物、大蒜膠囊等等。關於這些功效的傳說，也吸引了許多科學家的目光。
降低膽固醇是比較廣為人知的一種。一些流行病學調查以及初步的實驗支持這種「功效」，於是美國「補充與替代醫學中心」資助了一項臨床試驗來評估其有效性與安全性。192位膽固醇比較高的志願者被隨機分成4組，分別每天吃鮮大蒜、大蒜粉保健品、大蒜提取物、安慰劑，大蒜粉和提取物的量大約相當於4克鮮大蒜。每週吃6天，連吃6個月之後，檢測膽固醇的變化，發現四組之間沒有實質差別。這項研究的質量要高於其他那些「有效」的研究，所以在大蒜是否降低降膽固醇的問題上，它的結論也就更加可靠。
當然，正如這篇論文的作者所說，這項研究只是說明大蒜沒有降低膽固醇。至於是否有其他的作用，並沒有進行檢測，也就不好說。對與大蒜，更吸引人的功效是「抗癌」。
世界上許多地方進行過許多癌症與飲食結構的調查，不少結果顯示大蒜可能對消化道相關的癌症有一定幫助。比如在中國，1970年代在山東的調查發現， 棲霞的癌症死亡率是蒼山的12倍。這兩個縣相距只有300公里，地理環境、生活習俗都比較相近。不同的是，蒼山是大蒜之鄉，人均每年吃掉6公斤大蒜 ，而棲霞只有0.5公斤。此外，蒼山的大蒜含硒比較多。於是，有人猜測大蒜和硒有助於抗癌。有兩項「病例-對照」研究也支持了這一猜想：吃蒜多的人胃癌的發生率要低一些。
此外還有一些動物實驗也支持「大蒜抗癌」的假設。但是，這些證據都還是不足以「證實」它。比如棲霞盛產蘋果，總不能因此說吃蘋果多是棲霞癌症多發的原因。衛生部資助齊魯醫院等機構進行了一項大型研究去驗證這一假設。在棲霞找了288個村，招募了5000多名志願者，隨機分為兩組，一組每天吃200毫 克人工合成的大蒜素，並隔天吃100微克硒，另一組則吃安慰劑。連續吃兩年之後，在以後的5年中跟蹤這些人的癌症發生狀況。結果是：對於女性，兩組沒有明顯差異；對於男性，吃大蒜素和硒的那組總的癌症和胃癌的發生率都要低一些。
日本也有多一項總共三十多個志願者的小規模實驗，顯示大蒜提取物可能對結直腸腺瘤的發生有一定抑制作用。不過北京大學和北京腫瘤醫院等機構進行的一項大型研究則不支持這個結論。那項研究在山東的另一個胃癌高發區臨朐縣進行，從13個村子中招募了3365位志願者，分別進行短期幽門螺旋桿菌治療（兩週）、長期補充多種維生素（7.3年）、長期服用大蒜補充劑（7.3年）以及安慰劑處理。最後結果是：短期幽門螺旋桿菌治療能降低胃癌前病變的出現，而維生素和大蒜補充劑都沒有效果。
面對這些互不一致，甚至互相矛盾的研究結果，美國國家癌症研究所（NCI）的態度是「不推薦任何膳食補充劑預防癌症，但認為大蒜是一種具有潛在抗癌特性的蔬菜」。對於大多數人來說，除了把大蒜弄在皮膚上會很不舒服之外，吃起來是安全的。大蒜有抗凝血的作用。這對於一般人來說也不是什麼問題。但如果在手術前後，或者拔牙之前，以及對那些容易流血並且止血困難的人，這種「副作用」就值得注意了。
不過，大蒜中的大蒜素等成分也會與一些藥物發生反應。比較重要的是治療愛滋病的藥物，大蒜可能加速其代謝從而降低藥效。這可能這與多數人關係不大， 而它與避孕藥的反應或許就更值得注意一些。避孕藥的劑量是按照正常的代謝速度來設計的，大蒜可能加速其分解，從而降低避孕效果。雖然這種反應對身體沒什麼 危害，但對於依靠藥物避孕的人，因為吃大蒜而導致避孕失敗，或許也哭笑不得。所以，對那些只依靠藥物避孕的人，暫時不吃蒜是謹慎的做法。
總的來說，蒜作為一種蔬菜或者調料都是不錯的。世衛組織推薦：一般成年人每天吃2到5克鮮大蒜，對於健康具有積極作用。2到5克鮮蒜，大致相當於一瓣，其中含有2到5毫克大蒜素。如果接受不了鮮蒜的氣味，那麼0.4到1.2克大蒜粉、2到4毫克大蒜油、0.3到1克大蒜提取物，也大致相當。
