設想 ATP 是種受壓擠的彈簧,那麼它可以在壓力釋開時彈開,使用它的能量來做有用的運用。結果也確實有用:儲存在 ATP 裡的自由能量,用來收縮肌肉、運輸分子和細胞到全身各處、合成 DNA 和 RNA 與蛋白質,經由神經細胞發送信號,還有其他不可或缺的生化機能。生物體能四處移動並且自我存續,ATP 扮演了關鍵角色。薛丁格也點出,這兩項能力就是生命的定義特徵。
能量從 ATP 釋出,通常發生在有水(H2O)的情況下。ATP 的三磷酸各含一顆磷原子(P),周圍是氧原子(O),見下頁圖左側——當中一個磷酸從 ATP 分離出來,我們就剩下腺苷二磷酸(adenosine diphosphate, ADP)。接著該磷酸鹽便與附近水分子的一顆氧原子連接,而剩下的 OH 便會與 ADP 結合。
圖/由作者提供。
最後這些產物的總能量,低於原始的 ATP 分子;因此該歷程同時釋出自由能量(用來進行某種有用的生化功能)以及無序的能量(熱)。所幸,ATP 是種可充電的電池,透過身體接著使用外來能源,好比陽光或糖,把磷酸鹽和 ADP 轉換回水和 ATP,ATP 又可以再次投入做功。
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圖/由作者提供。
發生在你體內的所有能量活動,都會消耗龐大數額的 ATP;普通人每天運轉消耗的 ATP 數量,等於他的身體質量。當你屈曲二頭肌來舉起啞鈴或一杯酒,來自 ATP 而用來收縮你肌肉的能量就會猛然釋開,促使你肌肉纖維所含的蛋白質相互滑動。構成 ATP 的個別原子並不會耗盡;各分子只會分裂然後又重組,每天發生數百次。
ATP 從何而來?
從低熵 ADP 製造出 ATP 的自由能量是從哪裡來的?它的最終源頭是太陽。當某個植物或某微生物的葉綠素分子吸收可見光的光子,它的能量會鬆動一顆電子,這時就會發生光合作用歷程。高能量電子經由名叫電子傳遞鏈(electron transport chain)的連串分子穿過一道膜,導致膜的一側所含的電子數大於質子數,形成一種電荷梯度(electrical gradient),且一側帶淨負電,另一側則帶淨正電。
這就是生命灌注能量的基本做法;膜的一側所含質子彼此互推分開,有些經由一種稱為 ATP 合成酶(ATP synthase)的酵素逸出。試圖逸出的質子最終進入了合成酶,為它供應能量,而讓 ADP 合成為 ATP,這種歷程稱為化學滲透作用(chemiosmosis)。其中有些能量免不了要化為無序能量,並以低能量光子形式還有周遭原子的熱量顫動(熱)的方式釋出。
這種布朗棘輪是生物細胞內部眾多分子馬達的一種簡單模型。沒有任何外部觀察者會為了因應特定目的而改變分子形狀,而是有自由能量由 ATP 攜帶四處移動。ATP 分子能與細胞機具的移動束縛在一起,在恰當時機釋出能量,從而容許朝一個方向的變動,同時抑制朝向另一方向變動。在奈米尺度完成工作,完全關乎如何駕馭你周遭的混沌。
熱力學第二定律萬歲
薛丁格關於生命有機體消耗自由能量來維持其結構完整性的寫照,精彩顯現於真實世界的生物學。太陽為我們送來自由能量,那是相當高能量的可見光光子。那些光子由植物和單細胞生物體捕獲,用來進行光合作用,並製造 ATP 供自己使用,此外還有糖與其他可食化合物,這些都能儲存自由能量,並供動物運用。這種自由能量能用來保持生物體的內部秩序,同時讓它運動、思考並做出反應,也就是讓生物有別於無生命事物的所有事項。我們一開始從太陽能入手,現在它一路逐漸劣化,轉變成熱形式的無序能量。那項能量化為較低能量的紅外線光子,最終輻射回歸宇宙,熱力學第二定律萬歲。
1990 年,融合蛋白 CD4 免疫黏附素(CD4 immunoadhesin)誕生。這項設計,是為了對付令人類聞風喪膽的 HIV 病毒。
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我們知道 T 細胞是人體中一種非常重要的白血球。在這些 T 細胞中,大約有六到七成表面帶有一個叫做「CD4」的輔助受體。CD4 會和另一個受體 TCR 一起合作,幫助 T 細胞辨識其他細胞表面的抗原片段,等於是 T 細胞用來辨認壞人的「探測器」。表面擁有 CD4 受體的淋巴球,就稱為 CD4 淋巴球。
麻煩的來了。 HIV 病毒反將一軍,竟然把 T 細胞的 CD4 探測器,當成了自己辨識獵物的「標記」。沒錯,對 HIV 病毒來說,免疫細胞就是它的獵物。HIV 的表面有一種叫做 gp120 的蛋白,會主動去抓住 T 細胞上的 CD4 受體。
而另一端的 Fc 區域則有兩個重要作用:一是延長融合蛋白在體內的存活時間;二是理論上能掛上「這裡有敵人!」的標籤,這種機制稱為抗體依賴性細胞毒殺(ADCC)或免疫吞噬作用(ADCP)。當免疫細胞的 Fc 受體與 Fc 區域結合,就能促使免疫細胞清除被黏住的病毒顆粒。
不過,這裡有個關鍵細節。
在實際設計中,CD4免疫黏附素的 Fc 片段通常會關閉「吸引免疫細胞」的這個技能。原因是:HIV 專門攻擊的就是免疫細胞本身,許多病毒甚至已經藏在 CD4 細胞裡。若 Fc 區域過於活躍,反而可能引發強烈的發炎反應,甚至讓免疫系統錯把帶有病毒碎片的健康細胞也一併攻擊,這樣副作用太大。因此,CD4 免疫黏附素的 Fc 區域會加入特定突變,讓它只保留延長藥物壽命的功能,而不會與淋巴球的 Fc 受體結合,以避免誘發免疫反應。
從 DNA 藍圖到生物積木:融合蛋白的設計巧思
融合蛋白雖然潛力強大,但要製造出來可一點都不簡單。它並不是用膠水把兩段蛋白質黏在一起就好。「融合」這件事,得從最根本的設計圖,也就是 DNA 序列就開始規劃。
我們體內的大部分蛋白質,都是細胞照著 DNA 上的指令一步步合成的。所以,如果科學家想把蛋白 A 和蛋白 B 接在一起,就得先把這兩段基因找出來,然後再「拼」成一段新的 DNA。
經過細菌鑑定以及將病菌接種在動物身上的對比試驗,埃凡斯推斷這兩者其實是同一種桿菌,並將這些發現於 1917 年 12 月在美國細菌學家協會(the Society of American Bacteriologists)年會上報告,並發表於 1918 年 7 月的《傳染病雜誌》(The Journal of Infectious Diseases)。而後來為紀念首先研究這病症的布魯斯,這個病原菌被定名為「布氏桿菌」(Brucella abortus)。