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整個世界都是我的裝備庫!來看看地表最強的水熊秘訣

曾 文宣
・2015/12/02 ・3425字 ・閱讀時間約 7 分鐘 ・SR值 539 ・八年級

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來自緩步動物門的水熊為我們示範用小腳腳划水
平時的水熊(上)和脫水後、裝死狀態的水熊(下)如屎一般呢XD Eye Of Science/Science Photo Library

水熊(water bear)這種緩步動物是個超級可愛的小東西,八隻腳短短地這樣晃呀晃,肥肥短短、充滿皺褶的身軀更惹人憐愛。真的好可惜,牠們只有 0.5mm 左右的體型,不然拿起來抱一定很療癒XD

最酷的是,科學家發現牠們是目前發現到「地表最強」的生命。當遇上比較艱困的環境時,水熊會降低代謝率幾近零,把全身的水分排出,形成一個乾燥、假死的狀態(稱作 tun)。這樣的狀態下,牠們可以完全不吃也不喝,可以待在低溫從近絕對零度(零下272度)到151度的高溫,可以待在壓力無比大的深海裡頭,可以待在殺死其他動物的過量輻射下,泡在有毒的化學溶液裡也好端端的假死著!!牠們甚至可以在外太空真空的狀態下,產下活蛋。我聽過一個說法是,牠們可以在假死的狀態下,存活超過120年!總之,「地表最強」生命的形容絕對不是口說無憑。牠們只有一個弱點,沒有多好的物理防禦 XD(也就是說你可以一指捏死牠~

融可愛和不可摧為一身,來自北卡羅萊納大學的研究員定序其中一種水熊的全基因組後,終於找到牠們的過人之處,研究成果刊登在五天前的《美國科學院院刊》上!作者們起初定序 Hypsibius dujardini 這種水熊的基因組時,感到無比挫折。因為他們收到的序列結果顯示,有高達17.5%的基因不是水熊的,這裡頭有很大一部分是細菌的基因。這對每個操作過分生實驗的人來說,首要念頭就是「X!樣本被汙染了QAQ」,不小心噴進去的口水啦、空氣中的微塵呀等等。經過研究團隊再三確認後,的確,這些水熊的基因組就是有這些「拍咪呀」。(不過關於這部分,來自愛丁堡的團隊可是很有意見!請見文末的後記~)

Water Bear (Tardigrades)
在討抱抱耶>< Photo from Science Picture Co. / Corbis

一種生物的基因裡頭鑲嵌著其他有的沒的生物的基因,這種事在細菌裡頭非常常見。相對於親本到子代以「垂直式」的方法遺傳基因,由不同種生物之間交雜出的基因庫,我們稱之「水平基因轉移(horizontal gene transfer, HGT)」。簡單來說,某個玩家走著走著,看到地板有個不錯的裝備,他不僅只把此裝備撿起來使用,他還把裡頭的合裝的步驟、簽頂裝的密碼直接內嵌到玩家角色中,從此一勞永逸。在多細胞動物中,我們比較少觀察到類似水平基因轉移的現象,就算是共生的動物中,也只停留在你儂我儂(不同物種住在一起,或是A住在B體內),不會更進一步發展成你融於我、我融於你的階段(得到不同物種的基因)。但近年來,不少有趣的例子被揭露了!

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還記得底下這傢伙嗎?這個狠角色是綠葉海蛞蝓(Elysia chlorotica),牠們不但以某種黃藻(Vaucheria litorea)為食,還將黃藻部分的葉綠體基因偷過來,很直白的就塞進牠自己的基因體裡頭,捱餓時就用這些偷來的葉綠體基因行光合作用囉。除了這個比較熟悉的例子外,文章裡頭有提到,某種蜱從細菌那偷來製造抗體的基因、有種蚜蟲從真菌那偷來產生顏色的基因、小繭蜂納進古老病毒的基因用來產生麻痺宿主毛蟲的毒素、桔粉介殼蟲起碼有五種不同細菌支系來的基因、咖啡果小蠹由細菌來的基因重創咖啡植株(請見延伸閱讀)。我們可愛的水熊也由相同的的方式,水平轉移了不少好東西。

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緝拿葉綠體基因強盜!綠葉海蛞蝓坦承犯案。 Credits: Tumblr!

上面提到這些HGT的例子呀,轉移的基因都不多(≤1%)。在水熊被揭露以前,地表轉移最多的HGT大大是一種蛭形輪蟲(Adineta ricciae),2008年科學家發現牠們體內有8~9%的基因從外界得來。但很顯然,水熊的本領大幅超前兩倍之多,榮登HGT新一屆的榜首!作者們也發現,水熊的確會用外來的這些基因,做出具功能性的蛋白質,而且多數都和適應極端環境、抵禦逆境有關。所以讓牠們「不可摧」的祕密,就是來自這些水平轉移過來的高效能裝備,有細菌版(佔91.7%)、古細菌版(0.7%)、真菌版(4.1%)和植物版(3.1%)的各項技能。
新圖片

這時,想要挑戰HGT大賽的參賽者俯拾皆是。究竟水熊有甚麼得天獨厚的條件,可以偷來這麼多寶物呢?第一,牠們是自然界少數可以在完全脫水的狀態下繼續活著的動物,剛剛有提到的輪蟲也和水熊一樣有耐脫水的能力。第二,牠們在脫水假死的狀態後,能夠再吸飽水、恢復正常生理機能後重生。第三,牠們DNA修復的功能得要不錯,能夠把脫水時斷裂的DNA重新連接起來。看一下這張圖,在完全脫水的狀態下,雙股DNA會斷裂成小段小段的。待至細胞重新充填水分時,此時細胞膜會在短時間內出現相當多的孔隙,那些外源的細胞或基因片段就會流進來。最後,DNA的修復機制要把斷裂的DNA重新連起來時,手邊的材料就多了很多額外的組件,於是就完美鑲嵌上去啦!

最後,有一點蠻有趣的小翻案。過去不少人認為HGT的出現和演化,能夠為那些無性生殖、缺乏減數分裂的生物提高遺傳多樣性。因此不管在細菌、輪蟲這類無性生殖的生物上,都有驚人的HGT現象。而作者這邊使用的此種水熊,雖然都是孤雌生殖出來的雌性個體,但已有不少研究指出此種(和此屬)是有雄性個體的。因此,過人的HGT現象可能普遍出現在能夠「耐脫水」的動物上,而不是缺乏有性生殖的動物。聽起來蠻合理的,畢竟總要如上段描述的吸水過程才能把東西通通撿回家呀。

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讓我們再次為有「最可愛的八腳動物」、「最難被消滅(先別管物理方法惹)的生命」、「最厲害的水平基因轉移者」三冠王之稱的水熊強烈喝采吧!

 

  • Ps. (i) 斯圖加特大學的Ralph Schill指出,此篇研究的 H. dujardini 不是最耐脫水的水熊物種。讓我們來期待更無敵的水熊有多少HGT吧!
  • Ps. (ii) 泛節肢動物類群(Panarthropods)包含了緩步動物門(Tardigrada,就是水熊囉)、真節肢動物門(Euarthropoda)和有爪動物門(Onychophora),過去由於共同祖先的葉足類化石缺乏與現存類群相似的構造,這三個類群之間的親緣關係其實難有定論。近年來的研究漸漸支持緩步動物門和真節肢動物門之間是姐妹群的親緣關係。

 

後記(2015/12/09新增):

然而,科研界對於新發現可是非常嚴謹的!上上周這篇由來自英國愛丁堡大學的研究團隊也定序出相同物種(還同一個物種供應商)的水熊基因組。稍微回顧一下,本文介紹的結論是,在整個水熊近 2億7000萬 個鹼基對裡頭,有3萬8000多個基因,其中高達6600個基因是來自其他生物的(就差不多是1/6左右)。

但新的這篇愛丁堡團隊的研究經過定序後,整個基因組卻只有 1億3500萬個鹼基對(對應到不同動物的細胞大小,這個數字相對符合預期),約有2萬個基因。其他只有500個基因是外源性的。而真正可能透過水平基因轉移來的大概只有38個。重要的是,這樣的數字就在動物界裡頭沒多特別了XDD

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愛丁堡的團隊認為北卡團隊的基因組裡頭有多達30%的資訊都是受汙染的基因,可能在水熊的消化道裡頭或是表皮上,不是真正轉進去水熊基因組的其他細菌~

這是愛丁堡團隊的研究文獻,底下有北卡團隊的留言。雙方沒有太多唇槍舌戰,更多是虛心探討研究的問題並接受兩方的建議,感覺這樣討論科學的形式,非常有價值呀!

本文同樣刊載於作者臉書社團 【Ecology & Evolution translated 「生態演化」中文分享版

文獻連結:

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  • Boothby et al. (2015) Evidence for extensive horizontal gene transfer from the draft genome of a tardigrade. PNAS. published online early edition.

延伸閱讀:

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文章難易度
曾 文宣
22 篇文章 ・ 15 位粉絲
我是甩啊!畢業於臺灣師範大學生科系生態演化組|寫稿、審稿、審書被編輯們追殺是日常,經常到各學校或有關單位演講,寒暑假會客串帶小朋友到博物館學暴龍吼叫。癡迷鱷魚,守備領域從恐龍到哺乳動物,從陰莖到動物視覺,因此貴為「視覺系男孩」、或被稱呼「老二大大」。

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從認證到實踐:以智慧綠建築三大標章邁向淨零
鳥苷三磷酸 (PanSci Promo)_96
・2024/11/15 ・4487字 ・閱讀時間約 9 分鐘

本文由 建研所 委託,泛科學企劃執行。 


當你走進一棟建築,是否能感受到它對環境的友善?或許不是每個人都意識到,但現今建築不只提供我們居住和工作的空間,更是肩負著重要的永續節能責任。

綠建築標準的誕生,正是為了應對全球氣候變遷與資源匱乏問題,確保建築設計能夠減少資源浪費、降低污染,同時提升我們的生活品質。然而,要成為綠建築並非易事,每一棟建築都需要通過層層關卡,才能獲得標章認證。

為推動環保永續的建築環境,政府自 1999 年起便陸續著手推動「綠建築標章」、「智慧建築標章」以及「綠建材標章」的相關政策。這些標章的設立,旨在透過標準化的建築評估系統,鼓勵建築設計融入生態友善、能源高效及健康安全的原則。並且政府在政策推動時,為鼓勵業界在規劃設計階段即導入綠建築手法,自 2003 年特別辦理優良綠建築作品評選活動。截至 2024 年為止,已有 130 件優良綠建築、31 件優良智慧建築得獎作品,涵蓋學校、醫療機構、公共住宅等各類型建築,不僅提升建築物的整體性能,也彰顯了政府對綠色、智慧建築的重視。

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說這麼多,你可能還不明白建築要變「綠」、變「聰明」的過程,要經歷哪些標準與挑戰?

綠建築標章智慧建築標章綠建材標章
來源:內政部建築研究所

第一招:依循 EEWH 標準,打造綠建築典範

環境友善和高效率運用資源,是綠建築(green building)的核心理念,但這樣的概念不僅限於外觀或用材這麼簡單,而是涵蓋建築物的整個生命週期,也就是包括規劃、設計、施工、營運和維護階段在內,都要貼合綠建築的價值。

關於綠建築的標準,讓我們先回到 1990 年,當時英國建築研究機構(BRE)首次發布有關「建築研究發展環境評估工具(Building Research Establishment Environmental Assessment Method,BREEAM®)」,是世界上第一個建築永續評估方法。美國則在綠建築委員會成立後,於 1998 年推出「能源與環境設計領導認證」(Leadership in Energy and Environmental Design, LEED)這套評估系統,加速推動了全球綠建築行動。

臺灣在綠建築的制訂上不落人後。由於臺灣地處亞熱帶,氣溫高,濕度也高,得要有一套我們自己的評分規則——臺灣綠建築評估系統「EEWH」應運而生,四個英文字母分別為 Ecology(生態)、Energy saving(節能)、Waste reduction(減廢)以及 Health(健康),分成「合格、銅、銀、黃金和鑽石」共五個等級,設有九大評估指標。

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我們就以「台江國家公園」為例,看它如何躍過一道道指標,成為「鑽石級」綠建築的國家公園!

位於臺南市四草大橋旁的「台江國家公園」是臺灣第8座國家公園,也是臺灣唯一的濕地型的國家公園。同時,還是南部行政機關第一座鑽石級的綠建築,其外觀採白色系列,從高空俯瞰,就像在一座小島上座落了許多白色建築群的聚落;從地面看則有臺南鹽山的意象。

因其地形與地理位置的特殊,生物多樣性的保護則成了台江國家公園的首要考量。園區利用既有的魚塭結構,設計自然護岸,保留基地既有的雜木林和灌木草原,並種植原生與誘鳥誘蟲等多樣性植物,採用複層雜生混種綠化。以石籠作為擋土護坡與卵石回填增加了多孔隙,不僅強化了環境的保護力,也提供多樣的生物棲息環境,使這裡成為動植物共生的美好棲地。

台江國家公園是南部行政機關第一座鑽石級的綠建築。圖/內政部建築研究所

第二招:想成綠建築,必用綠建材

要成為一幢優秀好棒棒的綠建築,使用在原料取得、產品製造、應用過程和使用後的再生利用循環中,對地球環境負荷最小、對人類身體健康無害的「綠建材」非常重要。

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這種建材最早是在 1988 年國際材料科學研究會上被提出,一路到今日,國際間對此一概念的共識主要包括再使用(reuse)、再循環(recycle)、廢棄物減量(reduce)和低污染(low emission materials)等特性,從而減少化學合成材料產生的生態負荷和能源消耗。同時,使用自然材料與低 VOC(Volatile Organic Compounds,揮發性有機化合物)建材,亦可避免對人體產生危害。

在綠建築標章後,內政部建築研究所也於 2004 年 7 月正式推行綠建材標章制度,以建材生命週期為主軸,提出「健康、生態、高性能、再生」四大方向。舉例來說,為確保室內環境品質,建材必須符合低逸散、低污染、低臭氣等條件;為了防溫室效應的影響,須使用本土材料以節省資源和能源;使用高性能與再生建材,不僅要經久耐用、具高度隔熱和防音等特性,也強調材料本身的再利用性。


在台江國家公園內,綠建材的應用是其獲得 EEWH 認證的重要部分。其不僅在設計結構上體現了生態理念,更在材料選擇上延續了對環境的關懷。園區步道以當地的蚵殼磚鋪設,並利用蚵殼作為建築格柵的填充材料,為鳥類和小生物營造棲息空間,讓「蚵殼磚」不再只是建材,而是與自然共生的橋樑。園區的內部裝修選用礦纖維天花板、矽酸鈣板、企口鋁板等符合綠建材標準的系統天花。牆面則粉刷乳膠漆,整體綠建材使用率為 52.8%。

被建築實體圍塑出的中庭廣場,牆面設計有蚵殼格柵。圖/內政部建築研究所

在日常節能方面,台江國家公園也做了相當細緻的設計。例如,引入樓板下的水面蒸散低溫外氣,屋頂下設置通風空氣層,高處設置排風窗讓熱空氣迅速排出,廊道還配備自動控制的微噴霧系統來降溫。屋頂採用蚵殼與漂流木創造生態棲地,創造空氣層及通風窗引入水面低溫外企,如此一來就能改善事內外氣溫及熱空氣的通風對流,不僅提升了隔熱效果,減少空調需求,讓建築如同「與海共舞」,在減廢與健康方面皆表現優異,展示出綠建築在地化的無限可能。

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島式建築群分割後所形成的巷道與水道。圖/內政部建築研究所

在綠建材的部分,另外補充獲選為 2023 年優良綠建築的臺南市立九份子國民中小學新建工程,其採用生產過程中二氧化碳排放量較低的建材,比方提高高爐水泥(具高強度、耐久、緻密等特性,重點是發熱量低)的量,並使用能提高混凝土晚期抗壓性、降低混凝土成本與建物碳足跡的「爐石粉」,還用再生透水磚做人行道鋪面。

2023 年優良綠建築的臺南市立九份子國民中小學。圖/內政部建築研究所
2023 年優良綠建築的臺南市立九份子國民中小學。圖/內政部建築研究所

同樣入選 2023 年綠建築的還有雲林豐泰文教基金會的綠園區,首先,他們捨棄金屬建材,讓高爐水泥使用率達 100%。別具心意的是,他們也將施工開挖的土方做回填,將有高地差的荒地恢復成平坦綠地,本來還有點「工業風」的房舍告別荒蕪,無痛轉綠。

雲林豐泰文教基金會的綠園區。圖/內政部建築研究所

等等,這樣看來建築夠不夠綠的命運,似乎在建材選擇跟設計環節就決定了,是這樣嗎?當然不是,建築是活的,需要持續管理–有智慧的管理。

第三招:智慧管理與科技應用

我們對生態的友善性與資源運用的效率,除了從建築設計與建材的使用等角度介入,也須適度融入「智慧建築」(intelligent buildings)的概念,即運用資通訊科技來提升建築物效能、舒適度與安全性,使空間更人性化。像是透過建築物佈建感測器,用於蒐集環境資料和使用行為,並作為空調、照明等設備、設施運轉操作之重要參考。

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為了推動建築與資通訊產業的整合,內政部建築研究所於 2004 年建立了「智慧建築標章」制度,為消費者提供判斷建築物是否善用資通訊感知技術的標準。評估指標經多次修訂,目前是以「基礎設施、維運管理、安全防災、節能管理、健康舒適、智慧創新」等六大項指標作為評估基準。
以節能管理指標為例,為了掌握建築物生命週期中的能耗,需透過系統設備和技術的主動控制來達成低耗與節能的目標,評估重點包含設備效率、節能技術和能源管理三大面向。在健康舒適方面,則在空間整體環境、光環境、溫熱環境、空氣品質、水資源等物理環境,以及健康管理系統和便利服務上進行評估。

樹林藝文綜合大樓在設計與施工過程中,充分展現智慧建築應用綜合佈線、資訊通信、系統整合、設施管理、安全防災、節能管理、健康舒適及智慧創新 8 大指標先進技術,來達成兼顧環保和永續發展的理念,也是利用建築資訊模型(BIM)技術打造的指標性建築,受到國際矚目。

樹林藝文綜合大樓。圖/內政部建築研究所「111年優良智慧建築專輯」(新北市政府提供)

在興建階段,為了保留基地內 4 棵原有老樹,團隊透過測量儀器對老樹外觀進行精細掃描,並將大小等比例匯入 BIM 模型中,讓建築師能清晰掌握樹木與建築物之間的距離,確保施工過程不影響樹木健康。此外,在大樓啟用後,BIM 技術被運用於「電子維護管理系統」,透過 3D 建築資訊模型,提供大樓內設備位置及履歷資料的即時讀取。系統可進行設備的監測和維護,包括保養計畫、異常修繕及耗材管理,讓整棟大樓的全生命週期狀況都能得到妥善管理。

智慧建築導入 BIM 技術的應用,從建造設計擴展至施工和日常管理,使建築生命周期的管理更加智慧化。以 FM 系統 ( Facility Management,簡稱 FM ) 為例,該系統可在雲端進行遠端控制,根據會議室的使用時段靈活調節空調風門,會議期間開啟通往會議室的風門以加強換氣,而非使用時段則可根據二氧化碳濃度調整外氣空調箱的運轉頻率,保持低頻運作,實現節能效果。透過智慧管理提升了節能效益、建築物的維護效率和公共安全管理。

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總結

綠建築、綠建材與智慧建築這三大標章共同構建了邁向淨零碳排、居住健康和環境永續的基礎。綠建築標章強調設計與施工的生態友善與節能表現,從源頭減少碳足跡;綠建材標章則確保建材從生產到廢棄的全生命週期中對環境影響最小,並保障居民的健康;智慧建築標章運用科技應用,實現能源的高效管理和室內環境的精準調控,增強了居住的舒適性與安全性。這些標章的綜合應用,讓建築不僅是滿足基本居住需求,更成為實現淨零、促進健康和支持永續的具體實踐。

建築物於魚塭之上,採高腳屋的構造形式,尊重自然地貌。圖/內政部建築研究所

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水熊蟲真的能跟量子位元「量子糾纏」嗎?
linjunJR_96
・2022/01/20 ・2131字 ・閱讀時間約 4 分鐘

身形嬌小的水熊號稱地表最強生物,能夠透過獨特的「隱生」能力在最極端的環境下存活。這種狀態有點類似冬眠,遇見不利生存的條件時將所有代謝活動停止。

近期,有一國際研究團隊宣稱這種生物還有另一種出乎意料的能耐:和超導量子位元進行量子糾纏。用生物體做量子糾纏可是前所未聞,讓大家都嚇壞了。不過這個實驗究竟做出了什麼結果,讓作者可以做出這種宣稱?科學家沒事又為什麼要去抓水熊來糾纏呢?

掃描式電子顯微鏡下的水熊成蟲。圖/EOL

什麼是量子糾纏?

量子糾纏是量子力學獨有的一種描述,至於實際上到底是在「糾纏」什麼,可以參考先前這篇文章[2]

儘管名字聽起來很神祕,但量子糾纏並不只存在於科幻電影和內容農場,現今在實驗室中造出糾纏的粒子對早已是稀鬆平常的技術。量子計算和量子傳送等應用領域就是以糾纏作為基礎發展至今。

雖然這樣說,但利用糾纏粒子將物品或人類在星際間傳送的夢想可能還得再等等。因為目前能夠成功被「糾纏」的都是個別的金屬離子、奈米大小的粒子、和鑽石結晶這類易於控制,結構簡單的微小目標物。

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相對於這些乾淨整齊的系統,生物體的結構可說是極為雜亂複雜,難以成為量子實驗的對象。

此外,為了減少物質本身熱能所帶來的振動影響,糾纏的實驗程序時常需要在接近絕對零度的低溫環境下進行。在這種溫度下不只生命無法延續,許多物質的特性也都已經改變。

因此,儘管實驗方面已經發展許久,要對活生生的生物進行量子糾纏仍是相當遙遠的目標。對量子力學來說,整個生物世界太亂又太熱,完全不會想靠近一步。正因如此,這篇拿水熊做實驗的文章才引起了大家的關注。

水熊和超導量子位元的糾纏

水熊一般只有幾百微米大,算是「巨觀」生物中相對微小的種類,要做量子實驗的話較好下手;更重要的是水熊能夠以隱生狀態度過嚴苛的實驗環境,爾後再重新恢復活力,如此一來要是成功便也算是對生物體進行量子糾纏了。

實驗團隊於是將一隻水熊放到了絕對溫標 0.01 度(也就是只比絕對零度高 0.01 度),同時接近真空的環境中,在此和兩個超導量子位元進行實驗。他們將水熊放入其中一個量子位元零件中,並觀察到位元的共振頻率產生改變。接著他們用常見的量子計算程序將兩個位元進行糾纏,並測試糾纏結果。

根據測試的結果,作者宣稱水熊和兩個量子位元形成了三個位元的組合態。也就是說,水熊在這裡變成了第三個等效的量子位元,和另外兩個超導位元糾纏在一起!實驗結束後,水熊周遭的溫度和壓力被緩慢恢復至適合生存的範圍,最後重新開始代謝活動。

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作者宣布他們突破了以往的實驗限制,打開了通往量子生物學的大門,並以「水熊和超導量子位元的糾纏」為題,將文章的預印版放上了 arXiv 網站,引起科學界一片譁然。

圖/GIPHY

等等,這其實不用量子力學也能解釋

雖然實驗相當有趣,媒體也爭相報導,但是許多物理學家認為這份研究的標題過為聳動,突破性恐怕也是過於誇大。

超導量子位元其實跟一般電子零件一樣,裡面有電容、電感等等基本單元所組成的電路;而接近絕對零度的水熊,基本上能當成一小團冰塊。

實驗團隊將冰塊放到電容裡面,會改變它的共振頻率等特性其實不足為奇。如果電容裡面掉進了一些灰塵,其電路性質也會受到類似的影響。

不論零件中放入冰塊,灰塵,還是螞蟻,這些影響都是「傳統」的電磁學可以描述的,並非量子現象。

也就是說,作者宣稱的「整隻水熊做為一個量子位元進入了量子糾纏態」這個解讀不只言過其實,甚至有誤導之嫌。這篇文章目前還未投稿至期刊,因此沒有經歷同行科學家的審查,還不算是夠格的科學實驗結果。

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關於這份研究有哪些方面需要改進,目前仍是備受爭辯的有趣問題。不過有件事是大部分人都同意的,那就是這次實驗再度刷新了水熊生存能力的極限。或許將來某天,水熊的隱生能力真的能成為生物世界和量子物理之間的橋樑。不過就目前而言,好奇心滿點的物理學家得再更努力些。

編按:該如何驗證量子糾纏,可以參考〈驗證量子纏結的貝爾不等式 │ 科學史上的今天:06/28〉,此論文的主要問題是不能藉由實驗設計,來確認三者共振頻率改變是源自於量子糾纏。

參考資料

  1. 看過「水熊蟲」走路嗎?——牠的步態與 50 萬倍大的昆蟲很相似!
  2. 照出黑洞不算什麼,科學家連量子纏結都能拍到!?
  3. 水熊和超導量子位元的糾纏(原文)
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linjunJR_96
33 篇文章 ・ 905 位粉絲
清大理工男。不喜歡算數學。喜歡電影、龐克、和翻譯小說。不知道該把科普當興趣還是專長,但總之先做再說。

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求生意識堅強!混凝土中的細菌們,有助於監測建築結構安全?
羅夏_96
・2021/08/28 ・3410字 ・閱讀時間約 7 分鐘

我們都知道生命是非常頑強的,在一些極端環境如高熱強酸的火山溫泉、高壓強鹼的深海等,都能找到一些生物定居。不過如果想找極端的生存環境,不必到這麼危險的地方,你我身邊其實隨處都有,那就是「混凝土」之中。混凝土內部的環境對生物來說也是極端苛刻:強鹼、高鹽、乾旱、缺乏食物。而近期發表在 mSystems 上的研究顯示,即便是混凝土之中,也有生命存在[1]

混凝土的組成與缺陷

混凝土是由骨料 (礫石和沙子)、水泥、水和添加物依適當比例配置而成的複合材料。混凝土因有著硬度高、耐高壓、可塑性強、成本低廉、製作簡單、可適用於各種自然環境等特性,成為世界上使用最多最廣的建築材料,幾乎絕大部分的現代土木工程都會用到。

Structure of Concrete
混凝土的構造。圖/Using Concrete

混凝土雖然是優秀的建材,但也並非沒有弱點。鹼-矽反應(alkali–silica reaction, ASR)就是一個會破壞混凝土結構的常見因素。ASR 會讓混凝土產生俗稱「混凝土癌」的狀態。而形成 ASR 的主要原因,就在混凝土中的水泥身上。

https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/b/be/ASR_concrete_pillar_National_Gallery_of_Canada_02.jpg/1920px-ASR_concrete_pillar_National_Gallery_of_Canada_02.jpg
因 ASR 所產生的混凝土癌。圖/Wikipedia

混凝土中最常使用的水泥為「波特蘭水泥」,即矽酸鹽水泥。當水泥和水混和後會發生一系列複雜的物理與化學反應,使其凝結與固化。而在這個過程中,會產生大量強鹼物質如氫氧化鈣,這就讓混凝土內部的 pH 值處在 12.5 左右。

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Chemical reactions during hydration and carbonation of cement in accelerated CO 2 curing. 
水泥的水化反應。圖/ ScienceDirect

正常的混凝土其內部結構相當緻密,基本沒有水分。但當混凝土受到撞擊、搖晃等外在衝擊而產生裂縫後,水就能滲入其中。而當水進入混凝土後,會使混凝土內部的強鹼和矽酸鹽類產生反應,形成水合矽酸鹽。這些水合矽酸鹽會在混凝土內部產生不均勻的膨脹,而當水合矽酸鹽的數量達到一定後,就會造成混凝土的破裂。

https://ars.els-cdn.com/content/image/1-s2.0-S0950061819318811-ga1_lrg.jpg
ASR 的化學反應示意。圖/ScienceDirect

要避免 ASR 的一個方法,是在混凝土中加入飛灰(fly ash)。飛灰是火力發電廠在燃燒後所產生的廢棄物,其主要成分為 SiO2、AI2O3 和 CaO。飛灰會和水泥中的強鹼進行卜作嵐反應(pozzolanic reaction),該反應是透過 SiO2 和 AI2O3 等物質與強鹼反應形成膠體。因此加入飛灰到混凝土中,不僅能降低 pH 值,產生的膠體也可用來填補孔隙並膠結骨材,以更好的填塞混凝土中的孔隙。

卜作嵐反應的化學式。圖/Wikipedia

混凝土中的細菌種類

研究已知有多種細菌能生長在混凝土的表面,而當混凝土因 ASR 或其他因素產生裂縫後,細菌也能從表面進入到混凝土內部,而這就有可能會對混凝土產生進一步的影響。由於混凝土是世界上最常見的建材,為了確保建築物、橋梁和道路的結構安全,越來越多科學家開始關注生存在此的微生物群,與其可能對混凝土所造成的影響。

過往的研究已證實混凝土內部確實有細菌生長,但這些研究的主要對象是隨著裂縫從表面進入混凝土之中的細菌。而美國德拉瓦大學的研究團隊更進一步,研究「本來」就生活在混凝土內部的細菌[1]

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為了進行研究,研究團隊製作了兩種混凝土樣本:一般混凝土加入飛灰的混凝土,並將這兩種樣本放在屋頂上模擬自然風化的環境,然後每六週進行一次取樣分析,以了解混凝土內部的細菌組成。

研究示意圖。圖/參考資料 1

他們最初的設想是,沒有加入飛灰的樣本會因 ASR 產生更多裂縫,這樣混凝土表面的細菌進入到內部的機會就更大,這就會讓兩種混凝土內部的細菌種類會隨著時間推移而有所不同。

Students took DNA samples from concrete cylinders that had been exposed to the elements over a two-year period.
已取樣完的混凝土樣本。圖/ HARD-CORE BACTERIA

在持續兩年的分析和追蹤後,研究團隊發現混凝土內部的細菌組成主要為變形菌門(Proteobacteria)、厚壁菌門(Firmicutes)和放線菌門(Actinobacteria)這三大類。雖然這三大類細菌是主要組成,不過隨著時間推移和季節的改變,混凝土內部的細菌組成也會有所不同。舉例來說,實驗初期的細菌種類明顯較多,但隨著時間的推移,細菌的多樣性會持續下降。不過這種多樣性的下降,會在溫暖多雨的夏季有短暫的反彈,只是一過了夏季,多樣性又會再次降低。

混凝土內部的細菌種類分支圖。圖/參考資料 1

而上述的結果在兩種混凝土的樣本中並沒有明顯的差異。也就是說,不論混凝土的材質是否能抗 ASR,其內部的細菌組成和變化都差不多。

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研究團隊認為,這些主要菌種很可能是隨著混凝土的主要原料 – 即骨料水泥進到混凝土內部的,因此牠們才是最能適應混凝土內強鹼、高鹽、缺水和缺乏食物環境的優勢物種。雖然在高溫多雨的季節,混凝土的外的細菌能進到內部,但牠們終究無法很好地適應混凝土的環境。所以夏季結束後,這些外來的細菌不是進入休眠狀態,就是被內部的細菌當成食物給吃掉了。也因此在有無 ASR 的情況下,混凝土內部的細菌組成都不會有太大的改變。

為了驗證混凝土內部的細菌可能是來自組成原料,研究團隊先分析了混凝土原料中的細菌組成,並和實驗初期與末期的混凝土樣本中的細菌組成做比較。結果發現,礫石(骨料的一部份)提供了混凝土內 50~60% 的細菌來源。

另一個提供細菌的重要來源是水泥,雖然水泥提供的細菌種類不像礫石那麼多,但隨著時間的推移會逐漸增加為第二多,而這個結果在有無加入飛灰的樣本中,都是一樣的。這也證實了,混凝土原料中的骨料(礫石)和水泥,是提供混凝土內部細菌組成的主要來源。

混凝土原料中的細菌組成與混凝土內部在實驗初期與末期的細菌組成。圖/參考資料 1

混凝土與細菌的關係

那麼這個研究的結果,能提供我們甚麼樣的資訊呢?研究團隊認為,既然混凝土內部的細菌組成是不太變動的,可以將細菌組成當作混凝土內部環境的「指標」。例如當檢測到混凝土內部的細菌組成有改變時,就表示混凝土內部的環境很可能也改變了。要知道混凝土內部環境的改變,會影響到混凝土的整體結構和安全性。

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但想做這個應用,首先要確認混凝土內部環境的改變,確實也會讓細菌組成改變。另外這個研究只在美國進行兩年的實驗,因此研究的結果是否能應用到全世界的混凝土,要打一個很大的問號。畢竟混凝土所處的環境不同,其內部的細菌組成是否也會有所不同,是需要實驗驗證的。

除了做為「檢測」混凝土結構安全的指標,其實很早以前就有其他科學家提出讓細菌作為「修復」混凝土工具的想法了。這個想法的原理其實很簡單,藉由加入能產生碳酸鈣等可以填補縫隙的細菌到混凝土中,就能達到生物修復了。不過這種應用方法比起「檢驗」需要更多的實驗,畢竟我們現在連這些細菌會對混凝土產生怎樣的影響都不知道,一個弄不好,說不定本以為是修補用的細菌,最後卻變成破壞者。

雖然這個研究並不能告訴我們這些生活在混凝土內部的細菌,會對混凝土造成何種影響,但卻是一個讓我們了解細菌與混凝土之間的起頭。另外這個研究也再次證明了,即便環境再惡劣,生命自然會找到自己的出路~

參考資料

  1. Kiledal EA, Keffer JL, Maresca JA. Bacterial Communities in Concrete Reflect Its Composite Nature and Change with Weathering. mSystems. 2021 May 4;6(3):e01153-20
  2. 混凝土
  3. Alkali–silica reaction
  4. 波特蘭水泥
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羅夏_96
52 篇文章 ・ 884 位粉絲
同樣的墨跡,每個人都看到不同的意象,也都呈現不同心理狀態。人生也是如此,沒有一人會體驗和看到一樣的事物。因此分享我認為有趣、有價值的科學文章也許能給他人新的靈感和體悟

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整個世界都是我的裝備庫!來看看地表最強的水熊秘訣
曾 文宣
・2015/12/02 ・3425字 ・閱讀時間約 7 分鐘 ・SR值 539 ・八年級

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來自緩步動物門的水熊為我們示範用小腳腳划水

平時的水熊(上)和脫水後、裝死狀態的水熊(下)如屎一般呢XD Eye Of Science/Science Photo Library

水熊(water bear)這種緩步動物是個超級可愛的小東西,八隻腳短短地這樣晃呀晃,肥肥短短、充滿皺褶的身軀更惹人憐愛。真的好可惜,牠們只有 0.5mm 左右的體型,不然拿起來抱一定很療癒XD

最酷的是,科學家發現牠們是目前發現到「地表最強」的生命。當遇上比較艱困的環境時,水熊會降低代謝率幾近零,把全身的水分排出,形成一個乾燥、假死的狀態(稱作 tun)。這樣的狀態下,牠們可以完全不吃也不喝,可以待在低溫從近絕對零度(零下272度)到151度的高溫,可以待在壓力無比大的深海裡頭,可以待在殺死其他動物的過量輻射下,泡在有毒的化學溶液裡也好端端的假死著!!牠們甚至可以在外太空真空的狀態下,產下活蛋。我聽過一個說法是,牠們可以在假死的狀態下,存活超過120年!總之,「地表最強」生命的形容絕對不是口說無憑。牠們只有一個弱點,沒有多好的物理防禦 XD(也就是說你可以一指捏死牠~

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融可愛和不可摧為一身,來自北卡羅萊納大學的研究員定序其中一種水熊的全基因組後,終於找到牠們的過人之處,研究成果刊登在五天前的《美國科學院院刊》上!作者們起初定序 Hypsibius dujardini 這種水熊的基因組時,感到無比挫折。因為他們收到的序列結果顯示,有高達17.5%的基因不是水熊的,這裡頭有很大一部分是細菌的基因。這對每個操作過分生實驗的人來說,首要念頭就是「X!樣本被汙染了QAQ」,不小心噴進去的口水啦、空氣中的微塵呀等等。經過研究團隊再三確認後,的確,這些水熊的基因組就是有這些「拍咪呀」。(不過關於這部分,來自愛丁堡的團隊可是很有意見!請見文末的後記~)

Water Bear (Tardigrades)
在討抱抱耶>< Photo from Science Picture Co. / Corbis

一種生物的基因裡頭鑲嵌著其他有的沒的生物的基因,這種事在細菌裡頭非常常見。相對於親本到子代以「垂直式」的方法遺傳基因,由不同種生物之間交雜出的基因庫,我們稱之「水平基因轉移(horizontal gene transfer, HGT)」。簡單來說,某個玩家走著走著,看到地板有個不錯的裝備,他不僅只把此裝備撿起來使用,他還把裡頭的合裝的步驟、簽頂裝的密碼直接內嵌到玩家角色中,從此一勞永逸。在多細胞動物中,我們比較少觀察到類似水平基因轉移的現象,就算是共生的動物中,也只停留在你儂我儂(不同物種住在一起,或是A住在B體內),不會更進一步發展成你融於我、我融於你的階段(得到不同物種的基因)。但近年來,不少有趣的例子被揭露了!

還記得底下這傢伙嗎?這個狠角色是綠葉海蛞蝓(Elysia chlorotica),牠們不但以某種黃藻(Vaucheria litorea)為食,還將黃藻部分的葉綠體基因偷過來,很直白的就塞進牠自己的基因體裡頭,捱餓時就用這些偷來的葉綠體基因行光合作用囉。除了這個比較熟悉的例子外,文章裡頭有提到,某種蜱從細菌那偷來製造抗體的基因、有種蚜蟲從真菌那偷來產生顏色的基因、小繭蜂納進古老病毒的基因用來產生麻痺宿主毛蟲的毒素、桔粉介殼蟲起碼有五種不同細菌支系來的基因、咖啡果小蠹由細菌來的基因重創咖啡植株(請見延伸閱讀)。我們可愛的水熊也由相同的的方式,水平轉移了不少好東西。

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緝拿葉綠體基因強盜!綠葉海蛞蝓坦承犯案。 Credits: Tumblr!

上面提到這些HGT的例子呀,轉移的基因都不多(≤1%)。在水熊被揭露以前,地表轉移最多的HGT大大是一種蛭形輪蟲(Adineta ricciae),2008年科學家發現牠們體內有8~9%的基因從外界得來。但很顯然,水熊的本領大幅超前兩倍之多,榮登HGT新一屆的榜首!作者們也發現,水熊的確會用外來的這些基因,做出具功能性的蛋白質,而且多數都和適應極端環境、抵禦逆境有關。所以讓牠們「不可摧」的祕密,就是來自這些水平轉移過來的高效能裝備,有細菌版(佔91.7%)、古細菌版(0.7%)、真菌版(4.1%)和植物版(3.1%)的各項技能。
新圖片

這時,想要挑戰HGT大賽的參賽者俯拾皆是。究竟水熊有甚麼得天獨厚的條件,可以偷來這麼多寶物呢?第一,牠們是自然界少數可以在完全脫水的狀態下繼續活著的動物,剛剛有提到的輪蟲也和水熊一樣有耐脫水的能力。第二,牠們在脫水假死的狀態後,能夠再吸飽水、恢復正常生理機能後重生。第三,牠們DNA修復的功能得要不錯,能夠把脫水時斷裂的DNA重新連接起來。看一下這張圖,在完全脫水的狀態下,雙股DNA會斷裂成小段小段的。待至細胞重新充填水分時,此時細胞膜會在短時間內出現相當多的孔隙,那些外源的細胞或基因片段就會流進來。最後,DNA的修復機制要把斷裂的DNA重新連起來時,手邊的材料就多了很多額外的組件,於是就完美鑲嵌上去啦!

最後,有一點蠻有趣的小翻案。過去不少人認為HGT的出現和演化,能夠為那些無性生殖、缺乏減數分裂的生物提高遺傳多樣性。因此不管在細菌、輪蟲這類無性生殖的生物上,都有驚人的HGT現象。而作者這邊使用的此種水熊,雖然都是孤雌生殖出來的雌性個體,但已有不少研究指出此種(和此屬)是有雄性個體的。因此,過人的HGT現象可能普遍出現在能夠「耐脫水」的動物上,而不是缺乏有性生殖的動物。聽起來蠻合理的,畢竟總要如上段描述的吸水過程才能把東西通通撿回家呀。

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讓我們再次為有「最可愛的八腳動物」、「最難被消滅(先別管物理方法惹)的生命」、「最厲害的水平基因轉移者」三冠王之稱的水熊強烈喝采吧!

 

  • Ps. (i) 斯圖加特大學的Ralph Schill指出,此篇研究的 H. dujardini 不是最耐脫水的水熊物種。讓我們來期待更無敵的水熊有多少HGT吧!
  • Ps. (ii) 泛節肢動物類群(Panarthropods)包含了緩步動物門(Tardigrada,就是水熊囉)、真節肢動物門(Euarthropoda)和有爪動物門(Onychophora),過去由於共同祖先的葉足類化石缺乏與現存類群相似的構造,這三個類群之間的親緣關係其實難有定論。近年來的研究漸漸支持緩步動物門和真節肢動物門之間是姐妹群的親緣關係。

 

後記(2015/12/09新增):

然而,科研界對於新發現可是非常嚴謹的!上上周這篇由來自英國愛丁堡大學的研究團隊也定序出相同物種(還同一個物種供應商)的水熊基因組。稍微回顧一下,本文介紹的結論是,在整個水熊近 2億7000萬 個鹼基對裡頭,有3萬8000多個基因,其中高達6600個基因是來自其他生物的(就差不多是1/6左右)。

但新的這篇愛丁堡團隊的研究經過定序後,整個基因組卻只有 1億3500萬個鹼基對(對應到不同動物的細胞大小,這個數字相對符合預期),約有2萬個基因。其他只有500個基因是外源性的。而真正可能透過水平基因轉移來的大概只有38個。重要的是,這樣的數字就在動物界裡頭沒多特別了XDD

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愛丁堡的團隊認為北卡團隊的基因組裡頭有多達30%的資訊都是受汙染的基因,可能在水熊的消化道裡頭或是表皮上,不是真正轉進去水熊基因組的其他細菌~

這是愛丁堡團隊的研究文獻,底下有北卡團隊的留言。雙方沒有太多唇槍舌戰,更多是虛心探討研究的問題並接受兩方的建議,感覺這樣討論科學的形式,非常有價值呀!

本文同樣刊載於作者臉書社團 【Ecology & Evolution translated 「生態演化」中文分享版

文獻連結:

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  • Boothby et al. (2015) Evidence for extensive horizontal gene transfer from the draft genome of a tardigrade. PNAS. published online early edition.

延伸閱讀:

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文章難易度
曾 文宣
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我是甩啊!畢業於臺灣師範大學生科系生態演化組|寫稿、審稿、審書被編輯們追殺是日常,經常到各學校或有關單位演講,寒暑假會客串帶小朋友到博物館學暴龍吼叫。癡迷鱷魚,守備領域從恐龍到哺乳動物,從陰莖到動物視覺,因此貴為「視覺系男孩」、或被稱呼「老二大大」。