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科研人員開發全面的H5N1禽流感檢測包

SciDev
・2012/07/02 ・925字 ・閱讀時間約 1 分鐘 ・SR值 568 ・九年級

文/Prime Sarmiento

[馬尼拉] 新加坡科學家已經開發出一種能夠在幾個小時內檢測出 H5N1 禽流感全部已知毒株的檢測包,這是個醫學突破與進展,預期將可限制流感全球大流行的機率。

科學家希望這種新的測試包能夠遏制全球禽流感的擴散。(圖片來源:ILRI@Flickr,根據創用CC-By 2.0條款使用)

來自新加坡科技局(A*STAR)以及陳篤生醫院(TTSH)的科學家,開發出目前最全面而快速的 H5N1 檢測包——H5N1 即時反轉錄聚合酶鏈鎖反應(Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction, RT-PCR)測試。

目前,世界衛生組織推薦的 H5N1 檢測包,僅能檢測出 10 個不同遺傳群中的 3 種。剩下的 7 種雖然也可被檢測到,但是無法在同一個測試中一次完成。

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這種新開發的檢測包,能夠準確而迅速地在一次測試中,檢測到 H5N1 病毒全部的已知毒株。

新加坡科技局的資深研究科學家 Masafumi Inoue 表示:「我們的技術已經大大地簡化、並加速了新的 H5N1 變種的檢測與鑑別過程。當這種病毒突變成更危險的形式時,這類資訊特別關鍵。」

Inoue 與陳篤生醫院臨床微生物學與檢驗醫學資深顧問 Timothy Barkham 開發了這種新型的檢測包,並已在東南亞的幾家醫院進行過臨床檢驗。

這種禽流感病毒對於鳥類而言通常是致命的,但是迄今為止,我們還不清楚其是否會通過直接接觸傳染給人類。1997 年,已知的首位罹患禽流感的病人死於香港,亦導致數以百萬計的家禽遭到撲殺。

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世界衛生組織表示, H5N1 病毒如今已經擴散到 61 個國家,自從 2003 年以來,已經導致 350 多人死亡。在被感染的病人中,死亡率是 60%。

2012 年,中國、柬埔寨、印尼和越南都報告過禽流感死亡病例。

專家擔心 N5N1 病毒可能突變成一種更加致命的形式,在人類之間傳播並導致全球大流行,這可能會奪去幾百萬人的生命。

遏制病毒傳播的關鍵,是準確而迅速地檢測 H5N1 病毒。新加坡科技局發言人 Sarah Chang 表示,這就是這種新的檢測包最有用處的地方。

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Chang 解釋,這種病毒在過去 5 年的突變最為嚴重。然而,現有的檢測包——大多數是在 10 年前、基於最初的病毒資訊所設計——也因此變得越來越多餘。

基因組服務與分子診斷包的區域供應商 AITbiotech Pte Ltd,已經與新加坡科技局簽署了一份授權協定,以區域範圍為基準來銷售這種檢測包。

本文原發表於 SciDev [2012-06-12]

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圖形處理單元與人工智慧
賴昭正_96
・2024/06/24 ・6944字 ・閱讀時間約 14 分鐘

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  • 作者/賴昭正|前清大化學系教授、系主任、所長;合創科學月刊

我擔心人工智慧可能會完全取代人類。如果人們能設計電腦病毒,那麼就會有人設計出能夠自我改進和複製的人工智慧。 這將是一種超越人類的新生命形式。

——史蒂芬.霍金(Stephen Hawking) 英國理論物理學家

大約在八十年前,當第一台數位計算機出現時,一些電腦科學家便一直致力於讓機器具有像人類一樣的智慧;但七十年後,還是沒有機器能夠可靠地提供人類程度的語言或影像辨識功能。誰又想到「人工智慧」(Artificial Intelligent,簡稱 AI)的能力最近十年突然起飛,在許多(所有?)領域的測試中擊敗了人類,正在改變各個領域——包括假新聞的製造與散佈——的生態。

圖形處理單元(graphic process unit,簡稱 GPU)是這場「人工智慧」革命中的最大助手。它的興起使得九年前還是個小公司的 Nvidia(英偉達)股票從每股不到 $5,上升到今天(5 月 24 日)每股超過 $1000(註一)的全世界第三大公司,其創辦人(之一)兼首席執行官、出生於台南的黃仁勳(Jenson Huang)也一躍成為全世界排名 20 內的大富豪、台灣家喻戶曉的名人!可是多少人了解圖形處理單元是什麼嗎?到底是時勢造英雄,還是英雄造時勢?

黃仁勳出席2016年台北國際電腦展
Nvidia 的崛起究竟是時勢造英雄,還是英雄造時勢?圖/wikimedia

在回答這問題之前,筆者得先聲明筆者不是學電腦的,因此在這裡所能談的只是與電腦設計細節無關的基本原理。筆者認為將原理轉成實用工具是專家的事,不是我們外行人需要了解的;但作為一位現在的知識分子或公民,了解基本原理則是必備的條件:例如了解「能量不滅定律」就可以不用仔細分析,即可判斷永動機是騙人的;又如現在可攜帶型冷氣機充斥市面上,它們不用往室外排廢熱氣,就可以提供屋內冷氣,讀者買嗎?

CPU 與 GPU

不管是大型電腦或個人電腦都需具有「中央處理單元」(central process unit,簡稱 CPU)。CPU 是電腦的「腦」,其電子電路負責處理所有軟體正確運作所需的所有任務,如算術、邏輯、控制、輸入和輸出操作等等。雖然早期的設計即可以讓一個指令同時做兩、三件不同的工作;但為了簡單化,我們在這裡所談的工作將只是執行算術和邏輯運算的工作(arithmetic and logic unit,簡稱 ALU),如將兩個數加在一起。在這一簡化的定義下,CPU 在任何一個時刻均只能執行一件工作而已。

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在個人電腦剛出現只能用於一般事物的處理時,CPU 均能非常勝任地完成任務。但電腦圖形和動畫的出現帶來了第一批運算密集型工作負載後,CPU 開始顯示心有餘而力不足:例如電玩動畫需要應用程式處理數以萬計的像素(pixel),每個像素都有自己的顏色、光強度、和運動等, 使得 CPU 根本沒辦法在短時間內完成這些工作。於是出現了主機板上之「顯示插卡」來支援補助 CPU。

1999 年,英偉達將其一「具有集成變換、照明、三角形設定/裁剪、和透過應用程式從模型產生二維或三維影像的單晶片處理器」(註二)定位為「世界上第一款 GPU」,「GPU」這一名詞於焉誕生。不像 CPU,GPU 可以在同一個時刻執行許多算術和邏輯運算的工作,快速地完成圖形和動畫的變化。

依序計算和平行計算

一部電腦 CPU 如何計算 7×5+6/3 呢?因每一時刻只能做一件事,所以其步驟為:

  • 計算 7×5;
  • 計算 6/3;
  • 將結果相加。

總共需要 3 個運算時間。但如果我們有兩個 CPU 呢?很多工作便可以同時(平行)進行:

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  • 同時計算 7×5 及 6/3;
  • 將結果相加。

只需要 2 個運算時間,比單獨的 CPU 減少了一個。這看起來好像沒節省多少時間,但如果我們有 16 對 a×b 要相加呢?單獨的 CPU 需要 31 個運算的時間(16 個 × 的運算時間及 15 個 + 的運算時間),而有 16 個小 CPU 的 GPU 則只需要 5 個運算的時間(1 個 × 的運算時間及 4 個 + 的運算時間)!

現在就讓我們來看看為什麼稱 GPU 為「圖形」處理單元。圖一左圖《我愛科學》一書擺斜了,如何將它擺正成右圖呢? 一句話:「將整個圖逆時針方向旋轉 θ 即可」。但因為左圖是由上百萬個像素點(座標 x, y)組成的,所以這句簡單的話可讓 CPU 忙得不亦樂乎了:每一點的座標都必須做如下的轉換

x’ = x cosθ + y sinθ

y’ = -x sinθ+ y cosθ

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即每一點均需要做四個 × 及兩個 + 的運算!如果每一運算需要 10-6 秒,那麼讓《我愛科學》一書做個簡單的角度旋轉,便需要 6 秒,這豈是電動玩具畫面變化所能接受的?

圖形處理的例子

人類的許多發明都是基於需要的關係,因此電腦硬件設計家便開始思考:這些點轉換都是獨立的,為什麼我們不讓它們同時進行(平行運算,parallel processing)呢?於是專門用來處理「圖形」的處理單元出現了——就是我們現在所知的 GPU。如果一個 GPU 可以同時處理 106 運算,那上圖的轉換只需 10-6 秒鐘!

GPU 的興起

GPU 可分成兩種:

  • 整合式圖形「卡」(integrated graphics)是內建於 CPU 中的 GPU,所以不是插卡,它與 CPU 共享系統記憶體,沒有單獨的記憶體組來儲存圖形/視訊,主要用於大部分的個人電腦及筆記型電腦上;早期英特爾(Intel)因為不讓插卡 GPU 侵蝕主機的地盤,在這方面的研發佔領先的地位,約佔 68% 的市場。
  • 獨立顯示卡(discrete graphics)有不與 CPU 共享的自己專用內存;由於與處理器晶片分離,它會消耗更多電量並產生大量熱量;然而,也正是因為有自己的記憶體來源和電源,它可以比整合式顯示卡提供更高的效能。

2007 年,英偉達發布了可以在獨立 GPU 上進行平行處理的軟體層後,科學家發現獨立 GPU 不但能夠快速處理圖形變化,在需要大量計算才能實現特定結果的任務上也非常有效,因此開啟了為計算密集型的實用題目編寫 GPU 程式的領域。如今獨立 GPU 的應用範圍已遠遠超出當初圖形處理,不但擴大到醫學影像和地震成像等之複雜圖像和影片編輯及視覺化,也應用於駕駛、導航、天氣預報、大資料庫分析、機器學習、人工智慧、加密貨幣挖礦、及分子動力學模擬(註三)等其它領域。獨立 GPU 已成為人工智慧生態系統中不可或缺的一部分,正在改變我們的生活方式及許多行業的遊戲規則。英特爾在這方面發展較遲,遠遠落在英偉達(80%)及超微半導體公司(Advance Micro Devices Inc.,19%,註四)之後,大約只有 1% 的市場。

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典型的CPU與GPU架構

事實上現在的中央處理單元也不再是真正的「單元」,而是如圖二可含有多個可以同時處理運算的核心(core)單元。GPU 犧牲大量快取和控制單元以獲得更多的處理核心,因此其核心功能不如 CPU 核心強大,但它們能同時高速執行大量相同的指令,在平行運算中發揮強大作用。現在電腦通常具有 2 到 64 個核心;GPU 則具有上千、甚至上萬的核心。

結論

我們一看到《我愛科學》這本書,不需要一點一點地從左上到右下慢慢掃描,即可瞬間知道它上面有書名、出版社等,也知道它擺斜了。這種「平行運作」的能力不僅限於視覺,它也延伸到其它感官和認知功能。例如筆者在清華大學授課時常犯的一個毛病是:嘴巴在講,腦筋思考已經不知往前跑了多少公里,常常為了追趕而越講越快,將不少學生拋到腦後!這不表示筆者聰明,因為研究人員發現我們的大腦具有同時處理和解釋大量感官輸入的能力。

人工智慧是一種讓電腦或機器能夠模擬人類智慧和解決問題能力的科技,因此必須如人腦一樣能同時並行地處理許多資料。學過矩陣(matrix)的讀者應該知道,如果用矩陣和向量(vector)表達,上面所談到之座標轉換將是非常簡潔的(註五)。而矩陣和向量計算正是機器學習(machine learning)演算法的基礎!也正是獨立圖形處理單元最強大的功能所在!因此我們可以了解為什麼 GPU 會成為人工智慧開發的基石:它們的架構就是充分利用並行處理,來快速執行多個操作,進行訓練電腦或機器以人腦之思考與學習的方式處理資料——稱為「深度學習」(deep learning)。

黃仁勳在 5 月 22 日的發布業績新聞上謂:「下一次工業革命已經開始了:企業界和各國正與英偉達合作,將價值數萬億美元的傳統資料中心轉變為加速運算及新型資料中心——人工智慧工廠——以生產新商品『人工智慧』。人工智慧將為每個產業帶來顯著的生產力提升,幫助企業降低成本和提高能源效率,同時擴大收入機會。」

附錄

人工智慧的實用例子:下面一段是微軟的「copilot」代書、谷歌的「translate」代譯之「one paragraph summary of GPU and AI」。讀完後,讀者是不是認為筆者該退休了?

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GPU(圖形處理單元)和 AI(人工智慧)之間的協同作用徹底改變了高效能運算領域。GPU 具有平行處理能力,特別適合人工智慧和機器學習所需的複雜資料密集運算。這導致了影像和視訊處理等領域的重大進步,使自動駕駛和臉部辨識等技術變得更加高效和可靠。NVIDIA 開發的平行運算平台 CUDA 進一步提高了 GPU 的效率,使開發人員能夠透過將人工智慧問題分解為更小的、可管理的、可同時處理的任務來解決這些問題。這不僅加快了人工智慧研究的步伐,而且使其更具成本效益,因為 GPU 可以在很短的時間內執行與多個 CPU 相同的任務。隨著人工智慧的不斷發展,GPU 的角色可能會變得更加不可或缺,推動各產業的創新和新的可能性。大腦透過神經元網路實現這一目標,這些神經元網路可以獨立但有凝聚力地工作,使我們能夠執行複雜的任務,例如駕駛、導航、觀察交通信號、聽音樂並同時規劃我們的路線。此外,研究表明,與非人類動物相比,人類大腦具有更多平行通路,這表明我們的神經處理具有更高的複雜性。這個複雜的系統證明了我們認知功能的卓越適應性和效率。我們可以一邊和朋友聊天一邊走在街上,一邊聽音樂一邊做飯,或一邊聽講座一邊做筆記。人工智慧是模擬人類腦神經網路的科技,因此必須能同時並行地來處理許多資料。研究人員發現了人腦通訊網路具有一個在獼猴或小鼠中未觀察獨特特徵:透過多個並行路徑傳輸訊息,因此具有令人難以置信的多任務處理能力。

註解

(註一)當讀者看到此篇文章時,其股票已一股換十股,現在每一股約在 $100 左右。

(註二)組裝或升級過個人電腦的讀者或許還記得「英偉達精視 256」(GeForce 256)插卡吧?

(註三)筆者於 1984 年離開清華大學到 IBM 時,就是參加了被認為全世界使用電腦時間最多的量子化學家、IBM「院士(fellow)」Enrico Clementi 的團隊:因為當時英偉達還未有可以在 GPU 上進行平行處理的軟體層,我們只能自己寫軟體將 8 台中型電腦(非 IBM 品牌!)與一大型電腦連接來做平行運算,進行分子動力學模擬等的科學研究。如果晚生 30 年或許就不會那麼辛苦了?

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(註四)補助個人電腦用的 GPU 品牌到 2000 年時只剩下兩大主導廠商:英偉達及 ATI(Array Technology Inc.)。後者是出生於香港之四位中國人於 1985 年在加拿大安大略省成立,2006 年被超微半導體公司收購,品牌於 2010 年被淘汰。超微半導體公司於 2014 年 10 月提升台南出生之蘇姿豐(Lisa Tzwu-Fang Su)博士為執行長後,股票從每股 $4 左右,上升到今天每股超過 $160,其市值已經是英特爾的兩倍,完全擺脫了在後者陰影下求生存的小眾玩家角色,正在挑戰英偉達的 GPU 市場。順便一題:超微半導體公司現任總裁(兼 AI 策略負責人)為出生於台北的彭明博(Victor Peng);與黃仁勳及蘇姿豐一樣,也是小時候就隨父母親移居到美國。

(註五)

延伸閱讀

  • 熱力學與能源利用」,《科學月刊》,1982 年 3 月號;收集於《我愛科學》(華騰文化有限公司,2017 年 12 月出版),轉載於「嘉義市政府全球資訊網」。
  • 網路安全技術與比特幣」,《科學月刊》,2020 年 11 月號;轉載於「善科教育基金會」的《科技大補帖》專欄。
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賴昭正_96
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成功大學化學工程系學士,芝加哥大學化學物理博士。在芝大時與一群留學生合創「科學月刊」。一直想回國貢獻所學,因此畢業後不久即回清大化學系任教。自認平易近人,但教學嚴謹,因此穫有「賴大刀」之惡名!於1982年時當選爲 清大化學系新一代的年青首任系主任兼所長;但壯志難酬,兩年後即辭職到美留浪。晚期曾回台蓋工廠及創業,均應「水土不服」而鎩羽而歸。正式退休後,除了開始又爲科學月刊寫文章外,全職帶小孫女(半歲起);現已成七歲之小孫女的BFF(2015)。首先接觸到泛科學是因爲科學月刊將我的一篇文章「愛因斯坦的最大的錯誤一宇宙論常數」推薦到泛科學重登。

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過去的瘟疫大流行是怎麼發生的?有些竟然是流行性感冒!——《大流感:致命的瘟疫史》
臺灣商務印書館
・2021/01/21 ・3320字 ・閱讀時間約 6 分鐘 ・SR值 515 ・六年級

瘟疫大流行的發生——抗原突變

瘟疫大流行只有當血凝素和神經氨酸突觸兩者之一,或是同時,發生重大改變時發生。當全新的基因組合代替舊基因時,新抗原的形狀會和舊抗原有相當大差異。這叫作「抗原突變」 (antigen shift) 。

再用足球員的球衣來比喻,抗原突變相當於球員把綠衣白褲換成橘衣黑褲。抗原突變發生時,免疫系統根本不能辨認新抗原。全世界極少有人具有對抗這種抗原的抗體,所以病毒可以用爆炸性的速度橫掃人類社會。

抗原突變後,免疫系統不能辨認新抗原,病毒便可橫掃人類社會。圖/pixy.org

血凝素有十五種基本型,神經氨酸有九種,它們有不同的組合方式,加上一些亞型。病毒學家用這些抗原組合來區分研究中的特定病毒,例如 H1N1 病毒是一九一八年流行的病毒,現在仍存在豬隻身上。H3N2 則是今天在人類身上流行的病毒。

病毒突變是怎麼回事?基因怎麼重組?

病毒突變是當一向只感染鳥類的病毒轉而直接或間接攻擊人類時發生。自一九九七年起,H5N1 和 H7N9 兩種禽類病毒直接感染了兩千三百人,超過一千人死亡,宛如另一場類似一九一八年的大流行。

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鳥類和人類的唾液酸受體不同,所以能和鳥類細胞受體結合的病毒通常不會和人類細胞結合,也就不會感染人類。香港十八個被感染的人可能是暴露在大量病毒之下,這些病毒突變群裡可能含有能與人類受體結合的突變種,而大量接觸的情況下使得變種病毒得以在人體內建立據點而發病。幸虧這些病毒並沒有演化為人類病毒,那次所有的患者都是直接被家禽傳染的。

病毒突變是當一向只感染鳥類的病毒轉而直接或間接攻擊人類時發生。圖/Alltech

動物病毒跳上人體之後,只要一點簡單的突變就可以轉變成人類病毒。這過程也可以間接發生,因為感冒病毒最後一個不凡的特性就是可以在物種之間適應轉移。

感冒病毒不僅突變快速,它的基因組成還是成段分開的。就是說它的基因組不像大多數有機體或其他病毒一樣沿著核酸串在一起,而是存在不連貫的 RNA 上。所以當兩種不同病毒侵入同一個細胞時,它們的基因組就很可能混合重組。

重組會讓一個病毒的基因和另一個混在一起,好比把兩種不同花色的撲克牌洗在一塊,然後出現一疊含有兩種花色的牌。這就產生一種全新的病毒,讓它有機會從一個物種跳到另一個物種上。

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基因重組就像把不同花色的撲克牌洗在一起,出現一疊有兩種花色的牌。圖/Nhu Tran

香港禽流感中,如果有個人同時感染兩種病毒,這兩種病毒就有機會重組它們的基因,產生能容易在人類流傳的新病毒品種,而致命的病毒就這樣變成人類病毒。

病毒也可以經由中介者間接變成適合的。有病毒學家提出,對病毒來說豬是最佳的仲介,因為豬細胞的唾液酸受體能同時與鳥類和人類的病毒結合。當鳥類病毒和人類病毒同時感染同一頭豬時,病毒重組就可能發生,全新的病毒便可能現身人間。

一九一八年時獸醫曾提到豬和其他動物發生流行性感冒;而今天的豬感冒病毒也是一九一八的感冒病毒的直系後代。但我們並不清楚人和豬之間究竟是誰先把感冒傳給誰的。

紐約西奈山醫學中心的彼得.巴利斯 (Peter Palese) 醫師是世界感冒病毒權威,認為病毒基因重組的理論[1]可以解釋病原突變的現象:「⋯⋯另一個可能性是鳥類病毒和人類病毒同時感染肺部細胞,給了病毒升級的機會⋯⋯不管是豬肺或人肺,沒理由說這種混合不可能發生。沒有絕對證據說這兩個物種沒有共同的唾液酸受體,也不能保證鳥類的受體和人類真的不同。只要有一個胺基酸的突變,病毒就可以很容易找到另一個宿主。」

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有些過去的瘟疫竟然是流行性感冒?

因為病原突變而造成的大規模瘟疫在人類交通還沒有像今天一樣繁忙之前就發生過了。大多數醫史學家從疾病傳播的速度和感染人數推斷,十五、十六世紀歷史上發生的幾次瘟疫都是流行性感冒,但還是有分歧的看法。一五一○年非洲傳來瘟疫肺炎「立刻狂掃歐洲,不放過每個家庭的每一個人。」

一五八○年又有一次疫病從亞洲傳來,到了非洲、歐洲,再到美洲。它的威力大得「六星期內折磨幾乎全歐每個國家,不到二十分之一的人得以倖免。」在西班牙有些城市「人口幾乎完全被滅絕。」

有些過去的瘟疫則無疑是流行性感冒。一六八八英國光榮革命那年,流感襲擊英國、愛爾蘭、新大陸的維吉尼亞州,這些地方記載著:「⋯⋯人們死去⋯⋯像在鼠疫中⋯⋯」五年之後,感冒又掃過歐洲:「各種狀況的人都被感染⋯⋯強健的人和衰弱的人一樣倒下⋯⋯不分老幼。」

1665 年倫敦大瘟疫期間的一條街道上,有一輛死亡推車和送葬者。圖/Wikimedia common

一六九九年的麻州,科頓.馬瑟 (Cotton Mather) 寫道:「病魔幾乎侵入所有家庭,極少人逃過。在波士頓死亡特別多,而且有人死得很怪異。有些家庭全家生病,有些地方全鎮都病倒,真是個疾病的時代。」

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歐洲在十八世紀至少被三次,可能多達六次瘟疫襲擊,十九世紀至少有四次。一八四七年和一八四八年這兩年倫敦死於感冒的人數超過一八三二年霍亂流行的時候。一八八九和一八九○年又一次世界性大流行,不過不如一九一八年猛烈。二十世紀有三次來襲,每次都是由抗原突變引起,不是血凝素就是神經氨酸,或是兩者同時大幅變化,或是其他基因組異動造成的緣故。

流行性感冒通常感染百分之十五到四十的人口。任何感冒病毒感染那麼多人,又造成相當比例的死亡率,的確是超乎想象的恐怖。近年來公共衛生當局發現至少兩起新病毒感染人類,而在它突變成為人類病毒之前就先作了防堵措施。一九九七年香港的禽流感在十八個病例中有六人死亡。

那次為了防止家禽病毒變成人類病毒,當局將香港所有的一百二十萬隻雞全部撲殺。不過這麼做還是沒有徹底消滅 H5N1 病毒,它仍留在家禽身上,而在二○○三年又感染兩個人,造成一人死亡。這種特殊病毒的疫苗已經研發出來,但是並沒有大量製造。

這種特殊病毒的疫苗已研發出來,但沒有大量製造。圖/Wikimedia common

二○○三年春天當一種新的 H7N7 病毒在荷蘭、比利時、和德國的家禽農場出現時,造成更大規模的撲殺。那次病毒感染了八十三個人,其中一人死亡,並且傳染到豬隻身上。當局撲殺了將近三千萬隻家禽和一些豬。

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到了二○○四年,從未真正消失的 H5N1 以復仇之姿再次回歸。它在五年內感染了全世界約四千人,並奪去其中約百分之六十的人性命。它造成、且很有可能再度造成另一場大流行。為了防堵這個病毒,估計共有上億隻家禽被撲殺,但世界各地仍出現地方性的疫情。

執行這種昂貴又恐怖屠殺的原因是為了不讓一九一八年的故事重演。這麼做是為了要防止病毒突變,荼毒人間。在此同時,二○○九年突如其來,從感染過鳥、豬及人類的病毒中基因重組的一種病毒,也造成了另一次大流行。

註解

  1. 二○○一年澳大利亞科學家馬克.吉伯斯 (Mark Gibbs) 提出理論說,感冒病毒也可以自己重組基因,就是說把一段基因拿下來接到另一個基因上。好像把兩疊牌切碎,把碎牌隨便黏在一起,然後任意撿起五十二張新牌成為一套。這種重組在實驗室中曾經被證明,但大部分病毒學家還是對這種說法持疑。
——本文摘自《大流感:致命的瘟疫史》,台灣商務出版,2020 年 10 月5日。
臺灣商務印書館
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1897年於上海成立,由出身印刷業的夏瑞芳等四位先生創辦,原意只做印刷商業文件的生意,故以「商務」為名。1948 年臺北分館開業,隔年商務臺灣分館改名為「臺灣商務印書館」,開始獨立經營。商務印書館的靈魂人物王雲五先生,於 1921 入館擔任編譯所所長至 1929 年,1930 年受邀回館任總經理至 1946 年;王雲五先生 1951 年自香港抵臺定居,以股東資格對臺灣商務印書館提供業務諮詢;1964 年由王雲五先生擔任董事長,直到 1979 年,對於商務印書館能夠成為當今華文世界最早的現代出版社,有著畫時代的意義。 商務印書館出版超過萬種好書,既有經典叢書如萬有文庫、人人文庫、古籍今註今譯等,近年更開創新系列叢書,包括 OPEN、Ciel、新萬有文庫、VOICE、U 小說、Alinea 等,極獲好評,為臺灣出版界重要的老字號出版社之一。

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【Gene思書齋】下一場全境擴散的人類大瘟疫
Gene Ng_96
・2016/09/12 ・2974字 ・閱讀時間約 6 分鐘 ・SR值 542 ・八年級

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茲卡病毒肆虐中南美洲,在巴西已傳出超過四千例的新生兒小頭略形病例。一般成人被感染茲卡病毒,主要會出現類似溫和的登革熱症狀(我得過差點痛死人的登革熱),包括發熱、皮疹、結膜炎、肌肉和關節痛、全身乏力、眼窩痛以及頭痛。這些症狀往往較輕,持續兩天至一週。如果是懷孕婦女感染,經由母親傳染給孩子,可能會造成小頭畸形。病毒最早在 1947 年於烏干達的茲卡森林中的獼猴體內分離出來,因而得名。

就像大部分的病毒傳染疾病一樣,公共衛生專家已警告台灣,茲卡病毒有很有可能入侵台灣,因為台灣氣候濕熱,很適合斑蚊(尤其是埃及斑蚊)的傳播,加上交通便利,這讓公共衛生專家如臨大敵。

除了茲卡病毒,前不久西非伊波拉疫情的慘烈,令不少衛生狀況已堪慮的非洲國家大受打擊;從駱駝傳染人的中東呼吸症候群(MERS)也一度令許多國家提高防疫警戒;更早之前的 H1N1,在台灣也造成疫情,我也沒有倖免,在家隔離了五天。以上種種令人聞風喪膽的病毒傳染病有一個共同點:它們都是人畜共通傳染病

台灣大概在十一、二年前,慘遭 SARS 肆虐,許多人仍印象深刻。我當時也感冒發燒,差點就以為得了 SARS。因為 SARS 的防疫,學校關閉了游泳池,讓瘦骨如材的我,因為不能天天游泳運動,兩個月暴胖十幾公斤,從此身材再也回不去了,這也是人生中最大的痛之一。

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SARS 是典型的人畜共通疾病,從啥都能吃的廣東傳出。《下一場人類大瘟疫:跨物種傳染病侵襲人類的致命接觸》Spillover: Animal Infections and the Next Human Pandemic)這本好書,對 SARS 等等人畜共通疾病肆虐人間的過程,有如推理小說般精彩絕倫的描寫。

我在本專欄中介紹過了《下一場人類大瘟疫》的作者大衛.逵曼(David Quammen)的另一本書《致命伊波拉:它藏在哪裡?下一次大爆發會在何時?我們能遏止它嗎?》Ebola: The Natural and Human History of a Deadly Virus)(請參見〈進擊的致命伊波拉〉)。《致命伊波拉》有部分內容就是來自《下一場人類大瘟疫》,可是後者的深廣度更令人折服。大衛.逵曼果然是一流的科學作家暨新聞工作者,在《下一場人類大瘟疫》中,他處理各種各樣不同的人畜共同疾病,從病毒到克立次體都有,可是卻能有條不紊,把各種脈絡用故事的方法清晰地呈現。

在過程中,我們隨著大衛.逵曼冒死到中國南方、香港、新加坡、馬來西亞、孟加拉、非洲等地遊歷,過程中他和許多當事人以及專家接觸,頗有觀看國家地理頻道的味道,也順便吸收了病毒學、細菌學、遺傳學、流行病學、演化生物學等的知識。

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《下一場人類大瘟疫》第一章〈亨德拉和死神的灰馬〉就很令人驚心動魄,彷彿就像看電影一樣,相當好萊塢,可是其實更恐怖的是,書中述說的卻是血淋淋的真實事件,那是發生在澳洲這個先進國家的病例。亨德拉病毒感染了馬,然後傳給了人,有人不幸喪命;書中另一個案例,是發生在馬來西亞的立百病毒(Nipah virus),會引發立百腦炎,也會造成人類和其他動物(尤其以豬隻為主)交叉感染,嚴重的可引致死亡,致死率達四成。

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立百病毒在馬來西亞的立白新村發現,1999 年 3 月馬來西亞爆發豬場及屠宰場工人腦炎死亡病例。1998–1999 年間馬來西亞有 265 人因接觸感染立百病毒的豬隻感染而致病,其中 105 個病例死亡。那次疫情亦造成馬來西亞近 900 個豬場近百萬頭豬遭撲殺,對業界造成相當大的損失。

其他有名的病毒,還有禽流感、西尼羅河病毒、馬堡病毒和狂犬病毒。狂犬病應該是最著的人畜共通傳染病之一,絕大部份通過咬傷傳播。沒有接受疫苗免疫的感染者,會出現暴力行為、不可自制的興奮感、恐水症、部分肢體癱瘓、意識混亂或喪失知覺,病毒大量存在於發病者的腦脊液、唾液和體液中,當神經症狀出現後幾乎必定死亡。台灣原本非狂犬病疫區,可是台大團隊 2013 年在鼬獾身上,驗出絕跡 52 年的狂犬病病毒而死灰復燃。

人畜共通傳染病,病原不是僅有病毒而已,也有造成瘧疾的瘧原蟲,它們是單細胞的原生生物,生活史非常複雜;還有 Q 熱鸚鵡熱萊姆病,它們都是細菌造成的傳染病,病原分別是貝納氏立克次體、鸚鵡熱衣原體和伯氏疏螺旋體造成的。

《下一場人類大瘟疫》探討了一個有趣的問題,就是為何許多人畜共通傳染病的病毒致病原,都來自蝙蝠。在美國,蝙蝠則是最常見的狂犬病原因。許多其他病毒在不同動物之間傳來傳去,可是源頭往往可以追溯到蝙蝠身上。蝙蝠為何成為重要的病毒儲存宿主?原因現在學界還在探討,《下一場人類大瘟疫》提到幾位好奇的科學家,原本並非蝙蝠免疫專家,可是卻合作探討出一些合理的原因,例如蝙蝠是哺乳動物古老的一支,有群聚的習慣,又能夠飛翔而長途旅行等等,讓蝙蝠成為病毒的良好宿主。

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提到人畜共通疾病,另一本好書《共病時代》也非常值得一讀!我們對蝙蝠和其他動物所知的非常有限,這也導致了我們人類在明,人畜共通傳染病在暗,防不勝防。因此,對其他生物的基礎生物學研究,不是種像是集郵的嗜好,或者只能滿足科學家的好奇心而已,對我們的健康和公共衛生甚至政治經濟也是生死悠關的。

《下一場人類大瘟疫》中,大衛.逵曼不禁要被問或者問自己,為何要高度關注人畜共通傳染病?他沒有懷疑太多,因為有一個世紀絕症,讓他很肯定關注人畜共通傳染病是很重要的,那就是由 HIV 造成的,俗稱愛滋病(AIDS)的後天免疫缺乏症候群。愛滋病是非常令人聞之色變的,這個不必要詳述了吧?《下一場人類大瘟疫》當然也追蹤了這個上個世紀被視作黑死病的疾病的來源。還好在許許多多科學家的努力之下,愛滋病現在算是有藥可救了。

回到上面提到的 SARS,這個急性呼吸道症候群在中國、香港和台灣都造成了重大的衝擊,不僅許多青壯年病人無預警辭世,還對疲弱的經濟造成打擊,也在社會上產生一定的動盪,那時候在公車或捷運咳兩聲,馬上被白眼,嚴重點的還被怒目而視,只差沒演成全武行。

因為有些病例是從香港傳過來的,香港遊客在台灣備受歧視,連我的華僑口音都能讓人明顯表現出敵意。因為生態的破壞而從其他動物溢出,加上氣候變遷及交通便利,再受到新興傳染疾病應該不是會不會發生的問題,而是什麼時候發生的問題而已,不僅是醫界該準備,整個社會遲早都要面對。

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一部好電影《全境擴散》(Contagion)也不容錯過,這部鬼才導演史蒂芬.索德柏(Steven Soderbergh)的超寫實作品,描述了人畜共通的傳染病對人類社會的衝擊,全片中不同角色都有血有肉,基本上就是把 SARS 疫情對社會和人性的衝擊演得活靈活現,毫不煽情地說了個好故事,非常適合配合《下一場人類大瘟疫》這本好書一起享用(請參見〈全境擴散的超寫實〉)。

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本文原刊登於閱讀‧最前線【GENE思書軒】,並同步刊登於The Sky of Gene

Gene Ng_96
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來自馬來西亞,畢業於台灣國立清華大學生命科學系學士暨碩士班,以及美國加州大學戴維斯分校(University of California at Davis)遺傳學博士班,從事果蠅演化遺傳學研究。曾於台灣中央研究院生物多樣性研究中心擔任博士後研究員,現任教於國立清華大學分子與細胞生物學研究所,從事鳥類的演化遺傳學、基因體學及演化發育生物學研究。過去曾長期擔任中文科學新聞網站「科景」(Sciscape.org)總編輯,現任台大科教中心CASE特約寫手Readmoo部落格【GENE思書軒】關鍵評論網專欄作家;個人部落格:The Sky of Gene;臉書粉絲頁:GENE思書齋

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科研人員開發全面的H5N1禽流感檢測包
SciDev
・2012/07/02 ・925字 ・閱讀時間約 1 分鐘 ・SR值 568 ・九年級

文/Prime Sarmiento

[馬尼拉] 新加坡科學家已經開發出一種能夠在幾個小時內檢測出 H5N1 禽流感全部已知毒株的檢測包,這是個醫學突破與進展,預期將可限制流感全球大流行的機率。

科學家希望這種新的測試包能夠遏制全球禽流感的擴散。(圖片來源:ILRI@Flickr,根據創用CC-By 2.0條款使用)

來自新加坡科技局(A*STAR)以及陳篤生醫院(TTSH)的科學家,開發出目前最全面而快速的 H5N1 檢測包——H5N1 即時反轉錄聚合酶鏈鎖反應(Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction, RT-PCR)測試。

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目前,世界衛生組織推薦的 H5N1 檢測包,僅能檢測出 10 個不同遺傳群中的 3 種。剩下的 7 種雖然也可被檢測到,但是無法在同一個測試中一次完成。

這種新開發的檢測包,能夠準確而迅速地在一次測試中,檢測到 H5N1 病毒全部的已知毒株。

新加坡科技局的資深研究科學家 Masafumi Inoue 表示:「我們的技術已經大大地簡化、並加速了新的 H5N1 變種的檢測與鑑別過程。當這種病毒突變成更危險的形式時,這類資訊特別關鍵。」

Inoue 與陳篤生醫院臨床微生物學與檢驗醫學資深顧問 Timothy Barkham 開發了這種新型的檢測包,並已在東南亞的幾家醫院進行過臨床檢驗。

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這種禽流感病毒對於鳥類而言通常是致命的,但是迄今為止,我們還不清楚其是否會通過直接接觸傳染給人類。1997 年,已知的首位罹患禽流感的病人死於香港,亦導致數以百萬計的家禽遭到撲殺。

世界衛生組織表示, H5N1 病毒如今已經擴散到 61 個國家,自從 2003 年以來,已經導致 350 多人死亡。在被感染的病人中,死亡率是 60%。

2012 年,中國、柬埔寨、印尼和越南都報告過禽流感死亡病例。

專家擔心 N5N1 病毒可能突變成一種更加致命的形式,在人類之間傳播並導致全球大流行,這可能會奪去幾百萬人的生命。

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遏制病毒傳播的關鍵,是準確而迅速地檢測 H5N1 病毒。新加坡科技局發言人 Sarah Chang 表示,這就是這種新的檢測包最有用處的地方。

Chang 解釋,這種病毒在過去 5 年的突變最為嚴重。然而,現有的檢測包——大多數是在 10 年前、基於最初的病毒資訊所設計——也因此變得越來越多餘。

基因組服務與分子診斷包的區域供應商 AITbiotech Pte Ltd,已經與新加坡科技局簽署了一份授權協定,以區域範圍為基準來銷售這種檢測包。

本文原發表於 SciDev [2012-06-12]

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