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基因神剪 CRISPR :當初被發現及命名的故事——《破解基因碼的人》

商周出版_96
・2021/12/24 ・2668字 ・閱讀時間約 5 分鐘

國小高年級科普文,素養閱讀就從今天就開始!!
  • 作者 / 華特.艾薩克森(Walter Isaacson)
  • 譯者 / 麥慧芬

《破解基因碼的人》一書是《賈伯斯傳》、《達文西傳》作者——華特.艾薩克森的最新力作,以 CRISPR 技術發明者珍妮佛.道納為主角貫穿全書,書中章節巧妙的將遺傳、基因體計畫的發展嵌入主角珍妮佛.道納的求學經歷與職涯歷程,不只是一本科學家的傳記,更像是 CRISPR 技術發展的科學史。

當石野良純還是日本大阪大學的學生時,他的博士論文就納入了大腸桿菌的基因定序。那時是 1986 年,基因定序還是一項勞心勞力又傷神的過程,但他終究還是確認了組成目標基因的 1038 組 DNA 鹼基對。他在第二年發表的一篇基因研究的長篇論文最後一段,提到了一個他認為並沒有重要到需在論文摘要中提及的反常現象。

放大一千倍的大腸桿菌。圖/WIKIPEDIA

「我們發現了一個不尋常的結構,」他寫道,「29 個核苷酸中有 5 個高度同源的序列,直接以重複型態排列。」換言之,他發現 DNA 中有 5 個完全相同的片段。這些相同的片段,每段都有 29 對鹼基的長度,夾在看起來正常的 DNA 序列之間。他稱這些片段為「間隔」。這些叢聚的重複序列到底是什麼,石野完全摸不著頭腦。他在這篇論文的最後一行寫著,「這些序列在生物學上的重要性,目前還不可知。」他沒有針對這個問題繼續研究下去。

第一個釐清這個重複序列作用的研究者,是法蘭西斯可.莫伊卡(Francisco Mojica),他是西班牙地中海岸邊阿利坎特大學(University of Alicante)的學生。1990 年,他著手進行自己的博士論文,主題是古菌。古菌就和細菌一樣,是沒有細胞核的單細胞有機體。他所研究的古菌,在比海水鹹 10 倍的鹽池裡如魚得水。當他在為一些他認為或許能解釋這種細菌之所以熱愛鹽分的細胞內部分進行定序工作時,發現了 14 個以規律的間隔重複排列、完全相同 DNA 序列。這些重複的序列似乎呈現出迴文結構,也就是說它們不論是從正面看過去,還是反面看過來,都完全一樣。


法蘭西斯可.莫伊卡(Francisco Mojica)。圖/WIKIPEDIA by Manuel Castells

莫伊卡一開始以為自己搞砸了定序工作。「我以為發生了失誤,因為在那個年代,定序是很困難的工作,」他爽朗地笑著說。不過到了 1992 年,當他的資料一再顯示出這種規律性間隔的重複時,他就開始質疑以前是否有人發現過類似的現象。那個時代,谷歌大神還未出世,網路索引也不存在,因此他只能利用一套學術論文索引的印刷品《現期期刊目次》(Current Contents),透過引文中出現的「重複」這兩個字,一筆筆地親自翻查資料。這已是前一個世紀的事情了,那時候幾乎沒有什麼網路出版品。莫伊卡如果發現任何他覺得有希望的清單,就必須去圖書館把相關期刊找出來。最後,他找到了石野的論文。

石野研究的大腸桿菌與莫伊卡的古菌非常不一樣,也因此當他知道兩人都碰到了這種重複的序列以及間隔片段時,他真的非常驚訝。這個發現讓莫伊卡相信,這個現象在生物學上必然有著相當重要的目的。他和他的論文指導教授在他 1995 年所發表的報告中,稱這種現象為「銜接重複序列」,而且他們猜測這種現象可能與細胞複製有關,當然,他們這樣的假設並不正確。

當莫伊卡結束了分別在鹽湖城以及牛津兩地的短期博士後研究工作後,他於 1997 年回到了離自己出生地僅隔著幾哩的阿利坎特大學,並組織了一個研究小組,開始研究這些神祕的重複序列。資金取得非常困難。「他們告訴我別再對那些重複序列執迷不悟了,因為有機體的這類現象實在太多種了,我發現的這種狀況,可能根本沒什麼特別的,」他說。

可是他很清楚,細菌與古菌的遺傳物質數量都很少,所以這些有機體不可能浪費那麼大量的遺傳物質在毫無重要功效的序列上。他繼續努力釐清這些叢聚重複的目的。或許它們可以幫助塑造 DNA 結構,又或者在形成蛋白質可以鎖定的環圈時,能夠提供什麼樣的助力。這兩種假設後來都證明是錯的。

一簇好鹽古菌的細胞(Halobacterium sp. strain NRC-1),每一細胞長度大約 5μm。圖/WIKIPEDIA

CRISPR 這個名字怎麼來的?

那個時候,研究人員已經在 20 種不同的細菌與古菌中發現了這些重複的序列,而大家對這個現象所取的名字五花八門。莫伊卡對論文指導教授強迫他接受的「銜接重複」愈來愈不滿意。這些序列都有間隔,並不是銜接。於是他重新用了自己最初取的名字「短間隔重複序列」,或簡稱 SRSR。雖然這個名稱更貼切,但是縮寫後的字母無法以一個單詞的形式發音,大家記不住。

莫伊卡一直都與荷蘭烏特勒支大學(Utrecht University)同樣在研究結核桿菌中這些序列的儒德.傑森(Ruud Jansen)通信往來。傑森稱這些序列為「直接重複序列」,不過他也同意這種現象應該有一個更好的名字。

有天晚上,從自己實驗室開車回家的路上,莫伊卡突然想出了 CRISPR 這個縮寫後的名字,意思是「常間迴文重複序列叢集」。儘管不可能會有人記得這串突兀的措辭,但是縮寫 CRISPR 的讀音確實乾脆又清楚。再說,雖然 PR 讀音所漏掉的母音「e」,為這個詞彙增加了一層未來主義的光澤,但這個讀音聽起來還是給人一種友善而非恐懼的感覺。他回家後,詢問妻子對這個名字的感覺。「聽起來像是一個非常棒的狗狗名字,」她說,「CRISPR、CRISPR,來這裡,乖狗狗!」莫伊卡大笑,並決定就是這個名字了。

2001 年 11 月 21 號,傑森在回覆莫伊卡有關名稱建議的一封電子郵件中,就這麼把這個名稱給定了下來。「親愛的法蘭西斯,」他在電子郵件中寫著,「CRISPR 這個縮寫實在太棒了。我覺得拿掉任何一個字母都讓這個名稱變得沒那麼乾脆,所以我很喜歡這個活潑的 CRISPR,遠勝於 SRSR 或 SPIDR。」

傑森在 2002 年 4 月所發表的論文中,更正式地認可了這個名字。他在那篇論文中,報告自己所發現的基因似乎與 CRISPR 有關。大部分擁有 CRISPR 現象的有機體,重複序列旁都會出現某一種編入了製造酵素指令的基因。他稱這種酵素為「CRISPR 關聯」酵素,簡稱 Cas 酵素。

——本文摘自《破解基因碼的人:諾貝爾獎得主珍妮佛.道納、基因編輯,以及人類的未來》/ 蓋伊・萊施茨納,2021 年 10 月,商周出版

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用迷幻藥治憂鬱?基因編輯療法將通過批准?——2023 最值得關注十大科學事件(上)
PanSci_96
・2023/01/30 ・2348字 ・閱讀時間約 4 分鐘

在 2022 年裡,我們見證了低軌通訊衛星在戰爭中的作用、Omicron 肆虐與次世代疫苗、韋伯太空望遠鏡捕捉系外生命印記、銀河中心黑洞初次現身、人類精準回擊小行星、台灣 CAR-T 首例、特斯拉的平價人形機器人、與超強的 LaMDA 跟 ChatGPT AI 語言模型!

2023 年能更刺激嗎?有哪些值得我們關注的科學大事呢?

我們綜合整理了 Nature、Science、Scientific American、NewScientist、富比世雜誌、經濟學人雜誌,結合泛科學的觀察與期待程度,提出這份「2023 最值得關注十大科學事件」;今年的科學界將會熱鬧非凡,令人目不暇給!

No.10 病原體通緝名單

2022 年 11 月,法國科學家在 bioRxiv 上發表了從西伯利亞永凍土中復活的多種病毒;這些「殭屍病毒」中最古老的已經有 48500 歲,在溫度升高後,這些病毒都復甦了過來……。雖然這批古老病毒只能感染變形蟲,但也暗示著,冰層之下存在更多正在休眠、極可能對哺乳動物或人類造成危險的病毒。

隨著氣溫與海溫升高,這些不定時病毒炸彈正在醞釀著。

世界衛生組織將在今年發布修訂後的「重點病原體清單」,至少 300 位科學家嚴謹審查超過 25 個病毒與細菌家族的各種證據,針對目前還未知、但可能造成全球疫情的未知疾病 Disease X 做出預測,擬出一份優先名單。被列入名單的病原體通緝犯將會被重點研究調查,以利未來開發疫苗、治療與診斷技術。

被列入優先名單的病原體將會被重點研究調查。圖/Envato Elements

No.9 新一代 mRNA 疫苗

乘著在 COVID-19 大流行間快速成熟的 mRNA 疫苗研發平台,許多疫苗正蓄勢待發。

BNT 在 2023 年初針對瘧疾、肺結核和生殖器皰疹的 mRNA 疫苗開始了首次人體實驗;也與輝瑞合作,研發能降低帶狀皰疹發病率的疫苗。另一家 mRNA 大廠莫德納,也在研發能預防生殖器皰疹和帶狀皰疹病毒疫苗。

除此之外,莫德納開發的黑色素瘤 mRNA 疫苗與默克的藥物合併療法,在去年底公布中期臨床試驗結果,顯示能降低 44% 的死亡率及復發風險,臨床試驗也將在 2023 年進入最後階段。

這些將在 2023 年揭曉的成果,將拓展人類使用 mRNA 疫苗對抗疾病的手段。

新一代 mRNA 疫苗正蓄勢待發。圖/Envato Elements

No.8 CRISPR 療法獲批准

由於之前的臨床試驗結果很不錯,CRISPR 基因編輯療法極有可能會在今年首次正式通過批准!

這種 exagamlogene autotemcel(exa-cel)療法,是由美國波士頓的 Vertex Pharmaceuticals 和英國劍橋的 CRISPR Therapeutics 公司共同開發。用超簡化的方式來説,治療方法就是先收集一個人自己的幹細胞,接著用 CRISPR-Cas9 編輯修正幹細胞中有缺陷的基因,最後再把這些細胞輸回人體。

Vertex 公司預計會在 3 月向美國 FDA 申請批准,讓 exa-cel 療法可以用於治療 β-地中海貧血或鐮狀細胞病的患者。

然而,隨著療法上市,相關的討論預期也將甚囂塵上……。

CRISPR 基因編輯療法極有可能在今年正式通過批准。圖/Envato Elements

No.7 阿茲海默有藥醫

美國 FDA 將在年初宣布,Eisai 製藥公司和 Biogen 生技公司開發的 lecanemab,是否可以用來治療阿茲海默患者。

該藥物就像一台大腦專用的掃地機器人,為單克隆抗體,可以清除大腦中積累的 β 澱粉樣蛋白;在包含了 1785 名早期阿茲海默患者的臨床試驗中顯示,比起安慰劑,能減緩認知能力下降的速度約 27%。不過,有些科學家認為這效果只能說是還好,也有些擔心藥物不夠安全。

無獨有偶,另一款由美國的 Anavex Life Sciences 開發的阿茲海默藥物 blarcamesine,目前也正在臨床試驗階段;它能啟動一種可提高神經元穩定性及相互連接能力的蛋白質,就像是幫神經元升級了連線速度與品質,估計在今年會持續帶來新消息。

blarcamesine 能幫神經元升級連線速度與品質。圖/Envato Elements

No.6 迷幻療法

2023 年,也極可能立下迷幻藥被用於醫療用途的里程碑。

多個相關臨床研究都進展到第三期,例如為 PTSD 創傷後症候群設計的新療法,結合了心理治療與 MDMA 亞甲二氧甲基苯丙胺,也就是所謂的搖頭丸,在臨床三期中,67% 的患者不再被診斷有 PTSD。

而來自迷幻蘑菇的裸蓋菇素,則被用來治療難治型憂鬱症,其臨床二期結果令人鼓舞。233 名難治型憂鬱症患者分成三組,在服用不同劑量裸蓋菇素後,每一組的憂鬱症量表分數都降低;而劑量最重的那組,其降幅最顯著。

最後是 K 他命,竟然成為對抗酒精使用障礙的療法!酒精使用障礙包括酗酒、酒精依賴、成癮等,86% 的臨床試驗病人,在接受新療法後六個月,持續戒除酒精。

然而,也有科學家警告這些樂觀訊息中有炒作成份,就讓我們持續關注吧!

迷幻藥能有效治療病情!?圖/Envato Elements

看到這你可能會想,第六到十名怎麼都是跟醫療健康有關的大事件呢?別急!在下一篇中,我們接著介紹更精采的第五到第一名!

也歡迎大家跟我們分享,你知道的、即將在 2023 年發生的科學大事件!

期待在 2023 年即將發生的科學大事件!圖/GIPHY

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當人們對細菌一無所知、當醫生不洗手:生產,就像是去鬼門關前走一趟──《厲害了,我的生物》
聚光文創_96
・2022/09/13 ・1767字 ・閱讀時間約 3 分鐘

無知的代價:產褥熱

故事說到這裡,此時此刻,人們依然只能透過顯微鏡、放大鏡等工具,追尋微生物的芳蹤。當然啦,發現微生物是一回事,要確認這些微生物與特定疾病的相關性,並且證實它們的致病性與致病機制,則完全又是另一回事。

在那個對微生物一無所知的年代,該有多可怕?圖/envatoelements

然而,產業救星巴斯德先生在拔了一根草、測了測風向以後,敏銳的發現,風向是會改變的。在與微生物和疾病的永恆戰鬥中,人類也不會永遠的屈居下風。

巴斯德的重心,逐漸從化學轉移到微生物之上。他雖然不是醫生,也不是婦女,卻對婦女的生死大關特別有興趣。

在十八世紀到十九世紀之間,有多達百分之三十的婦女,會在生產後的「產褥期」,受到細菌感染而持續發燒,稱為「產褥熱」(puerperal fever)。

當時,產褥熱的致死率相當高,一旦受到感染,有百分之七十五的產婦可能會挺不過去,一手接生一手送死,悲傷的故事在醫院裡不斷上演。

被忽視的警告:「不要碰完屍體去接生!」

一八四三年,美國醫生霍姆斯(O. W. Holmes)在論文中提到,不少醫生會在解剖完屍體之後,再為產婦進行接生,這些產婦中,染上產褥熱的比例也偏高。

但是,當時的醫學界並不認同霍姆斯的觀點,將他的提醒當成了耳邊風。

進產房前,別忘了先寫遺囑!圖/聚光文創

與此同時,在著名的維也納大學醫學院中,匈牙利醫師塞麥爾維斯(Ignaz Philipp Semmelweis),正為了附屬醫院中,遲遲無法下降的產婦死亡率而苦惱著。

即使進行了詳細的大體解剖,塞麥爾維斯也無法找出產褥熱的原因,只能眼睜睜的看著產婦一邊期待著新生命的降臨,一害怕著死神將揮舞著鐮刀,收割她們的性命。

心痛的塞麥爾維斯,於是將目光轉向產房細節。他注意到,如果產婦居住在解剖室旁的產房,產褥熱的比例更居高不下;反觀助產士教學病房裡的產婦,死亡率就明顯較低。

塞麥爾維斯於是推測,或許在屍體中帶有某種毒素,經由負責解剖的醫生、實習生的雙手,在接生或產檢之際進入產房,造成了產婦的死亡。

只是洗個手,死亡率剩下原本的 1/4

一八四七年,塞麥爾維斯決定,要求產科裡所有醫生、實習生,特別是那些剛進行過大體解剖的小夥伴們,在為產婦接生或檢查之前,務必要用肥皂與漂白水浸泡、清洗雙手,並澈底刷洗指甲底下的汙垢。

果不其然,一個簡簡單單的洗手動作,就讓院內產婦的死亡率,從百分之十二下降到百分之三!可喜可賀!

即使塞麥爾維斯發現「洗手」就可以降低產婦的死亡率,但它的發現並未被醫界重視。圖/envatoelements

按照常理思考,我們可以大膽推測,接下來的劇情發展應該是:「塞麥爾維斯被譽為英雄,他所推行的洗手習慣,立刻被全世界廣泛採用……」

NO~NO~NO,塞麥爾維斯拿到的,可不是這麼簡潔、老生常談的劇本,故事尚未劇終,本章節依然未完待續。

事實上,他的重要發現並沒有受到醫學界的認可,連病房主任也說,死亡率的下降,是醫護同仁們用心禱告的結果,跟洗不洗手什麼沒啥關係。

不僅論點違背主流風向,許多醫生甚至覺得,塞麥爾維斯的說法,根本就是在說「醫生手很髒」或「病從醫生來」,對此,他們表達強烈的不憤怒與不滿。

讀到這裡,我們或許會覺得,只是洗個手,有那麼痛苦那麼難嗎?殊不知,即便是疫情當前的今日,對於這個倡導手部衛生的建議,依然有人會感到不滿與抗拒。

如此一想,一百多年前的醫生們不想洗手,好像不是多麼不可思議的事情了。

沒想到竟然連醫生都會不想洗手!圖/聚光文創

──本文摘自《厲害了,我的生物》,2022 年 8 月,聚光文創,未經同意請勿轉載。

聚光文創_96
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據說三人出版社就算得上中型規模,也許是島嶼南方太過溫暖,我們對出版業的寒冬始終抱持著浪漫與天真。 作者們說,出版市場很艱困,但我們依然想在翻譯領軍的文學市場中,為本土的作者、原創故事發聲。 喜歡做為升學孩子減輕壓力的書,不要厚重百科類型、沒有艱澀的專有名詞,很多重大發現的背後故事更值得我們好好品味。

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葡萄酒變酸了?這可不能忍!巴斯德揪出「乳酸菌」,成功拯救法國的釀酒業──《厲害了,我的生物》
聚光文創_96
・2022/09/12 ・2154字 ・閱讀時間約 4 分鐘

國安危機!為什麼葡萄酒變酸了?

在上一集中,我們聊到了十七世紀,荷蘭科學家 aka 手作達人雷文霍克,以他那充滿手工溫度的兩百五十臺顯微鏡,以及一百七十二塊鏡片,為世人展示了「微型動物」(微生物)的世界。

然而在雷文霍克之後,除了斯巴蘭札尼神父曾經投以關愛的眼神,做了一些相關的實驗與研究,微生物似乎逐漸被眾人遺忘。

一直到微生物學的奠基者,巴斯德(Louis Pasteur)的出現,微生物的存在終於開始閃閃發光。一開始,巴斯德是打算進行「自然發生說」的相關實驗,沒想到,一個可能動搖國本的問題卻找上了他。

巴斯德(Louis Pasteur)被譽為微生物學的奠基者,也是研發出狂犬病疫苗的科學家。圖/Wikipedia

在浪漫優雅的法國,飲酒文化與釀酒事業同樣歷史悠久,然而,當時的酒商與釀酒廠負責人卻天天急得跳腳,一點也浪漫不起來。

原來,釀酒這門手藝太過精細,只要一不小心,酒廠生產的酒很可能就會酸化變質,不僅造成商譽與營運的巨大損失,也會影響市場供應的穩定性。

生活不能缺少微醺的感覺,釀酒業的危機,簡直就是國安危機,巴斯德義無反顧的決定伸出援手。

於是,巴斯德拿出科學家的精神,仔細研究了整個釀酒過程,收集、觀察製程中,不同時間的發酵液,並且分析、比較這些酒液的不同。

經過一次一次的培養與試驗,巴斯德終於發現,在顯微鏡下,正常的發酵液中,有一種形狀圓圓的球體小生物(也就是酵母菌);而那些發酵失敗、變酸的酒液中,則可以看見一種又細又長的桿狀小生物(乳酸菌是也)。

乳酸菌平常也許是不錯的東西,但要是跑到酒裡面可就不好了。圖/envatoelements

抓出讓酒精變質的小小兇手

一八五七年八月,巴斯德發表了他的研究成果,這篇論文,可以說是現代微生物學的開山之作。論文中指出,發酵,是涉及某些特定的細菌、黴菌、酵母菌等微生物的活動。

這些研究不僅拯救了釀酒業,也影響著食品業與醫藥產業。當時的科學界一度認為,發酵與食物腐敗、傷口發炎等現象,是可以畫上等號的,因此啟發了一名外科醫師的抗菌革命之路(這段故事我們後面再聊,先賣個關子)。

回到釀酒業的危機處理之上,雖然揪出了讓酒變酸的凶手,但巴斯德的工作還沒有完成,還得找出一勞永逸的方法,才算是功德圓滿。

經過一番苦思冥想,巴斯德最後採用的是加熱滅菌法,這種方法,如今也被稱為「巴斯德消毒法」(pasteurization)。

我們都知道,加熱是個有效的滅菌方式,巴斯德將釀好的酒,短暫、而且小心翼翼的加熱,直到攝氏五十至六十度,藉此殺死那些可能讓酒變質的細菌。如此一來,不僅能讓酒長斯保存,也不會犧牲酒的口感,是不是很讚!

感謝巴斯德讓我們今天能喝到沒有壞掉的酒。圖/聚光文創

陷入絕境的養蠶業:蠶寶寶為什麼會生病?

感謝飛天小女警,啊不,是巴斯德的努力,一天又平安的過去了,釀酒業終於恢復了平靜。然而,一八六五年,法國農村再次遭遇危機。

雍容華貴的絲綢,是廣受貴族喜愛的高級布料,養蠶、攪絲、織布,也是當時法國農村的一大主力產業。沒想到,一種傳播快速、並且容易致死的疾病,卻在蠶寶寶界蔓延開來,蠶農們對此束手無策,養蠶業因此陷入絕境。

在昔日師長的建議之下,巴斯德決定投身於蠶病研究,為蠶寶寶尋得一線生機。

在此之前,他並沒有養過蠶,也缺乏相關知識。於是他動身前往法國南部,花了五年的時間,在第一線的蠶病疫區進行研究。

透過顯微鏡,巴斯德在病蠶的身體裡,發現了一些微小的病原體。

不曉得大家小時候有沒有養過蠶寶寶呢?圖/envatoelements

同樣的,溯源之後還得找出根治方法,巴斯德除了研究鑑定方法,以幫助蠶農辨認染病的蠶寶寶之外,也建議蠶農對病蠶進行隔離。

篩檢與隔離,加上選擇性育種與提高蠶群的清潔度,巴斯德提出的「蠶界防疫新生活」,不但拯救了無數蠶寶寶的性命,也讓瀕臨崩潰的法國絲綢獲得喘息。

在釀酒業與養蠶業分別取得成功之後,巴斯德於是將目光從經濟產業轉向醫療產業。

這些肉眼看不見的微生物,既然可能讓酒變酸,也可能讓蠶生病,是不是也可能引發人類的疾病?如果真是如此,只要知道如何躲避生物的攻擊,或許就能增加戰勝疾病的可能性。

大家努力待在家防疫的時候也別忘了記得動一動。圖/聚光文創

──本文摘自《厲害了,我的生物》,2022 年 9 月,聚光文創,未經同意請勿轉載。

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據說三人出版社就算得上中型規模,也許是島嶼南方太過溫暖,我們對出版業的寒冬始終抱持著浪漫與天真。 作者們說,出版市場很艱困,但我們依然想在翻譯領軍的文學市場中,為本土的作者、原創故事發聲。 喜歡做為升學孩子減輕壓力的書,不要厚重百科類型、沒有艱澀的專有名詞,很多重大發現的背後故事更值得我們好好品味。