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不同種的蚯蚓養在一起會雜交嗎?——太平二號與牠們的產地(五)

YTLai_96
・2017/01/05 ・3404字 ・閱讀時間約 7 分鐘 ・SR值 522 ・七年級

過去的四篇文章裡,我們已經提到了在台灣號稱「太平二號」的蚯蚓裡頭居然是三種不同科的蚯蚓混在一起養,也分別介紹了歐洲紅蚯蚓印度藍蚯蚓非洲夜蚯蚓。既然三個種類都已經介紹完了,那麼我們就延伸出去,聊聊坊間對養殖蚯蚓的常見問題。

首先就是——

蚯蚓會不會雜交?

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如果你問的是台灣現有的三種養殖蚯蚓(歐洲紅蚯蚓、印度藍蚯蚓、非洲夜蚯蚓)會不會雜交的話,那答案很簡單就是「不可能」!因為三者是不同科的蚯蚓,就好比貓、狗、浣熊這樣食肉目不同科的寵物,或是芒果、橘子和荔枝這樣同為無患子目但不同科的水果,差異實在太大。所以,家裡養貓又養狗的人從來不需要擔心寵物哪天雜交,那麼我們也就不需要去為太平二號們煩惱這個問題。

孟德爾表示:「我不知道蚯蚓能不能雜交,但我知道豌豆可以雜交。」圖/Hugo Iltis - Wellcome Library, London,CC BY 4.0
孟德爾表示:「請叫我雜交神父,阿門。」 圖片來源/Hugo Iltis – Wellcome Library, London,CC BY 4.0

但這個問題從來不是到這邊就結束了。

「那如果是同個科底下不同屬的種呢?」
「那如果是同個科也同屬的不同種呢?」
「那如果是同一個種然後不同品種呢?」
「那如果是這三種養殖種人工授精呢?」

我其實不太了解為何大家對蚯蚓雜交這麼有興趣,連人工授精都出口了,好像非得要搞個雜交出來的蚯蚓品種才要罷休一樣。而且,大家好像都覺得蚯蚓是一種很隨(ㄧㄣˊ)便(ㄌㄨㄢˋ)的動物,只要逮到機會就會出牆嘗鮮跟別的種類雜交一樣,真是對蚯蚓的莫大誤解和污辱。看來我們得先嚴肅的了解蚯蚓的性事,才能掃除這些令人髮指、羞羞臉的苟且雜交念頭。

解密蚯蚓的性事

蚯蚓是雌雄同體的動物,體內有雄性和雌性的生殖系統,雄性的生殖系統有睪丸製造精子之後從雄孔排出,而雌性的生殖系統則有卵巢製造卵子從雌孔排出。雖然擁有雌雄兩性的生殖系統,但一般而言蚯蚓並不自體受精,而是以異體受精的方式跟另一隻個體配對才能產生受精卵(萌萌表示讚賞)。不過,大多數種類的蚯蚓並不是直接把精子送進對方的雌孔讓卵子受精,而是送進去對方的受精囊孔裡面儲存起來,當對方產卵繭的時候就會把受精囊裡面的精子排出來讓卵子受精。

台灣常見的環毛蚓腹面,雄孔、雌孔以及受精囊孔的位置。圖片來源
台灣常見的環毛蚓腹面,雄孔、雌孔以及受精囊孔的位置。圖片來源/台灣蚯蚓資料庫

講完了生殖系統,來談談蚯蚓的性事。別看蚯蚓無腦,其實牠們的性事是很講究的。首先,在找到另一隻個體互相交換精子之後,因為要互相把精子從自己的雄孔排進另一方的受精囊孔,所以兩隻蚯蚓必定要頭尾相對成 69 姿勢,別無其他奇技淫巧的可能(萌萌表示欣慰)。

此外蚯蚓交配時還有門當戶對的傾向,也就是偏好跟體型差不多的個體敦倫。其實想想也是合理,畢竟兩隻蚯蚓如果體型相仿,只要頭尾相對身子一躺坦裎相向,雙方的雄孔就會剛好跟受精囊孔對上,歡好之時才不需要辛苦的「委身相受」。若是遇到大隻佬或小隻馬,光是彎腰駝背就累了,於是也就草草了事或敗興而歸。

  • 蚯蚓 69 野合影片高清無碼

蚯蚓雜交的難處

接下來,公堂之上讓我們假設一下,如果兩隻不同種的蚯蚓遇上了又氣味相投,蚓倆惺惺相惜情不自禁想要纏綿,那麼會發生什麼事呢?

首先,不同種的蚯蚓成體體型可能會很不一樣,因此就會遇上「委身相受」的問題,使得交配難以進行。此外,因為雄孔型態和受精囊孔的型態、位置與對數在每種蚯蚓都多少有些差別,就像是配好的鑰匙跟鎖一樣,讓同種蚯蚓的雄孔能順利的跟受精囊孔結合。因此就算碰巧兩隻不同種的蚯蚓體型相近,接下來也會遇到雄孔和受精囊孔無法配對的問題,而好事難成。更何況,雌雄同體的蚯蚓幾乎都是同時異體受精,交配時需要雙方的雄孔和受精囊孔都對上了才行,這樣兩套鑰匙和鎖配對的門檻就像是雙重保險,讓不同種的蚯蚓就算惺惺相惜情不自禁也難以雜交。

所以,台灣這三種不同科的養殖種不可能雜交,而同科不同屬的蚯蚓就好像人跟大猩猩一樣,生殖構造也還是差異太大而不能雜交。就算是打賭輸了想要硬湊,也會因為雙重保險的限制而兩頭空。

那如果同科又同屬,你又該怎麼說?

不過,如果是同科又同屬的蚯蚓,那就稍微比較有可能雜交了。但雜交的結果可能恐怕會讓你期望落空。

還記得在〈你說的太平二號紅蚯蚓到底是哪種?〉這篇文章中,我們提過大家常說太平二號的品種叫「赤子愛勝蚓」,但實際上台灣現在都是我們稱為歐洲紅蚯蚓的「安卓愛勝蚓」。讓我們以赤子愛勝蚓跟安卓愛勝蚓為例,看看牠們剪不斷理還亂的分家史,以及其中的雜交情節。

圖片來源
赤子愛勝蚓(上)和安卓愛勝蚓(下)的外觀對比。圖片來源

赤子安卓分家史

赤子愛勝蚓這個種,是 1826 年就被分類學家命名的正蚓科歐洲原生種,早早就被人工養殖以消化有機廢棄物。當初描述的時候,這種蚯蚓的特徵就是節與節之間的凹溝沒有色素,所以一節節看起來就像是一條條的橫紋一樣,英文俗名「虎蚯蚓(Tiger worm)」的俗名因此而來。

不過,前人早有發現,當赤子愛勝蚓高密度養殖的時候,蚯蚓身上的這些條紋會消失不見,身體成了均勻的紅紫色。從 1937 年開始,就有蚯蚓學者認為這兩個不同模樣(有條紋&均勻色)的赤子愛勝蚓,雖然除了條紋這個差異之外其他型態上沒有任何差別,但還是應該分成不同的種,而不只是不同的表現型——也就是只是長得不一樣,但還是同一種。終於在1972 年,這個沒條紋模樣的赤子愛勝蚓被提升到亞種的地位,並且以首次命名這兩個表現型的學者 André為亞種名。

隨後,1988 年 Sheppard 發表論文,除了同意「以條紋有無來辨別」的兩個種(不僅僅是亞種了),也就是有條紋的赤子愛勝蚓(Eisenia fetida),以及沒條紋均勻體色的安卓愛勝蚓(Eisenia andrei),更指出在相同飼養條件下,安卓愛勝蚓卵繭的平均產出後代就是比赤子愛勝蚓多。1996 年另一篇研究則指出安卓愛勝蚓的成長速度和卵繭產出數比赤子愛勝蚓更好。此外,80 年代開始到本世紀初,許多研究相繼指出這兩個亞種的蚯蚓在分泌物的抗菌和螢光生化表現上明顯不同,在基因表現上也已經隔離而無法雜交,分子親緣上的證據也證實了兩者已經分化成兩個種。

最後,在2005 年,西班牙的研究團隊發表了報告,證實兩種的確已經生殖隔離無法產生後代。這些研究結果綜合起來,確定了這兩個種是真真切切的分了家,再也沒有回頭的可能。但即使如此,到現在甚至還是很多實驗室搞不清楚這兩種的差異,錯把馮京當馬涼的實驗室甚至接近五分之二,實在有點尷尬。

  • 影片中是一團赤子愛勝蚓和安卓愛勝蚓混雜的肉球,顯然有條紋的赤子愛勝蚓少得多。

(以下內容包含蚯蚓雜交情節,未滿十八歲也沒有關係)

方才所提 2005 年發表的研究中,研究人員先是把未成熟的赤子愛勝蚓跟安卓愛勝蚓單獨飼養,直到蚯蚓成熟並且春心蕩漾之後,再把牠們兩兩關在一起任其燕好。一週之後又把兩兩蚯蚓愛侶硬生生的分隔,然後檢視接下來 15 週內各自產下多少卵繭以及卵繭的孵化率。實驗結果顯示,當赤子愛勝蚓配上安卓愛勝蚓,雖然是兩個不同種的蚯蚓,因為生殖結構上沒有差異,因此蚓倆惺惺相惜情不自禁還是能跨種雜交,之後也都能夠生出卵繭,但這卵繭卻都是空包彈,一隻雜交的後代也孵不出來。

所以,就連赤子愛勝蚓和安卓愛勝蚓這樣,除了身上條紋之外再沒有其他型態結構差異的同屬且非常相近的兩種,也還是只能雜交而沒辦法有後代產生(不為繁衍後代的交配讓萌萌表示抗議),其他同屬不同種的蚯蚓在型態上幾乎都更不相同,恐怕就連自然發生的跨種雜交都沒辦法。

如果你對蚯蚓雜交還意猶未盡

「那如果是同一個種然後不同品種呢?」
『這樣就是同種那當然可以交配啊,就像柯基犬跟柴犬生出短腿柴那樣,但是蚯蚓目前並沒有任何品種喔,那些宣稱的品種恐怕都像太平 X 號一樣是個誤會或商業噱頭。』

「那台灣這三種養殖種如果是人工授精的話呢?」
『………………………』

 

參考資料

  • A.J. Reinecke & S.A. Viljoen. 1991. A comparison of the biology of Eisenia fetida and Eisenia andrei (Oligochaeta). Biology and Fertility of Soils 11: 295-300
  • J. Dominguez, A. Velando & A. Ferreiro. 2005. Are Eisenia fetida (Savigny, 1826) and Eisenia andrei Bouche (1972) (Oligochaeta, Lumbricidae) different biological species? Pedobiologia 49: 81—87
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圖形處理單元與人工智慧
賴昭正_96
・2024/06/24 ・6944字 ・閱讀時間約 14 分鐘

  • 作者/賴昭正|前清大化學系教授、系主任、所長;合創科學月刊

我擔心人工智慧可能會完全取代人類。如果人們能設計電腦病毒,那麼就會有人設計出能夠自我改進和複製的人工智慧。 這將是一種超越人類的新生命形式。

——史蒂芬.霍金(Stephen Hawking) 英國理論物理學家

大約在八十年前,當第一台數位計算機出現時,一些電腦科學家便一直致力於讓機器具有像人類一樣的智慧;但七十年後,還是沒有機器能夠可靠地提供人類程度的語言或影像辨識功能。誰又想到「人工智慧」(Artificial Intelligent,簡稱 AI)的能力最近十年突然起飛,在許多(所有?)領域的測試中擊敗了人類,正在改變各個領域——包括假新聞的製造與散佈——的生態。

圖形處理單元(graphic process unit,簡稱 GPU)是這場「人工智慧」革命中的最大助手。它的興起使得九年前還是個小公司的 Nvidia(英偉達)股票從每股不到 $5,上升到今天(5 月 24 日)每股超過 $1000(註一)的全世界第三大公司,其創辦人(之一)兼首席執行官、出生於台南的黃仁勳(Jenson Huang)也一躍成為全世界排名 20 內的大富豪、台灣家喻戶曉的名人!可是多少人了解圖形處理單元是什麼嗎?到底是時勢造英雄,還是英雄造時勢?

黃仁勳出席2016年台北國際電腦展
Nvidia 的崛起究竟是時勢造英雄,還是英雄造時勢?圖/wikimedia

在回答這問題之前,筆者得先聲明筆者不是學電腦的,因此在這裡所能談的只是與電腦設計細節無關的基本原理。筆者認為將原理轉成實用工具是專家的事,不是我們外行人需要了解的;但作為一位現在的知識分子或公民,了解基本原理則是必備的條件:例如了解「能量不滅定律」就可以不用仔細分析,即可判斷永動機是騙人的;又如現在可攜帶型冷氣機充斥市面上,它們不用往室外排廢熱氣,就可以提供屋內冷氣,讀者買嗎?

CPU 與 GPU

不管是大型電腦或個人電腦都需具有「中央處理單元」(central process unit,簡稱 CPU)。CPU 是電腦的「腦」,其電子電路負責處理所有軟體正確運作所需的所有任務,如算術、邏輯、控制、輸入和輸出操作等等。雖然早期的設計即可以讓一個指令同時做兩、三件不同的工作;但為了簡單化,我們在這裡所談的工作將只是執行算術和邏輯運算的工作(arithmetic and logic unit,簡稱 ALU),如將兩個數加在一起。在這一簡化的定義下,CPU 在任何一個時刻均只能執行一件工作而已。

在個人電腦剛出現只能用於一般事物的處理時,CPU 均能非常勝任地完成任務。但電腦圖形和動畫的出現帶來了第一批運算密集型工作負載後,CPU 開始顯示心有餘而力不足:例如電玩動畫需要應用程式處理數以萬計的像素(pixel),每個像素都有自己的顏色、光強度、和運動等, 使得 CPU 根本沒辦法在短時間內完成這些工作。於是出現了主機板上之「顯示插卡」來支援補助 CPU。

1999 年,英偉達將其一「具有集成變換、照明、三角形設定/裁剪、和透過應用程式從模型產生二維或三維影像的單晶片處理器」(註二)定位為「世界上第一款 GPU」,「GPU」這一名詞於焉誕生。不像 CPU,GPU 可以在同一個時刻執行許多算術和邏輯運算的工作,快速地完成圖形和動畫的變化。

依序計算和平行計算

一部電腦 CPU 如何計算 7×5+6/3 呢?因每一時刻只能做一件事,所以其步驟為:

  • 計算 7×5;
  • 計算 6/3;
  • 將結果相加。

總共需要 3 個運算時間。但如果我們有兩個 CPU 呢?很多工作便可以同時(平行)進行:

  • 同時計算 7×5 及 6/3;
  • 將結果相加。

只需要 2 個運算時間,比單獨的 CPU 減少了一個。這看起來好像沒節省多少時間,但如果我們有 16 對 a×b 要相加呢?單獨的 CPU 需要 31 個運算的時間(16 個 × 的運算時間及 15 個 + 的運算時間),而有 16 個小 CPU 的 GPU 則只需要 5 個運算的時間(1 個 × 的運算時間及 4 個 + 的運算時間)!

現在就讓我們來看看為什麼稱 GPU 為「圖形」處理單元。圖一左圖《我愛科學》一書擺斜了,如何將它擺正成右圖呢? 一句話:「將整個圖逆時針方向旋轉 θ 即可」。但因為左圖是由上百萬個像素點(座標 x, y)組成的,所以這句簡單的話可讓 CPU 忙得不亦樂乎了:每一點的座標都必須做如下的轉換

x’ = x cosθ + y sinθ

y’ = -x sinθ+ y cosθ

即每一點均需要做四個 × 及兩個 + 的運算!如果每一運算需要 10-6 秒,那麼讓《我愛科學》一書做個簡單的角度旋轉,便需要 6 秒,這豈是電動玩具畫面變化所能接受的?

圖形處理的例子

人類的許多發明都是基於需要的關係,因此電腦硬件設計家便開始思考:這些點轉換都是獨立的,為什麼我們不讓它們同時進行(平行運算,parallel processing)呢?於是專門用來處理「圖形」的處理單元出現了——就是我們現在所知的 GPU。如果一個 GPU 可以同時處理 106 運算,那上圖的轉換只需 10-6 秒鐘!

GPU 的興起

GPU 可分成兩種:

  • 整合式圖形「卡」(integrated graphics)是內建於 CPU 中的 GPU,所以不是插卡,它與 CPU 共享系統記憶體,沒有單獨的記憶體組來儲存圖形/視訊,主要用於大部分的個人電腦及筆記型電腦上;早期英特爾(Intel)因為不讓插卡 GPU 侵蝕主機的地盤,在這方面的研發佔領先的地位,約佔 68% 的市場。
  • 獨立顯示卡(discrete graphics)有不與 CPU 共享的自己專用內存;由於與處理器晶片分離,它會消耗更多電量並產生大量熱量;然而,也正是因為有自己的記憶體來源和電源,它可以比整合式顯示卡提供更高的效能。

2007 年,英偉達發布了可以在獨立 GPU 上進行平行處理的軟體層後,科學家發現獨立 GPU 不但能夠快速處理圖形變化,在需要大量計算才能實現特定結果的任務上也非常有效,因此開啟了為計算密集型的實用題目編寫 GPU 程式的領域。如今獨立 GPU 的應用範圍已遠遠超出當初圖形處理,不但擴大到醫學影像和地震成像等之複雜圖像和影片編輯及視覺化,也應用於駕駛、導航、天氣預報、大資料庫分析、機器學習、人工智慧、加密貨幣挖礦、及分子動力學模擬(註三)等其它領域。獨立 GPU 已成為人工智慧生態系統中不可或缺的一部分,正在改變我們的生活方式及許多行業的遊戲規則。英特爾在這方面發展較遲,遠遠落在英偉達(80%)及超微半導體公司(Advance Micro Devices Inc.,19%,註四)之後,大約只有 1% 的市場。

典型的CPU與GPU架構

事實上現在的中央處理單元也不再是真正的「單元」,而是如圖二可含有多個可以同時處理運算的核心(core)單元。GPU 犧牲大量快取和控制單元以獲得更多的處理核心,因此其核心功能不如 CPU 核心強大,但它們能同時高速執行大量相同的指令,在平行運算中發揮強大作用。現在電腦通常具有 2 到 64 個核心;GPU 則具有上千、甚至上萬的核心。

結論

我們一看到《我愛科學》這本書,不需要一點一點地從左上到右下慢慢掃描,即可瞬間知道它上面有書名、出版社等,也知道它擺斜了。這種「平行運作」的能力不僅限於視覺,它也延伸到其它感官和認知功能。例如筆者在清華大學授課時常犯的一個毛病是:嘴巴在講,腦筋思考已經不知往前跑了多少公里,常常為了追趕而越講越快,將不少學生拋到腦後!這不表示筆者聰明,因為研究人員發現我們的大腦具有同時處理和解釋大量感官輸入的能力。

人工智慧是一種讓電腦或機器能夠模擬人類智慧和解決問題能力的科技,因此必須如人腦一樣能同時並行地處理許多資料。學過矩陣(matrix)的讀者應該知道,如果用矩陣和向量(vector)表達,上面所談到之座標轉換將是非常簡潔的(註五)。而矩陣和向量計算正是機器學習(machine learning)演算法的基礎!也正是獨立圖形處理單元最強大的功能所在!因此我們可以了解為什麼 GPU 會成為人工智慧開發的基石:它們的架構就是充分利用並行處理,來快速執行多個操作,進行訓練電腦或機器以人腦之思考與學習的方式處理資料——稱為「深度學習」(deep learning)。

黃仁勳在 5 月 22 日的發布業績新聞上謂:「下一次工業革命已經開始了:企業界和各國正與英偉達合作,將價值數萬億美元的傳統資料中心轉變為加速運算及新型資料中心——人工智慧工廠——以生產新商品『人工智慧』。人工智慧將為每個產業帶來顯著的生產力提升,幫助企業降低成本和提高能源效率,同時擴大收入機會。」

附錄

人工智慧的實用例子:下面一段是微軟的「copilot」代書、谷歌的「translate」代譯之「one paragraph summary of GPU and AI」。讀完後,讀者是不是認為筆者該退休了?

GPU(圖形處理單元)和 AI(人工智慧)之間的協同作用徹底改變了高效能運算領域。GPU 具有平行處理能力,特別適合人工智慧和機器學習所需的複雜資料密集運算。這導致了影像和視訊處理等領域的重大進步,使自動駕駛和臉部辨識等技術變得更加高效和可靠。NVIDIA 開發的平行運算平台 CUDA 進一步提高了 GPU 的效率,使開發人員能夠透過將人工智慧問題分解為更小的、可管理的、可同時處理的任務來解決這些問題。這不僅加快了人工智慧研究的步伐,而且使其更具成本效益,因為 GPU 可以在很短的時間內執行與多個 CPU 相同的任務。隨著人工智慧的不斷發展,GPU 的角色可能會變得更加不可或缺,推動各產業的創新和新的可能性。大腦透過神經元網路實現這一目標,這些神經元網路可以獨立但有凝聚力地工作,使我們能夠執行複雜的任務,例如駕駛、導航、觀察交通信號、聽音樂並同時規劃我們的路線。此外,研究表明,與非人類動物相比,人類大腦具有更多平行通路,這表明我們的神經處理具有更高的複雜性。這個複雜的系統證明了我們認知功能的卓越適應性和效率。我們可以一邊和朋友聊天一邊走在街上,一邊聽音樂一邊做飯,或一邊聽講座一邊做筆記。人工智慧是模擬人類腦神經網路的科技,因此必須能同時並行地來處理許多資料。研究人員發現了人腦通訊網路具有一個在獼猴或小鼠中未觀察獨特特徵:透過多個並行路徑傳輸訊息,因此具有令人難以置信的多任務處理能力。

註解

(註一)當讀者看到此篇文章時,其股票已一股換十股,現在每一股約在 $100 左右。

(註二)組裝或升級過個人電腦的讀者或許還記得「英偉達精視 256」(GeForce 256)插卡吧?

(註三)筆者於 1984 年離開清華大學到 IBM 時,就是參加了被認為全世界使用電腦時間最多的量子化學家、IBM「院士(fellow)」Enrico Clementi 的團隊:因為當時英偉達還未有可以在 GPU 上進行平行處理的軟體層,我們只能自己寫軟體將 8 台中型電腦(非 IBM 品牌!)與一大型電腦連接來做平行運算,進行分子動力學模擬等的科學研究。如果晚生 30 年或許就不會那麼辛苦了?

(註四)補助個人電腦用的 GPU 品牌到 2000 年時只剩下兩大主導廠商:英偉達及 ATI(Array Technology Inc.)。後者是出生於香港之四位中國人於 1985 年在加拿大安大略省成立,2006 年被超微半導體公司收購,品牌於 2010 年被淘汰。超微半導體公司於 2014 年 10 月提升台南出生之蘇姿豐(Lisa Tzwu-Fang Su)博士為執行長後,股票從每股 $4 左右,上升到今天每股超過 $160,其市值已經是英特爾的兩倍,完全擺脫了在後者陰影下求生存的小眾玩家角色,正在挑戰英偉達的 GPU 市場。順便一題:超微半導體公司現任總裁(兼 AI 策略負責人)為出生於台北的彭明博(Victor Peng);與黃仁勳及蘇姿豐一樣,也是小時候就隨父母親移居到美國。

(註五)

延伸閱讀

  • 熱力學與能源利用」,《科學月刊》,1982 年 3 月號;收集於《我愛科學》(華騰文化有限公司,2017 年 12 月出版),轉載於「嘉義市政府全球資訊網」。
  • 網路安全技術與比特幣」,《科學月刊》,2020 年 11 月號;轉載於「善科教育基金會」的《科技大補帖》專欄。
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賴昭正_96
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成功大學化學工程系學士,芝加哥大學化學物理博士。在芝大時與一群留學生合創「科學月刊」。一直想回國貢獻所學,因此畢業後不久即回清大化學系任教。自認平易近人,但教學嚴謹,因此穫有「賴大刀」之惡名!於1982年時當選爲 清大化學系新一代的年青首任系主任兼所長;但壯志難酬,兩年後即辭職到美留浪。晚期曾回台蓋工廠及創業,均應「水土不服」而鎩羽而歸。正式退休後,除了開始又爲科學月刊寫文章外,全職帶小孫女(半歲起);現已成七歲之小孫女的BFF(2015)。首先接觸到泛科學是因爲科學月刊將我的一篇文章「愛因斯坦的最大的錯誤一宇宙論常數」推薦到泛科學重登。

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黔金絲猴物種起源,竟是近親雜交形成?
寒波_96
・2023/08/11 ・3267字 ・閱讀時間約 6 分鐘

新物種如何誕生,是演化最重要的主題之一,正如達爾文代表作的書名《物種起源》(The Origin of Species,也常譯作《物種源始》)。隨著基因體學帶來愈來愈多新知識,人們對物種的想法也不斷演變。

2023 年發表的一項研究調查多種金絲猴的基因組,意外發現有一種金絲猴,竟然直接由不同物種合體形成。這是靈長類的第一個案例,動物中也相當少見。

黔金絲猴。圖/Current status and conservation of the gray snub-nosed monkey Rhinopithecus brelichi (Colobinae) in Guizhou, China

五種金絲猴的親戚關係

金絲猴(snub-nosed monkey,學名 Rhinopithecus,也稱為仰鼻猴)主要住在中國西南部和東南亞,目前有五個物種。牠們的中文名字依照地名,英文名字則多半根據顏色。

古時候金絲猴的分布範圍更廣,像是台灣也曾經存在過,如今卻只剩下化石。現今五個物種分別為:

*(雲南)滇金絲猴(black-white 黑白,學名 Rhinopithecus bieti

* 緬甸金絲猴(black 黑,學名 Rhinopithecus strykeri

*(四川)川金絲猴(golden 金,學名 Rhinopithecus roxellana

*(貴州)黔金絲猴(gray 灰,學名 Rhinopithecus brelichi

* 越南金絲猴(Tonkin 越南東京,學名 Rhinopithecus avunculus

五種金絲猴。圖/參考資料1

比對五款吱吱的 DNA 差異,可知滇、緬甸金絲猴的親戚關係最近,川金絲猴則和黔金絲猴較近,但是黔金絲猴明顯介於兩者之間。黔金絲猴在自己獨特的變異之外,僅管基因組整體更接近川金絲猴,也有不少部分和滇、緬甸金絲猴相似。

見到不同物種之間共享血緣,最直覺的想法是,兩者的祖先發生過遺傳交流。但是詳細比對後,研究猿認為還有機率更高的可能性。

最滑順的劇本是,大約 197 萬年前,滇、緬甸金絲猴的共同祖先,和川金絲猴分家;又經過十幾萬年,約莫 187 萬年前,兩群金絲猴再度合體,形成一個全新的支系,也就是黔金絲猴的祖先;後來滇、緬甸金絲猴再衍生出兩個物種。

這形成如今我們見到的狀態:黔金絲猴大約 75% 血緣來自川金絲猴,25% 源於滇、緬甸金絲猴的共同祖先。

四種金絲猴的親戚關係,與遺傳交流。圖/參考資料1

靈長類首見,雜交直接形成新物種

或許有人會疑惑,看起來都是共享 DNA 變異,上述說法和「不同物種之間,發生過遺傳交流」有何差別?

差別在於,所謂「不同物種之間」,指的是新物種已經誕生一段時間以後,彼此間又發生 DNA 交流,這個一點都不稀奇。例如 A、B 物種間發生關係,變成 A 的遺傳背景下,又有一點 B 血緣的物種。

但是黔金絲猴的狀況是,新物種之所以誕生,就是不同物種直接合體所致。例如 A、B 物種發生關係,衍生出差異更大,不是 A 也不是 B,足以認定為新物種的 C。

假如重建的劇本為真,這就是首度在靈長類中觀察到,不同物種直接合體形成新物種的「hybrid speciation」。可以翻譯為「雜交種化」,不過「合體種化」似乎更直觀。

哥倫比亞猛獁,想像畫面。圖/wiki

經由兩個物種雜交,直接產生新物種的方式,植物較為常見,哺乳類動物極少。此前古代 DNA 研究認為,已經滅絕的美洲大象「哥倫比亞猛獁」(Columbian mammoth,學名 Mammuthus columbi)是不同猛獁象合體產生的新物種,但是證據沒那麼充分。

或許沒有那麼罕見?

直接雜交產生新物種,會很難想像嗎?仔細想想,金絲猴的案例可能沒那麼驚悚,或許還有某種程度的普遍性。

回到當初的情境,所謂「兩個物種」在當時其實只分家十萬年而已,差異應該仍很有限。是又累積 180 萬年的分歧到今日,才顯得親戚之間明顯有別。

這邊 197 萬、187 萬、十萬年都是根據 DNA 變異的估計,實際數字未必如此。不過順序大概差不太多,就是首先分出兩群,很短的時間後又合體產生第三群,再經歷好幾倍的時間直到現在。

假如川金絲猴不幸滅團,缺乏樣本可供比較,那麼黔金絲猴與另外兩種近親,看起來就單純是 187 萬年前分家。

值得注意的是,我們能判斷演化樹上的不同分枝曾經合流,來自對樹形的比對。假如川金絲猴不幸滅團,這棵演化樹中我們只剩下三個物種的樣本,便會判斷黔金絲猴是跟另外兩種親戚分家而成,卻完全不會察覺有過合體種化。

這麼想來,雜交誕生新物種的現象,或許沒那麼罕見,只是時光抹去了許多痕跡。

血緣融合,猴毛也是奇美拉

另一有趣的發現是毛色演化。金絲猴現今四個物種,外表的毛色為一大差異。毛色與深色素有關,深色素愈多,毛色會顯得愈黑,相對則是愈淡,會呈現白毛、黃毛、金毛。

身為不同演化支系合體的產物,黔金絲猴的毛色也混合兩邊的風格。頭和肩膀的淺色,類似川金絲猴;手腳的深色,則類似滇、緬甸金絲猴。

基因組合體以後,兼具兩群影響毛色的基因,形成混合的毛色搭配。圖/參考資料1

金絲猴毛的顏色深淺,取決於不同色素的相對比例。棕黑色素(pheomelanin)愈高,毛色愈淡;真黑素(eumelanin)愈高,毛色愈深。例如猴毛中含有大量棕黑色素、少量真黑素,便會呈現金毛。

很多基因有機會影響色素與毛色。分析得知金絲猴們有 5 個基因和毛色關係密切,黔金絲猴的基因組來自兩個支系,比對發現,三個基因 SLC45A2MYO7AELOVL4 繼承自川金絲猴,兩個基因 PAHAPC 則源於滇、緬甸金絲猴。

這些基因如何影響毛色,仍有許多不明朗之處。最明確知道的是,SLC45A2 基因表現降低,會使得棕黑色素產量上升,令顏色變淡。PAH 基因表現增加,可以讓顏色加深。

同一隻金絲猴不同部位的細胞,同一批基因經由不同調控,就能控制毛色深淺。

這篇文章介紹的演化基因體學分析手法,對許多人大概不算容易,但是這些研究帶來的趣味,倒是不難體會。

延伸閱讀

參考資料

  1. Wu, H., Wang, Z., Zhang, Y., Frantz, L., Roos, C., Irwin, D. M., … & Yu, L. (2023). Hybrid origin of a primate, the gray snub-nosed monkey. Science, 380(6648), eabl4997.
  2. The Primate Genome Project unlocks hidden secrets of primate evolution
  3. Biggest ever study of primate genomes has surprises for humanity
  4. Hundreds of new primate genomes offer window into human health—and our past
  5. van der Valk, T., Pečnerová, P., Díez-del-Molino, D., Bergström, A., Oppenheimer, J., Hartmann, S., … & Dalén, L. (2021). Million-year-old DNA sheds light on the genomic history of mammoths. Nature, 591(7849), 265-269.

本文亦刊載於作者部落格《盲眼的尼安德塔石匠》暨其 facebook 同名專頁

寒波_96
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生命科學碩士、文學與電影愛好者、戳樂黨員,主要興趣為演化,希望把好東西介紹給大家。部落格《盲眼的尼安德塔石器匠》、同名粉絲團《盲眼的尼安德塔石器匠》。

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「基因恆久遠,一個永流傳」,隱藏在你我之間的尼安德塔人 DNA——《滅絕生物學》
PanSci_96
・2021/02/07 ・2648字 ・閱讀時間約 5 分鐘 ・SR值 535 ・七年級

  • 作者/池田清彥,本文摘自《滅絕生物學》,世茂出版,2020 年 11 月 04 日

從基因層級來看,尼安德塔人與丹尼索瓦人尚未滅絕

回到人類的話題,人屬之一的尼安德塔人於四十萬年前出現,三萬九千年時滅絕。但很明顯的,尼安德塔人的 DNA 確實存在於智人的基因內。除了十多萬年以來,每個祖先都是非洲原住民的人們之外,其他現存人類的基因中,都有一部分的基因來自尼安德塔人。也就是說,尼安德塔人曾與智人雜交過,所以現代人的基因中,有百分之二來自尼安德塔人。

現代人的基因中,有百分之二來自尼安德塔人。圖/pixabay

如果尼安德塔人從未與其他物種的人類雜交,一直保持尼安德塔人的「單系群」,這個種系確實在三萬九千年前便已滅絕。實際上,尼安德塔人卻曾和智人雜交,基因混入了現代人的基因體,故尼安德塔人的基因至今仍未滅絕。某種意義上,現代人可以說是尼安德塔人的後代。

我們常聽到有人說「人口再這麼減少下去,日本人就會滅絕了」。這裡說的「日本人」,究竟是指那些人?是指住在日本列島上的人嗎?還是所謂日本人血統的人?舉例來說,一位日本女性前往非洲,與非洲人結婚,並生下孩子。那麼這個孩子自然有日本人的血統。即使日本列島上的日本人因為某些原因而全部消失,只要其他地方還留著日本人的血統,那麼「日本人滅絕」就不會成真。再說,所謂的日本血統其實是個模糊的概念,日本人與中國人、韓國人在遺傳學上幾乎相同。

基本上,「不存在人種的概念」已是人類學上的常識。所有現代智人百分之九十九·九的 DNA 都相同。

現代智人百分之九十九·九的 DNA 都相同,基本上可說是「不存在人種的概念」。圖/pixabay

前面提到,現代智人的祖先曾與尼安德塔人雜交過。丹尼索瓦人(Homo deni-sova)由尼安德塔人分歧而來,是與尼安德塔人稍有差異的物種。而智人的祖先就曾經和丹尼索瓦人雜交過。目前已知,丹尼索瓦人曾和智人與尼安德塔人共同生存了數萬年。

丹尼索瓦人在四萬年前便已「滅絕」。而走出非洲的智人,在十萬年前左右,以及六萬年前~五萬年前之間,曾兩度與尼安德塔人雜交。接著又在五萬年前~四萬年前之間,與丹尼索瓦人雜交,其後代再擴散至全世界。在基因的層次上,尼安德塔人與丹尼索瓦人皆沒有「滅絕」。西藏人、澳洲原住民、因紐特人、新幾內亞人、美拉尼西亞人等,都具有尼安德塔人與丹尼索瓦人的基因。特別是新幾內亞人的 DNA,有百分之三~六來自丹尼索瓦人,有百分之二來自尼安德塔人,故一共有百分之五~八的 DNA 來自其他人類。

而日本人也有少許 DNA 來自丹尼索瓦人,不過大致上還是尼安德塔人與智人的混血物種。

粒線體 DNA 必定繼承自母方,而非父方,故我們可以從粒線體 DNA 追溯母方的血統。而調查結果發現,現代智人的粒線體 DNA 全都來自智人。沒有任何一人的粒線體 DNA 來自尼安德塔人。也就是說,女性尼安德塔人在雜交後所生下的後代,並沒有一直延續至今。女性尼安德塔人與男性智人所生下的小孩,或許是在尼安德塔人的村落內長大的,後來隨著尼安德塔人族群的滅絕,這個種系也跟著消失了。因此,具有尼安德塔人粒線體 DNA 的「女性尼安德塔人後代」,便沒有延續至今。除了非洲人,現代智人皆為數萬年前,男性尼安德塔人與女性智人混血後產下的後代。

可以從粒線體 DNA 追溯母方的血統。圖/Wikipedia

智人與尼安德塔人的「雜交種1」並未滅絕,而是留存至今

我曾在日本早稻田大學國際教養學部教書到二○一八年春季。這個學部的外國學生特別多,還有許多異國婚姻的學生。不同國家的人們結婚並生下小孩,可以增加人類的多樣性,是一件好事。

我常和大學生說:「最偉大的智人,就是那位和尼安德塔人性交的女性。」這聽起來像是玩笑話,但其實智人正是靠著與尼安德塔人雜交後獲得的基因,撐過許多環境變遷而存活了下來。

「純種」尼安德塔人約在三萬九千年前滅絕。在這之後,智人只能和智人繁衍後代,於是尼安德塔人的血統便逐漸稀薄。照機率來看,尼安德塔人基因在智人體內的比例應該會越來越小。然而實際上,來自尼安德塔人的基因卻沒有消失,代表這些基因可以讓個體有更強的生存能力。換言之,體內沒有尼安德塔人基因的人,便無法存活下來。

末次冰期於一萬年前結束,這時只有體內有尼安德塔人耐寒基因的智人能活下來。如本書第二章所述,智人與尼安德塔人性交後所獲得的基因,可以提供對寒冷的耐受度,幫助智人撐過更新世時的冰河期。另外,丹尼索瓦人的基因也混入了西藏人體內,有人認為這可以幫助西藏人適應高地。

只有體內有尼安德塔人耐寒基因的智人活過了冰河期,並且使得他們的基因留存至今。圖/pixabay

當然,從前的歐亞大陸智人,某些個體並沒有獲得尼安德塔人或丹尼索瓦人的基因。這些所謂「純種」的族群,沒辦法應付氣候寒冷與各種環境變動,進而走上滅絕的路。

雖然尼安德塔人與丹尼索瓦人皆已滅絕,其 DNA 卻被保留至今。

現代人口已達七十六億,可說是相當繁盛,卻是人類種系的最後一個物種。如果發生破火山口噴發、大隕石撞擊地球等環境衝擊,或者人類這個物種的壽命到了盡頭,人類便會滅絕。無論如何,從地質學的時間尺度來看,人類的滅絕只是時間早晚的問題而已。若是如此,以查德沙赫人為起點的人類種系便會完全滅絕,地球將進入新的時代。雖然到時沒有一種生物能夠繼續觀測、研究、記錄這個星球。然而到了早上,太陽仍會東昇;到了傍晚,太陽仍會西沉,地球還會繞著太陽公轉好一陣子。

註釋

  1. 審訂註:尼安德塔人的部分基因組因為「遺傳滲漏」(genetic introgression)而進入現代智人的基因組,但這與「雜交種」的概念仍有一定的差距。
——本文摘自《滅絕生物學》,世茂出版,2020 年 11 月 04 日
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