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學者抗議,期刊產業醞釀變天:英美的 Open Access 趨勢

洪朝貴
・2012/05/14 ・2298字 ・閱讀時間約 4 分鐘 ・SR值 553 ・八年級
期刊出版商把學者當免費乳牛來壓榨; 學者抗議 (angry cows)

在奇妙的學術界裡, 學者的智慧, 變成了期刊的財產, 回過頭來還要再以高價賣給學校, 剝大學第二層皮。 看著自己的勞力無法嘉惠大眾, 卻變成了期刊出版社的 cash cow (搖錢樹是也), 國外的學者逐漸覺醒, 發出怒吼, 要求學術成果應以開放的授權釋出, 讓納稅人繳的錢所做的研究成果回歸納稅人身上。 本文報告最近幾個月學術界 Open Access (OA) 運動令人興奮的發展。

美國國立衛生研究院 (NIH) 從 2008 年開始實行 Public Access Policy, 確保 NIH 所出資贊助的研究, 在正式刊出之後十二個月內必須讓所有人 (而非只有期刊訂閱者) 都能閱讀, 以增進知識流通。 (讀者提醒: 高能物理領域 當中, 歐洲核子研究組織的 大型強子對撞機 也有 OA 政策)

由 Elsevier、 McGraw-Hill、 John Wiley & Sons 等等學術出版商所主導的 Association of American Publishers (AAP) 認為其利益受損。 2009 年曾遊說國會議員企圖修法阻止 NIH 的 OA 政策, 但沒有成功。 2012 年, AAP 捲土重來, 在國會推動 Research Works Act (RWA), 意圖將研究成果私有化。 該法案大玩文字遊戲, 讓公家、 私人企業出錢的研究都受到限制, 禁止學者採用 OA 釋放其研究成果。 加拿大約克大學圖書館員整理 網路上討論 RWA 的文章清單。 許多學者與圖書館抗議 AAP 吃相難看, 企圖 剝納稅人兩層皮, 等於是在對大眾要求: 「你買牛, 然後我再賣牛奶給你」

另一方面, 完全相反的 Federal Research Public Access Act (FRPAA) 則主張 「納稅人出錢的研究成果應釋放給所有人閱讀」。 哈佛大學法學院 有一頁 wiki 關注此議題。 2006 年的版本獲得一百多位大學校長支持; 2010 年的版本除了校長之外, 也獲得四十餘位諾貝爾學獎得主支持; 今年四月, 更有 五十二位諾貝爾學獎得主聯名撰寫公開信支持 FRPAA

今年一月, 英國數學家 Tim Gowers 道德呼籲同儕一起抵制學術期刊出版大亨 Elsevier。 一個月後, 34 位數學家對 Elsevier 共同發表一篇公開聲明, Elsevier 股價也應聲下跌。 到今天, 已經有 超過一萬一千位學者聯署。 詳見 Singularity Hub英國衛報美國紐約時報 報導, 及 美國高等教育紀事報 的公開信。 這個連署對於 Elsevier 棄守 RWA、 FRPAA 提升動能, 應該都發揮了相當大的影響力

電機資訊領域的 ACM 及 IEEE 收費比較低; 但奪走學者智財權的行為一樣引發抗議。 研究電子投票的 Dan Wallach 教授 去年報導: 在 IEEE 的資安與隱私會議當中, 與會者以壓倒性的多數決議 IEEE 應採取開放的授權, 讓學者的文章產生 impact, 而不是只有空泛的 factor。 不料今年的 IEEE 卻仍舊背離眾望, 在授權書上玩弄文字, 意欲繼續貪婪封鎖學者研究成果。 Dan Wallach 也因而呼籲同儕抵制 IEEE。 電腦學者 Andrew Appel 對投稿的學者們提出兩個建議。 你可以 在商言商, 出版論文時請向 ACM 及 IEEE 索取版權稅。 或者你可以修改授權合約, 再簽名寄回。 「畢竟那是一份必須得到雙方同意的合約, 不是嗎?」 有人會說: 「這不可行, 我們勢單力薄, 哪有力量對抗龐大的組織? 他們大不了就拒刊我的論文, 到最後我只會變成炮灰而已。」 那可不盡然。 Appel 提醒大家: 在電機資訊界, 會議的重要性不亞於期刊, 而且會議論文也要同儕審閱, 但會議的時程很緊湊, 要在幾個月內從數百篇論文當中挑出數十篇。 如果被接受的數十篇論文作者多數都採用相同版本的修改版授權合約, 那麼 ACM 與 IEEE 敢不敢拒刊所有人的論文呢?

在英國, 科學與大學部長 David Willetts 明白宣示: 「(英國) 政府的態度是: 公眾出資贊助的研究, 其成果應該由公眾共享。 而且這個原則不侷限於學術領域。」 生物學家 Stephen Curry 分析 David Willetts 的演講, 認為 Willetts 朝開放方向走的意向堅定。 他一方面對期刊出版社的處境表達同情與善意, 另一方面也強勢提示: 政府是研究經費的重要金主, 並提醒期刊出版商: 「如果想要繼續用舊的模式經營期刊, 那就是選錯戰場了。」 「大家可不會想步上音樂產業的後塵吧。」 Willetts 並不是一廂情願的理想主義者 — 他也考慮到邁向 OA 時必須面對的很現實的挑戰, 例如: 從國際觀點來看, 英國是學術論文重要輸出國, 這麼做會不會吃虧? Willetts 甚至已經準備好要在歐盟相關會議內提起 OA 議題, 並且也注意到美國的發展。 顯然他是玩真的。 當然, 剛剛成為政府無給職顧問 的維基百科創辦人 Jimmy Wales 也力挺這項政策。 稍後, 許多期刊出版社 — 包含 Elsevier — 發新聞稿表示支持

物理學家 Michael Nielsen 整理了一頁 wiki: Journal publishing reform 當中有更多關於 「期刊出版改革」 的連結。

雖然 OA 有益於社會整體, 但經營期刊還是需要一些基本費用, 那麼誰來出這個錢呢? 應該採用 Green 與 Gold 兩種模式 之一, 或是 圖書館集資 的模式, 以免對經濟弱勢作者造成門檻 呢? 這些都還是有待討論的問題。

年年快速提高的訂閱期刊經費, 讓哈佛大學受不了。 如果連這個 全世界最有錢的大學 都公開 呼籲教授們支持 OA 期刊, 那麼臺灣的學術界是不是也該覺醒, 有所作為了呢? 我們正處在一個 智者利仁的網路時代。 大學/校長/教授/工會/… 可以從現在開始就用具體行動與政策高調地支持這個議題。 這也許無助於提升 factor, 但卻是一個提升 impact 的大好機會。 學者促成學術高牆倒下、 讓知識普及, 這不也正是在對社會大眾展現其目光、 遠見、 與智慧嗎? (哦, 對了, 本文當中提到的人名, 多數都有出現在維基百科上。)

(本文原發表於 資訊人權貴ㄓ疑

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洪朝貴
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揭開人體的基因密碼!——「基因定序」是實現精準醫療的關鍵工具

科技魅癮_96
・2021/11/16 ・1998字 ・閱讀時間約 4 分鐘

為什麼有些人吃不胖,有些人沒抽菸卻得肺癌,有些人只是吃個感冒藥就全身皮膚紅腫發癢?這一切都跟我們的基因有關!無論是想探究生命的起源、物種間的差異,乃至於罹患疾病、用藥的風險,都必須從了解基因密碼著手,而揭開基因密碼的關鍵工具就是「基因定序」技術。

揭開基因密碼的關鍵工具就是「基因定序」技術。圖/科技魅癮提供

基因定序對人類生命健康的意義

在歷史上,DNA 解碼從 1953 年的華生(James Watson)與克里克(Francis Crick)兩位科學家確立 DNA 的雙螺旋結構,闡述 DNA 是以 4 個鹼基(A、T、C、G)的配對方式來傳遞遺傳訊息,並逐步發展出許多新的研究工具;1990 年,美國政府推動人類基因體計畫,接著英國、日本、法國、德國、中國、印度等陸續加入,到了 2003 年,人體基因體密碼全數解碼完成,不僅是人類探索生命的重大里程碑,也成為推動醫學、生命科學領域大躍進的關鍵。原本這項計畫預計在 2005 年才能完成,卻因為基因定序技術的突飛猛進,使得科學家得以提前完成這項壯舉。

提到基因定序技術的發展,早期科學家只能測量 DNA 跟 RNA 的結構單位,但無法排序;直到 1977 年,科學家桑格(Frederick Sanger)發明了第一代的基因定序技術,以生物化學的方式,讓 DNA 形成不同長度的片段,以判讀測量物的基因序列,成為日後定序技術的基礎。為了因應更快速、資料量更大的基因定序需求,出現了次世代定序技術(NGS),將 DNA 打成碎片,並擴增碎片到可偵測的濃度,再透過電腦大量讀取資料並拼裝序列。不僅更快速,且成本更低,讓科學家得以在短時間內讀取數百萬個鹼基對,解碼許多物種的基因序列、追蹤病毒的變化行蹤,也能用於疾病的檢測、預防及個人化醫療等等。

在疾病檢測方面,儘管目前 NGS 並不能找出全部遺傳性疾病的原因,但對於改善個體健康仍有積極的意義,例如:若透過基因檢測,得知將來罹患糖尿病機率比別人高,就可以透過健康諮詢,改變飲食習慣、生活型態等,降低發病機率。又如癌症基因檢測,可分為遺傳性的癌症檢測及癌症組織檢測:前者可偵測是否有單一基因的變異,導致罹癌風險增加;後者則針對是否有藥物易感性的基因變異,做為臨床用藥的參考,也是目前精準醫療的重要應用項目之一。再者,基因檢測後續的生物資訊分析,包含基因序列的註解、變異位點的篩選及人工智慧評估變異點與疾病之間的關聯性等,對臨床醫療工作都有極大的助益。

基因定序有助於精準醫療的實現。圖/科技魅癮提供

建立屬於臺灣華人的基因庫

每個人的基因背景都不同,而不同族群之間更存在著基因差異,使得歐美國家基因庫的資料,幾乎不能直接應用於亞洲人身上,這也是我國自 2012 年發起「臺灣人體生物資料庫」(Taiwan biobank),希望建立臺灣人乃至亞洲人的基因資料庫的主因。而 2018 年起,中央研究院與全臺各大醫院共同發起的「臺灣精準醫療計畫」(TPMI),希望建立臺灣華人專屬的基因數據庫,促進臺灣民眾常見疾病的研究,並開發專屬華人的基因型鑑定晶片,促進我國精準醫療及生醫產業的發展。

目前招募了 20 萬名臺灣人,這些民眾在入組時沒有被診斷為癌症患者,超過 99% 是來自中國不同省分的漢族移民人口,其中少數是臺灣原住民。這是東亞血統個體最大且可公開獲得的遺傳數據庫,其中,漢族的全部遺傳變異中,有 21.2% 的人攜帶遺傳疾病的隱性基因;3.1% 的人有癌症易感基因,比一般人罹癌風險更高;87.3% 的人有藥物過敏的基因標誌。這些訊息對臨床診斷與治療都相當具實用性,例如:若患者具有某些藥物不良反應的特殊基因型,醫生在開藥時就能使用替代藥物,避免病人服藥後產生嚴重的不良反應。

基因時代大挑戰:個資保護與遺傳諮詢

雖然高科技與大數據分析的應用在生醫領域相當熱門,但有醫師對於研究結果能否運用在臨床上,存在著道德倫理的考量,例如:研究用途的資料是否能放在病歷中?個人資料是否受到法規保護?而且技術上各醫院之間的資料如何串流?這些都需要資通訊科技(ICT)產業的協助,而醫師本身相關知識的訓練也需與時俱進。對醫院端而言,建議患者做基因檢測是因為出現症狀,希望找到原因,但是如何解釋以及病歷上如何註解,則是另一項重要議題。

從人性觀點來看,在技術更迭演進的同時,對於受測者及其家人的心理支持及社會資源是否相應產生?回到了解病因的初衷,在知道自己體內可能有遺傳疾病的基因變異時,家庭成員之間的情感衝擊如何解決、是否有對應的治療方式等,都是值得深思的議題,也是目前遺傳諮詢門診中會詳細解說的部分。科技的初衷是為了讓人類的生活變得更好,因此,基因檢測如何搭配專業的遺傳諮詢系統,以及法規如何在科學發展與個資保護之間取得平衡,將是下一個基因時代的挑戰。

更多內容,請見「科技魅癮」:https://charmingscitech.pse.is/3q66cw

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科技魅癮_96
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《科技魅癮》的前身為1973年初登場的《科學發展》月刊,每期都精選1個國際關注的科技議題,邀請1位國內資深學者擔任客座編輯,並訪談多位來自相關領域的科研菁英,探討該領域在臺灣及全球的研發現況及未來發展,盼可藉此增進國內研發能量。 擋不住的魅力,戒不了的讀癮,盡在《科技魅癮》