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為了掌握新型冠狀病毒的疫情，了解病毒可能的傳染途徑，進行演化樹分析(phylogenetic analysis)，是對於了解新型病毒相當重要的研究方法之一。
冠狀病毒模型。source: Wikimedia
隨著分子生物學技術的發展，運用巨型分子演化分析的技術，透過分析病毒遺傳物質分子(DNA或RNA)演化的過程，是科學家了解新型冠狀病毒的重要工具。隨著疫情發展，能夠縮小新型病毒的可能起源，也會是左右防疫策略的重要參考資料。
第一步：基因定序
在進行病毒的遺傳物質分子演化分析前，需要盡可能確認新型病毒的基因序列。但新型病毒由於案例數較少，初期的序列分析結果往往有所出入，需多次修正。
此次中國北京疾病管制局的研究團隊，挑選了九位患者，其中有八位，都有前往華南海鮮市場的病史，並從這些患者採取了呼吸道分泌物的檢體，運用次世代定序 (NGS，Next Generation Sequencing) 的方式，拼湊出新型冠狀病毒全部與部分的基因序列。並陸續將這些序列資料，提供給全世界的病毒研究者交互確認，修正序列的錯誤。
新型冠狀病毒(2019-nCoV)的完整與部分基因定序結果。source:github
最終在這九位患者身上，總共取得了十個基因序列的樣本，樣本間的相似程度超過99.98%。取得病毒的基因序列之後，會與基因庫中既有的病毒基因序列進行比對。
值得注意的是，目前看來與2018年於舟山市，從蝙蝠身上取得的類SARS病毒相比，有將近88%的相似度，和SARS的相似度較低，則僅有79%。這似乎暗示著蝙蝠很有可能就是新型冠狀病毒的宿主之一。
第二步：繪製演化樹
類似的研究則在1月29號，由義大利學者所發表的論文中予以驗證。在義大利學者的研究中，將新型冠狀病毒的基因序列與SARS、MERS與舟山蝙蝠的類SARS病毒上做比較。最終以現有的樣本比對，依序排出演化樹，來估計新型冠狀病毒與其他病毒的親緣關係。
親緣性演化樹在每個分支的節點處，代表有共同的先祖，向下延伸的各個平行的病毒，則有相近的親緣關係。以這張演化樹為例，新型冠狀病毒與2015年在中國發現的蝙蝠類SARS病毒(MG772934)則屬於親源較近的內族群(Ingroup)，SARS與其他的蝙蝠類SARS病毒則為外群體(Outgroup)，暗示新型冠狀病毒與SARS已經有足夠的變異。至於跟 MERS 相比，則可能差異就更大了，目前認為沒有直接的關係。
每個節點上所標記的數字，則表示節點下的群體相互擁有共同先祖的機率(bootstrap value)。在此研究中，也同時比對了病毒的核鞘蛋白和棘蛋白的結構相似度，初步符合演化樹的分析結果。
不應過度推論演化樹的推導結果
需要特別注意的是，演化樹分析雖然能夠表明不同病毒間的親緣關係，但是演化樹分析的結果，容易受到取樣綿密程度 (taxon sampling density) 與比對資訊完整度的影響，只能用做初步推測病毒來源時參考使用，在資料比對數量不夠龐大的情況下，不能夠被過度推論，親緣相近的物種來源，就是病毒實際的起源。
因此單憑演化樹並不足以直接判定蝙蝠就是病毒的唯一宿主，真正的病毒來源，則等待與資料量更龐大的病毒基因組資料庫進行比對，才能更為確認。
目前單憑演化樹並不足以直接判定蝙蝠就是病毒的唯一宿主。source: Patrick Randall @Flickr
目前雖然檢驗的樣本數還過小，但目前的研究多半認定新型冠狀病毒的型態，還相當一致，Scripps 研究中心的分子生物學家 Kristian Andersen在一篇訪問中也提到，目前看來，新型冠狀病毒的遺傳物質型態較為單純，只進行了單次的物種間的跨越，傾向病毒來源來自單一物種。
目前的傳染力道，則多半是人與人之間的傳播，所造成的感染。
參考文獻：
