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【Gene思書齋】認識主宰你健康與快樂的微生物世界──《我們只有 10% 是人類》推薦序

Gene Ng_96
・2018/06/16 ・3315字 ・閱讀時間約 6 分鐘 ・SR值 518 ・六年級

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近來流行一個說法,也就是這本書的書名《我們只有 10% 是人類:認識主宰你健康與快樂的 90% 細菌》(10% Human: How Your Body’s Microbes Hold the Key to Health and Happiness)所指稱的,「我們不過只有 10% 是人類」。這裡的百分之十是針對我們全身上下裡外所有細胞數量而言,因為我們無論是在皮膚上還是毛髮、腺體或腸道,都住了許許多多看不見的微生物,它們的細胞數估計有我們人體細胞的近十倍之多!

無窮無盡、形形色色的微生物世界

著名的演化生物學家愛德華.威爾森(Edward Osborne Wilson, 1929-)以研究螞蟻聞名於世,不僅在學界享有最高榮譽,他寫的《螞蟻》(The Ants)一書還讓他榮獲普利茲獎,他長期為生物多樣性倡言,也讓人尊稱他為生物多樣性之父。他在自傳《大自然的獵人:博物學家威爾森》(Naturalist)的結尾中提到,如果有機會讓他重新選擇研究主題,他會選擇研究土壤中微生物的多樣性。看來微生物無窮無盡、形形色色的種類也讓生物多樣性之父深深著迷。

然而平心而論,雖然威爾森肯定是大師,但他當年沒選擇研究微生物多樣性可能是對的,否則他恐怕不會有今天的成就。受限於技術性瓶頸,許多重要的微生物過去因為無法在實驗室裡培養,科學家幾乎無法獲知它們的存在,更遑論要能夠深入研究它們的特性。

圖/Hiné Mizushima @ Flickr

過去,估計只有約百分之一的土壤細菌能夠在實驗室環境下培養,近年來在技術上有了突破,才能夠把可培養的細菌種類提高到約百分之五十。但換句話說,仍有半數種類的細菌無法培養,不過這已經足夠讓科學家感到興奮了。過去二十年來,還有另一項技術性突破,拜 DNA 定序技術的日新月異和成本大幅降低所賜,我們有了「元基因組學」(Metagenomics)的研究,讓我們也能窺視一下那些無法培養的微生物。

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元基因組學讓我們探索微生物多樣性

美國克萊格.凡特研究所(J. Craig Venter Institute)的創立者凡特(J. Craig Venter, 1946-)曾有一項創舉,就是開著船出海去撈海水,然後把海水裡頭的 DNA 全都用霰彈槍法定序,從中探討海水中微生物的多樣性。他們在 2003 年發表的論文,讓我們發現一些原本被認為是生機貧乏的海域,居然也住了多樣的微生物,開啟了元基因組學的濫觴,迄今仍可謂方興未艾。凡特是塞雷拉基因組公司(Celera Genomics)的創辦人與前任總裁,他帶領公司展開與人類基因組計畫互相競爭,加速了人類基因組解碼的進度,是叱吒風雲的人物。他對微生物的多樣性也深深著迷。

因為有了元基因組學的研究方法,科學家終於能夠探索土壤、海洋或是森林裡的微生物多樣性,也終於能解開我們身上那另外百分之九十的細胞究竟有什麼,並且了解它們究竟能夠搞出什麼花樣。於是在這十幾年來,科學界有許多顛覆性的發現,讓微生物學教科書每隔幾年就要改寫不少篇幅。這本書總結了一些近年來的重要發現,用一種貼近生活的方式來訴說這些微生物,究竟對我們的健康和疾病有多重要。

有了元基因組學的研究方法,科學家終於能夠探索土壤、海洋或是森林裡的微生物多樣性。圖/Nejc Košir @ PEXELS

匪夷所思的細菌影響力

我們只有 10% 是人類》中談到的許多現象,有些真的很令人匪夷所思,例如腸子裡的細菌居然會影響我們的個性?我們皮膚上的細菌會影響我們會不會被發好人卡?天天用肥皂洗澡反而越洗越有體臭?還有諸如過敏、肥胖症、憂鬱症,全是因為生活太乾淨了而引起免疫系統失調?麩質過敏、乳醣不耐,是因為我們把體內的益菌趕盡殺絕了?甚至連自閉症的都跟腸道裡的細菌有關?天啊,我們身上那另外百分之九十的細胞,還有什麼事情管不著啊?

近幾十年在先進工業國越來越流行的諸多疾病,居然可能是因為我們的生活環境太乾淨,尤其加上抗生素的濫用,無形中消滅了和我們共同演化了上百萬年的微生物,反而造成了人體的不適應。另外,科學家也發現,原來我們的免疫系統不是僅僅要對微生物大開殺戒,它們還會並肩合作;免疫系統就像國防軍,而益生菌等微生物就像是盟軍,之間會互通情報就算了,有些細菌還像魔鬼教官一樣,會訓練讓免疫細胞成熟呢!

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過度的乾淨反而使的人體毛病變多?圖/Thomas Morris @ Flickr

我們身上最大宗的細菌,當然是那些腸道細菌。幾十年前我們就知道它們會製造人體必要的維生素,只是現在發現它們幹的活還真不少。請容許我談些個人經驗吧,過去我最害怕的身體狀況,就是腹瀉。可能是因為小時候闌尾發炎被切掉了(闌尾的功能可能是保持腸內菌落平衡),只要我一不小心,吃錯肚子也好,或者感染病毒也好,一旦腹瀉起來往往就一瀉千里,折騰一兩週。

有次因為要裝牙套、動小手術,必須服用抗生素,引起的腹瀉讓我苦不堪言,停藥後仍未改善。有朋友見我一直拉肚子,建議我可以服用益生菌的健腸產品,我半信半疑地照作,結果果然一兩天後就不再腹瀉了。日後只要腸胃一不對勁,我立刻吞服益生菌,雖然並非每次都藥到病除,但似乎有些效果,現在已經不像以前每個月都要鬧肚子,就算有腹瀉也不至於拖上一兩週。

吃益生菌整腸其實不算新聞,更令人感到不可思議的是,有些頑固的腸道疾病,居然能用一個便宜有效的方法快速改善,那就是糞便移植!這個非傳統的療法,恐怕迄今醫學院裡許多教授都聞所未聞,或者嗤之以鼻。

我們只有 10% 是人類》中談到另一個例子,胃幽門螺旋桿菌先是被發現和胃潰瘍有關,原來它們也是雙面刃。我也曾患有十二指腸潰瘍,接受過一個月的抗生素治療,最後潰瘍是好了,但這十幾年來卻一直有胃食道逆流的困擾。書中也提到,胃幽門螺旋桿菌的消滅,和胃食道逆流有一定的關連。

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從胃活檢免疫組化染色幽門螺桿菌。圖/User:KGH – User:KGH, 創用CC 姓名標示-相同方式分享 3.0, wikimedia commons.

我們只有 10% 是人類》中還提到,我們的食物越來越精緻,我們吃的纖維素越來越少,那可是益生菌不可或缺的食糧。許多肥胖的原因,並不見得只是因為食物熱量越來越高,也可能是因為膳食纖維不足。還有,我們生產和育幼方式的改變,也可能讓嬰兒無法獲取足夠的益生菌,例如剖腹產或產道的消毒,以及配方奶的使用,可能都長遠地改變了小孩的健康。

肯定還有更多待了解的 90% 微生物

基本上,《我們只有 10% 是人類》作者艾蘭納.柯琳(Alanna Collen)大部分情況下是有一分證據說一分話,不過我們還是要謹慎看待裡頭的一些理論,例如腸漏症,以及微生物和自閉症的關係,恐怕還需要更多的證據,科學界才能夠取得共識。這樣的說法可能對一些讀者來說太保守了,但是科學的精神之一就在於,理論需要被一而再、再而三地驗證,才能夠留傳百世。

這也是科學另一有趣之處,常會出現「枊暗花明又一村」的結果。微生物理論大幅改善了公共衛生,延長了人類的平均壽命,因為我們正確地理解到許多疾病的致病原因是微生物,今天的小傷小病已經不像古早時候那麼要命了。我們卻也可能走過頭了,想把它們全都斬草除根,以為微生物幹的多半是傷天害理的壞事。然而過了百年,我們又發現,原來我們身上的微生物多樣性,是值得我們費心去珍惜和保育的。

對這些微生物,我們知道的肯定還不夠多。人類基因組已完成定序十幾年了,我們知道人類約有兩萬多個基因,可是大部分基因的功能都還不了解,而我們身上的微生物,它們的基因也參與了我們不少生理功能,我們對它們所知當然又更少。說不定就基因數而言,「我們只有 10% 是人類」,也是有道理的呢!

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本文為《我們只有 10% 是人類》推薦序。





文章難易度
Gene Ng_96
295 篇文章 ・ 30 位粉絲
來自馬來西亞,畢業於台灣國立清華大學生命科學系學士暨碩士班,以及美國加州大學戴維斯分校(University of California at Davis)遺傳學博士班,從事果蠅演化遺傳學研究。曾於台灣中央研究院生物多樣性研究中心擔任博士後研究員,現任教於國立清華大學分子與細胞生物學研究所,從事鳥類的演化遺傳學、基因體學及演化發育生物學研究。過去曾長期擔任中文科學新聞網站「科景」(Sciscape.org)總編輯,現任台大科教中心CASE特約寫手Readmoo部落格【GENE思書軒】關鍵評論網專欄作家;個人部落格:The Sky of Gene;臉書粉絲頁:GENE思書齋

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蓋房子高手?建築業的未來新星:科氏芽孢桿菌——《細菌群像》
麥田出版_96
・2023/03/12 ・1528字 ・閱讀時間約 3 分鐘

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  • Bacillus cohnii   
  • 科氏芽孢桿菌
  • 形狀:圓
  • 直徑:0.6 至 0.7 微米
  • 前進:使用布滿細胞表面的鞭毛
科氏芽孢桿菌。圖/《細菌群像》。

會產生石灰的細菌

細菌不僅可以用於生產食物或提煉金屬,還可以用來建造橋樑和房屋。

例如科氏芽孢桿菌,這是一種一點都不起眼,但會產生石灰的細菌。它喜歡鹼性的生活環境,像是酸鹼值可達八的馬糞裡。但它也生活在鹼性更強的環境,全世界都有其蹤跡,甚至在歐洲、非洲、南美、土耳其的鹼湖裡,它會利用溶在湖裡的碳酸鹽產生石灰。

此細菌最初是在一九九○年代初期,德國微生物及細胞培養保藏中心的細菌學家在尋找偏好鹼性環境的新菌種時所發現,當時的土壤樣本來自一個鹼性土壤的牧場,裡面還殘留著馬糞。

科氏芽孢桿菌除了能夠忍受酸鹼值超過十二的強鹼,相當於氣味刺鼻的氨水的酸鹼值,還能形成孢子渡過長時間的乾旱期。細菌孢子的特性是具有極強的抵抗力,可以存活數十年或數百年,在特定的條件下甚至超過數百萬年(球形離胺酸芽孢桿菌(→ 78頁)還有發芽的能力。

科氏芽孢桿菌的名字源自於德國細菌學家費迪南.尤利烏斯.科恩(Ferdinand Julius Cohn),細菌學的奠基者,也是一八七二年第一個鑑識出芽孢桿菌屬這種小桿形細菌的學者。

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研發能「自行修復」的混凝土

科氏芽孢桿菌能生活在鹼性環境中,能產生石灰,孢子經過長時間還具有發芽能力。結合這三種特性,令建築業對之產生興趣。一位荷蘭微生物學家專門研究會產生石灰的細菌,並嘗試研發出一種能自行修復的混凝土。

科學家試圖利用科氏芽孢桿菌研發出能自行修復的混凝土。圖/envatoelements

他的做法是將細菌孢子與銨鹽、磷酸鹽及養分混合在一起,封裝於黏土球裡,然後將這粒只有幾公厘大小的顆粒加入強鹼性的混凝土中。混凝土硬化後若一直保持緊密,便無事發生。但如果出現裂縫,開始長時間滲水,細菌孢子就會開始萌發。當細菌繁殖分裂,會消耗添加進去的物質,並不斷產生碳酸鈣填補裂縫。一道幾公釐寬的裂縫,只需數天時間即可修補完畢。

如此一來,科氏芽孢桿菌就可以解決混凝土結構出現裂縫的難題,否則定期必須進行的繁複維修,造成的損失可高達數十億歐元。除此之外,此細菌也能用在保護現存的建築物,在噴塗混凝土或修復液中皆已測試添加此細菌,用在已出現細微裂縫的建築構件上。

不過,此項產品至今尚未成熟,黏土顆粒仍然占據太多空間,進而影響混凝土的穩定性。還有載體材質、養分及混凝土之間的交互作用,以及孢子平均分布與釋放,與石灰形成的速度及過程等等,都還在改良中。如今,研究人員也測試其他能形成石灰的細菌是否適用。不過無論如何,科氏芽孢桿菌可說是混凝土生物修復劑的先鋒。

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科氏芽孢桿菌這類會產生石灰的細菌,現在也運用在其他目的上。一家德國公司利用它來黏走採礦產生的灰塵。方法是將細菌加入培養液裡,灑在布滿灰塵的泥土上,六至四十八小時內就會產生石灰,將灰塵顆粒黏在一起形成砂岩,即固化灰塵。從前為了抑制灰塵,礦業公司必須使用大量的水,如今,藉由細菌的幫忙,就可以省下這些水了。

——本文摘自《細菌群像:50種微小又頑強,帶領人類探索生命奧祕,推動科學前進的迷人生物》,2023 年 3 月,麥田出版,未經同意請勿轉載。

麥田出版_96
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1992,麥田裡播下了種籽…… 耕耘多年,麥田在摸索中成長,然後努力使自己成為一個以人文精神為主軸的出版體。從第一本文學小說到人文、歷史、軍事、生活。麥田繼續生存、繼續成長,希圖得到眾多讀者對麥田出版的堅持認同,並成為讀者閱讀生活裡的一個重要部分。

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高效率生存!生物界的空間利用大師:遍在遠洋桿菌——《細菌群像》
麥田出版_96
・2023/03/11 ・1874字 ・閱讀時間約 3 分鐘

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  • Candidatus Pelagibacter ubique 
  • 遍在遠洋桿菌
  • 外觀:通常如月牙般略彎之小桿 
  • 長:0.37 至 0.89 微米 寬: 0.12 微米至 0.20 微米
遍在遠洋桿菌。圖/《細菌群像》。

高效率利用生存空間

假使將我們肚裡大腸桿菌的體型比作兔子,遍在遠洋桿菌的體型就如同小老鼠。這種無所不在的海洋細菌不只是能獨立生存的細菌中體積最小的[1],可能也是全世界最有效率也最成功的生物。每公升的海水裡,就有數以百萬計這種細菌,據推測,遠洋桿菌屬的總菌量在地球上高達 1027 至 1028,這個數目是宇宙中目前可觀測到之恆星數量的十萬至一百萬倍。

但這種細菌所創下的紀錄不只這項: 海水所含養分非常貧乏,微生物要生存,就必須主動將所需養分分子輸送進細胞內部。這會消耗能量,最後也一定會有所剩餘。遍在遠洋桿菌則生活在極限邊緣:擁有正好足夠其吸收養分及生長繁殖所需的能量,剛剛好,不多也不少。

遍在遠洋桿菌可說是生物界的空間利用大師,其用來維持新陳代謝和繁殖的胞內空間,少到令人難以想像。細胞內三分之二的空間用於新陳代謝,剩下的三分之一被遺傳物質占滿。在小小的空間裡備有感應系統,能偵測含碳、氫、鐵化合物及光線的位置,擁有必要的運輸系統,以及一切所需的酵素,能自行生產二十種維持生命不可或缺的胺基酸。

體積若是再小,就只能放棄全部或部分的新陳代謝。例如,更小的病毒基本上就是壓縮緊密的基因,會侵入其他生物的細胞中,將別人的新陳代謝系統據為己用。

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如果養分充足,細胞內無須再具備持家基因,生活在這種環境的細菌或古菌的確可以小過遍在遠洋桿菌。例如生殖道黴漿菌(Mycoplasma genitalium),這是一種對人類致病的病原體,會在尿道、子宮等黏膜造成感染,體積僅有三百乘以六百奈米左右,但無法獨立生存[2]。二○一五年有學者聲稱在地下水裡發現更小的細菌,但直至今日為止尚未能成功培養,因此學界相當懷疑是否真實存在。

精簡而高效的演化結果

此外,遍在遠洋桿菌的維生機制,效率也出奇地高。它只有一百三十萬組鹼基對,共含約一千四百個基因,是至今已知可獨立生存的物種中最少的。沒有任何多餘的東西,只有必要的配置。甚至連遺傳密碼,也似乎為了減少能量消耗而有過最佳化的調整。

一如其他生物,遠洋桿菌的遺傳密碼由四種鹼基 A(腺嘌呤)、C(胞嘧啶)、G(鳥嘌呤)、T(胸腺嘧啶)所組成。但比起其他細菌,遠洋桿菌裡 A 與 T 出現較為頻繁,此點便是出於效能,因為 C 與 G 含有較多的氮(而這在海水中是稀有元素),製造起來較為困難,如同人們以盡可能節省墨水的方式寫作一樣。

遍在遠洋桿菌在其所屬的立克次體目裡,算是特異獨行的一支。因為除了它之外,所有立克次體目的細菌,都必須在其他生物細胞內才能存活,其中也有不少病原菌,例如普氏立克次體菌,流行性斑疹傷寒的病原菌,透過蝨子傳染。

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生物學家研究遍在遠洋桿菌並不只因為其驚人的能源效能和基因體的構造,對生態而言,它也相當重要。因為所有遠洋桿菌加起來的重量,比全球海洋魚類總重量還要多,且占有海洋細菌生物量的四分之一;在溫暖的夏季,甚至可能高達二分之一。由於它的主要食物來自死亡生物殘留下來的可溶性有機物,因此在地球的碳循環上,也扮演一個重要的角色。

遍在遠洋桿菌加起來的重量,比全球海洋魚類總重量還要多。圖/envatoelements。

由於數量實在太龐大,因此也容易引起敵人的覬覦:至今已知有數種病毒,會侵占並消滅此種細菌。

遲至二○○二年,人們才知道遍在遠洋桿菌的存在。在那之前,人們只認得它的 rRNA(核糖體核糖核酸)序列,是一九九○年研究人員在北大西洋馬尾藻海的海水樣本裡所發現。這也是首批運用當時最新的序列鑑定方法檢測到的細菌之一,但當時無法成功地培養出來。最後研究人員用了養分很低的培養基,以及高度稀釋的樣本,並添加一種能附著在核糖體上的染劑用以判別才成功。

註解

  • [1] 審定注:一些寄生型細菌和古菌更小。
  • [2] 審定注:該菌倚賴人類細胞裡的現成養分存活。

——本文摘自《細菌群像:50種微小又頑強,帶領人類探索生命奧祕,推動科學前進的迷人生物》,2023 年 3 月,麥田出版,未經同意請勿轉載。

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麥田出版_96
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征服極端低溫!具有超強耐寒能力的細菌:冷紅科爾韋氏菌——《細菌群像》
麥田出版_96
・2023/03/10 ・1718字 ・閱讀時間約 3 分鐘

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  • Colwellia psychrerythraea 
  • 冷紅科爾韋氏菌
  • 形狀:小桿狀
  • 顏色:淺紅色
  • 長:2.5 至 3.5 微米
  • 直徑:0.5 微米
  • 前進:使用鞭毛
冷紅科爾韋氏菌。圖/《細菌群像》。

攝氏 –196 度的世界

據當今研究結果所知,在生命出現的早期,地球上炎熱期與冰凍期交互出現,前者平均溫度可達攝氏五十度,後者溫度可低至地表完全凍結。火山爆發及隕石和小行星的撞擊,使地球溫度升高,經由化學反應及後來出現的生物反應消耗大氣層中的二氧化碳,又使地表變冷凍結。

對大多數的生物來說,今日地球是個既濕又冷的家。地表面積超過百分之七十全是海洋,其中三分之二又是寒冷的深海帶,終年溫度只有攝氏二至三度。地表上所有水域裡,淡水僅占百分之二點五,溫度卻也沒有太大差別:百分之九十的淡水,都儲存在極地冰塊及散布地球各處的冰河裡。

自人類開始定時測量並記錄溫度後,最低溫的紀錄是在南極測得的攝氏零下八十九點二度,不過那裡的溫度也從未上升到比結冰點還高。比較重要的是,有些地方雖有溫暖期,但在夜間或冬天會變得異常寒冷,像亞洲一些地方最高溫可達攝氏四十九度,但低溫時也會降到零下五十度。因此不難想像,為何這麼多的細菌都具有高溫差環境的適應力。

所有在低溫環境仍然活躍的細菌中,冷紅科爾韋氏菌特別引人注目:這種微生物在攝氏零下十度還可四處遊走,在攝氏零下二十度還能繼續生長分裂繁殖。甚至在攝氏零下一百九十六度超低溫環境,研究人員還可觀察到其新陳代謝的運作。

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冷紅科爾韋氏菌能在液態氮(這可是能將花朵瞬間凍成易碎玻璃的物質)中將胺基酸吸收並用來組成自己的細胞。此特性要歸功於它的保暖聚合物及在細胞外作用的酵素,讓它被包覆在網狀的分子結構裡,就像穿了一件毛衣,保護其免於水分形成整齊的冰晶結構。耐寒細菌的細胞壁結構類似液晶,在極冷和高壓下仍然可以保持液態,這也解釋了為何它同時也耐高壓。

掌握低溫生物技術

科爾韋氏菌屬發現於一九八八年,發表研究結果的作者建議以美國微生物學家麗塔.科爾韋(Rita Colwell)之名來命名,以示敬意。科爾韋生於一九三四年,在一九六○年代發現沿海水域有霍亂弧菌,而且常寄生在以藻類為食的浮游性橈腳類[1]動物上。

在氣候溫暖或養分過剩導致藻類大量繁殖時,就會吸引這些細小的甲殼類動物前來,細菌也就隨之而來。科爾韋發現這項事實後,立即成立安全用水供應網,設法以盡可能簡單的工具,例如自造的過濾器,防止因飲用水造成的傳播感染。

此後,她還與其他伙伴一起創立 CosmosID 公司,以期快速檢驗出環境樣本中的細菌。為了向她致敬,南極一座山塊[2]就以她的名字命名。冷紅科爾韋氏菌的種小名 psychrerythraea,則由希臘文 psychros(冷)及拉丁文 erythraeus(紅色)組成,因這個細菌嗜寒並含有紅色色素。

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科爾韋氏菌被應用於許多生物技術上。圖/envatoelements

冷紅科爾韋氏菌也可以在無氧的環境中存活,還可利用各種結構簡單或結構複雜的有機化合物做為養分。由於這種細菌能分解很多種含氮化合物,甚至還能利用硫來產能,因此相當適合利用它在寒冷地區處理環境污染問題。

除此之外,此種細菌也可能促進新疫苗的發明。科學家將病原菌重要的代謝基因替換成冷紅科爾韋氏菌的代謝基因,得到以下結果:病原菌在低溫下正常生長,但在常溫時停止生長,細胞逐漸死亡。這種弱化後的病原菌可用在活體疫苗,使身體在不受危害的狀況下產生足夠的免疫力。此法已在動物實驗中證實可行。

註解

  • [1] Copepoda,橈腳類或譯橈足類,海洋中數量眾多的一群甲殼動物。
  • [2] massif,又稱地塊,地質學中的一個結構單元,比構造板塊要小。

——本文摘自《細菌群像:50種微小又頑強,帶領人類探索生命奧祕,推動科學前進的迷人生物》,2023 年 3 月,麥田出版,未經同意請勿轉載。

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