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從第一句話開始

李志昌
・2013/12/18 ・1512字 ・閱讀時間約 3 分鐘 ・SR值 576 ・九年級

看著牙牙學語的小孩,口裡開始冒出有意義的字語,戰戰兢兢的踏出獨立行走的第一步,相信是很多人共同有過的感動時刻。最近看了一則2011年三月的TED  演講[1],MIT的研究員Deb Roy 分享他家庭錄影檔案裡的這些感動時刻,並且講述他的研究團隊的故事,介紹他們如何從追蹤小孩牙牙學語過程中,發展出可以分析數十億則數位媒體的語意分析系統,進而應用於描繪新聞事件即時衍生出的層層資訊網路結構,精確分析出訊息的意義以及影響力。

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一個誕生不久的孩子讓這個故事有了起始點,安裝在他家裡各個角落的攝影鏡頭與麥克風,24小時不停的拍攝,經過三年一共累積超過25萬小時的影音記錄,堪稱是有史以來最多的家庭錄影。Deb Roy 的研究團隊開發出各種影像追蹤與語音擷取分析的工具,還將所有的影音資料縫合在一個3D 的立體模型中,因此,透過滑鼠與鍵盤,就可以在這些資料中遊走到這個家的任一個角落,在任一時間點的影音記錄。

TED TALKS: Deb Roy:一個字詞的誕生

你可以想像在連環漫畫中,一個個文字泡泡從說話的人嘴角冒出來,而這個系統的運作,正像是把這些文字泡泡的內容全部收集起來,加以分析。他們藉此了解小孩如何學會說出一個字的詳細過程,這其中包括小孩在發音上的變化,所在環境以及大人與小孩間的互動關係等,都是分析的項目。量化對話中出現的字眼,統計出它們在空間中發生的機率,不難預期看到一些結果,例如講到water 這個字時,出現率較高的地方在廚房附近,而說 bye  的時機,在門口那裡出現高峰。而有趣的是大人很自然的在察覺小孩無法意會到對話內容時,會放慢速度,簡化敘述方式,等小孩接得上了,再慢慢增加對話內容的複雜度。在這個由簡而繁的轉折點,通常也是小孩學會新的詞語的時刻,這也說明了大人和小孩之間的對話行為,有著很強的回饋作用在互相影響著。影片中4:30 – 5:40 左右,他用很短的時間播放這個一歲小孩在半年內如何說出「水」這個字,一開始是 「嘎 嘎」的聲音,最後變成 water 的過程,很可愛的童音。

這個錄影分析系統,可以探究兒童口語形成過程,進而歸納出一些語言與外在因子間的關連性。他們更將此概念擴大,應用在其他大眾媒體的分析,並且有亮麗的成果。影片中11:50-13:20 指出像連續劇、廣告、新聞等影片的詞語內容,都可以截取出來,這些影音內容在播出後,通常會引發網路上的廣泛討論,透過各種社交網路或是部落格等,對話與評論紛紛開始湧現。這種播出與回應之間的關連性,在他們研發的系統中,可以鉅細靡遺的檢視,或透過篩選過濾的機制,有點類似「x光」一般透視一些深藏其中的資訊,最後總結出有價值的訊息,得知觀眾一般的共識。這種基於閱聽大眾對訊息「黏合度」的調查,應該比傳統電視收視率的調查更有價值吧!

這個TED 演講,讓我想起 1998 年的電影,楚門的世界(The Truman Show),這個被設計的真人實境,對外界廣播的故事中,似乎劇中的每一個觀眾,包括螢幕前看這部電影的人,都被劇中主角的一舉一動所吸引。這個虛構的故事中,媒體對個人隱私侵犯在在滿足大眾的窺視,曾引發不少道德與人性等議題上的省思。

講者 Deb Roy 以自己的家庭生活,在類似楚門的世界裡的設定下,不僅完成了一項傑出的研究計畫,後來還衍生出目前社群電視媒體分析的翹楚 Bluefin labs[2]. 年初,Twitter 曾開價要收購這家公司,可見這項價值不斐的技術可望成為明日之星。

(原文發表於: 網路城邦部落格)

參考資料:

  1. Deb Roy:一個字詞的誕生http://www.ted.com/talks/deb_roy_the_birth_of_a_word.html
  2. Bluefin Labs http://en.wikipedia.org/wiki/Bluefin_Labs

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李志昌
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台灣大學博士後研究員,曾旅居加拿大於多倫多大學工作多年,喜好科普閱讀與寫作。


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江山代有 B 肝出,各領風騷數千年—— B 型肝炎病毒的萬年演化史

寒波_96
・2021/10/22 ・4398字 ・閱讀時間約 9 分鐘

B 型肝炎是台灣很熟悉的傳染病,主要藉由血液、體液的交流傳染。它的歷史非常久遠,在世界各地普遍存在。新發表的論文報告:超過一萬年的人類遺骸中,已經能見到 B 型肝炎病毒(Hepatitis B virus,簡稱 HBV);各款遺傳品系萬年來起了又落,可謂各領風騷數千年。

古代 DNA 的研究,技術已經進步到可以由遺骸或環境樣本,定序裡頭所有的 DNA 片段。例如取自人類牙齒的樣本,定序不只能獲得人類的 DNA,也可能捕獲當事人生前口腔中的微生物。所以同一份樣本被定序後,可以進行不同目的之探索。

論文的 B 型肝炎病毒取樣地點、年代。A 為歐亞大陸的古代樣本,B 為美洲的古代樣本,C 為現代各地流行的基因型分布狀況。圖/參考資料 1

和人類一起移民美洲,獨立發展的 B 肝病毒

B 肝病毒以 DNA 為遺傳物質,被感染的人去世後,病毒的 DNA 可能保留在死人骨頭、牙齒中,因此有機會被偵測到。新問世的論文搜尋資料庫,在世界各地 137 個古代樣本中,偵測到 B 肝病毒的存在。

這批古代 B 肝病毒,年代介於距今 400 到 10500 年前,絕大部份位於歐亞大陸西部和美洲。將各款病毒擺在一起畫演化樹,美洲的古代病毒自成一群,和歐亞大陸的同類平行發展。

一直到數百年前歐洲人殖民以前,美洲的 B 肝病毒都自成一群,最古老的樣本距今約 9000 年,位於安地斯高地的 Cuncaicha 岩蔭遺址(CUN002)。

如今的 B 肝病毒被分為 10 種基因型,稱為 A 到 J 型。美洲流行的 H 型、F 型(genotype H、genotype F),便是這群病毒流傳至今的後裔。

現代、古代的 B 型肝炎病毒擺在一塊,畫出的演化樹。這兒估計的分家年代,相對比較晚。圖/參考資料 1

B 肝病毒的主要宿主是人類,大部分傳播會跟著人走。(北極區以外)美洲原住民的祖先從亞洲移民到美洲後,長期獨立發展,和其他地區缺乏交流。而美洲居民的 B 肝病毒也獨立演化超過一萬年,和人類遷徙、分家的狀況一致。

B 肝病毒在哪兒起源,有多資深?

美洲和歐亞大陸的 B 肝病毒,在什麼時候分家?論文對此不敢給出肯定的答案,也許是一萬多年前,也可能較接近兩萬年前。不過再怎麼說,都比智人祖先離開非洲的年代,要更晚許久。

過去有學者認為,B 肝病毒的歷史能追溯到數萬年前,智人離開非洲的時候。一大證據來自澳洲原住民感染的 C4 亞型(subgenotype C4),和同類分家 5 萬年之久。

但是這回估計 C4 資歷應該不超過 4500 年,遠遠比人類移民抵達澳洲的年代更遲。由此推論,C4 很可能是後來才抵達澳洲的。

根據現有資訊推敲,B 肝病毒的共同祖先頂多處於 2 萬年前。但是更早以前是否已經存在,卻在歷史洪流中失傳呢?目前無法判斷,需要更多樣本才能釐清。

傳染病同類的不同品系間競爭激烈,若是新秀徹底取代老將並不意外。B 肝病毒在歐洲一萬年來的發展史,便是鮮明的興替實例。

歐亞大陸西部不同年代,B 肝病毒的品系存在感,以及其演化關係。圖/參考資料 1

歐亞大陸西部,延續四千年的上古霸權

137 個樣本,大部分位於歐亞大陸西部,可以看出比較詳細的端倪。簡單說:江山代有病毒出,各領風騷數千年。

距今 9000 到 11000 年前,歐洲一帶有 2 款遺傳品系;隨後的 7500 到 9000 年前,其中一款完全消失(Mesolithic 1,下圖左紅色),只剩另外一款(Mesolithic 2,下圖紫色),最早出現在高加索北部,接著在歐洲各處,缺乏農業,不定居的採集狩獵族群中廣傳。

距今 7500 到 11000 年前之間,歐亞大陸西部的 B 肝病毒型號分佈。圖/參考資料 1

接下來四千年,也就是距今 3500 到 7500 年前,歐洲和中東幾乎完全被另一群病毒佔領(WENBA,下圖綠色)。論文推測此一品系,是在距今 8000 年過後的歐洲新石器時代,隨著中東農夫移民潮進入歐洲,廣傳各地。

歐洲最初的農夫移民源於安那托利亞(現在屬於土耳其),可是約一萬年前,唯一的安那托利亞樣本卻不屬於這款(上圖左淡紅色),不是 WENBA 品系的直系祖先。

可想而知,目前取樣很有限之下,無法精準判斷各品系起源的位置與年代。每個時期可能都有多款品系共存,我們只能見到,當時存在感比較高的少數代表。

距今 3000 到 7500 年前之間,歐亞大陸西部的 B 肝病毒型號分佈。圖/參考資料 1

距今約 5000 年前,青銅時代開始之際,歐洲又有大量移民湧入,能追溯到其東方的草原地區。但是人類族群的 DNA 組成明顯改變之際,B 肝病毒卻沒有變化。或許這時歐洲、草原流行的品系是同一款,你傳我,我傳你,還是看不出差別?

反正歐亞大陸西部在這四千年間,各地的人們不管生活方式、文化差異多大,大家都共享同一款 B 肝病毒!

B肝病毒的興替:霸權崩潰與轉移

盛極四千年的 WENBA 戰隊,距今 3300 年前過後卻幾乎消失。取而代之的是至今仍然存在的 A 型品系(Genotype A,上圖右紅色、下圖左紅色),已知樣本中距今 3500 到 5000 年前分佈於中東、高加索、歐洲東緣;隨後又前進歐洲,到 1500 年前還很有存在感。

接下來興起的是 D 型品系(Genotype D,下圖藍色),與 A 型共存一段時間後,從 1500 年前起成為歐亞大陸西部的新興霸權,從此一直延續到現代。

現代到距今 3000 年前之間,歐亞大陸西部的 B 肝病毒型號分佈。圖/參考資料 1

江山代有 B 肝出,WENBA 戰隊為什麼會徹底退出江湖呢?論文推測,多半和距今 3000 多年前的氣候、政治等劇變有關。

青銅時代晚期,地中海東部、中東一帶發生大規模的崩潰潮,周圍的歐洲、埃及動蕩不安(知名的特洛伊戰爭就發生在那個時期),數個重要的政權、勢力瓦解,社會秩序崩解。希臘的邁錫尼文明,黎凡特地區的烏加里特等城邦,安那托利亞的西臺帝國都不復存在。

在人類的經濟、政治強權崩潰,人群大洗牌的同時,B 肝病毒似乎也跟著霸權轉移。

青銅時代晚期的動盪局勢。圖/取自 wiki

上古霸權仍有後裔!卻是半殘的?

然而,在古代樣本沒有取樣到的地方,WENBA 戰隊仍有後裔持續傳承,衍生出 G 型品系(Genotype G)。如今它的存在感薄弱,遺傳多樣性很低,三千餘年來應該是悄悄地活著。

奇妙的是,G 型其實不算是健全的病毒,由於突變之故,它的核心蛋白(core protein)功能受到影響,而且無法生產「B 型肝炎 E 抗原(HBeAg)」,嚴重降低它的複製和感染能力。

曾經縱橫四千年的霸權,現存唯一後裔竟然是半殘的。但是 G 型也有其厲害之處:善於和其他病毒共生。現代的 G 型感染者,多數也同時是愛滋病患。而且 G 型品系的搭便車能力,很可能不是最近出現。

進一步考察非常驚人地發現,與其類似的突變缺失,其實古代樣本中相當常見:距今 3500 到 7000 年前,總共有 14 款略有差異的 B 肝病毒具有這些缺陷。

已知歐亞大陸西部的 83 位古代 B 肝宿主中,高達 22 人同時感染有缺失的病毒,以及健全的另一款品系(包括目前主流之一的 A 型)。半殘的 G 型品系似乎就靠著搭便車,一路前進到現在。

B 肝病毒的蛋白質組成。HBeAg 是關鍵成分,但是 G 型品系無法生產。圖/取自 wiki

B型肝炎的歷史,也是全人類的歷史

感染 B 肝病毒多半不會致命,長期帶原卻會影響健康,有時候後果非常嚴重,因此被列為公衛計畫的打擊目標。台灣成功根除 B 肝病毒,是偉大的公衛成就,每一位居民都因此受益。

上萬年來普遍與人共生的 B 肝病毒,其歷史也是人類的一部分歷史。至今古代 B 肝病毒的研究,取樣幾乎都來自美洲和歐亞大陸西部,其餘地區如東亞、東南亞、非洲的樣本極少。B 肝病毒在這些地方如何演化,也令人好奇。

延伸閱讀

參考資料

  1. Kocher, A., Papac, L., Barquera, R., Key, F. M., Spyrou, M. A., Hübler, R., … & Moiseyev, V. (2021). Ten millennia of hepatitis B virus evolution. Science, 374(6564), 182-188.
  2. Study traces the evolution of the hepatitis B virus from prehistory to the present

本文亦刊載於作者部落格《盲眼的尼安德塔石匠》暨其 facebook 同名專頁

寒波_96
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生命科學碩士、文學與電影愛好者、戳樂黨員,主要興趣為演化,希望把好東西介紹給大家。部落格《盲眼的尼安德塔石器匠》、同名粉絲團《盲眼的尼安德塔石器匠》。
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