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叛變啦!病毒在竹子上繁殖是因為有窩裡反

葉綠舒
・2016/03/29 ・1504字 ・閱讀時間約 3 分鐘 ・SR值 506 ・六年級

病毒是一種構造簡單的生物,它們所攜帶的基因並不足以讓他們能夠獨立存活;也因此,究竟病毒能不能算做生物,一直都是有爭議的。畢竟,病毒不能在宿主體外生長、繁殖。

當病毒進入倒楣的宿主體內以後,它們會借用(或者說佔用)宿主的基因來幫忙他們執行繁殖所需要的功能。這些被借用的宿主的蛋白,有的會協助病毒複製,有些則會幫忙把病毒帶到其他的細胞,以擴大病毒感染的範圍……自己的家被壞人入侵已經夠慘了,沒想到這些蛋白質們竟然還「為虎作倀」!究竟要說這群蛋白質傻得可以,還是要說,病毒真是厲害呢?

被竹嵌紋病毒(BaMV)感染的竹葉。圖/flikr @Scot Nelson
被竹嵌紋病毒(BaMV)感染的竹葉。圖/flikr @Scot Nelson

竹嵌紋病毒(Bamboo Mosaic Virus,簡稱BaMV)也是這些超厲害家族的一員。它的基因體由單股 RNA 構成,總共只會產生五個蛋白質,但卻能在台灣感染相當多的竹子。根據 1992 年的研究發現,台灣的竹子曾一度有九成都被它感染呢!被感染的竹子會因為光合作用降低影響竹筍的產量,而受感染的竹筍也會因為纖維化形成「筍釘」,影響口感。

因此,在台灣 BaMV 受到相當的重視。不過,雖然在實驗室裡以基因槍(particle bombardment)可以成功的感染竹子的新芽,但由於目前在自然界中,究竟它如何傳播並不清楚,且以其他模式都無法成功感染竹子,加上竹子的生命週期很長;因此目前的研究都是以菸草為模式植物(model plant)來進行研究。

科學家難直接以竹子做為實驗對象,而以生長周期較短的模式生物——菸草(Nicotiana tabacum)替代。圖/Joachim Müllerchen
科學家難直接以竹子做為實驗對象,而以生長周期較短的模式生物——菸草(Nicotiana tabacum)替代。圖/Joachim Müllerchen (CC-BY 2.5)

慈大生科鄭綺萍老師的研究團隊,最近在菸草中發現了一個稱為 NbRABG3f 的蛋白質。這個蛋白質在竹嵌紋病毒感染植物時,可能會將病毒帶到植物細胞內執行病毒複製的地方。

這個基因是怎麼找到的呢?綺萍老師的研究團隊經由與其他研究團隊的合作,比較受到竹嵌紋病毒感染與未受到感染的竹子的基因表現,從感染後一、三、五、七天的組織中選取表現量變異度較高的部分來選殖、定序之後,再由其中選出候選基因。

當初一共有五個基因片段進入候選,但是從真核生物裡面釣基因,絕對沒有「頭過身就過」這種事喔!釣上半年還在原地踏步也不是沒有發生過!筆者自己當年釣原核生物的基因就釣超久,而綺萍老師的研究生當年也是歷盡艱辛。由一開始的五個候選人中,最後剩下兩個,其中一個就是 NbRABG3f。當初負責釣基因的同學,如今已經遠赴海外並即將為人母,不知道回想起那時的艱辛,是否有滄海桑田之感?

釣到基因,是否就可以休息了呢?

才不是呢!接下來更有得忙!

綺萍老師的研究團隊分析它的序列後認為,NbRABG3f 可能是一個位於植物細胞膜上的、具有鳥糞嘌呤水解酶(GTPase)活性的蛋白質。由於這類的蛋白質大多與液泡(vesicle)在不同胞器間的運輸有關,因此他們在發現降低它的表現會使病毒在細胞內的量變低之後,便嘗試著進行點突變使 NbRABG3f 無法水解 GTP,或是把一段關鍵的蛋白質序列切掉,使它無法鑲嵌入細胞膜。結果發現,不管是點突變還是切掉序列,都會讓 BaMV 在植物細胞內的數量降低,顯示了這個蛋白質對竹嵌紋病毒的重要性。

竹子在台灣是很重要的農作物,不論是竹筍、竹葉或竹子本身,都與我們的生活息息相關;綺萍老師希望未來可以由研究 NbRABG3f 找到抑制 BaMV 感染的方法,幫助農民種出更多好吃的竹筍,提升竹子的產量與品質。

參考文獻

1. Lin N.S., Lin F.Z., Huang T.Y. and Hsu Y.H. 1992. Genome properties of Bamboo mosaic virus. Phytopathology. 82: 731-734.

2. Huang Y.-P. et al., 2015. NbRABG3f, a member of Rab GTPase, is involved in Bamboo mosaic virus infection in Nicotiana benthamiana. Molecular Plant Pathology. DOI: 10.1111/mpp.12325


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文章難易度
葉綠舒
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做人一定要讀書(主動學習),將來才會有出息。


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就是想知道十萬個植物的為什麼!解開植物生長之謎的駭客兼翻譯——蔡宜芳專訪

鳥苷三磷酸 (PanSci Promo)_96
・2022/04/06 ・3848字 ・閱讀時間約 8 分鐘

本文由 台灣萊雅L’Oréal Taiwan 為慶祝「台灣傑出女科學家獎」15周年而規劃,泛科學企劃執行。

2018 年「台灣傑出女科學家獎」傑出獎第十一屆傑出獎得主

  • 中研院分子生物研究所特聘研究員蔡宜芳,畢業自台灣大學植物系,在美國卡內基美隆大學(Carnegie Mellon University, CMU)取得博士,後於加州大學聖地牙哥分校(University of California, San Diego, UCSD)進行博士後研究,研究專長為植物分子生物學。主要從事細胞膜蛋白的功能研究,在硝酸鹽轉運蛋白研究領域有卓越貢獻。2021 年蔡宜芳特聘研究員榮獲美國國家科學院(National Academy of Sciences, NAS)外籍院士(international members)。

如果妳撿到蔡宜芳掉的手機,可能很難立即知道失主是誰,甚至有點摸不著頭緒:因為她手機裡超過 80% 的照片,都是植物。為何會選擇植物作為研究領域?身為中研院分子生物研究所特聘研究員,在植物分子生物學領域貢獻卓著的她卻說,這個決定其實「不太科學」,因為起心動念是自己「真的很喜歡植物」。

因為喜歡所以好奇,因為好奇而想要知道更多:許多 love story 都是這樣開始的,而研究領域的開展又何嘗不是一場超浪漫故事呢?也因為一般人都不夠認識植物,聽不懂植物的細語呢喃,更需要蔡宜芳這般熱愛植物的科學家,擔任植物駭客兼翻譯,讓不辨菽麥者也能偷聽花開的聲音。

故事,從一株異變的阿拉伯芥開始說起。

植物對於氮肥的攝取機制與調控方法正是蔡宜芳的研究主題。圖/劉志恒攝影

分子生物學突破:發現植物吸收硝酸鹽的關鍵蛋白 CHL1

上世紀 50 年代起的「綠色革命」,大幅提升了糧食生產量,餵飽了激增的地球人口,「氮肥」在其中功不可沒。它對植物開花結果至關重要,然而植物透過什麼機制攝取氮肥?如何調控才能更有效地吸收?蔡宜芳研究的正是其中的分子機制。

氮,是生物存活的重要元素;從推動光合作用的葉綠素、各種代謝反應的酵素,到與遺傳相關的核酸中,都有氮的存在。但對植物來說,要取得氮元素卻出乎意料地困難;大氣的組成中近五分之四為氮氣,但是除了藉由少數有固氮能力的微生物以外,植物只能使用在土壤中非常少量的氮源,吸收的型態有「氨鹽」與「硝酸鹽」,其中又以硝酸鹽為主。

但是,硝酸鹽是帶電離子,無法自行通過脂質構成的細胞膜,那到底植物如何利用硝酸鹽呢?為了解開這個長年來的謎題,蔡宜芳將目光投向一棵無法正常吸收硝酸鹽的阿拉伯芥突變株,並利用當時最新發展出來的分子生物技術,試圖找到出關鍵基因。蔡宜芳表示,這個無法正常吸收硝酸鹽的突變株,在她約 10 歲時就被荷蘭研究者發現,這麼多年來在傳統技術底下被研究得相當透徹;卻直到她開始進行博士後研究,伴隨植物分子生物相關技術發展,才有方法找到關鍵的轉運蛋白。

這樣的研究自然充滿了挑戰,因為新技術還不穩固,就連實驗室老闆都曾勸她放棄。不願投降的她,決定一邊持續研究氮代謝,一邊到其他研究室學細胞膜研究的新技術,1994 年,蔡宜芳從美國回到台灣,持續研究進一步發現, 位在植物細胞膜上的 CHL1 硝酸鹽轉運蛋白,除了作為硝酸鹽的「搬運工」,還有其他異想不到的功能。在你我的印象當中,植物是被動的吸收養分:但其實當土壤中的的硝酸鹽變化時,植物會主動改變硝酸鹽的運作模式,這就是蔡宜芳團隊在 2003 年的重大發現。運作模式的改變正來自於 CHL1 蛋白的磷酸化轉換,因此 CHL1 蛋白也具備作為「傳令兵」的功能。透過 CHL1,植物便能感應周圍的硝酸鹽濃度,幫助植物調控基因表現,以便能更有效率地利用硝酸鹽。

掌握硝酸鹽吸收的調控,在農業領域十分有發展潛力,蔡宜芳的研究進一步轉向,對接實際應用,期盼為農業的永續未來提供新解方。除了 CHL1硝酸鹽轉運蛋白的機制外,她也針對阿拉伯芥如何吸收與輸送硝酸鹽到不同組織的分子機制展開探索。近期更研究探討是否能以育種或基因調控的方式,增進植物吸收硝酸鹽的效率。由於硝酸鹽非常容易在環境中流失,因此多數的氮肥施放到田間後,植物也往往吸收不了;如果可以改善植物的吸收效率,就能減少施肥的浪費,連帶減少製造氮肥耗用的能源,也讓農作物長得更好。

好消息是,透過基因調控,蔡宜芳團隊已經在阿拉伯芥、菸草及水稻上實驗成功,並取得相關專利,期待未來將授權給生物科技公司進行下一步。

培養科學研究必備品:好奇心、科學思辯與毅力

蔡宜芳從事研究的初衷是因為對植物的喜愛與好奇心,對她來說和植物有關的十萬個為什麼,猶如始終永遠拼不完的大型拼圖,從小時候就在蔡宜芳的心中佔據了重要位子,於是她「追根究柢」(如字面上意義),想靠自己解開植物現象背後的秘密。

人們對自己不了解又無法回嘴的植物充滿了誤解,往往覺得植物跟動物一點也不同,然而在蔡宜芳看來絕非如此,她表示,已經有研究發現,當我們這些動物咬下蔬菜的瞬間,植物裡頭負責傳導的的鈣離子就會產生變化。「大家都覺得植物不會動不會叫,但其實植物是有感知的。」蔡宜芳表示,植物其實都知道,只是用我們不懂的方式在表達,要靠研究才能一句一句地破解植物的密語。

圖/劉志恒攝影

當然研究也不能自己埋頭苦幹,交流非常重要。蔡宜芳擔任植物學期刊 《Plant Physiology》 編輯多年,但回憶起剛建立獨立實驗室的階段,面對那麼多來自審稿人的刁鑽問題,當時的自己也難免生氣。一旦轉換身份成為審稿人,被審的經驗也讓她更明白審查論文時該注意的重點,一來一往的思辨與答辯,反而讓她覺得很好玩。

「我自己有個突破,是因為被質疑的時候很生氣,可是不能光氣,也要想辦法解決。就在生氣的時候,想出來的方法,最後變成我們實驗室很新的工具。」而她也認為自己在替《Nature》等重要期刊審稿時,認真地給出言之有物的評論,幫她累積了領域內的信譽,才讓期刊編輯的位置找到了她。

蔡宜芳曾擔任植物學期刊《Plant Physiology》編輯。圖/《Plant Physiology》網頁截圖

像投稿審稿這般來回思辨的訓練,對科學家的養成非常重要,然而蔡宜芳觀察,科學思辨在台灣教育裡比較缺乏。她舉例,在美國課堂上,老師會要學生先讀一篇論文,接下來整堂課則要學生批評論文有什麼問題。「我們在台灣被訓練的人,都會把 paper 當作傳世經書在讀,讀懂它就覺得很開心了——要去批評它,我們真的沒有習慣。」蔡宜芳坦言那過程對她來說曾經非常痛苦,但會痛就代表該變。

她就此改變了思路:面對知識,蔡宜芳要求自己不僅要讀懂,還要有餘力批評它,說出對、錯在哪裡。蔡宜芳認為,科學就是得永遠抱持著質疑的態度,在不疑處有疑,才能找到真正的答案。「在我自己的實驗室裡面,我也一直在逼學生要去思考」。

蔡宜芳在實驗室中,會不斷要求學生思考、批判。圖/劉志恒攝影

而除了好奇心及思辨能力之外,蔡宜芳認為「毅力」也是科學家在科學界持續前進的重要特質。經驗告訴她,在科學研究中遇見失敗比遇見成功的次數多太多了,革命十次稀鬆平常,如何二十次甚至三十次之後還能繼續往前走?那絕對需要強大的毅力來抗壓才行。

說到壓力,身為科學界的女性,蔡宜芳認為,自己的成長環境中,性別造成的影響並不大,以她所在的中研院分生所為例,研究人員性別比例很平均。但若深入細究,「無意識偏見」(unconscious bias)仍難以避免。她以自己帶過的學生為例,生科領域在大學時期男女比例大約是各半,但隨著碩士、博士一路往上,男性的比例逐漸多於女性。因為許多女學生在面臨職涯選擇的時候,往往會被迫以家庭或是男性伴侶的事業為優先,這種狀況回過頭來又讓部分老師覺得「教育女生有時會是浪費」,成為惡性循環。

榮獲過許多科學成就獎項的她,時常是唯一獲獎的女性,而就在接受採訪不久前,她又獲頒一個獎項,直到頒獎當天的照片寄回到所上,「一片黑西裝裡面,就我穿黃色!」她笑道。所上第五屆台灣女科學家傑出獎得主鍾邦柱老師看到照片時,也對她苦笑說:「哎,革命尚未成功,同志仍需努力。」

「先不要去想會有這個東西,做該做的事情。真正不平的時候,不要安靜不講。」儘管環境仍待改變,蔡宜芳建議女科學人自己先跨出一步,就如同她自己一路走來的態度。

一株莫名異變的阿拉伯芥,遇上一位不放棄的科學家兼植物迷,造就了改變農業、甚至是整體生態未來的契機。如果妳的手機也跟蔡宜芳一樣,裝的幾乎全是自己感興趣、想研究的東西的照片,請別質疑自己是不是怪怪的,或許妳也將靠著研究,改變世界,這是我能想到最浪漫的事了。

台灣傑出女科學家獎邁入第 15 年,台灣萊雅鼓勵女性追求科學夢想,讓科學領域能兩性均衡參與和貢獻。想成為科學家嗎?妳絕對可以!傑出學姊們在這裡跟妳說:YES!:https://towis.loreal.com.tw/Video.php

本文由 台灣萊雅L’Oréal Taiwan 為慶祝「台灣傑出女科學家獎」15周年而規劃,泛科學企劃執行。


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