一款開放原碼、基於網站的平台,用於資料密集的生醫與遺傳研究 — 現已成為一種可供存取的「雲端運算」資源。一個包括 Anton Nekrutenko(賓州州立大學生物化學與分子生物學副教授)、Kateryna Makova(賓州大生物學副教授)、與來自 Emory 大學的 James Taylor 的團隊,開發出這種新技術,將幫助科學家與生醫研究者駕馭如 DNA 定序及分析軟體這樣的工具,以及大量科學資料的儲存能力。開發細節將在 Nature Biotechnology 期刊上以一篇通訊(letter)的形式發表。
早先由 Nekrutenko 與共同作者所完成的論文,描述這項技術以及它的使用,已發表在 Genome Research 與 Genome Biology 期刊中。
Nekrutenko 表示,他與他的團隊首先在 2005 年開發出 Galaxy computing system (http://galaxyproject.org) ,因為「生物學處於休克狀態」。生物化學與生物實驗室產生堆積如山的資料,然後科學家納悶,「我們現在該做什麼?這些資料我們該如何分析?」 Galaxy(那在賓州大開發並持續使用該大學的伺服器作為其運算力來源)解決了許多問題,這些問題研究者得要將各種工具兜在一起才能使大量資料的檢索與分析更容易,簡化了基因組分析的過程。如同在該團隊其中一篇刊載於 Genome Research 期刊之早期論文所描述的,Galaxy 「將現有基因組註記(genome-annotation)資料庫的力量與一個簡單的入口網站結合起來,讓使用者能夠搜尋遠端資源,從獨立查詢結合資料,並將結果視覺化。」 Galaxy 也能讓其他研究者能夠複審已經完成的步驟,例如,在一串遺傳密碼的分析中。「Galaxy 提供科學的透明度 — 創造出一份分析之公開報告的選項。故,在論文發表後,其他實驗室的科學家能進行研究以重現所敘述的結果,」Nekrutenko 表示。
「除了顯而易見的以外,例如:對於大量資料的運算能力、科學家不必經過太多電腦訓練就能夠使用 DNA 分析工具,Galaxy Cloud 還提供諸多優勢,」Nekrutenko 表示。「例如,研究者不需要投資昂貴的電腦基礎建設,就能夠完成資料密集、複雜的科學分析。」
Galaxy Cloud 另一項優勢在於其資料儲存能力。利用 Amazon Web Services 雲,研究者可以選擇將龐大的資料儲存在安全的地點。「目前正在浮現的技術,其所產生的資料將比現有的『次世代』 DNA 定序多出百倍,那已經到了儲存本身就成為一個問題,更遑論分析的地步了,」Nekrutenko表示。
1990 年,融合蛋白 CD4 免疫黏附素(CD4 immunoadhesin)誕生。這項設計,是為了對付令人類聞風喪膽的 HIV 病毒。
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我們知道 T 細胞是人體中一種非常重要的白血球。在這些 T 細胞中,大約有六到七成表面帶有一個叫做「CD4」的輔助受體。CD4 會和另一個受體 TCR 一起合作,幫助 T 細胞辨識其他細胞表面的抗原片段,等於是 T 細胞用來辨認壞人的「探測器」。表面擁有 CD4 受體的淋巴球,就稱為 CD4 淋巴球。
麻煩的來了。 HIV 病毒反將一軍,竟然把 T 細胞的 CD4 探測器,當成了自己辨識獵物的「標記」。沒錯,對 HIV 病毒來說,免疫細胞就是它的獵物。HIV 的表面有一種叫做 gp120 的蛋白,會主動去抓住 T 細胞上的 CD4 受體。
而另一端的 Fc 區域則有兩個重要作用:一是延長融合蛋白在體內的存活時間;二是理論上能掛上「這裡有敵人!」的標籤,這種機制稱為抗體依賴性細胞毒殺(ADCC)或免疫吞噬作用(ADCP)。當免疫細胞的 Fc 受體與 Fc 區域結合,就能促使免疫細胞清除被黏住的病毒顆粒。
不過,這裡有個關鍵細節。
在實際設計中,CD4免疫黏附素的 Fc 片段通常會關閉「吸引免疫細胞」的這個技能。原因是:HIV 專門攻擊的就是免疫細胞本身,許多病毒甚至已經藏在 CD4 細胞裡。若 Fc 區域過於活躍,反而可能引發強烈的發炎反應,甚至讓免疫系統錯把帶有病毒碎片的健康細胞也一併攻擊,這樣副作用太大。因此,CD4 免疫黏附素的 Fc 區域會加入特定突變,讓它只保留延長藥物壽命的功能,而不會與淋巴球的 Fc 受體結合,以避免誘發免疫反應。
從 DNA 藍圖到生物積木:融合蛋白的設計巧思
融合蛋白雖然潛力強大,但要製造出來可一點都不簡單。它並不是用膠水把兩段蛋白質黏在一起就好。「融合」這件事,得從最根本的設計圖,也就是 DNA 序列就開始規劃。
我們體內的大部分蛋白質,都是細胞照著 DNA 上的指令一步步合成的。所以,如果科學家想把蛋白 A 和蛋白 B 接在一起,就得先把這兩段基因找出來,然後再「拼」成一段新的 DNA。
男性和女性的 DNA 差異極小,僅限於在女性身上為X或男性為Y的那單一染色體。姊弟或兄妹從完全相同的來源取得基因,透過重組母親和父親的 DNA,確保兄弟姊妹絕對不會相近到變成複製人。
性別分化過程大部分要歸結到 Y 染色體上的「SRY 基因」,它的全名是「Y 染色體性別決定區基因」。若要說有「運動能力基因」,那就非 SRY 基因莫屬了。人類生物學的安排,就是讓同樣的雙親能夠同時生育出男性的兒子和女性的女兒,即使傳遞的是相同的基因。SRY 基因是一把 DNA 萬能鑰匙,會選擇性地啟動發育成男性的基因。