IBM “World Community Grid” 一系列計劃最核心的想法,就是將個人計算機的閒置時間提供給巨量的科學運算,幫助處理以往單機無法處理的巨量數據,進而將研究結果回饋於社會用途,像是研發新藥、氣候變遷模擬、能源問題計算⋯⋯等等。目前正在執行的幾項主要計劃,包含針對氣候變遷帶來的影響,在能源、農業面向上找出應對方法;針對癌症病童,尋找蛋白質藥物;運用大量計算資源,篩選分析光化學物質,尋求低成本高效能的太陽能材料;另外像是對各類癌症與愛滋病藥物,也都有各自的專案正在執行。
在尋找能夠有效吸收陽光、儲存能量、轉換為電力的材料上,IBM計劃使用計算化學,透過理論模擬分析資料庫中最適合作為太陽能光敏材料與燃料電池中高分子膜的分子,並確定如何才能最有效設計製程開發產品;過程中,仰賴著World Community Grid提供的大量運算資源,研究人員可以執行分子結構及電子組態計算,進一步了解候選分子的各項性質(包含力學、光化學等等),經由大資料庫篩選,從而找到最適合的對象材料!
除了尋找分子結構外,在藥物設計中還需要考慮候選藥物與目標蛋白質的結合,要如何使藥物分子精準地攻擊病毒的要害,甚至配合病毒的變種進行藥物的改變,亦是很重要的問題。World Community Grid針對上述挑戰提供了計算資源,透過演算程式的改進與效能的增加,期望能夠以更快的速度為愛滋找到更好的治療方法!
1990 年,融合蛋白 CD4 免疫黏附素(CD4 immunoadhesin)誕生。這項設計,是為了對付令人類聞風喪膽的 HIV 病毒。
-----廣告,請繼續往下閱讀-----
我們知道 T 細胞是人體中一種非常重要的白血球。在這些 T 細胞中,大約有六到七成表面帶有一個叫做「CD4」的輔助受體。CD4 會和另一個受體 TCR 一起合作,幫助 T 細胞辨識其他細胞表面的抗原片段,等於是 T 細胞用來辨認壞人的「探測器」。表面擁有 CD4 受體的淋巴球,就稱為 CD4 淋巴球。
麻煩的來了。 HIV 病毒反將一軍,竟然把 T 細胞的 CD4 探測器,當成了自己辨識獵物的「標記」。沒錯,對 HIV 病毒來說,免疫細胞就是它的獵物。HIV 的表面有一種叫做 gp120 的蛋白,會主動去抓住 T 細胞上的 CD4 受體。
而另一端的 Fc 區域則有兩個重要作用:一是延長融合蛋白在體內的存活時間;二是理論上能掛上「這裡有敵人!」的標籤,這種機制稱為抗體依賴性細胞毒殺(ADCC)或免疫吞噬作用(ADCP)。當免疫細胞的 Fc 受體與 Fc 區域結合,就能促使免疫細胞清除被黏住的病毒顆粒。
不過,這裡有個關鍵細節。
在實際設計中,CD4免疫黏附素的 Fc 片段通常會關閉「吸引免疫細胞」的這個技能。原因是:HIV 專門攻擊的就是免疫細胞本身,許多病毒甚至已經藏在 CD4 細胞裡。若 Fc 區域過於活躍,反而可能引發強烈的發炎反應,甚至讓免疫系統錯把帶有病毒碎片的健康細胞也一併攻擊,這樣副作用太大。因此,CD4 免疫黏附素的 Fc 區域會加入特定突變,讓它只保留延長藥物壽命的功能,而不會與淋巴球的 Fc 受體結合,以避免誘發免疫反應。
從 DNA 藍圖到生物積木:融合蛋白的設計巧思
融合蛋白雖然潛力強大,但要製造出來可一點都不簡單。它並不是用膠水把兩段蛋白質黏在一起就好。「融合」這件事,得從最根本的設計圖,也就是 DNA 序列就開始規劃。
我們體內的大部分蛋白質,都是細胞照著 DNA 上的指令一步步合成的。所以,如果科學家想把蛋白 A 和蛋白 B 接在一起,就得先把這兩段基因找出來,然後再「拼」成一段新的 DNA。
筆者認為前述的(1)及(2)都是果,真正的原因只有(3)一個。80 年代,當英特爾的晶片和微軟的軟體成為快速發展之個人電腦行業的雙引擎時,公司充滿活力,專注於其在個人電腦和資料中心伺服器的特殊領域。英特爾高層曾半開玩笑地將公司描述為「地球上最大的單細胞有機體」:一個孤立的、獨立的世界。像 IBM 一樣,數十年的成功和高利潤也催生了英特爾目中無人及自大之企業文化!這種開會又開會、討論又討論、開不完的會、討不完的論正是公司成熟的標註。