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生態系調控機制可透過食物鍊由上而下或由下而上進行，觀點與方向雖不同，但能達成維持生態系的平衡的目的。
最近一群美國科學提出要放過海洋中最初級的消費者-餌料魚，以免整體海洋生態系受到重大的衝擊；另有一群科學家卻呼籲選海鮮的時候要參考底食的原則，儘量以食物鏈底層的魚類為優先考慮物種，前者說要減少對於海洋初級消費者的捕獲量，然而海洋初級消費者大都就是出現在食物鏈底層的魚類，如沙丁魚之類的小型魚類，因為數量較多，且這些小魚是次級消費者的餌料魚，少了他們經濟價值高的大型魚類（如鮪魚）就會因為食物量不足，生存受到威脅，導致漁獲量隨之降低。然而後者卻說這些魚類因為族群量龐大，生命週期短，所以較能忍受漁業所帶來的衝擊。同樣的魚類，在不同的科學家眼中，卻有迥然不同的看法，兩者之間的理論觀點是否存有矛盾之處呢？
因天敵大法螺受到濫捕，促成棘冠海星數量大爆發，導致珊瑚礁受到傷害
答案是否定的。其實這兩群科學家其實是殊途同歸，其目的都在希望能兼顧漁業的利用與生態系的永續性，只是彼此觀點與策略不同而已，一則是由食物鏈頂端大型掠食物種的觀點出發，希望透過多加選用食物鏈底部的小型魚類，減少食用大型魚類，達到保育的目的，讓受到濫補的大型魚類如鯊魚鮪魚等等，得以獲得養生休息的空間，免得大型掠食者魚類大量減少之後，整個生態系因為調控機制失控，造成生態系物種之間相對比例失衡，引發一連串的生態浩劫。近年來，海洋中特定生物族群突然大量出現，就是其天敵量大幅減少，結果因為獵物受到的威脅降低，使得族群量存活率突然大增，造成生態系物種之間比例失衡，結果就是引發一場生態浩劫。舉例來說，大法螺因遭受到濫捕之故，使得棘冠海星族群失去原有天然的調控機制，族群量爆增，導致珊瑚大量受到過海星的致命性的啃蝕與打擊，幾乎造成珊瑚礁崩解的厄運，而這就是就是由上而下（Top-Down）的生態調控機制理論觀點的案例。
另一群科學家的觀點則正好相反則是由下往上（Bottom-Up）的調控機制，簡單來說，就是透過最底層族群量的調整，以便透過食物鏈層層相扣、相互影響的機制，進而達到調整食物網最上層族群數量的目的，最終仍是維持整個食物鏈的穩定狀態，而這就是主張放過小型的餌料魚（如限制漁獲量），以便能維持食物網上層族群量維持在相對的穩定量，進而讓整體食物網能處於動態平衡的狀態。舉例來說，當海洋處於特殊情況如聖嬰年或反聖嬰年時，異常的海流狀態就會影響沙丁魚族群數量的高低，進而帶動以沙丁魚為食物掠食性魚類族群量的大幅的上下震盪。
科學家從食物鏈不同角度提出調控的策略，其實兩者無非都是希望海洋生態系能透過食物鏈自身制衡的能力，來達到動態平衡的穩定狀態，兩者理論之間並無矛盾，只是觀點不同而已。但若有關當局拿不出具體有效的漁業管理政策與措施，讓濫捕行為受到有效的約制，光有完善的科學證據與理論，而卻無法應用在實際的管理政策上，那再好的科學理論對於海洋生態永續的發展都將是枉然的。
參考文獻：
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