- 執行編輯|林婷嫻、黃曉君;美術編輯|張語辰、林洵安
本文轉載自中央研究院研之有物,泛科學為宣傳推廣執行單位。
獵食者和獵物的對決,是生態系中非常普遍的重要現象。中研院分子生物研究所助研究員薛雁冰,與團隊觀察真菌如何獵捕線蟲,從野外採集、實驗室驗證、建立更好的模式菌株,到自行研發分析軟體,原創性的研究成果頻頻登上美國國家科學院院刊 (PNAS) 等國際期刊,跟著研之有物一起來了解。
上篇〈看真菌如何獵殺線蟲,開啟寄生蟲治療藥物新曙光!〉文章介紹,薛雁冰團隊發現微觀世界的狩獵現場:線蟲捕捉菌設陷阱、杏鮑菇下毒捕食線蟲,這些殺蟲機制將對生物防治帶來全新的可能。但更寶貴的是,在薛雁冰開始研究這個課題時,科學家對於食蟲真菌和線蟲互動的這些分子機制,所知甚少,她可說是開路先鋒。
「科學家估計地球上的真菌約有五百萬種,但目前研究者真正了解的,只有酵母菌、麵包黴及一些病原菌等十多種真菌。但自然界還有一些非常有趣的真菌,幾乎沒有分子層次的研究。」薛雁冰感性地回憶:「非常感謝我在加州理工學院博士後研究的指導教授 Paul Sternberg 願意支持我的想法,讓我在他的實驗室中嘗試開啟一個新領域,利用模式線蟲 C. elegans 來探討食蟲真菌跟線蟲之間的獵食者-獵物的交互作用,分子機制和共同演化。」回到台灣,在中研院建立自己的實驗室之後,薛雁冰繼續帶領著團隊,拓展食蟲真菌的研究,一步步拼湊出食蟲真菌獵殺線蟲的分子機制。
但要當個開路先鋒可不容易,從找到有價值的原創性主題、建立更好的模式生物,甚至打造分析工具,每往前一步皆須面臨更大的未知。但也因原創性的貢獻,研究成果頻頻登上如《美國國家科學院院刊》 (PNAS) 等國際期刊。一起走進薛雁冰團隊的研究現場!
野外採集,驗證實驗非空想
薛雁冰團隊發現線蟲捕捉菌 A.oligospora 會透過五個步驟捕食 C.elegans 線蟲:吸引獵物 → 發現獵物 → 設下陷阱 → 抓住獵物 → 飽餐一頓。
BUT!在大自然中,線蟲和線蟲捕捉菌真的會碰在一起,並如在實驗室般「打得火熱」嗎?於是薛雁冰團隊穿梭在臺灣山野間進行採集,結果發現,臺灣三分之二的土壤均有線蟲捕捉菌,而線蟲又是數量最多的動物,兩者果真常常「同在一起」。
他們也從泥土中分離出各種線蟲和真菌,整理在大自然中哪些線蟲和哪些線蟲捕捉菌生長在一起,在實驗室測試牠們的互動,比方說:某種線蟲捕捉菌是不是什麼線蟲都吃?還是只吃幾種線蟲?結果發現,線蟲捕捉菌「不挑吃」,什麼線蟲都吃,狩獵關係果真「普遍存在」所有的線蟲與線蟲捕捉菌之間。
發現超強菌種,建立研究好素材
研究過程中,薛雁冰也發現從菌種中心獲得的線蟲捕捉菌標準菌株「有點弱弱的」,不利於研究。怎麼辦?自己建立新模型!他們從野外採集的線蟲捕捉菌中,找到一些狩獵能力較強菌株。這些菌株可以產生很多捕捉構造,而且長出捕捉構造的速度比較快,因此殺死線蟲的速度也快!這些超強菌株可以成為絕佳的模式菌株,讓科學家們更容易研究線蟲捕捉菌如何長出捕捉構造,捕捉獵物需要哪些基因。
薛雁冰也以基因體定序加上基因體剔除法,破解超強菌株的狩獵力秘密:G 蛋白!在線蟲捕捉菌身上,G 蛋白負責對細胞傳遞外界的訊號,薛雁冰發現:這個蛋白會去傳遞外界有線蟲出沒的訊號,促使細胞長出捕捉構造。如果沒有這個蛋白,線蟲捕捉菌就無法發育出捕捉構造,只能讓「到嘴的肥蟲」逃走囉~
戰鬥防禦力分析工具
線蟲和真菌的實驗樣本要耐心尋找,分析它們戰鬥防禦力的工具也要費心開發。如果你曾經把麵包放到發霉,有天驀然回首,你會發現麵包長出一塊一塊的黴菌菌絲,很難精準描述其生長速度、生長範圍、菌絲長度。實驗室裡的線蟲捕捉菌(真菌)也是類似的情況。
在薛雁冰實驗室中,博士後研究員 Guillermo Vidal-Diez 透過電腦影像視覺分析的技術,自行發展出可以「定量」描述真菌生長的工具,如下圖所示:
這個電腦視覺技術可用來比較野生型的真菌、和突變型的真菌,兩者菌株生長情況有何不同。進一步搭配基因體定序技術,有助於找出菌株表現型 (phenotype) 的差異,和其基因型 (genotype) 之間的關聯性。
咳咳,說白話,例如:當我們發現某株真菌怪怪的,菌絲分岔特別多,那麼我們可以比較怪怪的真菌和正常的真菌,兩者基因哪裡不同,就能找出是哪個基因專門在控制菌絲生長的分岔程度。
「我們除了觀察線蟲和線蟲捕捉菌,在顯微鏡底下如何展開獵物和獵食者的對決,也好奇它們之間的交互作用,如何影響著它們各自基因及性狀的改變,以提升各自存活下來的機會。」這項研究工具將可望加速真菌相關研究的進展!
隨著科學技術的快速發展,現在做研究比以前快上許多。例如,以前要花上數年才能找出突變線蟲的基因變異所在,現在只要一兩個月,就能藉由遺傳學的分析、加上全基因體定序,快速找出是哪些基因發生變異,造成這個突變線蟲的性狀改變(例如外型、神經系統的發育,或是行為發生改變),因此能躲過線蟲捕捉菌的吸引和陷阱,逃過被捕食的命運。
「這些快速發展的技術和工具,提供我們一個很好的時代,再次利用『遺傳學的強大力量』(the awesome power of genetics) 來研究生物學上重要的問題,」薛雁冰說:「這些工具讓我有勇氣去探索『非模式物種』(non-model organisms) 的奧秘,開拓新領域來建立起我們的原創性研究課題。」
延伸閱讀
- 看真菌如何獵殺線蟲,開啟寄生蟲治療藥物新曙光!
- 薛雁冰的個人網頁
- 〈薛雁冰老師專訪〉,作者:紀威佑
- How Chemical eavesdropping enabled carnivorism in fungi, written by Jennifer Tsang
- Vidal-Diez de Ulzurrun G, Hsueh YP (2018) Predator-prey interactions of nematode-trapping fungi and nematodes: both sides of the coin. Appl Microbiol Biotechnol, 102: 3939.
- Hsueh YP, Gronquist M, Schwarz EM, Nath R, Lee CH, Gharib S, Schroeder FC, Sternberg PW (2017) The nematophagous fungus Arthrobotrys oligospora mimics olfactory cues of sex and food to lure its nematode prey. eLife 6:e20023
- Hsueh YP, Mahanti P, Schroeder FC, Sternberg PW (2013) Nematode-trapping fungi eavesdrop on nematode pheromones. Curr Biol, 23: 83-86
- ‘Fungal feature tracker’ could accelerate mycology research
- Guillermo Vidal-Diez de Ulzurrun,Tsung-Yu Huang,Ching-Wen Chang,Hung-Che Lin,Yen-Ping Hsueh(2019) Fungal feature tracker (FFT): A tool for quantitatively characterizing the morphology and growth of filamentous fungi. PLoS Comput Biol. 15(10):e1007428
- Ching-Ting Yang, Guillermo Vidal-Diez de Ulzurrun, A. Pedro Gonçalves, Hung-Che Lin, Ching-Wen Chang, Tsung-Yu Huang, Sheng-An Chen, Cheng-Kuo Lai, Isheng J. Tsai, Frank C. Schroeder, Jason E. Stajich, and Yen-Ping Hsueh (2020). Natural diversity in the predatory behavior facilitates the establishment of a robust model strain for nematode-trapping fungi. PNAS 117 (12) 6762-6770
本文轉載自中央研究院研之有物,原文為《開拓新領域的勇氣!破解真菌與線蟲傳說對決的薛雁冰》,泛科學為宣傳推廣執行單位