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「光遺傳學」技術如何開啟研究神經迴路的新紀元?

活躍星系核_96
・2018/05/21 ・3063字 ・閱讀時間約 6 分鐘 ・SR值 588 ・九年級

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關於光遺傳學 (Optogenetic)這個技術,得從約十年多前的史丹佛大學(Stanford University)開始講起。1在1999年到2000年間還分別是 PhD 研究生和 MD-PhD 研究生的 Ed Boyden 和 Karl Deisseroth 常常在 Richard Tsien’s lab 腦力激盪想問題到深夜。其中一個困擾他們的重要問題便是——

如何活化單一神經元卻不影響到周遭的神經元呢?

發展光遺傳學的科學家 Ed Boyden,在 2015 年的演講。圖/PopTech 2015 – Camden, Maine@flickr

當時能做到的是利用電壓和電流的改變來改變神經膜電位,進而活化或抑制神經。而儘管是現行技術,電的刺激仍無法只刺激單一神經元。你也許會問,這個問題很重要嗎?刺激單一神經元或許對於研究可愛的魚類的神經生物學家來說,可能不是太嚴重的問題;但對於研究哺乳類,乃至於希望將研究應用到人身上的研究,就是一個亟待解決的問題了。

因為簡單的魚類,一個神經核中往往只有一種神經細胞;但哺乳動物的腦部神經核中,大多含有不只一種細胞種類,而且常常混雜著多種傳遞不同神經傳導物質的神經元,如富含血清素(Serotonin)的中腦中縫背核(Dorsal Raphe Nucleus)中,除了含有大量傳遞血清素的神經元,仍夾著傳遞 γ胺基丁酸(GABA; gamma-aminobutyric acid)的神經元。

而合理推斷帶有不同傳導物質的神經元,應該扮演著不同的功能和角色。所以如果能夠單獨刺激單一種類的神經元,無論是在研究上,或甚至未來在疾病治療上,都有很大的意義。

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optogenetics
如果使用電擊刺激,會一次影響不同種的神經元;光遺傳學的技術讓科學家可以精確到控制單一種類的神經元。圖/作者提供

利用光通道蛋白改變神經元活性

關於激活單一神經元,Ed Boyden 和 Karl Deisseroth曾想過許多方法,包括讓特定神經細胞表現受張力調控的通道蛋白;或將磁珠附在通道上,利用磁場調控離子通道等等;2000 年的晚春,Boyden 開始對受光通道蛋白產生興趣。

光通道蛋白是一種受特定波長的光刺激會打開的離子通道。當時人們已經分別在一種綠藻萊茵衣藻 (Chlamydomonas reinhardtii2和一種古細菌上 (Natronomonas pharaonis3發現這種蛋白,並研究出讓在這種蛋白在一般細胞生長環境也能良好表現的方法。3(註:這種古細菌原本生長在高鹽度的環境。)

channelrhodopsin elegr
顯微鏡下的萊茵衣藻 Chlamydomonas reinhardtii.  Author:  Dartmouth Electron Microscope Facility, Dartmouth College wiki

Boyden 想,如果能將這種光通道蛋白利用基因工程的方式表現在特定神經元上,就能利用光照改變特定神經元的活性。

活化:光 → 特定神經元上的正離子通道打開 → 膜電位改變 (上升)→ 神經元產生動作電位

抑制:光 → 特定神經元上的氯離子通道打開 → 膜電位改變 (下降) → 神經元活性被抑制

講到這裡,你是否好奇為什麼 Boyden 會想到用磁場和光刺激呢?原因是細胞或神經元的尺度很小 (約幾十微米),而離子通道(約幾十奈米) 更小,要用接觸力控制,就必須把機械做到奈米尺度,這樣困難度相當高。但如果我們能用光、聲音、或電磁場等方式控制的話,就沒有刺激範圍大小的限制。因為我們只需要把我們想刺激的細胞「訂做」成會對特定刺激(如:光、聲音或電磁場)有反應就可以了。

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這樣雖然大家都被光照到了,卻只有某些會對光反應的細胞會產生反應(在這個情況下是因為光通道蛋白的打開,特定離子流入神經元,神經元的膜電位改變,因此活性跟著受到改變)。

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經過遺傳轉植的神經細胞,照光後出現動作電位的變化。圖/作者提供

在 2004 年 8 月 4 日的深夜,Boyden 在基因工程嵌入光敏感通道-2(Channelrhopsin-2,一種受光調控的正離子通道)的神經細胞上紀錄到了第一個跟著光波律動的神經訊號。4 這種能刺激特定神經種類的方法,打開了研究神經迴路的新紀元。從此我們不只能夠研究某一神經核的功能,更能研究神經核中不同種類神經元 (如多巴胺神經元和血清素神經元)所分別扮演的角色。

常應用於光遺傳學的通道蛋白

常用的光通道蛋白可以分成兩種,一種是從綠藻分離出的光敏感通道蛋白(Channelrhodopsin;ChR),另一種是從古細菌分離出的嗜鹽視紫紅質(Halorhodopsin;HR)。ChR 是一種陽離子通道,在藍光 (波長約470nm) 照射下打開,可以讓所有帶正電的離子通過,綜合不同陽離子進進出出產生的電位變化,總體來說會造成細胞膜去極化,產生動作電位。

因為 ChR 產生的變化非常明顯 (產生動作電位進而有明顯下游反應),所以 ChR 是目前最常被使用的光通道蛋白。相反的,HR 是一種受光控制的氯離子通道,受黃光 (波長約590nm) 激發打開,氯離子因為濃度差的吸引力大於膜內負電位的斥力,所以會傾向流入細胞,造成細胞過極化。於是有HR的細胞受了光照後就會較難以產生動作電位 (因為膜電位距離閾值更遠了),形同活性被抑制。

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兩中應用於光遺傳學的光敏感性離子通透蛋白。圖/作者提供

其實,兩種光通道蛋白在研究上都是很重要的。我們可以利用 ChR 使特定神經興奮,看動物的反應 (譬如開始唱歌、翻滾)。另一方面,我們也可以利用HR抑制特定神經,去看動物的行為是否會因此而改變。

讓果蠅幼蟲隨光線點頭動作

接下來我們來看看生物學家怎麼利用光通道蛋白表現在特定的神經上,讓特定的神經產生反應的方式,來控制控制果蠅寶寶吧!

首先,科學家利用了基因工程的方法把 ChR 特定表現在果蠅幼蟲的動作神經上。當藍光照射時,動作神經興奮,在神經和肌肉間的突觸釋放出傳導物質,使肌肉收縮。

  • (攝影:蝦喵;感謝課程老師 Bruce R. Johnson、組員Hench Wu)

在影片中,上方是基因改造過帶有ChR的果蠅,而下方是一般野生的果蠅。可以看到帶有ChR的果蠅在藍光照射下不停的點頭,而野生的果蠅則在一旁依然故我。

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光遺傳學獲選 Nature 2010 年度重要技術

最後,想給大家看在目前的研究上,科學家是如何應用這種技術在各領域研究上。下面是光遺傳學被《Nature》期刊 2010年選為年度關鍵技術, 《Nature》所製作的介紹短片《Nature Method of the Year 2010》。

前面是這個技術的介紹。從 2:56 的地方開始是一些例子,第一個是利用 HR 抑制動作神經,讓蟲蟲無法游泳;3:11 開始則是利用光控制心肌細胞 (推測應該是 ChR,因為用藍光),使其隨光控制跳動;3:35 則是很酷的讓皮膚細胞可以往雷射的地方移動!

圖/影片截圖

最後 3:45 是一張很有名的圖,講神經科學家如何利用這種方法研究大腦,在老鼠自由活動的情況下。他們把光纖 (傳導光訊號) 和量測的電極做成一個小小的可以上下移動的裝置,將之置入老鼠的大腦上,觀察老鼠在不同行為的時候不同神經細胞的活性變化,並觀察改變不同神經的活性對老鼠行為的影響。

從前為了量測或刺激特定細胞只能量測被麻醉的老鼠的腦或是腦的切片的神經活動。但不同狀態下(譬如被麻醉)的神經活性可能非常不同,所以我們得到的結果僅能說是在特定狀況下 (如被麻醉時) 神經活動情況。這種裝置和技術,使科學家可以研究活蹦亂跳的老鼠的腦部活動,研究結果將能更貼近正常狀態下的神經表現。

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參考資料:

  • [1] Boyden, E. S.(2011). A history of optogenetics: the development of tools for controlling brain circuits with light. F1000 Biol Reports2011, 3:11.
  • [2] Nagel G, Szellas T, Huhn W, Kateriya S, Adeishvili N, Berthold P, Ollig D, Hegemann P, Bamberg E:Channelrhodopsin-2, a directly light-gated cation-selective membrane channel. Proc Natl Acad Sci U S A. 2003, 100:13940–5.
  • [3] Okuno D, Asaumi M, Muneyuki E: Chloride concentration dependency of the electrogenic activity of halorhodopsin. Biochemistry. 1999, 38:5422–29.
  • [4] Boyden, E. S., Zhang, F., Bamberg, E., Nagel, G., & Deisseroth, K. (2005). Millisecond-timescale, genetically targeted optical control of neural activity.Nature neuroscience, 8(9), 1263-1268.
  • Fenno, L., Yizhar, O., & Deisseroth, K. (2011). The development and application of optogenetics. Annual review of neuroscience, 34, 389-412.

本文原刊登於《熊熊冷知識》原文為《調控大腦的新方法──光遺傳學的發現》、《光遺傳學續集:光通道蛋白及相關實驗》,此處將上下集整理為一篇文章內容。

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活躍星系核(active galactic nucleus, AGN)是一類中央核區活動性很強的河外星系。這些星系比普通星系活躍,在從無線電波到伽瑪射線的全波段裡都發出很強的電磁輻射。 本帳號發表來自各方的投稿。附有資料出處的科學好文,都歡迎你來投稿喔。 Email: contact@pansci.asia

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藝術揭露科技,科技豐富藝術—曹存慧的生物藝術探索
顯微觀點_96
・2024/11/10 ・4459字 ・閱讀時間約 9 分鐘

本文轉載自顯微觀點

生物藝術家曹存慧博士於大稻埕接受訪談
圖/顯微觀點

透過質疑,引起反思

昏暗的實驗室裡,紅色的 LED 綻放光芒,電線連向一旁玻璃杯內的電極。5個盛裝深色液體的玻璃杯由電線與電極串聯,累積電壓,向 LED 供應電流,如同小學自然課以果汁發電的實驗配置。

日光燈亮起,玻璃杯內的液體呈現比 LED 更加深沉的暗紅色,桌後身穿實驗衣的藝術家/科學家曹存慧開口介紹,「人類血液中具有電解質,因此可以和鋅片與銅片組成的電極發生氧化還原反應,產生電流使二極體發光。」此時,她的手背上還貼著止血棉。

這是曹存慧與葛昌惠合力創作的生物藝術裝置《血電廠》。藝術家現場抽取自己和參與者的血液,透過簡單的氧化還原發電原理,在黑暗中得到光線。讓參與者親身體驗犧牲身體部位、承受健康風險以獲得能源的情境。

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抽血發電很容易引起對衛生與比例原則的質疑,但是社會日常仰賴的發電模式如燃煤、核分裂等,不是明顯損及環境或居民健康,就是藏有重大風險。《血電廠》抽血發電引起的憂慮與質疑,凸顯了現代社會為了滿足電能需求,選擇持續承擔的代價與風險。

透過藝術為科學除魅

《血電廠》並非曹存慧唯一具有爭議性的創作,甚至不是參與者反對與質疑最激烈的。她與「遠房親戚實驗室」夥伴的作品《有我在TM在國立台灣美術館現場帶領工作坊參與者進行自體基因轉殖,透過基因工程技術,將人類基因片段插入大腸桿菌染色體中。

這項讓參與者感到「轉殖自身基因的大腸桿菌與自己十分相似」(實際上僅有極小片段相同,不同參與者彼此間的基因相似性還比較高),足以讓人反思何謂「自我」以及物種間親近性的實驗,因為扮演「有我在生物科技股份有限公司」在虛擬的商業情境中進行實驗,事後被民眾檢舉未依法登記而執行業務。

藝術家們為了法律訴訟而傷神耗時,同時也凸顯基因工程技術對民眾來說,是需要被政府嚴格管理的行為。

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面對民眾的緊張,曹存慧說,「台灣人對基因工程態度其實相對輕鬆,在意的是健康與環保。不像歐美社會,有觸犯神權的那種禁忌感。」如果是在荷蘭,這種行動藝術場地外一定會集結抗議團體,主辦方也會開記者會說明。

曹存慧回憶《有我在TM》現場說,「我帶參與者們做 heat shock(熱休克,使質體進入大腸桿菌細胞膜的方法), 他們紛紛驚訝說『怎麼這樣就結束了?』。我希望可以讓一般民眾發現『基改並非一件深不可測的事情』」。這是她為生物藝術賦予的價值之一。

對於生物藝術的定義,曹存慧反思地說,「每一天我對生物藝術的定義都有一點變動。現在我採取的定義是『內容與生物學有關的』創作,比較符合大眾對這個特定領域的想像。」

她認為,單純討論生命與死亡,或媒材中採用生物材料,其實都是傳統藝術包含的作法。但是以生物學知識與討論為主題的創作,最接近生物藝術(Bioart)這個 1997 年由 Eduardo Kac 發明的創作領域。

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懷抱著創作願望的生物學博士

曹存慧從大學開始攻讀生物科技領域,專長分子生物學和生物資訊,於昆士蘭理工大學獲得博士學位後回到台灣,進入中研院從事博士後研究。聽起來是相當典型的生科系職涯發展,接下來就是進入學院擔任助理教授或技術人員、實驗室經理。

但是在扎實的學術訓練歷程,曹存慧始終懷著對藝術的喜愛與好奇,她說,「我對藝術的興趣明確存在,但是方向模糊。只是從小喜歡畫畫、會當學藝股長,沒有受過科班訓練。高中參加的還是生研社,不是美術社。」

曹存慧與生物藝術的接觸,是在昆士蘭讀博士班時,那時她正在疑惑「自己的生物科技專業,能不能結合藝術創作」。她回憶說,「千禧年過後,一個無聊的晚上,我上網 google “Bio + Art” 沒想到真的有這種藝術領域!」她投入創作的願望,在新世紀展開時逐漸活化。

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2009 年,曹存慧畢業歸國,參與了她的生物藝術展覽初體驗,也是臺灣第一場聚焦生物科技與醫學的創作展《急凍醫世代》。不僅是她第一次親眼看見生物藝術裝置,同時也得到參加研討會、工作坊的機會,可以聽到藝術家剖析自己的創作脈絡。

觀察了他人的作品,曹存慧開始想要親手創作,但是既缺少經驗,也不了解何謂藝術創作。同時,她的職業仍然是中研院分子生物學博士後研究員,她一面忙碌於實驗室工作,一面在陌生的創作領域摸索,讀藝術理論、了解當代藝術作品、與藝術家對談。

曹存慧回憶那段時光說,「探索新領域很有趣,但是也很掙扎,因為時間實在不夠用。」她維持白天做實驗,夜晚學習藝術的跨領域生活到 2011 年,帶著教學相長的期待,與其他藝術家合作向文山社區大學提案,開一門生物藝術課程。

一波三折的跨領域之路

文山社區大學對生物藝術課程的熱烈歡迎出乎她們意料,連臺北市其他區域的社區大學,也紛紛邀請她們開課。曹存慧笑說,「當時我們很開心地答應了,還擔心自己會忙不過來。結果報名截止那天,整個臺北市只有一個人報名,而且那個人還是我的朋友!」

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原來,「生物藝術」這個名詞當時在臺灣社會鮮少被公開討論,社區居民分不清楚究竟是生物課還是藝術課,自然不會報名。曹存慧教學相長的課程,只能暫且擱置。

曹存慧並未因此而放棄,為了投入更多時間嘗試創作,她在 2016 年申請荷蘭的生物藝術研究單位職缺,準備離開原本的工作,卻因為簽證問題而無法成行。

看似又一個深入生物藝術領域的阻礙,曹存慧卻視為重要的轉捩點。在輾轉詢問、求助的過程中,她結識更多生物藝術圈的同儕,也被拉進臺灣生物藝術社群,得到充沛的交流。她說,「那時我開始更清楚自己能做甚麼,也開始有策展人特地邀請我參展。」

曹存慧的第一個正式展出作品,是 2014 年於臺北市中山創意基地 URS21 的《愛@窒息》,在密閉小容器中裝入植物和日常物品的零件(如玩偶或是芭比娃娃的肢體)。展覽期間植物逐漸生長,人造物品被慢慢吞沒,只留下輕微輪廓。

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曹存慧在展期發現,室內展場光線不如室外明亮,作品中的植物不一定會如預期般生長。生物藝術猶如生物學實驗,比起使用無生命材料的同行,更加需要注意生物學性質。

她笑說,「我從那時開始體會,生物藝術家會遇到很多不可思議的環境因素,是其他領域創作者無法想像的。」

最誇張的經歷是,「大量的果蠅飛進展場,吃掉我的作品!密封的作品無法隔絕果蠅的嗅覺和食慾,展間裡、作品上都是果蠅。策展人、館方都氣急敗壞。」

一路挑戰創作框架與材料的限制,曹存慧獨具風格的創作逐漸被更多策展人認同,也登上國家美術館的展廳,讓她得到更多信心與創作欲。2018 年她辭去博士後研究員的工作全心投入創作,隔年卻回到了學術機構,這次領域不同以往——清大藝術學院聘任她為助理教授,並主持生物藝術實驗室。

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任教於清大藝術學院的生物科技博士曹存慧

現正創作:族群與語言的演變(螞蟻版)

擔任教職的曹存慧持續活躍的個人創作,她最近的作品是浪漫臺三線藝術季的邀約作品:名稱未定,以客家話和客家族群的流動變化為核心概念。

曹存慧說明,「現在臺灣人使用的客家話,發音和用詞與中國南方的客家話已頗有不同,臺灣不同客家族群間也有少許差異,但社會共識依然認同是應該被保存的『傳統文化』。」

而客家族群血緣方面,曹存慧提起馬偕醫學院教授林媽利引發激烈討論的分子人類學研究,該研究指出臺灣客家人的染色體單倍群比較接近中國南方人,不同於客家族群傳統故事中,客家人來自華北、華中的漢民族大遷徙敘事。

圍繞這個引起民族認同爭端的科學研究,曹存慧展開新的創作想像,「客家人從北方逐漸南遷的過程中,或許不斷有人加入、也有人在中途落地生根。到達南方、臺灣時,群體中的成員、家族組成與出發時早已不同,因此這個族群的基因庫也已經演進,如同語言的變化。」

曹存慧透漏,她計畫設計一個大型螞蟻飼養箱,其中糖漬洛神花排列成漢語拼音的客家話辭彙,涵蓋客家話各分支的用字、腔調差異。其中同時放置泥土、樹枝和水,讓螞蟻得以築巢、生活。

螞蟻覓食過程中,糖漬洛神花會被螞蟻集體搬動,拼音逐漸出現變化,仿擬語言在集體活動過程被重新建構。曹存慧說,「族群和文化特徵在演變過程會消失一部分,同時也會建構新的成分。演變是自然的,或許不是那麼需要抗拒的事情。」

至於醃漬洛神花,是因為現在洛神花是當前桃園客家文化景點的熱銷名產,被形塑為客家特色農作物之一。但洛神花並非當地傳統的作物,大概 2008 年前後才開始流行,其實是相當新的地區特色。

曹存慧以此說明,「客家族群的自我認同強烈,但文化演變本來就會一直加入新的元素,得到新的特徵未必是一件壞事。我想趁機探討『傳統』在文化演變過程中不斷建構並保存下來,是動態而非固著的概念。」

對於發想過程,她自我剖析道,「創作時我沒有很明確的政治性、社會性目的。但我想生活在這個社會環境,人本來就會注意社會議題並產生反應,也就是我每天看到和思考的內容。我想進行的創作,是和當下社議題密切相關的。」

年輕、階級扁平的教室與創作領域

在曹存慧的課堂上,每個人都以自取的綽號相稱,曹存慧在學生口中的稱呼是「跳跳」。

她解釋說,因為生物藝術是個很年輕的領域,輩分與階級都很扁平,「我和學生年紀不同,在教室裡的權力也不同。雖然一開始我是思考與創作的帶領者,但是希望可以讓學生感到互動框架是平等、可鬆動的。這樣在討論何謂生物藝術、評論作品時,可以自由地發展與表達想法。」

曹存慧認為,這樣的課堂情境類比了生物藝術圈的現狀,沒有太明確的權威與硬性框架,生物藝術的形式、目的與價值都還在共同創造及實踐中。

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討論功能關閉中。

顯微觀點_96
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從細微的事物出發,關注微觀世界的一切,對肉眼所不能見的事物充滿好奇,發掘蘊藏在微觀影像之下的故事。

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台灣第一人 邱文泰獲選國際顯微攝影競賽評審
顯微觀點_96
・2024/06/28 ・4750字 ・閱讀時間約 9 分鐘

本文轉載自顯微觀點

曾擔任 2023 Taiwan 顯微攝影的評審、成大生醫光學影像核心平台主持人邱文泰,被選為 2024 IOTY 的亞太區評審代表,是台灣第一人!

細胞狗仔隊 專拍細胞不為人知的一面

「我是細胞生物學的愛好者,我們實驗室團隊是細胞生物學的狗仔隊,專拍細胞不為人知的一面。」成大生醫工程系主任邱文泰,帶著笑容自我介紹。

邱文泰專精於活細胞分子造影、光遺傳學以及變化多端的細胞內信使:鈣離子對細胞生理機能的調控。他與團隊近年的重要研究之一,是以光遺傳學精密調控細胞內鈣離子濃度波動,觀察鈣離子如何影響細胞遷移(cell migration)。

20 世紀後半葉,生醫學界逐漸發現鈣離子是功能繁複的細胞訊息傳遞者,可調控授精、細胞增生與死亡、學習與分化,也參與細胞遷移、活化特定轉錄因子。

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傳統生化科技如藥理、化學、物理方法,無法在時間、空間上精準調控與觀測活細胞內的鈣離子變化。細胞如何讀取鈣離子濃度波動(calcium oscillation)訊號,如頻率、幅度等,還是一個待解的謎題。

以光操縱鈣離子通道 解碼鈣離子波動訊號

邱文泰團隊運用光遺傳學(Optogenetics)技術,將人為編輯過的光敏感鈣離子通道蛋白 CatCH(calcium translocating channelrhodopsin)基因轉染(transfect)進入人類骨肉瘤細胞(U2SO)。位在細胞膜的 CatCh 蛋白一旦吸收藍光,就會開啟鈣離子通道,讓胞內的鈣離子濃度快速提升。

光線停止照射,CatCh 就不再輸入鈣離子,細胞原本的平衡機制開始作用,將鈣離子排至胞外(或內質網中),造成細胞質的鈣離子濃度起伏。因此實驗團隊能精密調整骨肉瘤細胞的鈣離子波動,並結合螢光顯微術觀測細胞狀態。

他們以大量表現 Catch 的骨肉瘤細胞(U2OS-CatCh)作為鈣離子波動的主要實驗對象,以藍光照射細胞,調整細胞內鈣離子濃度波動的幅度、週期、頻率、時間等參數。

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在模擬傷口癒合的實驗中,培養皿中間表面被留下一道未被細胞覆蓋的空地,兩側細胞會逐漸往中間遷移、會合,直到將空地填滿。此細胞遷移的過程與人體傷口癒合相似,也與癌細胞在人體擴散的機制有關。

細胞遷移需要細胞骨架與細胞內諸多蛋白質分子聯合運作,參與的分子間還會彼此調控、影響。不同的細胞內訊息分子(即第二信使,second messenger)分別調控不同的蛋白分子路徑。鈣離子在其中的角色眾說紛紜,科學界對詳細機制的認識猶如管中窺豹。

邱文泰團隊發現,對 U2SO-CatCh,0.01 赫茲的藍光照射可帶來顯著高於對照組的細胞遷移量。在 0.1 赫茲的光照下,細胞遷移量卻比沒有照光的對照組更低。

參與細胞遷移的重要轉錄因子 CREB, NFAT, NF‐κB 也由不同強度的鈣離子波動活化,NF‐κB 由較低的鈣離子濃度活化;NFAT 由較高的鈣離子濃度活化;而高或低的鈣離子濃度波動都可以活化 CREB。

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他們的研究不僅印證鈣離子波動可調節癌細胞增生、遷移的理論,也發現鈣離子波動頻率、幅度並非愈高就愈有效。若以 10 赫茲的藍光照射 U2SO 培養皿一個小時,90% 的細胞會死亡,死亡率遠高於波動頻率較低的組別。

透過光遺傳學技術對細胞進行時間、頻率的精準刺激,邱文泰團隊發現鈣離子作為細胞第二信使,能攜帶的訊息比過往的想像更加龐大。也推進了鈣離子訊息的解碼技術,在癌症研究、轉錄因子活化機制研究上,都可能帶來幫助。

堅持研究活細胞,以影像探索未知

熱衷細胞生物學的邱文泰說,「要當細胞狗仔隊,就要有好的相機大砲,才拍得到細胞生活的秘密。」他認為,現代細胞生物學必須要以活細胞為研究材料,才能深入了解細胞生理機制。而拍攝細胞生理活動的顯微設備,是細胞生物學家依賴的重要工具。

邱文泰早期拍攝的「藍眼」:以 FRET(Fluorescence resonance energy transfer)技術拍攝 STIM1 分子和細胞膜上 Orai1 分子結合,帶螢光蛋白的目標分子結合時發生能量轉移,STIM1 會將螢光能量轉移給 Orai1,使其發出橘色螢光。

邱文泰認為,現代的細胞與分子生物學不同過往,需要以影像證據說服科學家同儕。研究發表的依據不再是間接量化的座標點、折線圖、柱狀圖,他說「現在顯微影像是不可或缺的,甚至立體影像才是學術發表的標準。」

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邱文泰分析,隨著類器官(organoid)、層光顯微術(light sheet)、生物組織澄清化(tissue permeabilization)等顯微技術逐漸成熟,精密顯微影像會在生醫研究領域被視為理所然的科學依據。

回想早期接觸的生物學技術,邱文泰笑說,「我那時的研究生都有一件實驗用『戰袍』,上面遍佈黑色斑點,是在暗房被顯影劑沾到的工作痕跡。現在的實驗都用數位影像,研究生恐怕連底片長什麼樣子都不知道。」

邱文泰回憶,數位顯微影像甫推出的時候,學術圈同儕普遍擔心著名期刊不接受新式的數位影像。「誰知道兩三年後,再也沒有人在暗房洗底片!接下來的細胞生物學家,實驗衣都很潔白。」

邱文泰說明,生物學研究會隨著技術演進,愈必要的技術,帶來的改變愈快。他舉例道「傳統的顯微影像以 2D 形式為主,對生物體的模擬有限。3D 影像將是未來生物學研究不可避免的趨勢。」

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不僅植入螢光蛋白、使螢光蛋白遺傳、分子標定等技術成為細胞生物學研究的基本配備,科學家還需要精密的顯微設備才能拍好實驗成果。

生醫光學影像核心平台 共享儀器降低門檻,帶來交流

邱文泰說,儀器的成本與操作的確會形成實驗門檻,因此成大醫學院營運生醫光學影像核心平台,聚集校內學者的貴重光學儀器,由專門經理、技術員負責保養、補充、操作事宜。每個實驗室的成員,甚至附近學校的師生、生技廠商都可以申請使用,僅需負擔相當低廉的費用。

研究生在生醫影像核心平台合作使用倒立雷射共軛焦顯微鏡。

平台內許多貴重儀器都是沈孟儒(成大藥理所特聘教授,現任成大校長)、邱文泰等學者主動提供,他們也樂意無償提供使用教學。擔任平台主持人的邱文泰說,共用貴重儀器可以提升學術圈的整體利益,不但儀器的價值得以充分發揮,研究者們也可以透過平台交流彼此的技術專長。

他舉例道,「最直接的方法,就是看誰最常登記使用特定儀器,就表示他很擅長那項技術,需要的時候可以直接請求合作。」若儀器都留在各自的實驗室裡,這種交流學習的機會無法出現。研究者也不容易嘗試不同儀器的功能,討論不同儀器的優劣長短。

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最嚴格的細胞生物學,點燃學術興趣

邱文泰說,自己出身苗栗鄉間,選填大學志願時沒有明確志向,只想離家遠一點。他覺得自然與生物是成長過程中熟悉的一部分,就選填了大多數的生物學科系。就讀成大生物學系,是分發之下的偶然。

在成大生物學系,周遭同學紛紛進入實驗室做專題,邱文泰卻直到大三還沒建立學術志向。直到的必修課「細胞生物學」結束後,他對實驗的興趣才被點燃。那門課由甫從美國歸來的陳虹樺老師任教,教學與考試都相當嚴格緊湊。

邱文泰回憶當年的細胞生物學課說,「期中考和期末考要寫滿四個小時,而且幾乎全部是申論題。考前壓力很大。」但也因為如此嚴格的學習要求,他踏實地讀完課本上每一個字。通過期末考後,心中充滿成就感,決定加入細胞生理相關的實驗室進行專題研究。

融合美式獨立與日式嚴謹,潛移默化的學術人格培養

求學階段多在成大吸收養分,現在也致力培育成大學生的邱文泰,認為對自己影響最深刻的,是湯銘哲(現任成大生理所特聘教授)和沈孟儒兩位學者的風範。

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邱文泰說,「湯銘哲老師的心胸開闊,重視自由探索與獨立研究,可說是典型美式風格的學者。碩士班學生的題目要自己發想、設計方法,老師負責引導大方向。」而且湯銘哲對學術同儕非常慷慨大方,隔壁實驗室來借任何耗材與設備,或是需要技術協助,他總是樂意援助。

邱文泰笑說,正因為這種慷慨大方,湯銘哲實驗室的成員經常處於「幫助鄰人」的狀態。他回憶說,「當時覺得很忙碌,但成為實驗室主持人之後,發現自己已經被這種風格潛移默化了。」

邱文泰也以樂於分享、協助的風格領導實驗室。他說,「我的學生也經常幫助其他實驗室的同學,我希望他們在互助、分享的氣氛中成長,成為心胸開闊的人。」

自博士班第二年開始,邱文泰加入新成立的沈孟儒實驗室,接受共同指導。他說,「沈孟儒校長是日式風格的學者,對研究與學術寫作追求完美的高標準。他如果看你的論文草稿寫錯超過三個字,就會請你拿回去重寫。」

邱文泰讚賞說,沈孟儒對科學研究的嚴謹要求,是他的職業楷模。他打開會議室的鐵櫃,數十本厚實日誌整齊排列其中。他說「因為沈老師的指導,我直到今天持續寫著實驗日誌,確實記錄每一天的實驗內容。對學生,我也要求交出完整的實驗日誌,才能從我的實驗室畢業。」

嚴謹治學的風格,呈現在邱文泰的實驗室管理,他們的藥品、抗體集合收納且全體共用,每個人都使用相同規格的研究材料。不會出現各用一套藥品,劑量、藥效不同,實驗結果難以重複的狀況。

他說,「材料的品質控制與共享,對實驗成果的精準化和均一化就是一件好事,也是科學研究的必要。」

邱文泰嚴格要求實驗室各種藥品、器材的擺放秩序,收納之後要編寫目錄和標示,任何人都能一目了然。他打趣說,「小偷闖進我們實驗室,根本不需要翻箱倒櫃,他可以按圖索驥找到所有東西。」

這種嚴謹的管理風格深刻地影響邱文泰的學生。他舉例說,一位博士班畢業生回到廈門大學擔任實驗室經理,按照邱文泰一致化與秩序化的風格整理實驗室,不但讓同事感到驚喜,連周遭實驗室的經理也紛紛來學習這種實驗室管理。

融會了兩位迥然不同的成大傑出學者風範,邱文泰長年投入引導成大學生對知識產生興趣,潛移默化對物嚴謹、對人開闊的高尚人格。因此數次獲得輔導、教學方面的優良教師獎。

鮮為人知的是,他其實差點成為高中教師,遠離成大的學術環境。

探索未知,比收入和安穩的生涯更重要

回憶起職涯轉捩點,邱文泰說,「那是人生最困難的決定。我剛退伍就在台南女中得到正式教師職位。眼看有個穩定、待遇不差的職業選擇,卻又被邀請回去讀博士班。」

邱文泰的考慮相當務實:高中教師的薪資高於社會平均、有退休保障,上下班時間穩定還有寒暑假。而博士班學生薪資不如高中教師,更不容易保持生活與工作的平衡。

收入和閒暇時間考量之外,邱文泰更重視學生對知識的態度,他回憶說,「我喜歡對高中生分享最新科學消息,例如當年諾貝爾獎得主與研究內容。」學生們的反應卻是「這些會考嗎?」

高中生在升學制度訓練下,認為只有考試相關的科學知識才是重要的,而高中教師也必須精熟解題技巧。邱文泰坦承,「我體會到,自己並不想走上鑽研教科書上既定知識與解題技巧的職涯。對我來說,更想要的是親手研究、接觸未知。」

邱文泰說,「跟我同屆考上高中老師的同學已經準備退休,而我還在規劃新的研究計畫、主持與眾人研究息息相關的生醫影像核心平台,但是我覺得這樣很充實。」

主持儀器共享平台,減少科學社群的資本差距;傳授學生知識與潛移默化的人格教育,對邱文泰來說毫無義務感,而是讓生醫領域更加蓬勃明朗的充沛機會。

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人類有可能扮演上帝嗎?喬治.丘奇的基因科學之夢(下)——《未來的造物者》
臉譜出版_96
・2023/11/13 ・4303字 ・閱讀時間約 8 分鐘

人類改良

二○一三年,「去滅絕」觀念在集結分子生物學者、環保主義者與記者的 TED x 去滅絕研討會上廣受接納,與會者討論了讓長毛象、袋狼(Tasmanian tiger)等物種起死回生的可能性。布蘭特在會上發表了一場引人深思的演說,論及生物多樣性的喪失,以及利用丘奇的科技再次賦予滅絕動物生命的機會。他藉著研討會與 TED 平臺推出「基因重現及復原計畫」(Revive and Restore),旨在調查生物滅絕的原因、保存生物學與遺傳上的多樣性,並且應用生物科技修復我們的生態系統。

布蘭特的 TED 演講大受好評,同時卻也令許多人又驚又怒,一些科學家、環保主義者聽到布蘭特想讓滅絕已久的生物死而復生,不禁感到十分驚恐。這可不僅是複製現存的動物那麼簡單——也不是在複製曾經生存在地球上的動物——而是模糊了現存與滅絕動物之間原本分明的壁壘。況且,丘奇也表明自己不僅對長毛象與鴿子感興趣,還想拿尼安德塔人(Neanderthal)的 DNA 來做實驗——他不僅想復活其他動物,甚至想改良人類。

尼安德塔人。圖/wikimedia

你也許和過去的科學家一樣,認為尼安德塔人是原始的次人類物種,基本上就是粗獷、野蠻版的人類。不過從近期的研究看來,尼安德塔人其實十分聰明,他們不僅建造了有組織的文明,以物種而言也十分成功,存活了二十五萬年。(作為對比,研究者認為最古老的智人〔Homo sapiens〕生存於三十萬年前的地球。)尼安德塔人的身體能有效保溫,因此能在嚴酷的環境生存,而且他們非常強壯——這部分倒是符合人們對他們的刻板印象——卻也擁有良好的精細肌動技能(fine motor skills),能夠做到精細的動作。若製作智人與尼安德塔人(Homo neanderthalensis)的雜交種,或許就能創造較健壯的人類物種,這種新尼安德塔人可能可以面對現代的氣候變遷難題與極端天氣事件,也比較有可能在遷徙至全新環境時存活下來。

目前已經有人定序歐洲與亞洲出土的幾組尼安德塔人化石基因體,接下來科學家便能小片段分析與合成此基因體,在人類幹細胞中拼組出正確的尼安德塔人 DNA 序列,如此一來,理論上就能做出尼安德塔人複製體了。我們來聽聽丘奇的說明吧:

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你會先從成年人類的幹細胞基因體著手,逐步反向操作回推至尼安德塔人基因體,或者是合理程度上相近的基因體。這些幹細胞可以生產組織與細胞。假如未來社會接受複製動物的觀念,也重視真正的人類多樣性,那甚至能將完整的尼安德塔人複製出來。

出生於現代的尼安德塔人當然會面臨許多挑戰,舉例而言,典型的西方人飲食多為乳製品、精緻穀物製品與加工食品,即使是鐵胃的尼安德塔人可能也無法消化塔可鐘(Taco Bell)的起司玉米片多力多滋瘋狂塔可餅——你如果沒吃過,可以把它想像為多力多滋做成的塔可餅,裡頭包著調味過的廉價絞肉與抗結劑做成的切達起司混合物。尼安德塔人再怎麼健壯,兩份塔可餅下肚後,他們——還有他們的史前消化系統——想必也會舉旗投降。

塔可鐘的起司玉米片多力多滋瘋狂塔可餅。圖/Taco Bell

你或許認為復活尼安德塔人這種想法糟糕至極,那如果我們單純借用幾段尼安德塔人基因,稍微修改人類自己的身體呢?你想想看,尼安德塔人可是沒有乳糜瀉(celiac disease)這種疾病,不會像現代一些人一樣對麩質過敏而導致身體疼痛。他們的免疫反應與我們不同,研究者也許能藉助尼安德塔人免疫系統,找出根治類風溼關節炎(rheumatoid arthritis)、多發性硬化症(multiple sclerosis)與克隆氏症(Crohn’s disease)等自體免疫疾病的方法。此外,尼安德塔人的骨骼非常堅硬,我們也許能借用骨骼密度相關的基因,用以治療數億女性在逐漸老化時不得不面對的骨質疏鬆問題。

***

你也許會覺得混合尼安德塔人與智人基因並讓代理孕母生下這樣的融合生物,聽起來完全就是恐怖片或反烏托邦科幻小說的劇情——沒錯,許多虛構作品的確探討了類似的議題,而在大部分故事中,人類試圖改變上帝偉大的計畫時,往往會招致災難。這類作品包括:H.G.威爾斯(H. G. Wells)的《攔截人魔島》(The Island of Dr. Moreau,一八九六)、阿道斯.赫胥黎(Aldous Huxley)的《美麗新世界》(Brave New World,一九三一)、法蘭克.赫伯特(Frank Herbert)的《沙丘》(Dune,一九六五)、娥蘇拉.勒瑰恩(Ursula Le Guin)的《黑暗的左手》(The Left Hand of Darkness,一九六九)、南希.克雷斯(Nancy Kress)的《西班牙乞丐》(Beggars in Spain,一九九一),以及理查.摩根(Richard Morgan)的《碳變》(Altered Carbon,二○○二)。這同時也是《星艦迷航記》(Star Trek)與漫威(Marvel)X戰警(X-Men)系列頻頻討論的議題,後者的反派角色萬磁王(Magneto)甚至打算「讓智人臣服於變種人!」。

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綜觀歷史,無論是科學或社會都不樂見任何人扮演上帝,甚至是談論扮演上帝相關的議題。瑪麗.雪萊僅僅是撰寫了關於怪物的故事——並不是創造出真正的怪物——就因為故事太具顛覆性而不敢以本名出版作品,以免政府剝奪她扶養孩子的權利。

桃莉羊被複製出來時引起許多恐慌。圖/giphy

桃莉羊成功複製出來時,全球各地無數人召開了緊急會議與記者會,幾乎無人注意到桃莉羊計畫明文道出的宗旨:增進我們對生物發育過程中細胞變化的瞭解。人們迅速做出了極端負面的反應,密蘇里大學聖路易斯分校(University of Missouri in St. Louis)醫學倫理學者隆納.孟松(Ronald Munson)博士對《紐約時報》表示:「精靈已經從神燈裡放出來了。」他接著質問道:下一步會是什麼,難道要用十字架上的一滴血把耶穌基督也複製出來?波士頓大學(Boston University)公共衛生學院公衛法律系主任喬治.安納斯(George Annas)教授也對生物學與遺傳學界表示譴責。「正確的反應該是驚恐才對。」他說道,並聲稱按邏輯推演,下一步想必就是複製人類了。「父母並沒有權利收集孩子的細胞,做出那個孩子的複製品。大眾對於複製人的反對聲浪是對的。」蘇格蘭教會甚至正式頒布教令,要求聯合國通過具約束力的禁令,禁止複製生物行為。該教會引用《舊約》的《耶利米書》(Jeremiah)1:4-5,表明人類不可取代上帝:「耶和華……〔說〕:『我未將你造在腹中,我已曉得你;你未出母胎,我已分別你為聖。』」美國總統比爾.柯林頓特地舉辦一場活動並安排電視轉播,在活動上宣布禁止聯邦政府提供經費給任何複製人類相關的研究計畫。

CNN與《時代》(Time)雜誌在一九九七年三月一日發表的調查結果顯示,多數美國人突然對核轉置技術——生物複製技術之一——產生了明確的意見。現在說來你也許會覺得難以置信,不過在桃莉羊誕生前,那些人大多從未花心思想過複製生物議題,也從沒思考過核轉置技術相關的問題。那份調查中,三分之一填答者表示他們為桃莉羊的存在深感不安,甚至願意參加反對生物複製的公眾示威與抗議。在桃莉羊問世將近二十五年後的今日,我們獲得了重要的知識、新生物科技,以及對生命運作模式更廣泛的理解。地球可還沒被惡魔複製羊攻占呢。多虧了桃莉羊,科學家開始複製成人的幹細胞,進而創造出人工「誘導性多功能幹細胞」(induced pluripotent stem cell,iPSC),並將之用於醫學研究。有了 iPSC 之後,利用胚胎做研究的需求減少了,多少消弭了胚胎研究多年來引起的倫理疑慮。研究者能用 iPSC 研究老化過程——並且首次將成年細胞再程序化,表現出年輕細胞的特性。這類研究開啟了新一道大門:人類也許能使用各種幹細胞療法治療疾病,畢竟解藥若出自病人自身的遺傳密碼,那就不可能受免疫系統排斥了。今天已經有許多再生醫學療法可用以治療血液相關疾病,其中包括白血病、淋巴癌(lymphoma)與多發性骨髓瘤(multiple myeloma),以及心衰竭等其他退行性疾病。

研究者能用 iPSC 研究老化過程——並且首次將成年細胞再程序化,表現出年輕細胞的特性。圖/giphy

要改變人們的信念與觀感往往要花費大量時間,而這也無可厚非——我們畢竟受數百年的著作與根深柢固的社會價值觀影響。科學家經常在無預警的情況下發表驚天動地的新發現,當我們面對這些挑戰現存思想的新聞時,自然會感到震驚、疑惑,甚至是焦慮,而有時連科學界內部人士也會感到不安。當丘奇的生物去滅絕想法廣泛傳開後,《科學人》(Scientific American)的編審委員會在二○一三年寫了一篇帶諷刺意味的譴責文章,主要論點是丘奇花在這份實驗性技術上的金錢,應該用在傳統保育行動上才對。丘奇自己也在《科學人》發表一篇文章反駁他們,在文中鎮定地說明讓滅絕生物復活的目的,並表示自己的計畫不是為了製作「絕種生物的完美活體複製品,也不是為了成為實驗室或動物園裡一次性的展演」。他解釋道,他的研究重點是探討我們能對現存生態系統做出的調整,以確保在人為環境變遷過後,人類仍能存活下去。

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截至二○二○年十二月,丘奇與他的哈佛研究團隊已逐步逼近他們複製長毛象的「巨大」目標了。亞洲象的基因體和長毛象約有百分之九十九.九六相似,然而剩下那百分之○.○四加總起來卻等同DNA序列當中的一百四十萬處差異。這些差異大多無關緊要,不過在我們寫這本書的目前為止,丘奇團隊已辨識出一千六百四十二段重要的不相似基因,仍須持續做研究才有可能複製出長毛象。團隊還在努力逐一設計、測試與微調他們在實驗室裡培養的細胞,希望能製作出正確的基因序列,讓類似長毛象的亞洲象得以存活下來。他們希望能用長毛象與亞洲象相似的基因作為基底,只不過這頭大象會擁有長毛象濃密的毛髮、適應嚴寒氣候的血紅素、積存多層脂肪的能力,以及其他優點,例如可讓鈉離子通透的細胞膜,這對長毛象適應冬季嚴苛環境大有幫助。在調整出正確的特性組合之後,研究團隊便能將這些改良版皮膚細胞注入幹細胞,做出活生生的(有點長毛的)長毛象。丘奇與德州企業家班恩.拉姆(Ben Lamm)在二○二一年九月成立了巨大公司(Colossal),專門支援他們的長毛象研究計畫。

假使成功製造出長毛象,這些二十一世紀版的長毛象將會居住在新的家園裡——一個靈感起源於小說家麥克.克萊頓(Michael Crichton)作品的新家,只不過這地方不會取名為侏儸紀公園,而會以更新世為名。更新世公園(Pleistocene Park,沒錯,真的是這個名字)是位於西伯利亞的實驗區,許多原生物種在多年工業化衝擊過後,終於得以重返這個自然保護區,在此再野化(rewild)的物種包括雅庫特馬、加拿大馬鹿、美洲野牛、犛牛等動物。若將修改版長毛象野放於此,就能看出大動物踩踏雪地與永凍土是否能改善氣候問題了。

——本文摘自《未來的造物者》,2023 年 11 月,臉譜出版,未經同意請勿轉載。

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