0

1
0

文字

分享

0
1
0

不只有懲罰、追回經費、撤稿,「學術造假事件」該如何更積極的處理?──《科學月刊》

科學月刊_96
・2018/05/19 ・3030字 ・閱讀時間約 6 分鐘 ・SR值 574 ・九年級
  • 蔡孟利/宜蘭大學生物機電工程學系特聘教授

2016 年底在著名的「出版後同儕審閱(post-publication peer review)」網站 PubPeer,陸續出現 60 餘篇內容有造假嫌疑的臺灣學者之論文於其上。

經歷 2017 的造假風坡,沒想到 2018又來了一次……。圖/wikipedia

2017 年 3 月 30 日臺灣教育部與科技部的調查結果共認定郭明良、張正琪、蘇振良等人的研究團隊於 2004~2016 年13 年間,共有 11 篇刊登在著名期刊上的論文造假。這些文章的共同作者還包括有當時的臺大校長楊泮池、中研院院士洪明奇、臺大醫院副院長林明燦以及臺大醫院內多位擔任過高階行政職的醫師。

沒想到事隔剛好一年,在 2018 年的 3 月 31 日,媒體揭露了美國俄亥俄州立大學的調查報告,確認中研院生化所的前所長陳慶士特聘研究員,他在 2006~2014 年於美國的任職的期間共有 8 篇論文造假。雖然陳慶士立即辭去了中研院特聘研究員的工作,不過中研院仍然對外宣稱將調查此人於臺灣任職期間的研究成果是否也有問題。

這兩起造假事件都重創了臺灣的學術信譽,讓其他眾多殷實工作的研究人員也蒙受群眾的異樣眼光。不過這樣的論文造假事件,並非是臺灣的特殊狀況。在 2016 年 6 月美國微生物學會的電子期刊mBio 出版的論文「生物醫學論文中不當複製圖像的普遍性(The Prevalence of Inappropriate Image Duplication in Biomedical Research Publications)」中,作者檢視了 1995~2014年間發表在幾本期刊上的2 萬餘篇論文,發現平均有 3.8%的文章出現了文內圖片與臺灣多篇論文一樣的造假情況。

造假事件後:懲罰、經費追回、撤搞,這樣就夠了嗎?

如何降低、修補造假論文對產業造成的傷害,也是處理的重點所在。圖/pixabay

然而每當一件論文造假案被揭發時,一般社會大眾甚或是不少學術界的人士所關注的焦點,通常只是在造假之人有沒有受到相值的懲罰、被虛擲的研究經費能不能被追回、已刊出的論文是否有撤稿而已(關於撤稿這點,臺灣的學術單位與官方則是毫不在意)。

但是對於學術研究和以學術成果為基礎所發展的各式產業來說,如何降低或修補這些造假論文所帶來的傷害,也是需要處理的重點所在。就像是黑心食品被發現上架販售了,該處理的事情不僅只是將製造者法辦而已,食品如何迅速下架、已經吃下了這些黑心食品的大眾之健康是否有受到影響,則是更應該受到關注的兩個事項。

但就學術界現在的運作實務來說,不管是調查發動程序的繁瑣與耗時、撤稿或警示問題論文的公告方式,以及問題論文所造成的損害之彌補與控管等,目前的做法均無法有效地抑遏造假論文的產生以及其危害的蔓延。

處理學術造假:如何加快處理時程?

實際上,由於人力的問題,光是要發現有嫌疑的論文就已經是個大問題。圖/pxhere

首先,光是要如何發現哪些論文有造假嫌疑,就是個大問題。

不管是期刊方面或是問題論文的任職單位,其調查的發動通常是非常被動的;雖然這些單位可以主動查察,但實務上大都是有人舉證告發了才會受理,因為這些單位不可能有足夠的人力與時間去進行大規模的查察作業。

現今「開放取用」(open access)的論文數量。圖/wikipedia

不過,現在我們可以利用資訊時代網路互聯的優勢來克服這些問題,例如,現在科學文獻的發行已經以電子期刊為主,特別是「開放取用(open access, OA)」越來越盛行之後,電子期刊更將成為科學文獻來源的主流。

因此,若能在每篇論文的網頁都仿造一些「開放取用」期刊的設計在文末附設討論區,甚至是更有效率的將諸如 PubPeer 這般專業的「出版後同儕審閱」之網頁內的相關內容也自動連結至該篇文章的討論區中,這樣期刊的編輯群就比較可能及時察覺問題論文之所在,而問題論文的讀者也可以從中得到即時的警示,自行判斷文獻的可信度。

過去問題論文需要經過很長時間的調查,圖/pixnio

當問題論文浮現後,接下來的關鍵則是問題論文的調查能否更快速進行?

近期在 PubPeer 所揭露有問題的文章,大部分均為圖表經過明顯的變造,包括切割圖像、剪貼翻轉、一圖兩用等,很容易就現有文章內容進行判斷是否造假。若這些粗糙的造假也要依以前之慣例請求作者任職的單位進行調查,那麼這些明顯造假的論文之確認時間將會被曠日廢時的行政程序拖延,徒增其危害蔓延的程度。

若再碰到像臺大造假案如此複雜的情況,由於有造假嫌疑的論文作者牽涉到該校校長與其他高階主管,在處理程序上的爭議將更大、時間上也會拖延更久。所以關於此類手法粗糙的論文造假事實之認定,各期刊的編輯委員群是否有可能跳過原作者單位的調查程序,逕行裁定文章的真偽:

若認定為可勘誤的無心之過則主動通知原作者;而認定為造假的文章則直接以撤稿處理?

如果能以此方式處理,就可以讓有問題的論文盡快下架,降低造假論文對科研實務的衝擊,避免研究人員引用錯誤的參考資料。而那些屬於作者群與經費提供單位內部的責任歸屬以及懲處問題,則可在真假確定後再由作者的原任職單位依其所在國家的法律追究。當然,如果造假的情況是比較「細緻」的,需要到詳細調查實驗細節甚至得重複實驗的狀況,就還是得回到原有的調查程序為之。

處理學術造假:如何週知科研社群?

當有問題的論文被確認之後,下一個問題是要如何週知科研社群。圖/pxhere

當問題論文的學術不端被確認之後,接下來一個更重要的課題則是:已被確認有問題的論文,要如何有效地廣泛週知科研社群?

目前對於需勘誤或者是撤稿的文章,通常只有公告在該期刊本身的網頁以及紙本出版物。近年來,雖然有如 Retraction Watch 這類的網站出現,但基本上,都仍是屬於消極的被動作為,若是研究者不主動去這些網頁或期刊查看,就無法得知哪些論文以及其作者造過假、勘過誤。這些有問題的論文很可能還會一直的被引用作為研究計畫研提與撰寫新論文時的參考資料。

因此,在網路技術發達的今天,各期刊出版社之間,是否能就已勘誤或撤稿的論文,建立起一個互相通報的系統,讓各期刊的編輯委員們,在審閱新投稿進來的論文時,對於投稿者的信譽(reputation)能有個客觀的參考依據,也對於新稿件中所引用的文獻之可信度,能夠更準確的判斷。

此外,這些已勘誤或撤稿的論文,是否也能夠在公告的當下,同時將資訊主動傳給曾經引用這些問題文章為參考文獻的其他論文作者或是專利的發明者,讓他們能夠及時評估這些文獻對於其研究所造成的傷害程度並避免繼續誤用下去。

隨著研究資源的日益緊縮但發表管道卻不斷增加之現實狀況,從事學術研究的工作者面臨了比以前更殘酷的發表壓力。因此可以預見的是,未來學術不端的事情不會消失,而且會越來越嚴重。從最近臺灣所面臨的這兩場學術造假風波之經驗顯示,論文造假事件的處理已經到了必須尋找更迅速、更有效的方法才能對抗的時候了;這不只是臺灣的課題,也是全世界科研界的共同課題。

 

〈本文選自《科學月刊》2018 年 5 月號〉

什麼?!你還不知道《科學月刊》,我們48歲囉!

入不惑之年還是可以當個科青

 

 

文章難易度
科學月刊_96
216 篇文章 ・ 1246 位粉絲
非營利性質的《科學月刊》創刊於1970年,自創刊以來始終致力於科學普及工作;我們相信,提供一份正確而完整的科學知識,就是回饋給讀者最好的品質保證。


0

4
0

文字

分享

0
4
0

江山代有 B 肝出,各領風騷數千年—— B 型肝炎病毒的萬年演化史

寒波_96
・2021/10/22 ・4398字 ・閱讀時間約 9 分鐘

B 型肝炎是台灣很熟悉的傳染病,主要藉由血液、體液的交流傳染。它的歷史非常久遠,在世界各地普遍存在。新發表的論文報告:超過一萬年的人類遺骸中,已經能見到 B 型肝炎病毒(Hepatitis B virus,簡稱 HBV);各款遺傳品系萬年來起了又落,可謂各領風騷數千年。

古代 DNA 的研究,技術已經進步到可以由遺骸或環境樣本,定序裡頭所有的 DNA 片段。例如取自人類牙齒的樣本,定序不只能獲得人類的 DNA,也可能捕獲當事人生前口腔中的微生物。所以同一份樣本被定序後,可以進行不同目的之探索。

論文的 B 型肝炎病毒取樣地點、年代。A 為歐亞大陸的古代樣本,B 為美洲的古代樣本,C 為現代各地流行的基因型分布狀況。圖/參考資料 1

和人類一起移民美洲,獨立發展的 B 肝病毒

B 肝病毒以 DNA 為遺傳物質,被感染的人去世後,病毒的 DNA 可能保留在死人骨頭、牙齒中,因此有機會被偵測到。新問世的論文搜尋資料庫,在世界各地 137 個古代樣本中,偵測到 B 肝病毒的存在。

這批古代 B 肝病毒,年代介於距今 400 到 10500 年前,絕大部份位於歐亞大陸西部和美洲。將各款病毒擺在一起畫演化樹,美洲的古代病毒自成一群,和歐亞大陸的同類平行發展。

一直到數百年前歐洲人殖民以前,美洲的 B 肝病毒都自成一群,最古老的樣本距今約 9000 年,位於安地斯高地的 Cuncaicha 岩蔭遺址(CUN002)。

如今的 B 肝病毒被分為 10 種基因型,稱為 A 到 J 型。美洲流行的 H 型、F 型(genotype H、genotype F),便是這群病毒流傳至今的後裔。

現代、古代的 B 型肝炎病毒擺在一塊,畫出的演化樹。這兒估計的分家年代,相對比較晚。圖/參考資料 1

B 肝病毒的主要宿主是人類,大部分傳播會跟著人走。(北極區以外)美洲原住民的祖先從亞洲移民到美洲後,長期獨立發展,和其他地區缺乏交流。而美洲居民的 B 肝病毒也獨立演化超過一萬年,和人類遷徙、分家的狀況一致。

B 肝病毒在哪兒起源,有多資深?

美洲和歐亞大陸的 B 肝病毒,在什麼時候分家?論文對此不敢給出肯定的答案,也許是一萬多年前,也可能較接近兩萬年前。不過再怎麼說,都比智人祖先離開非洲的年代,要更晚許久。

過去有學者認為,B 肝病毒的歷史能追溯到數萬年前,智人離開非洲的時候。一大證據來自澳洲原住民感染的 C4 亞型(subgenotype C4),和同類分家 5 萬年之久。

但是這回估計 C4 資歷應該不超過 4500 年,遠遠比人類移民抵達澳洲的年代更遲。由此推論,C4 很可能是後來才抵達澳洲的。

根據現有資訊推敲,B 肝病毒的共同祖先頂多處於 2 萬年前。但是更早以前是否已經存在,卻在歷史洪流中失傳呢?目前無法判斷,需要更多樣本才能釐清。

傳染病同類的不同品系間競爭激烈,若是新秀徹底取代老將並不意外。B 肝病毒在歐洲一萬年來的發展史,便是鮮明的興替實例。

歐亞大陸西部不同年代,B 肝病毒的品系存在感,以及其演化關係。圖/參考資料 1

歐亞大陸西部,延續四千年的上古霸權

137 個樣本,大部分位於歐亞大陸西部,可以看出比較詳細的端倪。簡單說:江山代有病毒出,各領風騷數千年。

距今 9000 到 11000 年前,歐洲一帶有 2 款遺傳品系;隨後的 7500 到 9000 年前,其中一款完全消失(Mesolithic 1,下圖左紅色),只剩另外一款(Mesolithic 2,下圖紫色),最早出現在高加索北部,接著在歐洲各處,缺乏農業,不定居的採集狩獵族群中廣傳。

距今 7500 到 11000 年前之間,歐亞大陸西部的 B 肝病毒型號分佈。圖/參考資料 1

接下來四千年,也就是距今 3500 到 7500 年前,歐洲和中東幾乎完全被另一群病毒佔領(WENBA,下圖綠色)。論文推測此一品系,是在距今 8000 年過後的歐洲新石器時代,隨著中東農夫移民潮進入歐洲,廣傳各地。

歐洲最初的農夫移民源於安那托利亞(現在屬於土耳其),可是約一萬年前,唯一的安那托利亞樣本卻不屬於這款(上圖左淡紅色),不是 WENBA 品系的直系祖先。

可想而知,目前取樣很有限之下,無法精準判斷各品系起源的位置與年代。每個時期可能都有多款品系共存,我們只能見到,當時存在感比較高的少數代表。

距今 3000 到 7500 年前之間,歐亞大陸西部的 B 肝病毒型號分佈。圖/參考資料 1

距今約 5000 年前,青銅時代開始之際,歐洲又有大量移民湧入,能追溯到其東方的草原地區。但是人類族群的 DNA 組成明顯改變之際,B 肝病毒卻沒有變化。或許這時歐洲、草原流行的品系是同一款,你傳我,我傳你,還是看不出差別?

反正歐亞大陸西部在這四千年間,各地的人們不管生活方式、文化差異多大,大家都共享同一款 B 肝病毒!

B肝病毒的興替:霸權崩潰與轉移

盛極四千年的 WENBA 戰隊,距今 3300 年前過後卻幾乎消失。取而代之的是至今仍然存在的 A 型品系(Genotype A,上圖右紅色、下圖左紅色),已知樣本中距今 3500 到 5000 年前分佈於中東、高加索、歐洲東緣;隨後又前進歐洲,到 1500 年前還很有存在感。

接下來興起的是 D 型品系(Genotype D,下圖藍色),與 A 型共存一段時間後,從 1500 年前起成為歐亞大陸西部的新興霸權,從此一直延續到現代。

現代到距今 3000 年前之間,歐亞大陸西部的 B 肝病毒型號分佈。圖/參考資料 1

江山代有 B 肝出,WENBA 戰隊為什麼會徹底退出江湖呢?論文推測,多半和距今 3000 多年前的氣候、政治等劇變有關。

青銅時代晚期,地中海東部、中東一帶發生大規模的崩潰潮,周圍的歐洲、埃及動蕩不安(知名的特洛伊戰爭就發生在那個時期),數個重要的政權、勢力瓦解,社會秩序崩解。希臘的邁錫尼文明,黎凡特地區的烏加里特等城邦,安那托利亞的西臺帝國都不復存在。

在人類的經濟、政治強權崩潰,人群大洗牌的同時,B 肝病毒似乎也跟著霸權轉移。

青銅時代晚期的動盪局勢。圖/取自 wiki

上古霸權仍有後裔!卻是半殘的?

然而,在古代樣本沒有取樣到的地方,WENBA 戰隊仍有後裔持續傳承,衍生出 G 型品系(Genotype G)。如今它的存在感薄弱,遺傳多樣性很低,三千餘年來應該是悄悄地活著。

奇妙的是,G 型其實不算是健全的病毒,由於突變之故,它的核心蛋白(core protein)功能受到影響,而且無法生產「B 型肝炎 E 抗原(HBeAg)」,嚴重降低它的複製和感染能力。

曾經縱橫四千年的霸權,現存唯一後裔竟然是半殘的。但是 G 型也有其厲害之處:善於和其他病毒共生。現代的 G 型感染者,多數也同時是愛滋病患。而且 G 型品系的搭便車能力,很可能不是最近出現。

進一步考察非常驚人地發現,與其類似的突變缺失,其實古代樣本中相當常見:距今 3500 到 7000 年前,總共有 14 款略有差異的 B 肝病毒具有這些缺陷。

已知歐亞大陸西部的 83 位古代 B 肝宿主中,高達 22 人同時感染有缺失的病毒,以及健全的另一款品系(包括目前主流之一的 A 型)。半殘的 G 型品系似乎就靠著搭便車,一路前進到現在。

B 肝病毒的蛋白質組成。HBeAg 是關鍵成分,但是 G 型品系無法生產。圖/取自 wiki

B型肝炎的歷史,也是全人類的歷史

感染 B 肝病毒多半不會致命,長期帶原卻會影響健康,有時候後果非常嚴重,因此被列為公衛計畫的打擊目標。台灣成功根除 B 肝病毒,是偉大的公衛成就,每一位居民都因此受益。

上萬年來普遍與人共生的 B 肝病毒,其歷史也是人類的一部分歷史。至今古代 B 肝病毒的研究,取樣幾乎都來自美洲和歐亞大陸西部,其餘地區如東亞、東南亞、非洲的樣本極少。B 肝病毒在這些地方如何演化,也令人好奇。

延伸閱讀

參考資料

  1. Kocher, A., Papac, L., Barquera, R., Key, F. M., Spyrou, M. A., Hübler, R., … & Moiseyev, V. (2021). Ten millennia of hepatitis B virus evolution. Science, 374(6564), 182-188.
  2. Study traces the evolution of the hepatitis B virus from prehistory to the present

本文亦刊載於作者部落格《盲眼的尼安德塔石匠》暨其 facebook 同名專頁

寒波_96
952 篇文章 ・ 245 位粉絲
生命科學碩士、文學與電影愛好者、戳樂黨員,主要興趣為演化,希望把好東西介紹給大家。部落格《盲眼的尼安德塔石器匠》、同名粉絲團《盲眼的尼安德塔石器匠》。
網站更新隱私權聲明
本網站使用 cookie 及其他相關技術分析以確保使用者獲得最佳體驗,通過我們的網站,您確認並同意本網站的隱私權政策更新,了解最新隱私權政策