麥斯可皮洛（Mashco-Piro）族真的是「與世隔絕」嗎？

本文與 TRPMA 台灣研發型生技新藥發展協會合作，泛科學企劃執行

如果把癌細胞比喻成身體裡的頭號通緝犯，那誰來負責逮捕？

許多人第一時間想到的，可能是化療、放療這些外來的「賞金獵人」。但其實，我們體內早就駐紮著一支最強的警察部隊「免疫系統」。

既然「免疫系統」的警力這麼堅強，為什麼癌症還是屢屢得逞？關鍵就在於：癌細胞是偽裝高手。有的會偽造「良民證」，騙過免疫系統的菁英部隊；更厲害的，甚至能直接掛上「免查通行證」，讓負責巡邏的免疫細胞直接視而不見，大搖大擺地溜過。

過去，免疫檢查點抑制劑的問世，為癌症治療帶來突破性的進展，成功撕下癌細胞的偽裝，也讓不少患者重燃希望。不過，目前在某些癌症中，反應率仍只有兩到三成，顯示這條路還有優化的空間。

今天，我們要來聊的，就是科學家如何另闢蹊徑，找出那些連「通緝令」都發不出去的癌細胞。這個全新的免疫策略，會是破解癌症偽裝的新關鍵嗎？

免疫療法登場：從殺敵一千到精準出擊

在回答問題之前，我們先從人類對抗癌症的「治療演變」說起。

最早的「傳統化療」，就像威力強大的「七傷拳」，殺傷力高，但不分敵我，往往是殺敵一千、自損八百，副作用極大。接著出現的「標靶藥物」，則像能精準出招的「一陽指」，能直接點中癌細胞的「穴位」，大幅減少對健康細胞的傷害，副作用也小多了。但麻煩的是，癌細胞很會突變，用藥一段時間就容易產生抗藥性，這套點穴功夫也就漸漸失靈。

直到這個世紀，人類才終於領悟到：最強的武功，是驅動體內的「原力」，也就是「重新喚醒免疫系統」來對付癌症。這場關鍵轉折，也開啟了「癌症免疫療法」的新時代。

你可能不知道，就算在健康狀態下，平均每天還是會產生數千個癌細胞。而我們之所以安然無恙，全靠體內那套日夜巡邏的「免疫監測 (immunosurveillance)」機制，看到癌細胞就立刻清除。但，癌細胞之所以難纏，就在於它會發展出各種「免疫逃脫」策略。

免疫系統中，有一批受過嚴格訓練的菁英，叫做「T細胞」，他們是執行最終擊殺任務的霹靂小組。狡猾的癌細胞為了躲過追殺，會在自己身上掛出一張「偽良民證」，這個偽裝的學名，「程序性細胞死亡蛋白配體-1 (programmed death-ligand 1, PD-L1) 」，縮寫PD-L1。

當T細胞來盤查時，T細胞身上帶有一個具備煞車功能的「讀卡機」，叫做「程序性細胞死亡蛋白受體-1 (programmed cell death protein 1, PD-1) 」，簡稱 PD-1。當癌細胞的 PD-L1 跟 T細胞的 PD-1 對上時，就等於是在說：「嘿，自己人啦！別查我」，也就是腫瘤癌細胞會表現很多可抑制免疫 T 細胞活性的分子，這些分子能通過免疫 T 細胞的檢查哨，等於是通知免疫系統無需攻擊的訊號，因此 T 細胞就真的會被唬住，轉身離開且放棄攻擊。

這種免疫系統控制的樞紐機制就稱為「免疫檢查點 （immune checkpoints）」。而我們熟知的「免疫檢查點抑制劑」，作用就像是把那張「偽良民證」直接撕掉的藥物。良民證一失效，T細胞就能識破騙局、發現這是大壞蛋，重新發動攻擊！

目前免疫療法已成為晚期癌症患者心目中最後一根救命稻草，理由是他們的體能可能無法負荷化療帶來的副作用；標靶藥物雖然有效，不過在用藥一段期間後，終究會出現抗藥性；而「免疫檢查點抑制劑」卻有機會讓癌症獲得長期的控制。

由於免疫檢查點抑制劑是借著免疫系統的刀來殺死腫瘤，所以有著毒性較低並且治療耐受性較佳的優勢。對免疫檢查點抑制劑有治療反應的患者，也能獲得比起化療更長的存活期，以及較好的生活品質。

不過，儘管免疫檢查點抑制劑改寫了治癌戰局，這些年下來，卻仍有些問題。

CD47來救？揭開癌細胞的「免死金牌」機制

「免疫檢查點抑制劑」雖然帶來治療突破，但還是有不少挑戰。

首先，是藥費昂貴。 雖然在台灣，健保於 2019 年後已有條件給付，但對多數人仍是沉重負擔。 第二，也是最關鍵的，單獨使用時，它的治療反應率並不高。在許多情況下，大約只有 2成到3成的患者有效。

換句話說，仍有七到八成的患者可能看不到預期的效果，而且治療反應又比較慢，必須等 2 至 3 個月才能看出端倪。對患者來說，這種「沒把握、又得等」的療程，心理壓力自然不小。

為什麼會這樣？很簡單，因為這個方法的前提是，癌細胞得用「偽良民證」這一招才有效。但如果癌細胞根本不屑玩這一套呢？

想像一下，整套免疫系統抓壞人的流程，其實是這樣運作的：當癌細胞自然死亡，或被初步攻擊後，會留下些許「屍塊渣渣」——也就是抗原。這時，體內負責巡邏兼清理的「巨噬細胞」就會出動，把這些渣渣撿起來、分析特徵。比方說，它發現犯人都戴著一頂「大草帽」。

接著，巨噬細胞會把這個特徵，發布成「通緝令」，交給其他免疫細胞，並進一步訓練剛剛提到的菁英霹靂小組─T細胞。T細胞學會辨認「大草帽」，就能出發去精準獵殺所有戴著草帽的癌細胞。

而PD-1/PD-L1 的偽裝術，是發生在最後一步：T 細胞正準備動手時，癌細胞突然高喊：「我是好人啊！」，來騙過 T 細胞。

但問題若出在第一步呢？如果第一關，巡邏的警察「巨噬細胞」就完全沒有察覺這些屍塊有問題，根本沒發通緝令呢？

這正是更高竿的癌細胞採用的策略：它們在細胞表面大量表現一種叫做「 CD47 」的蛋白質。這個 CD47 分子，就像一張寫著「自己人，別吃我！」的免死金牌，它會跟巨噬細胞上的接收器─訊號調節蛋白α (Signal regulatory protein α，SIRPα) 結合。當巨噬細胞一看到這訊號，大腦就會自動判斷：「喔，這是正常細胞，跳過。」

結果會怎樣？巨噬細胞從頭到尾毫無動作，癌細胞就大搖大擺地走過警察面前，連罪犯「戴草帽」的通緝令都沒被發布，T 細胞自然也就毫無頭緒要出動！

這就是為什麼只阻斷 PD-L1 的藥物反應率有限。因為在許多案例中，癌細胞連進到「被追殺」的階段都沒有！

為了解決這個問題，科學家把目標轉向了這面「免死金牌」，開始開發能阻斷 CD47 的生物藥。但開發 CD47 藥物的這條路，可說是一波三折。

不只精準殺敵，更不能誤傷友軍

研發抗癌新藥，就像打造一把神兵利器，太強、太弱都不行！

第一代 CD47 藥物，就是威力太強的例子。第一代藥物是強效的「單株抗體」，你可以想像是超強力膠帶，直接把癌細胞表面的「免死金牌」CD47 封死。同時，這個膠帶尾端還有一段蛋白質IgG-Fc，這段蛋白質可以和免疫細胞上的Fc受體結合。就像插上一面「快來吃我」的小旗子，吸引巨噬細胞前來吞噬。

問題來了！CD47 不只存在於癌細胞，全身上下的正常細胞，尤其是紅血球，也有 CD47 作為自我保護的訊號。結果，第一代藥物這種「見 CD47 就封」的策略，完全不分敵我，導致巨噬細胞連紅血球也一起攻擊，造成嚴重的貧血問題。

這問題影響可不小，導致一些備受矚目的藥物，例如美國製藥公司吉立亞醫藥（Gilead）的明星藥物 magrolimab，在2024年2月宣布停止開發。它原本是預期用來治療急性骨髓性白血病（AML）的單株抗體藥物。

太猛不行，那第二代藥物就改弱一點。科學家不再用強效抗體，而是改用「融合蛋白」，也就是巨噬細胞身上接收器 SIRPα 的一部分。它一樣會去佔住 CD47 的位置，但結合力比較弱，特別是跟紅血球的 CD47 結合力，只有 1% 左右，安全性明顯提升。

像是輝瑞在 2021 年就砸下 22.6 億美元，收購生技公司 Trillium Therapeutics 來開發這類藥物。Trillium 使用的是名為 TTI-621 和 TTI-622 的兩種融合蛋白，可以阻斷 CD47 的反應位置。但在輝瑞2025年4月29號公布最新的研發進度報告上，TTI-621 已經悄悄消失。已經進到二期研究的TTI-622，則是在6月29號，研究狀態被改為「已終止」。原因是「無法招募到計畫數量的受試者」。

但第二代也有個弱點：為了安全，它對癌細胞 CD47 的結合力，也跟著變弱了，導致藥效不如預期。

於是，第三代藥物的目標誕生了：能不能打造一個只對癌細胞有超強結合力，但對紅血球幾乎沒反應的「完美武器」？

為了找出這種神兵利器，科學家們搬出了超炫的篩選工具：噬菌體（Phage），一種專門感染細菌的病毒。別緊張，不是要把病毒打進體內！而是把它當成一個龐大的「鑰匙資料庫」。

科學家可以透過基因改造，再加上AI的協助，就可以快速製造出數億、數十億種表面蛋白質結構都略有不同的噬菌體模型。然後，就開始配對流程：

1. 先把這些長像各異的「鑰匙」全部拿去試開「紅血球」這把鎖，能打開的通通淘汰！
   
2. 剩下的再去試開「癌細胞」的鎖，從中挑出結合最強、最精準的那一把「神鑰」！

接著，就是把這把「神鑰」的結構複製下來，大量生產。可能會從噬菌體上切下來，或是定序入選噬菌體的基因，找出最佳序列。再將這段序列，放入其他表達載體中，例如細菌或是哺乳動物細胞中來生產蛋白質。最後再接上一段能號召免疫系統來攻擊的「標籤蛋白 IgG-Fc」，就大功告成了！

目前這領域的領頭羊之一，是美國的 ALX Oncology，他們的產品 Evorpacept 已完成二期臨床試驗。但他們的標籤蛋白使用的是 IgG1，對巨噬細胞的吸引力較弱，需要搭配其他藥物聯合使用。

而另一個值得關注的，是總部在台北的漢康生技。他們利用噬菌體平台，從上億個可能性中，篩選出了理想的融合蛋白 HCB101。同時，他們選擇的標籤蛋白 IgG4，是巨噬細胞比較「感興趣」的類型，理論上能更有效地觸發吞噬作用。在臨床一期試驗中，就展現了單獨用藥也能讓腫瘤顯著縮小的效果以及高劑量對腫瘤產生腫瘤顯著部分縮小效果。因為它結合了前幾代藥物的優點，有人稱之為「第 3.5 代」藥物。

除此之外，還有漢康生技的FBDB平台技術，這項技術可以將多個融合蛋白「串」在一起。例如，把能攻擊 CD47、PD-L1、甚至能調整腫瘤微環境、活化巨噬細胞與T細胞的融合蛋白接在一起。讓這些武器達成 1+1+1 遠大於 3 的超倍攻擊效果，多管齊下攻擊腫瘤細胞。

結語

從撕掉「偽良民證」的 PD-L1 抑制劑，到破解「免死金牌」的 CD47 藥物，再到利用 AI 和噬菌體平台，設計出越來越精準的千里追魂香。 

對我們來說，最棒的好消息，莫過於這些免疫療法，從沒有停下改進的腳步。科學家們正一步步克服反應率不足、副作用等等的缺點。這些努力，都為癌症的「長期控制」甚至「治癒」，帶來了更多的希望。

有些故事代代相傳之下，經歷非常漫長的時光。過去很久以後，五百年、三千年或一萬年，都已經是「很久很久以前」，難以判斷到底多久。2023 年發表的一項研究認為，澳洲南方的塔斯馬尼亞島，有個故事似乎能追溯到超過一萬年前。

塔斯馬尼亞的祖傳故事

大英帝國的調查隊抵達塔斯馬尼亞初期，估計島上約六千到八千位居民；原住民們統稱為「palawa」，不過又能分成多個有所區別的族群。英國人在公元 1803 年建立第一個殖民地，然後，不意外地起爭議。

走訪塔斯馬尼亞各地，留下許多紀錄的英國人魯賓遜先生（George Augustus Robinson）。圖／參考資料3

殖民者與原住民的衝突加劇後，1823 到 1832 年間導致約兩百位殖民者及九百位原住民身亡。有些英國人希望能和平解決問題，最終勸誘加上強迫，1829 到 1835 年間將島上的原住民，都成功遷移到位於塔斯馬尼亞和澳洲之間，巴斯海峽的弗林德斯島（Flinders）。

英國人認為這是一次「友善」的轉移任務。以當時狀況而言，確實算是相對和平的收場，但是慘遭強制搬遷的原住民依然損失慘重，人口以外，他們脫離原本的家園「Lutruwita」，文化、語言幾乎喪失殆盡。

遷徙計畫中，英國人魯賓遜先生（George Augustus Robinson）可謂關鍵角色。他走訪塔斯馬尼亞各地，說服原住民搬家，也對當地風俗文化非常好奇，留下大量紀錄。

這些 1830 年代的紀錄，就像塔斯馬尼亞傳統文化的切片。後來有些原住民重返塔斯馬尼亞，試圖擺脫殖民時，英國殖民者當初搜集原汁原味的資料，也成為重建傳統的材料之一。

魯賓遜等人搜集的紀錄來自多位原住民的說法，其中一個故事相當費解，至少當年魯賓遜無法理解，新問世的論文總算揭開奧秘。

情節湊不上，是因為發生在太久之前

祖先的遷徙故事，提到他們來自一片大陸；後來大陸被海水淹沒，當時岸邊附近有冰山漂浮。那時望向南方的天空，可以見到一顆很亮的星。

塔斯馬尼亞與澳洲之間的地形。兩地之間原本存在陸橋，海水上升後形成巴斯海峽。圖／參考資料1

塔斯馬尼亞原住民一代一代仰望星空，也建立一些自己的天文學知識，被魯賓遜忠實收錄。那顆南方大星星卻令人費解，因為星空中根本沒有符合描述的那顆星。最可能的對象是老人星（Canopus），也稱為船底座α（α Carinae）。

星空中最亮的是天狼星，第二就是老人星，顯然它非常顯眼，可是位置明顯有差。是原住民唬爛，還是魯賓遜唬爛，或是魯賓遜紀錄錯誤呢？新的分析指出，他們都是正確的，因為一萬兩千年前的星空，老人星確實處於故事中的那個位置。

首先，故事提到祖先前來的道路被大海淹沒，冰山在岸邊漂浮。對照現代科學知識，能輕易推論這講的是冰河時期結束，海平面上升，淹沒澳洲與塔斯馬尼亞之間的陸橋，形成巴斯海峽，讓塔斯馬尼亞成為一個四面環海的島。

接著是星空為什麼不同？從地球表面仰望夜空，星星的分布位置會由於「歲差」緩慢改變。回溯調整成一萬多年前的星空，老人星的確就在那兒。

地表很多位置都能見到南方明亮的老人星，不同民族、文化各有自己的想像。台灣人即使沒有親眼注意過，也肯定知道老人星，因為這就是福祿壽中的「壽星」，形象化叫作南極仙翁。

有趣的是，中文名字叫老人星，英文名字 Canopus 則來自特洛伊戰爭傳說中的一位年輕人，他是航海家，後來不幸在埃及被毒蛇咬死……所以中國想像這顆星是老人，歐洲卻想像是年輕小夥。

回溯塔斯馬尼亞 1831 年 8 月 1 日，凌晨 5 點時的星空。圖／參考資料1

難以理解的時候，先忠實紀錄

考慮到魯賓遜紀錄的日期是 1830 年代，更加深故事的真實感，因為當時英國人還不知道「冰河時期結束導致海面上升」。阿加西（Louis Agassiz）首度宣稱冰川歷史的想法要等到 1837 年，更多年後取得較多支持，十九世紀後期才廣為人知。

魯賓遜等歐洲人對聽到的故事內容難以理解，他們或許會聯想到聖經的大洪水，但是完全想像不到冰河時期。所以這些內容，大概更能免於印象或偏好影響，反映忠實的紀錄。

據此推敲，塔斯馬尼亞祖傳故事講的是：「大約 1.2 萬年前海水上升之際，明亮的老人星在那個位置」。如果推論正確，這便是傳承 1.2 萬年的口述歷史，堪稱全人類罕見的文化遺產。

有人或許會好奇，一些研究認為早在四萬年前，已經有人穿過澳洲，抵達塔斯馬尼亞。可是島上原住民的祖先故事，卻是一萬多年前？

我想可能是因為，記憶對於愈久遠的事情常常會愈壓縮，把更早發生的事情疊加到比較近期，印象很深的事件中。或許原住民的祖先很早就過去，但是海水上升淹沒陸橋令人印象太過深刻，就變成故事的素材。

另一件啟示是，世界上不知道的事情太多了，當你不太理解聽到什麼的時候，不要試著腦補，就照聽到的忠實紀錄下來！

延伸閱讀

• 短篇 比文學更古老的重金屬故事
• 手指彩虹會發生不好的事？——白樂思的最後研究「彩虹禁忌」
• 過了一萬年，如何仍能讓這些原住民認祖歸宗？
• 遺傳學怎麼協助澳洲原住民，尋回失竊的一代？

參考資料

1. Hamacher, D., Nunn, P., Gantevoort, M., Taylor, R., Lehman, G., Law, K. H. A., & Miles, M. (2023). The archaeology of orality: Dating Tasmanian Aboriginal oral traditions to the Late Pleistocene. Journal of Archaeological Science, 105819.
2. Rising seas and a great southern star: Aboriginal oral traditions stretch back more than 12,000 years
3. GEORGE AUGUSTUS ROBINSON
4. 老人星名字來源神話人物 Canopus 維基百科

本文亦刊載於作者部落格《盲眼的尼安德塔石匠》暨其 facebook 同名專頁。

本文轉載自中央研究院「研之有物」，為「中研院廣告」

• 採訪撰文｜黃楷元
• 責任編輯｜田偲妤
• 美術設計｜蔡宛潔

麻豆港的歷史

臺灣四面環海，整座島的過去、現在與未來，都與海洋息息相關，而港口正是海洋與陸地間的樞紐，許多故事都由此而起。臺南麻豆曾緊鄰倒風內海，擁有一座貿易興盛的內海河港「麻豆港」，也是西拉雅族最強部落「麻豆社」的居住地。四百年來滄海變桑田，當地的人文環境又發生哪些變化？中央研究院「研之有物」專訪院內臺灣史研究所林玉茹研究員，從港口走入臺灣史，揭開一段原住民與漢人勢力興衰交替的故事。

聽到「麻豆」這個地名，絕大多數的臺灣人腦中浮現的畫面應該是香甜多汁的文旦柚。有「柚鄉」美名的臺南麻豆，目前文旦栽種面積達到 800 公頃，說整個麻豆就是一座大果園也不為過。

不過麻豆蔚為文旦果園只是近三百年的事，在有人類活動的悠久歷史中，讓麻豆躍上世界舞台的其實是其「港口」角色。

奇怪！麻豆明明距離海邊有 30 公里遠，怎麼會有港口？這就不能不佩服造物者的力量，真能讓滄海變桑田。

走訪位在麻豆東北角的「水堀頭」遺址，可以看到一座三合土（由糖水、糯米汁、牡蠣殼灰加沙混合成的建材）遺構，這塊約 10 公尺長、看起來像是坡道的結構，究竟是水利設施、墓道還是碼頭，曾經是學界爭論許久的公案。

直到 2002 年，一次歷史學和考古學的共同研究，終於正式解開謎團。現任中研院臺灣史研究所林玉茹研究員，與國立成功大學考古學研究所劉益昌教授合作，經過層層抽絲剝繭，終於證實三合土是碼頭遺構，水堀頭就是曾經的「麻豆港」。

「距今 4,000 至 3,500 年前，海水曾內侵到麻豆、佳里、善化一帶，在清代，這裡被稱為『倒風內海』，船隻可以通行、貿易。」林玉茹表示，「臺灣西部海岸是離水海岸地形，容易形成海埔新生地。清康熙中葉後，漢人進駐臺南地區，又積極把潟湖圍墾成魚塭或鹽田，是倒風內海逐漸陸化的主因之一。」

林玉茹是研究清代臺灣史、海洋史的專家，麻豆這個地方的「前世今生」引起她的高度興趣。除了自然地貌的海陸更迭外，更讓她一頭栽入研究的，其實是這裡的人文變遷。

在經濟上，港口是帶動城市發展的火車頭；在文化上，港口則是一扇看見外面的窗。

港口所在地因為與外界連結，成為本地和外來文化的交匯點，更是理解多元文化互動變遷的重要依據。而麻豆的水堀頭遺址雖然現在已位居內陸，卻保有臺灣碩果僅存的清代內海河港遺構，讓麻豆港與其周遭歷史得以重見天日。

林玉茹的研究剖析了麻豆港自 17 世紀荷蘭時期到 19 世紀清治時期的歷史（1624-1895 年），揭開一段原住民與漢人勢力興衰交替的故事。

守護部落文化的殖民者

最先居住在麻豆這塊土地的「麻豆社」，是西拉雅族四大社之一，也是臺灣西南平原最強大的部落。推測早從 14 世紀起，麻豆社人便開始與漢人進行零星貿易，以鹿皮、鹿肉、魚及藤等物產與漢人交易布、鹽、瓷器、銅簪、瑪瑙等奢侈品。但到了 17 世紀，西方強權開始把手伸向亞太地區，也改變了麻豆社的命運。

荷蘭人為了與葡萄牙、西班牙競爭海上霸權，1624 年在大員（今臺南安平一帶）建立了政權，同時作為國際貿易的據點。麻豆港位於大員北邊的倒風內海內，是麻豆社的對外出入口，因港口條件佳、又佔據重要航道，面對侵門踏戶的荷蘭人，很難不起衝突。

1635 年起，麻豆社在內的西拉雅族四大社逐一被荷蘭人征服，麻豆港也被納入大員的貿易體系，從事與大員、打狗、堯港等地的區間貿易。

林玉茹從文獻中觀察到，荷蘭人雖然為了擴大殖民利益，積極招攬漢人來臺開墾，但土地所有權仍然歸原住民所有。1644 年後，更在秩序及貿易利益最大化的考量下，選擇以「隔離政策」來治理這塊區域，一方面減少爭端、一方面也讓交易及稅賦更加透明。漢人除了做生意之外，勢力無法直接伸入麻豆社領域。

接續荷蘭人治理南臺灣的鄭氏政權，也在這個基調下維持「荷規鄭隨」，例如鄭成功的軍屯政策主要開墾無主地，遇到明確歸屬原住民的土地則避開。林玉茹認為，「雖然荷蘭和鄭氏的統治讓麻豆社失去部分主導權，但他們的管理卻也相當程度地保護了部落的土地與文化，不被漢人勢力快速入侵。」

這段期間，在麻豆港居主導地位的仍然是麻豆社人，不過在貿易和互動中，漢人仍然對原住民帶來了影響，例如引進甘蔗、藍靛等新經濟作物。

麻豆社原住民的兩難——要漢化，還是要遷徙？

然而，到了清康熙 23 年（1684 年），原住民與漢人隔離的景況隨著鄭氏政權一起告終。清朝把臺灣納入版圖後，對於漢人的開墾採取相對放任的態度，漢人移民開始大舉登臺，海上貿易也更加興盛。

漢人不只可以用租佃的方式耕作原住民的土地，更開始透過買賣取得土地所有權。林玉茹爬梳清代留下來的「地契」，觀察到漢人逐漸蠶食原住民勢力範圍的跡證。到了清乾隆、嘉慶年間，漢人土地鄰接原住民田園的情況已相當普遍，甚至出現原住民反過來向漢人購買土地的逆向操作。

在國家政策和漢人勢力的進逼下，原本壯盛的麻豆社，面臨兩種命運：漢化或遷徙。

林玉茹進一步指出麻豆社式微的原因，起因於麻豆社從清康熙中葉以來，先後被徵召參與平亂戰役，或是被課徵勞役、番餉，勢力明顯衰微，此消彼長之下，漢人逐漸取得麻豆這塊地區的主導權。

清乾隆中葉（約 1755 年後），漢人的街庄「麻豆保」以麻豆街為中心成立，稱得上是兩方勢力交替的重要指標事件。現存的三合土遺構可能就是在此時期由漢人所興建。麻豆港在此時仍然繁榮，只是主角換成了漢人，值得注意的是，當中包括「隱身為漢人」的原住民，許多改姓氏為「陳」，也接受漢人的宗教信仰。

從麻豆文衡殿（武廟）保存的紀念碑文可知，原住民改信奉漢人的關聖帝君，更參與捐款修廟事宜。特別的是，漢人如使用原住民土地，需繳香油錢給文衡殿，曾有漢人因侵占原住民土地又不繳錢而鬧出糾紛，在官府的仲裁調停下，最終在文衡殿立下「貼納武廟香燈漢番和睦示告碑」以示和解。

這種族群勢力的消長變遷，是林玉茹從文獻多方考察、彙整大量線索建構出的軌跡。除了從地契看出土地所有權轉移的歷程外，地圖的標註也是證據之一。

清乾隆末期，「麻豆社」已從臺灣輿圖消失，取而代之的是漢人建立的「麻豆保二十庄」。其他像是地方志中，對於生活型態、商業活動、公共事務等的描述，也都可以看到蛛絲馬跡。

成為全臺少見的「街村與農村」合成聚落

時間來到 19 世紀，「滄海變桑田」的結局終於登場。水文環境的自然變化，加上居民的屯墾，麻豆地區的港道日益淤塞，至清道光末年，文獻上已無麻豆港的紀錄。

但麻豆市街卻沒有因為港口的消失而沒落，由於地處樞紐、物產豐饒，仍是非常繁榮的交易集散地。一些麻豆地方仕紳靠著「蔗糖」生意，躍升富豪階級。

林玉茹發現，從文獻對於市街的描述看來，這時的麻豆已成為漢人地盤。例如清代文人丁紹儀在《東瀛識略》中這麼描述眼中的麻豆：

均雜處民間，存番無幾；往昔番廬胥成村市，舊社無從跡矣。

儘管原住民的身影已從麻豆的畫面中淡出，但他們留下的生活印記，仍然決定著這座城鎮的風景。

過去麻豆社的聚落是以「檳榔宅」為主體的農村格局，擅長園藝的麻豆社人，會在屋舍四周種植檳榔樹或文旦、龍眼等果樹，形成單一住宅面積廣大、卻又宅宅相連的結構，是兼具「集居」與「散居」特色的超大規模農業聚落。

後來漢人在開發過程中，順應原本的檳榔宅聚落格局，又在商業活動的發展下，另外形成了漢人風格的市街。兩者疊加之後，麻豆就形成了全臺少有、別具特色的「街村與農村合成聚落」。

這樣的城鎮風貌可以說是原住民與漢人勢力興衰、相互涵化的最佳例證。

說出臺灣的故事，是林玉茹的終身志業！

雖然林玉茹是海洋史學家，但她自揭，海洋並不存在她的兒時記憶中。林玉茹在臺南歸仁長大，從小沒看過海，直到去臺東讀師專後，才有機會近距離接觸大海。

海對我而言，是神秘的！港口可以通往哪裡？彼岸有什麼在等著我？這種充滿冒險的氣味，令人非常著迷！

林玉茹自幼課業成績優良，因家境因素考量，最後選擇就讀師專。到臺東讀書後，彷彿掙脫了一身束縛，終於不再被升學壓力綑綁，而是出於對知識的熱愛而學習。

「那時候想繼續唸書，但因為一邊在國小教書，必須選擇夜間部。在師大沒有夜間部的情況下，我只能選擇臺大。在臺大歷史系讀了兩年後，我做了一個當時看起來很不自量力的決定──挑戰研究所！」

林玉茹笑說，感謝師長和同儕的鼓勵，讓她有勇氣成為第一個「越級打怪」考上臺大歷史研究所的夜間部學生。這位熱愛知識的國小老師，就從臺大歷史所開啟了學術研究之路。

1990 年，臺灣本土化運動方興未艾，攻讀碩士第一年的林玉茹就決定選擇臺灣史作為研究志業。「所謂的終生志業是，你即使到老了、到要走入棺材的時候，都還對那個工作有興趣。學術研究對我來講就有這樣的意義，它沒有退休的一天。」

身為臺灣史研究者，林玉茹認為說出屬於這塊土地的「故事」至關重要。學術殿堂縱然迷人，但歷史作為這塊島嶼的血脈，還是必須轉化為大眾可以理解並共感的知識。

「我是臺南人，麻豆也算半個故鄉。四百年來，這塊土地上的人群怎麼在大海的懷抱中，彼此競逐、興衰更迭，與世界連結，透過我的研究能說出這些故事，讓人們的存在更加有血有肉、鮮明真實，就是作為學者最大的成就感！」