感謝現代科技，自五月起在德國出現的出血性大腸桿菌感染，科學家們使用所謂的第三代定序儀，只花了三天就把大部分的序列定出來了。初步的結果顯示，這隻大腸菌很可能就是傳說中的「大腸精」，帶有來自幾個不同大腸桿菌的致病基因。

首先，他的序列有93% 與之前曾在中非共和國導致嚴重痢疾的大腸桿菌EAEC 55989 E. coli相同。

另外，其中一段基因可能是來自於沙門氏桿菌Salmonella enterica （傷寒的病原也跟他同屬），而其他的基因則來自於幾個不同的大腸桿菌，包括 O25:H4-ST131。

然後，雖然目前還沒有任何醫院用抗生素治療（一般來說治療出血性大腸桿菌感染是不使用抗生素的，因為用抗生素治療只會殺死更多大腸桿菌，而死掉的大腸桿菌會釋放出更多毒素，加重病情），但定序的結果也發現這隻大腸桿菌對許多抗生素都有抗藥性，包括 aminoglycoside（治療格蘭氏陰性菌感染的主要藥物～大腸桿菌也是格蘭氏陰性菌），the macrolides（大環内酯類抗生素），以及 beta-lactams（最為有名的是青黴素penicillin）這幾類抗生素。當然目前不會有人想要用抗生素去殺他，不過既然他對這麼多抗生素都有抗藥性，要殺他也不容易。

當然整個定序的結果還要再確認，畢竟即使是第三代的定序儀（對於機器有了解的專家們可否提供一些意見，畢竟筆者只會看序列，做定序是在讀博士班時用dideoxy sequencing純手工定的），在三天內就把序列定出來仍嫌匆忙，所以仍在進一步的確認中。

只是，感覺上這隻細菌似乎是集各家的大成，他有沙門氏桿菌的片段，還有好幾種抗生素的抗藥基因，難道傳說中的「大腸精」真的出現了嗎？

資料來源：
DNA Sequence Yields Clues to Germany’s ‘Super Toxic’ E. coli outbreak – ScienceInsider

本文原發表於Miscellaneous999[2011-06-02]

• 愛因斯坦曾說，如果達文西留下的大批手稿能在當時發表，人類的科技發展，能提前半個世紀！
• 到泛科市集結帳輸入 panscihere 優惠碼，立即省 60 元
• 聲音的魔法！說話聲音可以提升別人對你的好感度？
• 雜物OUT！斷捨離的同時，也能整理思緒帶來好心情？

• 作者 / 梅林．謝德瑞克
• 譯者 / 周沛郁

我們目前還不清楚菌根關係最初是怎麼形成的。有些人大膽提出，最初的相遇溼黏而沒有條理──藻類被沖上泥濘的湖岸和河岸，而真菌在這些藻類體內尋找食物和庇護。有些則主張，藻類來到陸地時，體內已經帶著真菌夥伴了。里茲大學（University of Leeds）教授凱蒂．菲爾德（Katie Field）解釋，不論如何，「它們很快就變得依賴彼此」。

菲爾德是一位傑出的實驗者，投入多年的時間研究現存最古老的植物支系。菲爾德用生長箱模擬遠古的氣候，並用放射性示蹤劑，測量生長箱裡真菌和植物之間的交換作用。真菌與植物的共生方式提供了線索，讓我們了解植物和真菌遷移到陸地的最早階段是怎麼互動的。化石也讓我們一瞥這些早期的聯盟。最精細的樣本來自大約四億年前，含有明確的菌根菌痕跡──羽狀瓣和今日一模一樣。菲爾德讚歎道：「你可看到真菌居然就長在植物細胞裡。」

最早的植物幾乎只是一坨綠色組織，沒有根或其他特化的結構。而這些植物逐漸演化出粗糙的肉質器官來容納真菌同伴，真菌則搜尋土壤中的養分和水。最初的根演化出來時，菌根關係已經存在五千萬年了。菌根菌是陸地上後續所有生命的根源。菌根（mycorrhiza）這個詞真是取得好。根（rhiza）隨著真菌（mykes）存在於世。

數億年後的今天，植物演化出更細、生長更快、更能見機行事的根，這些根表現更像真菌。不過即使是這些根，探索土壤的表現也無法超越真菌。菌根的菌絲比最細的根細了五十倍，長度可以超越植物根部達一百倍，比植物根部更早出現在植物上，延伸到根系之外。有些研究者更進一步。我的一位大學教授向一班吃驚的學生吐露：「植物其實沒有根，只有真菌根，也就是菌根。」

菌根菌太多產，菌絲體占土壤中活生物量的二分之一到三分之一。根本是天文數字。全球土壤表層十公分之中，菌根菌絲的總長度大約是我們銀河系寬度的一半（菌絲長 4.5 × 10¹⁷ 公里，銀河系寬度 9.5 × 10¹⁷ 公里）。如果把這些菌絲熨成一片，總表面積是地球上乾燥土地面積的二點五倍。然而，真菌不會停滯不動。菌根菌絲迅速死去、再度生長（一年十到六十次），一百萬年後，累積的長度會超過已知宇宙的直徑（菌絲長 4.8 × 10¹⁰ 光年，已知宇宙直徑是 9.1 × 10⁹ 光年）。菌根菌已經存在了大約五億年之久，而且不限於土壤表層十公分的地方，所以這些數字顯然低估了。

植物和菌根菌在彼此的關係中產生一種極化現象──植物的莖處理光與空氣，真菌和植物的根則處理周圍的土壤。植物把光和二氧化碳打包成醣類和脂質。菌根菌則把固著在岩石裡的養分拆開，分解物質。這些是真菌在雙重棲位下的情況──真菌一部分的生命發生在植物體內，一部分在土壤中。菌根菌駐紮在碳進入陸生生命循環的入口，牽起大氣和土地的關係。時至今日，菌根菌就像擠進植物葉和莖裡的共生真菌，會幫助植物應付乾旱、炎熱和其他許多陸地生命一開始就有的逆境。我們稱為「植物」的，其實是演化成來栽培藻類的真菌，以及也演化來栽培真菌的藻類。

——本文摘自《真菌微宇宙：看生態煉金師如何驅動世界、推展生命，連結地球萬物》，2021 年 8 月，果力文化。

• 愛因斯坦曾說，如果達文西留下的大批手稿能在當時發表，人類的科技發展，能提前半個世紀！
• 到泛科市集結帳輸入 panscihere 優惠碼，立即省 60 元
• 聲音的魔法！說話聲音可以提升別人對你的好感度？
• 雜物OUT！斷捨離的同時，也能整理思緒帶來好心情？