Byte Size Biology部落格提到最近他在Nature Genetics期刊上讀到的兩則新基因組學研究發現，一是巧克力的原料「可可」(theobroma cocoa)，另一個是草莓（woodland strawberry）。這兩種人類飲食中具有高貴甜蜜風味的植物基因組在聖誕節假期被解密， 並刊登在NG期刊上，不禁讓他覺得這期刊也懂得應景。
閱讀完兩篇論文後，他得知可可是常見的真雙子葉植物祖先的直屬後代，而可可並沒有什麼增加免疫力的奇效，所以當你看見這種食物包裝時還是審慎一點好。閱讀草莓基因組解密的論文，則讓他知道草莓的基因組非常小，只有七個染色體，是目前基因定序的植物中除阿拉伯芥以外最少的。
然而讓他最感興趣、也認為最重要的其實是草莓基因定序計畫的過程，根據論文內容，這項計畫是一個借用社群力量完成的開放近用(open access)基因組計畫，並不仰賴企業或政府提供主要資金。Kevin Folta在他的部落格Illumination中詳細介紹了草莓基因組定序計畫背後的精彩故事，過幾天PanSci會全文翻譯並介紹給大家。
本文轉載自中央研究院「研之有物」，為「中研院廣告」
臺灣民眾大概都聽說過「自閉症」這個名詞，自閉症是腦部發育障礙導致的複雜疾病，同時受到先天遺傳以及後天環境因素的影響，具體成因依然是個謎，科學家須對遺傳調控方面有更多了解。中央研究院「研之有物」專訪院內基因體研究中心的莊樹諄研究員，他的團隊結合生物學、資訊學以及統計學方法，發現自閉症的風險基因與 RNA 之間有複雜的交互作用，在自閉症患者與非患者的腦部有很大差異。如果持續研究 RNA 的調控機制，或能開闢新的方向進一步理解自閉症。
根據衛生福利部 2023 年統計數據，我國自閉症患者超過一萬九千人。自閉症的全稱為「自閉症譜系障礙（autism spectrum disorder，簡稱 ASD）」，常見症狀是溝通、表達、社交上有困難，經常出現反復固定的狹窄行為，目前尚無有效的治療藥物。雖然經典電影《雨人》的主角雷蒙或是韓劇《非常律師禹英禑》的禹英禑都令人印象深刻，不過天才或高智商的自閉症患者只是極少數，而且不同患者的症狀輕重差異很大，故稱之為「譜系」（spectrum）。
理解遺傳性疾病，可利用遺傳學與基因體學的研究方法，比較患者與非患者之間的遺傳差異，便有機會尋獲致病的遺傳成因。過往研究得知，有些遺傳性疾病只取決於單一或少數基因的強力影響，例如亨廷頓舞蹈症（Huntington’s disease）、纖維性囊腫（cystic fibrosis）等，致病原因較為單純。
自閉症自然也受到先天遺傳基因影響，然而，它涉及許多影響力不明顯的基因，而且影響每名患者的基因又不盡相同，讓遺傳與症狀的關係更加複雜。如果從 RNA 研究路徑出發呢？RNA 是核糖核酸，具有承載 DNA 訊息和調控基因等功能，相比於其他疾病，在 RNA 層次研究自閉症的另一挑戰是取樣極為困難，自閉症患者的病因位於大腦內部，通常無法直接從人腦取樣分析。所幸的是，若檢視去世者捐贈的大腦樣本，仍有機會一窺自閉症的腦內奧秘。
莊樹諄分析的數據來自公共存取的 Synapse 資料庫，包括上百位自閉症患者與非自閉症者的資料。人數乍看不多，卻已是當今想同時探討同一個人的基因體（DNA 層次）與轉錄體（RNA 層次）間因果關係的最佳的選擇。藉由此一資料庫蒐集的人類腦部組織轉錄體資料，可全面探討各式各樣的 RNA，包含信使 RNA（messenger RNA，簡稱 mRNA）、小分子 RNA（microRNA，簡稱 miRNA），以及莊樹諄鎖定的研究目標：環狀 RNA（circular RNA）。
莊樹諄的教育背景是資訊學博士，博士後研究的階段投入生物資訊學，之前主要從事 RNA 與靈長類演化方面的研究，探討多樣性切割、RNA 編輯（RNA editing）等議題，環狀 RNA 則是他近年來特別感興趣的題材。
根據生物資訊學的預測，環狀 RNA 這類長鍊的 RNA 分子有數萬個，但實際上有多少仍不清楚。它們在大腦神經系統特別常見，似乎涉及許多基因調控的工作。莊樹諄目前最關注環狀 RNA 對自閉症的影響，不過他指出這番思路不限於自閉症，阿茲海默症、帕金森氏症、精神分裂症（schizophrenia）等疾病也能用同樣的方法探索。
不過，什麼是環狀 RNA 呢？按照序列長度、作用，可以將 RNA 分為很多種類。DNA 轉錄出的 RNA 經過處理，有些形成 20 多個核苷酸長的短鏈 RNA，如 miRNA 屬於此類。一些較長鏈的 mRNA 又會轉譯成氨基酸，產生各式蛋白質。還有些長鍊的 RNA 不會轉譯，仍然維持長鍊 RNA 的形式發揮作用，統稱為長鍊非編碼 RNA（long noncoding RNA，lncRNA），莊樹諄研究的主角環狀 RNA 大致上被歸屬於一種非編碼 RNA。這麼多種類的 RNA 彼此會互相影響，導致複雜的基因調控。
由 DNA 轉錄而成的 RNA 是線形，至於「環狀」RNA 一如其名，是 RNA 長鏈首尾相接後形成的環形結構，相比線形 RNA 更加穩定，不容易遭到分解。這些長期存在的圈圈，假如序列可以和短鏈的 miRNA 互補，兩者便有機會結合在一起，讀者可以想像為類似「海綿」（sponge）的吸附作用。
miRNA 原本的工作是結合 mRNA，使其無法轉錄為蛋白質，抑制基因表現。可想而知，一旦 miRNA 被環狀 RNA 吸附，便無法再干擾 mRNA 作用，失去抑制基因表現的效果。因此環狀 RNA 能透過直接影響 miRNA，來間接參與調控其他的下游基因。這便是環狀 RNA 的許多種調控功能中，最常被研究的一種。
自閉症的成因要往腦部深究，環狀 RNA 又在腦部表現最多，使得莊樹諄好奇當中的奧秘。然而儘管如今 RNA 定序已經很發達，環狀 RNA 由於結構的關係，一般的 RNA 定序方法無法抓到這類環形分子。莊樹諄指出這也是 Synapse 資料庫的一大優點，此一資料庫罕見地包含能找出環狀 RNA 的 RNA 定序資料，配合 miRNA、mRNA 與基因體等資料交叉分析，才有機會闡明環狀 RNA 的角色。
莊樹諄率領的團隊已經發表 2 篇環狀 RNA 與自閉症的研究論文，第一篇論文著重於尋找哪些環狀 RNA 和自閉症有關，研究假設是環狀 RNA 透過 miRNA 間接影響自閉症風險基因 mRNA 的表現。由於環狀 RNA、miRNA 和 mRNA 都多達數萬個，需要統計分析的幫忙。
首先，將樣本分為有自閉症／無自閉症。要注意每個自閉症患者的基因表現仍有差異，納入夠多樣本一起比較，才有機會看出端倪。
接著，尋找環狀 RNA 和風險基因有顯著相關的搭配組合。例如：高比例自閉症的人，某個環狀 RNA 含量較高時，某個風險基因的 mRNA 表達量也較高，那這組環狀 RNA 和基因就存在正相關；反之則為負相關。
不過相關性很可能只是巧合，所以莊樹諄團隊比對序列，找到符合上述相關性的中介因子「miRNA」。最後再觀察「當排除 miRNA 影響時，環狀 RNA 與風險基因的顯著關係即消失」的組合，這些消失的組合，就是真正共同參與基因調控的「三人組」（環狀 RNA、miRNA、mRNA）。
一番分析後，篩選出的環狀 RNA 共有 60 個，其中涉及與 miRNA、mRNA 的組合總共 8,170 組。人類一共 2 萬個基因，與自閉症有關的調控網路就有 8,000 組之多，數字相當可觀，顯示環狀 RNA 的重要性。莊樹諄用統計手法找出的自閉症風險基因，和過去科學家已知的部分風險基因相符合，未來可以繼續探究在這 8,000 組調控網路中，有哪幾組是真的作用在生物上。
在資訊與統計分析之外，莊樹諄的團隊也有人進行分子生物學實驗，驗證 RNA 調控網路的相互影響。以體外培養的人類細胞為材料，人為誘導遺傳突變，精確分析特定環狀 RNA 在細胞內分子層次的作用。實驗證實選取的環狀 RNA，確實會結合 miRNA，又影響 mRNA 的表現。
莊樹諄強調，使用資料庫的公開資料，好處是經過多方檢視，避免資料品質不一致的問題，缺點是大家都能取得數據，必須要跳脫既有的思考模式才能發現新的結果。他在環狀 RNA 議題的新思路，成為第二篇論文的內容：探討環狀 RNA 的遠端調控（trans-regulation）對自閉症的影響。
基因的表達會受到基因調控元件（regulatory element，一段非編碼 DNA 序列）的影響，若調控元件就在基因附近，稱為近端調控（cis-regulation）；如果調控元件不在附近，甚至位於另一條染色體上，則為遠端調控。
研究基因調控，通常近端比遠端調控容易，因為近端調控元件（cis-regulatory element）的位置就在基因旁邊，不難尋找；但遠端調控卻沒那麼直觀，作用機制也比較難以想像。實際上常常能發現一個基因的表現，受到多處近端調控，加上多處遠端調控的影響。如果想全方位認識一個基因的表現與調控，最好能都能得知近端與遠端的影響，否則難以掌握調控的全貌。
莊樹諄的想法是，某些基因被遠端調控的過程，是否有環狀 RNA 參與？具體說來就是某個調控位置，先近端調控其周圍的環狀 RNA 基因，再藉由環狀 RNA 影響基因體上其他位置的基因表現，發揮遠端調控的效果。
為了避免用語誤解，有必要先解釋一下什麼是「基因」。基因的概念隨著生物學發展持續改變，如今一般人熟悉的定義，基因是由 DNA 編碼序列構成，能轉錄出 mRNA，再轉譯為蛋白質的訊息載體。不過若將基因定義為會轉錄出 RNA 的 DNA 序列，那麼即使沒有對應的蛋白質產物，只要其衍生的 RNA 產物有所作用，也能視為「基因」，如 miRNA 基因、mRNA 或長鏈非編碼 RNA 基因。既然是有 DNA 編碼的基因，便會受到近端、遠端調控位置影響。
探索遠端調控機制有很多想法，莊樹諄可以說又打開了一條新思路。遠端調控位置不在基因旁邊，亦即基因體任何地方都有機會。假如直接挑戰基因與遠端調控位置的關聯性，可能相關的數量可謂天文數字，而且缺乏生物性的理由支持，找到的目標往往令人半信半疑。
莊樹諄引進環狀 RNA 涉及其中的可能性，尋找「環狀 RNA 基因的近端調控位置」與「目標基因的遠端調控」之交集，大幅縮小了搜索範圍。
一番分析後，研究團隊從自閉症患者的基因體上，定位出 3,619 個近端調控的 circQTLs，這些表達數量性狀基因座相當特殊，可能藉由直接或間接遠端調控兩種模式來調控遠端基因(如上圖)。而這 3,619 個 circQTLs，與環狀 RNA、遠端基因三者形成了八萬六千多組的遠端調控網路。接著團隊使用了不同的統計方法，其中 8,103 組通過多重統計測試，顯示較高的機率是屬於間接遠端調控模式。
莊樹諄團隊透過統計手法，找到相當多基因和調控路徑，雖然目前仍不清楚它們影響自閉症的具體細節，卻無疑讓我們新增一分對自閉症的認識。
莊樹諄指出，這套統計方法或可應用至人類的其他複雜疾病（如思覺失調症），找出基因調控的多個可能路徑，提供臨床醫藥研發更多線索。
訪談中問到：為何會從資訊科學跨入到生物領域？莊樹諄回憶，1998 他博士班畢業那年才第一次聽到「生物資訊」這個詞，他基於對生命科學的興趣，以及因為內在性格想往學術轉型的想法，引領他到了中研院。
莊樹諄接著說，2003 年李文雄院士延攬他進入基因體研究中心，之前他們不曾認識。他感謝李院士帶他進入了分子演化的世界，就此打開了研究視野。在剛開始成立自己的實驗室時，缺少人力，李院士讓當時的博後陳豐奇博士（現為國衛院群體健康科學研究所研究員兼任副所長）與他共同工作。莊樹諄強調，他所有分子演化的觀念與基礎，都是陳博士幫他建立的，如果說陳博士是他的師父，那李院士就是師父的師父了。
如今，莊樹諄在中研院的研究生涯邁入第 25 年，從資訊學背景投入生物學研究，大量使用統計工具，他經常需要持續整合不同領域的觀念與工具，推動自己的新研究。在訪談中，他也感謝諸多研究同儕的協助，特別是幾年前建立分生實驗室時，蕭宏昇研究員及其團隊成員的鼎力相助。
莊樹諄的團隊包含資訊、統計、分子生物三個領域的同仁，來自不同領域，傾聽他人意見自然也特別重要，這是他們實驗室的核心價值之一。莊樹諄認為在科學面前，人是很渺小的，需要互相尊重和理解，方能一起解開科學之謎。
最後，莊樹諄特別強調他個人在相關領域的研究，仍有極巨大的進步空間，感謝研之有物的主動邀訪，期望將來能與更多先進交流學習，也企盼年輕新血加入這個生物資訊的跨領域團隊。
112 會考甫結束，自然考科中有題非常令人印象深刻……。
原來我們吃的草莓不是以為的「果實」，那個紅紅的果肉是其實是草莓的花托，而上面黑色的點點也不是「種子」，而是果實本人！至於真正的種子呢？當然是在那些黑黑的果實裡啦～
這似乎顛覆我們的印象，以為日常生活中所吃的水果果肉就是植物的果實，究竟這當中又藏著什麼奧秘呢？若想進一步完整理解草莓，就得從果實的構造及分類說起。
果實為被子植物的生殖器官之一，當雌蕊中的胚珠完成受精作用後，子房便逐漸發育為果實，胚珠則發育成種子。有些植物的花托、苞片、花萼等構造會與子房外壁癒合，並隨之生長而膨大，成為果實的一部分；例如這次的主角——草莓。
接著我們談談果實的分類。可依據發育、構造、型態的不同，分為：橘子的「柑果」、水蜜桃為「核果」、杏仁屬於「堅果」等等，至於草莓則被歸類在「瘦果」及「聚合果」。
現在我們要先將草莓紅紅的果肉剔除，只剩下單獨一粒粒黑黑小小的果實。「瘦果」（achene）顧名思義，型態硬而細小，其內僅有一粒種子，除了草莓外，常見的如愛玉子、向日葵的瓜子。
屬於「聚合果」（又稱「聚心皮果」，為複合果實的一種）的植物則是一朵花中有多個（兩個以上）離生的雌蕊，花的萼片（花萼）、花托一同參與了果實的發育，最終膨大癒合形成肉質果肉；另外，其果實被分類在聚合果的植物，常見的有釋迦、覆盆莓。
其實除了草莓還有許多我們意想不到，所吃的水果果肉並非單單只有果實本人，例如鳳梨、桑葚、香蕉、無花果……等等；它們也都和草莓一樣，由於果實發育的方式，所造就了如此特別、豐富型態，等著我們一一去認識！
以人類味蕾的視角來說，這段故事可能並非美談，但結局十分美好。抵達歐洲的智利草莓與維州草莓結合（或說雜交，如果你比較喜歡這個用詞的話），現代人最常食用的草莓品種「鳳梨草莓」就此誕生！
鳳梨草莓結合智利草莓的大小與維州草莓的風味。如果相反，變成尺寸小、味道貧乏的草莓，就太可怕了！請不要因為鳳梨草莓的名字，就以為這是草莓和鳳梨的雜交種。鳳梨草莓得名自其淡淡的鳳梨味道。
因而，鳳梨草莓成為第一批在栽種過程中配種而成的雜交種。可能是鄰近的不同植株自然雜交而成。
鳳梨草莓的命名者是法國農學家杜切斯尼（Antoine Nicolas Duchesne, 1747–1827），他喜歡吃、栽種和研究鳳梨草莓。有些人提出假說，認為鳳梨草莓的雜交便是杜切斯尼的作品。這項假說難以證實，但也沒關係，鳳梨草莓的成就早已人盡皆知。
1766 年，19 歲的杜切斯尼便出版了《草莓自然史》。在草莓這個人人皆有興趣的領域中，《草莓自然史》成了暢銷大作。他在凡爾賽的國王菜園工作，並寵溺地栽培薩伏依間諜帶回來的草莓。
這並不只是出於對農藝的熱愛，我們可以從杜切斯尼的 11 本大作中略知一二：他成為了科學史學家，師承植物學家伯納．朱西厄（Bernard de Jussieu），並出版了《論南瓜自然史》。
針對生物分類的混亂，他決定規範草莓的名稱。例如，當時麝香草莓（Fragaria moschata）、綠色草莓（Fragaria viridis）和維州草莓（Fragaria virginiana）皆稱作「綠草莓」。
相信你已經注意到，愛好草莓和瓜科植物的杜切斯尼年紀雖輕，但絕不只是農學專家而已。他甚至與林奈在科學爭議上爭鋒相對。
杜切斯尼可說是達爾文的前輩，基於自己對草莓性別的實驗結果，對物種不變的看法持懷疑態度。從今 天的角度來看，植物性別便是物種演化的證據之一，但當時並不這麼覺得。
即便林奈也接納植物性別的事實，並且針對植物的性器官制定分類，但植物性別的機制在當時仍是個謎。
杜切斯尼與林奈的辯論來自前者在凡爾賽國王菜園的一起發現：有顆草莓的葉片只有 1 片小葉、而非 3 片。
杜切斯尼在《草莓自然史》中質疑道：
該怎麼看待這件事？我又該怎麼想呢？這是新的物種嗎？……新種正在形成，或僅只是一個變種？……在其他屬中，又有多少種被視為不同物種？我一直往這種全然不同的方向思考。
看起來，人們已知的概念中有些事情可能需要修正。然而，這些混淆其實來自不同作者使用同樣的詞來稱呼完全相反的概念。
年輕的杜切斯尼思路可謂禁得起時間考驗！幾行之後，他寫下幾句革命性的想法，足以讓林奈寒毛直豎：
這個說法指出，必須透過物種細微而不停變化的差異，來區分物種固定不變的特徵，才能得到普遍結論。有些特徵不會變化，有些特徵則充滿變化。
沒錯，想必你已經注意到「充滿變化」！
但請不要開始幻想草莓會突變成巨大的怪物，開始攻擊人類。當時的杜切斯尼雖然年僅 19 歲，知識的光輝就已經閃爍不已（當時正是啟蒙時代）。
他是名先驅，認為物種並非萬世不變。腦袋只 有智利草莓大小的創造論支持者們，快看看這個顯而易見、在今時今日已非新鮮事的道理。
杜切斯尼將幾株樣本送給林奈。林奈認為這是只有 1 片葉子的全新物種，命名為「Fragaria monophylla」。
出於對這位著名瑞典博物學家的敬重，人們並沒有責怪林奈這點小小的錯誤。而且，林奈對年輕的杜切斯尼也多有讚美。
——本文摘自《植物遷徙的非凡冒險》，2023 年 6 月，時報出版，未經同意請勿轉載。
最近才突然發覺，常見的，兩個主要親本都是美洲物種! 其實也是食用歷史相對很短的! 不過，應該是比木本植物比較容易普及點! 但是，在古代應該也不可能全年生產儲運。
fierycloud
