一款開放原碼、基於網站的平台,用於資料密集的生醫與遺傳研究 — 現已成為一種可供存取的「雲端運算」資源。一個包括 Anton Nekrutenko(賓州州立大學生物化學與分子生物學副教授)、Kateryna Makova(賓州大生物學副教授)、與來自 Emory 大學的 James Taylor 的團隊,開發出這種新技術,將幫助科學家與生醫研究者駕馭如 DNA 定序及分析軟體這樣的工具,以及大量科學資料的儲存能力。開發細節將在 Nature Biotechnology 期刊上以一篇通訊(letter)的形式發表。
早先由 Nekrutenko 與共同作者所完成的論文,描述這項技術以及它的使用,已發表在 Genome Research 與 Genome Biology 期刊中。
Nekrutenko 表示,他與他的團隊首先在 2005 年開發出 Galaxy computing system (http://galaxyproject.org) ,因為「生物學處於休克狀態」。生物化學與生物實驗室產生堆積如山的資料,然後科學家納悶,「我們現在該做什麼?這些資料我們該如何分析?」 Galaxy(那在賓州大開發並持續使用該大學的伺服器作為其運算力來源)解決了許多問題,這些問題研究者得要將各種工具兜在一起才能使大量資料的檢索與分析更容易,簡化了基因組分析的過程。如同在該團隊其中一篇刊載於 Genome Research 期刊之早期論文所描述的,Galaxy 「將現有基因組註記(genome-annotation)資料庫的力量與一個簡單的入口網站結合起來,讓使用者能夠搜尋遠端資源,從獨立查詢結合資料,並將結果視覺化。」 Galaxy 也能讓其他研究者能夠複審已經完成的步驟,例如,在一串遺傳密碼的分析中。「Galaxy 提供科學的透明度 — 創造出一份分析之公開報告的選項。故,在論文發表後,其他實驗室的科學家能進行研究以重現所敘述的結果,」Nekrutenko 表示。
「除了顯而易見的以外,例如:對於大量資料的運算能力、科學家不必經過太多電腦訓練就能夠使用 DNA 分析工具,Galaxy Cloud 還提供諸多優勢,」Nekrutenko 表示。「例如,研究者不需要投資昂貴的電腦基礎建設,就能夠完成資料密集、複雜的科學分析。」
Galaxy Cloud 另一項優勢在於其資料儲存能力。利用 Amazon Web Services 雲,研究者可以選擇將龐大的資料儲存在安全的地點。「目前正在浮現的技術,其所產生的資料將比現有的『次世代』 DNA 定序多出百倍,那已經到了儲存本身就成為一個問題,更遑論分析的地步了,」Nekrutenko表示。
基思.艾倫.哈沃德可以說是一名倖存者。他被維吉尼亞州錯誤定罪,但是逃過死刑執行。而且還是兩次。梅克倫堡矯正中心在一九八四年爆發了所謂的「大逃亡」(The Great Escape)1,那是有六名死囚越獄的空前維安漏洞,哈沃德面對其後的嚴密禁閉也倖存了下來。哈沃德面臨過殘酷的獄警、僅存的希望全被澆熄、父母的死訊,他的身分也被侵蝕到只能淪為 1125797 號罪犯,但是他倖存了下來。
當我們發現特蕾莎用過的性侵採證套組、把它送去做 DNA 檢驗時,維吉尼亞州的監禁率已經超過每十萬名居民有四百五十多名囚犯,每十萬名黑人居民則是超過兩千四百人。2在那個看不見的國度裡,到底住著多少無辜的 1125797 號囚犯,我們不會知道。但是統計顯示,在維吉尼亞州和全國有數千名無辜的人被關在牢裡;他們大部分人都永遠不會再拿回他們的名字了。
即使用催眠誘導的指認可以相信,不過駐衛也只是說在襲擊案發生當晚,他有看到哈沃德回到基地。是的,他是說那個人穿了血跡斑斑的制服,不過那人其實不是基思.哈沃德,而且在當時的紐波特紐斯,喝醉酒的水手在酒吧跟人打架,然後滿身是血回到船上,也不是什麼罕見的事。歸根究柢,不論證人指認的這番話具有多少分量,它都不代表哈沃德那天晚上有進入佩隆家。只有洛威爾.萊文和阿爾文.凱吉的專家證人證詞明確說出了這一點。而 DNA 也證明了兩位牙醫是錯的。
哈沃德在監獄裡的朋友們都為他打氣。他們開始從監獄圖書館的報紙上剪下與哈沃德案件有關的新聞剪報,並保留給他。隨著哈沃德的案件從一團混亂的垃圾科學訴訟,轉變成教科書等級的 DNA 平反案件,格林的報導刊登位置也越來越靠近頭版。當哈沃德的聲請在等待維吉尼亞州最高法院的決定時,他成了頭版新聞,而當 DNA 檢驗證明哈沃德是無辜的時候,他直接登上頭條。
既然已經在「聯合 DNA 索引系統」找到符合者了,但凡有一點基本的正當程序概念,都會覺得繼續監禁哈沃德是不可接受的。他顯然是無辜的。任何殘存的反對意見都消失無蹤了。
Bill McKelway, “From the Archives: How the 1984 Escape from Virginia’s Death Row Happened,” Richmond Times-Dispatch, May 30, 2009,瀏覽日期二○二一年七月五日,richmond.com/from-the-archives/from-the-archives-how-the-1984-escapefrom-virginias-death-row-happened/article_19ea1684-9af2-5d24-86ab-5875eaf2068c.html。 ↩︎
Prison Policy Initiative, Virginia profile,瀏覽日期二○二一年七月五日,www.prisonpolicy.org/profiles/VA.html。 ↩︎