導致 COVID-19(武漢肺炎、新冠肺炎)的 SARS-CoV-2 冠狀病毒「SARS二世」,最近一批研究認為,出現在 S蛋白質上(spike protein)的一個突變「D614G」有助於適應,增加病毒的傳染力。1, 2
美國的斯克里普斯研究所(Scripps Research Institute)的科學菁英戰隊,以人造的模擬病毒和基因改造細胞做實驗,證實 D614G 確實能提高病毒的感染能力。3, 4
病毒如何感染細胞?SARS二世病毒感染的關鍵 S蛋白質,可分為 S1、S2 兩部分。S1 中有一段能辨識特定目標的短序列,會直接和細胞表面的 ACE2 受器結合。接著細胞上的「酵素」會把 S1 切除,讓後面的 S2 與細胞膜合體,病毒才能將遺傳物質輸入細胞,順利入侵。
如果病毒是可樂娜啤酒:瓶口、瓶蓋、開罐器
想像成在喝可樂娜啤酒,假如可樂娜的瓶蓋是 S1,瓶口是 S2,酵素是開罐器,嘴巴就是細胞的 ACE2 受器。可樂娜要移動到嘴巴附近,由開罐器打開瓶蓋後,瓶口對準嘴巴,才能喝到可樂娜。
SARS二世的前輩 SARS一世病毒也與 ACE2 結合,但是過程不同。SARS一世用 TMPRSS2 酵素當開罐器,SARS二世則用 furin 酵素。差異在於,SARS二世的 S1 和 S2 中間多出一小段序列,可以讓 furin 作用。
D614G讓瓶蓋瓶口結合更穩定,增加感染成功率
SARS二世用 furin 作開罐器的效果更強,缺點是 S1 和 S2 中間多出一段後變得不太穩固,就像喝可樂娜時,還沒對準嘴巴,瓶蓋已經從瓶口脫落,可樂娜就喝不到惹。不過 D614G 突變後能彌補這個缺點,讓瓶蓋與瓶口的結合更穩定。
D614G 突變位於 S1,不過很靠近 S2。以人造模擬病毒感染人類細胞株的體外實驗發現,D614G 應該不影響 S1 與細胞的結合,卻能讓 S1 的結構更穩定。證據是:S蛋白質如果配備 D614G 突變,S1 與 S2 的比值(S1:S2)明顯較高,幾種分析方法的比值都超過原本三倍。
新突變能穩固 S1、S2 的結合,使得 S1 不容易半途脫隊(shedding),藉此增加感染成功的機率。
情況好像運送 100 瓶可樂娜,原本半路上 70 瓶的瓶蓋會掉下來,只有 30 瓶能抵達目標;但是改版後只有 20 瓶會脫落,高達 80 瓶能接近嘴巴。如此一來,即使可樂娜本身沒有更吸引人,光是順利抵達目標的啤酒數量大增,就能讓喝到可樂娜的人數成長數倍。
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D614G 突變怎麼讓結構更穩定?論文推論,第 614 號氨基酸突變後,旁邊的第 613 號麩醯胺酸(glutamine,Q)會與 859 號蘇氨酸(threonine,T)形成氫鍵,讓整個結構更有彈性。另外,原本的 D614 可能與第 464 號精氨酸(arginine,R)形成立體障礙,干擾 S1 和 S2 的結合,突變後障礙也就消失了。
小小改變,增加病毒傳染力
突變的效果很微妙,大部分突變影響都很有限,有時候在特定機緣下,光是一處小小的變化卻會帶來很大的差異。
假如 SARS二世和一世相同,S1 和 S2 之間沒有多出一段序列,兩者的結構仍然能保持穩定,卻會因為開罐器較弱而限制感染力。增加 furin 牌開罐器的作用位置後,開罐效果提升,也帶來結構不穩定的副作用;而 D614G 的出現,能有效彌補缺點。
因此,S1 和 S2 之間插入短片段序列導致的新 furin 切位,以及 D614G 的位置變化,可以視為病毒一系列相關的適應。
然而要注意,體外實驗的感染力變強 3 倍、10 倍,不等於病毒實際人傳人時也會增強 3 倍、10 倍。針對 3 萬人的一項英國研究,比較兩款病毒傳播上的不同,估計配備 D614G 突變的病毒傳染力為本來 1.22 倍。但是愛丁堡大學的 Andrew Rambaut 認為,假如真的比較強,效果也不是太大……等等,1.22 倍不大!?5, 6
斯克里普斯研究所的菁英戰隊外,還有多個其他戰隊用類似的模擬病毒測試差異,得到一致的結論:
至少人造情境下 D614G 能增加感染力。
另一個眾人關心的問題是,現在大家都在研發疫苗,突變會不會影響抗體作用?感染病毒後痊癒者的血漿內有抗體,不同戰隊各自用少數痊癒者的血漿測試,發現都不會影響中和抗體(neutralizing antibody)的作用。
不過一個中國戰隊卻報告,70 個測試樣本中有 5 個(7%)效果較差。由此推論,D614G 突變多半不會影響抗體的效果,但是測試過還是比較安心。7, 8, 9
SARS二世立足中國,歐洲進修,征服世界
至今已經觀察到 SARS二世出現過非常非常非常多的突變,但是與適應有關的改變,目前只有 D614G 看來比較有眉目。假如 D614G 確實能增強病毒的傳播能力,表示隨著疫情進展,此一變異的比例增加與病毒的適應有關,是正向選汰(positive selection)的結果。
大家聽到病毒傳染力增強也不用緊張,因為 D614G 在疫情很早期時已經出現,中國外絕多數大地方都以這款病毒為主。我們所熟悉的疫情,其實大部分就是由這款病毒所致。
換句話說,中國雖然是 SARS二世的起源地,隨後在世界各地廣傳的病毒,傳染力很可能比武漢最初的病毒更強。若真是如此,意思是中國、韓國的本土病例儘管一開始數量非常驚人,傳染力實際上不如其他地方的後起之秀?
D614G 最早在一月底誕生,歐洲是它茁壯的溫床。由已知資訊可以推論,全世界的傳染源,2 月之前以來自中國的病毒為主,但是 3 月以後歐洲成為出口最大宗。大致上是:SARS二世首先立足中國,接著 D614G 突變在歐洲發揚光大,後來征服世界。
另一點重要的發現是,D614G 能增加傳染力,卻對殺傷力沒有影響;這點仍需要更多研究證實,不過並不意外。對病毒而言,在周圍有這麼多同類競爭對手之下,增加傳染力很有利,強化殺傷力卻不是優點。
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參考資料
- Tracking changes in SARS-CoV-2 Spike: evidence that D614G increases infectivity of the COVID-19 virus
- Spike mutation pipeline reveals the emergence of a more transmissible form of SARS-CoV-2
- The D614G mutation in the SARS-CoV-2 spike protein reduces S1 shedding and increases infectivity
- Mutated coronavirus shows significant boost in infectivity
- The pandemic virus is slowly mutating. But is it getting more dangerous?
- COVID-19 Genomics UK (COG-UK) Consortium Report #9 – 25th June 2020(pdf)
- D614G mutation of SARS-CoV-2 spike protein enhances viral infectivity
- Naturally mutated spike proteins of SARS-CoV-2 variants show differential levels of cell entry
- The Spike D614G mutation increases SARS-CoV-2 infection of multiple human cell types
本文亦刊載於作者部落格《盲眼的尼安德塔石匠》暨其 facebook 同名專頁。