一、緣起–衝突中尋找共識
以水族活體展示為主的博物館最常為保育團體所詬病的是，將生物禁錮在有限狹窄的空間內供人觀賞，讓牠們失去自由，無法在自然的棲地中活得自在過得逍遙，這的確是目前水族館無可否認的窘境。而海洋生物們若像人一樣有自由意願，相信更有千百個不願意離開海洋被人捕捉來做展示用，甚至有些被當作桌上的美食佳餚，滿足人類的口慾之腹。
海洋保育意識的覺醒取決於正確的認知，保育行動的落實則植基在情感上的感動。然而並非所有人都能幸運在野外觀賞到野生動物之美，就算是屈就自然生態的規律，挑選野生動物最容易出現的時機，前往野生動物經常出沒之地點，也未必就可以百分之百與野生動物相遇，何況野生動物的行為也無法確實掌控，增添野外觀賞的風險。更何況有些蠻荒地區充滿危險，並非人類輕易所能抵達，在缺乏深度的認識與瞭解的狀況之下，往往讓人們無法對於自然生態保育的運動產生共鳴，遑論會有任何支持自然保育的行為。就水族館立場而言，水族館的生態展示卻可在安全無虞之下，提供了人們一個認識水生動物的視窗，讓社會大眾近距離接觸自然界生命的機會，並藉由教育解說活動，讓遊客欣賞生物奧妙之處，在觀眾感嘆之餘，藉此同步推動生態保育的觀念與想法，如此才能引發人們產生關懷之心，進而支持保育的行動。簡單來說，引進動物於人類環境中進行展示在目前來說有其必要性與教育性。
雖然各方的觀點都有其立論之道，然這樣是非的爭議卻也源自於各方都從單一立場與觀點來分析解剖事理，猶如瞎子摸象一般，都只看到真理大象的一部分，並無法探索全部的真理，因而產生「公說公有理 婆說婆有理」的狀況，而這樣的是非爭議也永無終止之日。究其所以，其實可以看出在衝突之間彼此的共識就是—尊重生命，重視海洋生物生態的保育。
二、海洋保育是水族館無可懈怠的使命
近年來，以生物活體展示為主的水族館無不肩負自然生態保育的使命，除了提昇社會大眾認知的展示與教育功能之外，也逐漸由只重視展示珍奇異獸改為整體生態環境的呈現，並將牢籠方式的展示改為模擬生物所棲自然環境的生態展示，並透過各種方式積極參與各項保育工作，這也是水族館長期以來不曾懈怠的使命。因此，除了展示各種海洋生態系之外，透過教育活動讓民眾瞭解海洋生態的奧秘與重要性，以引起社會大眾對林林總總海洋生物的認識瞭解，水族館更將海洋生物養殖與繁殖的技術以及水生生態系的專業知識，直接或間接應用在自然界的多項保育工作，讓保育工作範圍不僅侷限在館內，反而是以館為一個圓的中心點，畫出以關懷自然環境為半徑的責任大圈，將海洋保育責任都囊括其中。
三、落難生物的中途之家
收容意外受傷的野生動物給予適當治療照顧，待其康復之後再予以野放，也是水族館無可推諉的保育工作項目之一，如擱淺受傷的鯨豚、非法走私的魚蝦貝類或是被漁網漁具割傷的海龜等等，這些都是水族館收容的對象；受傷的個體經過細心治療痊癒之後，隨即野放回大自然，畢竟大自然仍是野生動物最好的家。然當有些個體因為部份肢體傷重過度而慘遭截肢，已經喪失野外求生的基本能力，此時只能待在水族館內頤養天年了。例如館內就有一隻綠蠵龜；它就是因誤闖漁網而重傷，不得以將其前鰭截肢以保全其生命而成了「獨臂龜」。另外有一隻綠蠵龜則是自小就被人收養的標準「宅男龜」，從未出過水族館的大門，也沒有見過汪洋”大海”，只認得飼育人員，根本無法瞭解美麗大海中所隱藏的險惡，若貿然將其進行野外放生，反而是送羊入虎口的殘忍作法；因此當原飼養水族館吹熄燈號時，館方人員便商請本館加以收容照顧，以免變成無家可歸的流浪龜。雖然宅男龜體型碩大，卻個性溫和不怕生，喜愛與人接近，中心開放參觀後，一夕成名，目前是館方水族中心的最佳男主角，成為遊客後場參觀最吸晴的明星。牠將常住本館成為綠蠵龜的代言人，為自然界的親朋好友們站台發聲，善盡一份保育職責，直到終老為止。
另海關查獲不肖廠商所進口的保育類動物，亦是本館收容的流浪客之一。世界水域館中被商家視為招財進寶的紅龍，就是最佳的代表性物種。依據保育法的規定，凡屬於保育類生物皆嚴禁捕殺買賣。然若將其送回原棲息地，往往因路途遙遠，運輸過程中容易造成生物身心壓迫，恐造成二次傷害，所以最後只好就地安置在當地水族館內當長期的過客，移作為展示教育之用。像臺北市立動物園的兩棲爬蟲中心與屏東科技大學的大型野生動物（如紅毛猩猩）就是這些保育類生物的中途之家，未來這些生物進一步的歸途，可能成為科學研究的實驗動物；或是在適當時機野放回自然界；或經過動物交換，成為另一處活體生物展示館的貴客了。
四、研發海洋生物繁養技術利人利已
研發繁衍物種的技術並以復育生態系統的概念，將以人工方式生產出的個體，進行野放同步重建恢復遭受破壞的自然生態系，為水族館責無旁貸的使命。本館長年研發珊瑚礁魚類與珊瑚種類的繁殖技術，除可提供水族寵物市場需求之外，亦可維持本館展示品質的穩定，同時可減少對野外生物族群的捕捉需求，間接達到保育的功用，而最終的目標在於復育遭到人類破壞污染或是受天然災害的物種，包括其所棲息的生態系。更進一步能與其他水族館交換人工繁衍物種以豐富展示的內容，減少野外採集展示用物種，直接減少對自然界族群的傷害。如本館已掌握上百種的珊瑚繁殖技術，其中十幾種已經可以無性生殖技術在短期內大量迅速繁殖，另外十種以上的海水魚繁養技術亦逐漸成熟，未來對於珊瑚礁生態的復育與研究將會有所助益。
五、造假擬真 傳達保育真情–虛擬實境
海生館於2006年所興建完成的世界水域館中數位展示的設計理念深藏保育的意涵。四個展示主題中有三個都採用先進的電腦繪圖科技，搭配動作程式的運用，讓虛擬生物栩栩如生，若不加以仔細端詳，在虛擬生物出現的那一瞬間，遊客恍惚看到真實活體生物活靈活現一般出現在咫尺之間，不禁令人驚嘆。此一作法，充分發揮「假時真作，假亦真」的原理，讓遊客瞬間拋開理性的框架，追隨著感官的刺激，投入非理性的感性世界，遊歷其中，自娛「愚/娛」人，好不快活。
這樣大膽設計植基於對海洋保育的精神之上，此因並非所有的活體展示生物都能單由人工繁殖的方式取得，尤其是長得奇形怪狀的稀有珍奇生物更是緣木求魚，因此大都只能取之於自然界，這樣的作法就會對自然界的族群造成直接的傷害。但罕見物種卻常是水族館吸晴的明星物種，為影響票房收入的關鍵之一。因此若能藉由多媒體的影音資訊科技之利，模擬“創造”出虛擬的生物種類，藉此達到展示教育的效果，豈不也是間接地達到保護自然生態族群的效果嗎？
六、關心社會公共議題 為自然生態站台發聲
博物館是社會教育機構之一，破除社會大眾的迷思引導社會向上發展是責無旁貸的使命之一，這樣的定位讓博物館成為社會的意見領袖，在公認具有專業的權威形象之下，博物館的一言一行往往左右社會議題討論的方向，甚至未來發展的脈動。
歐洲許多歷史悠久的動物園對於所處城市的發展往往佔有舉足輕重的地位，動物園對公共議題的看法所傳達出的權威性，足以影響該城市都會更新政策的制定，撼動公共事件發展的走向與結論，由此可見其對公共議題的影響力。對於以生物生態保育為訴求的活體展示館（其中包括水族館、動植物園）能在國家發生自然保育的相關公共事件中挺身而出（如國光石化興建對海洋生態環境的衝擊情況），在不同團體以自身的立場提出各種說詞對話，當討論淪為眾說紛紜莫衷一的不明之際，當以專業為基礎提出正確完整的論述，使議題得以撥雲見日回歸本質，讓真理大象得以完整呈現，也是水族館推動自然保育的工作項目與責任之一。
在影音多媒體發達而資訊卻支離破碎的時代，當片斷事實被四處散佈，引發謠言到處亂竄，造成社會恐慌的狀態時，社教機構當應針對議題癥結，提出正確說明，破除謠言、指點迷津，讓社會重回和諧安祥的狀態，如此方能發揮社會燈塔的功能，引領社會大眾，共同為自然保育工作貢獻一份心力。
七、社區發展生態旅遊的導師與夥伴
協助社區發展向來是博物館敦親睦鄰政策，博物館應將所在地區與鄰近的社區視為共同為保育打拼的夥伴之一。就海洋保育觀點來看，運用博物館海洋專業知識與經驗，教導社區民眾在社區營造的過程中，融入守護海岸愛護海洋的觀念與方法，使其在日常生活中與推動海岸生態之旅時，更能有能力教育遊客海洋保育的概念並在遊玩休憩的過程中，謹守分寸、恪遵規則，以走過「只留下記憶、不留下痕跡」愛護自然的精神，達到寓教娛樂的效果。
透過博物館的教育活動進行知識分享，是延伸博物館影響力的有效方法。博物館專業人員所擁有的知識概念與實務經驗，更使其成為社區大學最佳的講師。在推動海洋生態解說工作，走入社區大學擔任解說員訓練的講師，將專業知識傳達給在地的居民與觀光業者，啟發其對海洋保育意識體認保育的重要性，並同時提供實務的經驗與技巧協助學員將所學落實生活與工作之中，以期能喚醒保育意識，共同協力在日常生活與週邊環境中，作為保育的尖兵，保護珍惜海洋。
八、結語–自然保育始於尊重生命
生命無高低貴賤之分，只是不同而已，萬物生而平等、自由自在，此乃千古不變的定律。古云：「存在必有其道理」。在侏儸紀公園的電影中，富豪妄想以基因科技掌控恐龍的生老病死，起初也獲得學者驚艷的讚許。乍看之下，似乎可以由此掌控恐龍族群的興衰滅亡，然而當男主角因事故逃亡躲避暴龍追擊時，赫然在森林中撞見數顆散佈在樹下剛孵化的恐龍蛋殼，而突然強烈感受到：任何生命都會想盡辦法掙脫環境桎梏，尋找自己命運的出口，以延續族群的繁衍。這也說明一種生命並無法完全掌控另外一種生命的發展。
大自然中的許多生命其實都是經年累月長期演化的結果，各有其特殊奇妙之處，也常不為人的微小智能所能理解。而身為引領社會多元發展火車頭的博物館（包括動物園），應當仁不讓，發揚尊重生命奇妙性的精神，利用各種有形無形的方式，聯合各種社團的力量，保護生物多樣性，擔任起保育的重責大任。
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