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蛋白質折疊:內摩擦力扮演更重要的角色

only-perception
・2012/05/17 ・1129字 ・閱讀時間約 2 分鐘 ・SR值 628 ・十年級

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一個跨國團隊報告,對於一種所知不多的、幾乎發生在我們身體每個細胞的過程,有了新的理解。

蛋白質折疊(Protein folding)是這樣的過程:尚未折疊的胺基酸鍊因呈現(assume)其特定的形狀,因而具有特定的功能。這些功能非常廣泛:在人體內,蛋白質會折疊成為肌肉、荷爾蒙、酵素以及其他各種組成。

“這種蛋白質折疊過程仍是一大謎團,” UC Santa Barbara 物理學家 Everett Lipman 表示,他是「Quantifying internal friction in unfolded and intrinsically disordered proteins with single-molecule spectroscopy」這篇論文的作者之一。這篇論文發表在 PNAS 上。

Lipman 表示,一個蛋白質的最終形狀主要由未折疊鍊中,胺基酸成份的序列所決定。在此過程中,這些成份彼此相撞,且達到正確的配置時,胺基酸鍊通過其「過渡態(transition state)」並裝配妥當(snaps into place)。

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“我們最終想要理解的是,一個蛋白質的化學物質順序如何決定它將要變成什麼,以及變成那樣的速度有多快,” Lipman 說。

利用 UCSB 物理系前畢業生 Shawn Pfeil 所開發的微流體混合技術,這個研究團隊,包括來自蘇黎世大學與德州大學的同僚,能夠監控個別蛋白質分子在折疊時,超級迅速的重新配置(reconfiguration)。

在微流體混合器(mixer)中,一種用來拆解(unravel)蛋白質的「變性劑(denaturant)」 化學物質被迅速稀釋,使得折疊得以在之前無法觸及的自然狀態下觀測到。這些測量證明,內摩擦(internal friction)在折疊過程中所扮演的角色,比先前實驗所能見到的還更加重要,當蛋白質從更密實的未折疊配置(在無變性劑的活細胞內會這樣)開始折疊時,尤其如此。

“在那些尺寸等級下,每樣東西都是由摩擦力所主宰,” Lipman 表示,將水中蛋白質分子的環境比喻成糖蜜(molasses)中的人體。分子間的摩擦力以及其液態環境是個問題,獨立於周遭溶劑的「乾」摩擦也一樣。

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內摩擦力藉由減少胺基酸鍊探索不同配置(那也許會導致過渡態)的速率來減緩折疊過程。尋找其天然狀態 — 其最終形態 — 所花的時間愈長,在展開狀態下「卡住(get stuck)」的可能性愈高。

“當它展開時,它更容易陷入折疊錯誤的狀態,或著與其他未折疊的蛋白質聚集,” Lipman 說。錯誤折疊蛋白質的聚集被認為促成了許多類型的疾病,例如:類澱粉斑塊(amyloid plaques)與阿茲海默症有關。另一方面,未折疊以及未使用的蛋白質有可能被細胞再度分解成它的組成胺基酸。

雖然內摩擦力與聚集,或與某蛋白質之任何片段樣式(那會以相同方式影響其他蛋白質片段)間的關聯尚未證實,不過 Lipman 等人卻對於內摩擦力影響蛋白質折疊過程的程度,有更深入的理解。

“這些測量證實,在實際狀態下,內摩擦力在未折疊態的動力學中扮演一種重要的角色。若某個蛋白質折疊過程的模型未將之納入考量,那麼該模型得經過重新考慮,” 他說。

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原始文獻:Andrea Soranno, Brigitte Buchli, Daniel Nettels,
Ryan R. Cheng, Sonja Muller-Spath, Shawn H. Pfeil,
Armin Hoffmann, Everett A. Lipman, Dmitrii E. Makarov, and
Benjamin Schuler
PNAS, Published online before print April 6, 2012,
doi: 10.1073/pnas.1117368109

資料來源:PHYSORG:In protein folding, internal friction may play a more significant role than previously thought[April 24, 2012 ]

轉載自only-perception

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152 篇文章 ・ 1 位粉絲
妳/你好,我是來自火星的火星人,畢業於火星人理工大學(不是地球上的 MIT,請勿混淆 :p),名字裡有條魚,雖然跟魚一點關係也沒有,不過沒有關係,反正妳/你只要知道我不是地球人就行了... :D

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AI 可以設計散熱,但誰敢讓它出貨?林唯耕談算力背後的物理現實
鳥苷三磷酸 (PanSci Promo)_96
・2026/08/20 ・2819字 ・閱讀時間約 5 分鐘

本文由 高柏科技 合作,泛科學撰文

林唯耕剛回台灣任教時,曾在清華大學的實驗室裡用一立方公分的「氨」做實驗。沒想到氨氣意外洩漏,那股刺鼻的氣味瞬間瀰漫整棟大樓,引來眾多師生抗議。

「從此以後,我再也不敢在實驗室裡用氨了。」他在《思想實驗室》的訪談中,帶著笑意回憶這段往事。

這段插曲聽來像是一則工程師的寓言:在理論模型中,氨是太空熱控系統的理想介質;但在現實的辦公大樓裡,它首先是逼人逃竄的臭味。公式本身沒有錯,但現實世界永遠比公式更複雜——它包含了人、成本、風險,以及必須為後果負責的工程師。

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高柏科技技術專家、清華大學榮譽退休教授林唯耕 ,曾任職於美國 OAO 工程部熱流組,深耕電子構裝散熱與熱管技術多年。隨著 AI 浪潮席捲全球,他鑽研一輩子的老問題再次被推向科技產業的核心:當晶片運算速度無止境攀升,那股伴隨而生的熱,究竟該往哪裡去?

熱不會讀新品發表會

科技巨頭在發表會上熱衷於談論大型語言模型、GPU 規格與驚人的算力。這些詞彙在投影片上光鮮亮麗,彷彿進步毫無邊界。然而,每一次數位運算都紮實地發生在實體晶片上。晶片會發熱、材料會疲勞老化,一旦設備過熱,系統便會降頻保護。在物理現實面前,再動聽的發表會敘事也必須低頭。

晶片會發熱、材料會疲勞老化,一旦設備過熱,系統便會降頻保護 / 圖片:envato

回顧個人電腦發展早期,晶片幾乎不需專屬散熱元件。隨後,鋁製鰭片、風扇、熱管到均溫板逐一登場。這段歷程常被視為技術升級,其實更像是對空間的極限勒索:晶片功率翻倍,發熱源的面積卻沒變大,機箱空間也不可能無限擴張。

林唯耕指出,散熱設計的核心只有三要素:功率、熱源面積與空間限制。他舉例,在標準的 1U 機箱中,若發熱面積約為三十乘三十毫米,氣冷系統在達到八百瓦時就會面臨瓶頸。這並非固定的物理常數,而是取決於空間、面積與氣流的動態平衡。最現實的代價在於,風扇轉速提升的背後,是噪音、電力損耗與空間占用。

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因此,「液冷技術」的興起並非單純為了追求酷炫,而是算力密度提升後的必然選擇。它能更精準地帶走晶片廢熱,卻也將新的挑戰帶入機房:漏液風險、流道堵塞、材料相容性,以及維運時的難度。工程的進步,本質上鮮少是徹底消滅問題,更多時候是選擇一組「比較值得承擔」的新問題。

太空教他的,不是把答案搬回地面

太空熱控工程之所以迷人,是因為它剝奪了地球上最常見的散熱工具。在真空宇宙中,沒有空氣能讓風扇製造對流;受光面溫度破百度,陰影處卻極度嚴寒。工程師必須純粹仰賴熱傳導、熱輻射,以及熱管與環路型熱管(LHP)來搬移熱能。

熱管運作的關鍵在於「相變」——液體蒸發時吸收大量潛熱,冷凝後重回循環。林唯耕比較了銅與水的熱傳導能力:在他設定的特定條件下,實心銅塊約能傳導 120 瓦的熱能;但若每秒有一立方公分的水發生蒸發相變,移熱量可瞬間拉升至 2.4 千瓦(kW)。他強調「每秒」的觀念,因為散熱談的是動態流動速率,而非靜態的冷卻魔法。

儘管如此,太空科技並不能直接套用到地面。太空元件因考量重量、功耗與維修難度,偏好無馬達幫浦的被動式設計;但地面 AI 伺服器面臨更高的熱負載與環境溫度,往往仍需幫浦驅動流量。當年那場「氨氣洩漏」事故正是最好的提醒:技術是否「先進」,與它是否「適合」當下的場景,始終是兩回事。

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他強調「每秒」的觀念,因為散熱談的是動態流動速率,而非靜態的冷卻魔法。/圖片:envato

好論文,為什麼仍可能造不出好產品

學術研究致力於證明「可行性」,而工業現場則要求「可重複性」——不僅要能運作,還得確保每台出廠的設備都不漏水。林唯耕將此定義為「從 0 到 1」與「從 1 到 100」的差別。後者涉及良率、成本、公差與客戶信任。論文中那次最完美的實驗數據,在產線上往往未必管用。

他從不避談失敗。在高柏科技早期與學界合作時,也曾遇過實驗數據無法複製,或研究方向偏離產業需求。這未必是雙方努力不夠,而是彼此對「成功」的標準不同。為了解決這道鴻溝,高柏科技推動「柏苗啟航創新培育計畫」,每年投入逾千萬資金與成大、中山、台科大等校合作,並指派專業人才在過程中持續微調、校正,確保研發貼近產線現實。

他分享了近期一項液冷工質校正專案。團隊使用非侵入式的超音波流量計進行觀測,但由於儀器預設以「水」校正,換成其他化學流體後讀數便出現誤差。最初嘗試用幫浦壓差推算,卻發現缺乏重複性,數據甚至推導出不合理的蒸發率。最後團隊回歸基本面,改用秤重法搭配能量平衡進行交叉驗證,才讓數據成功收斂。

這個故事真正的價值不在於「產學雙贏」的口號,而在於那段不夠優雅的挫折:假設失效、數據混亂、方法砍掉重練。也正是在這種時刻,企業需要的不只是會算數的人才,而是能洞察研究何時「走鐘」,並有權力喊停、要求重來的關鍵決策者。

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林唯耕坦言,過去在校園裡總認為「技術第一、成本第二」,進入商界後才驚覺行銷與信任關係往往才是關鍵。這番話雖然不如科技突破那樣動聽,卻是產品能否進入市場的殘酷真相。再卓越的散熱設計,若無法穩定生產或贏得客戶信任,也僅止於一份精美的報告。

AI 會給答案,誰來負責出貨?

訪談尾聲,主持人國威提出了一個時代難題:假設 AI 能在彈指間生成散熱架構、材料配方與流道設計,企業該選擇全面擁抱 AI 的速度,還是保留緩慢但穩定的工程驗證,以規避潛在的失效風險?

林唯耕拒絕落入二選一的框架。他的觀點是:兩者並存。AI 擅長處理資訊、生成草案;但工程師仍須實作原型,進行嚴苛的性能與可靠度測試,最終由人決定是否出貨。這並非盲目崇拜人類直覺,而是基於一項事實:AI 的資料庫裡,通常沒記載下一次「意外洩漏」或「材料疲勞」的細節,且模型永遠無法為量產結果擔負法律與商業責任。

在 AI 時代,最稀缺的未必是熟練下指令(Prompt)的人,而是具備這種能力的人:能預判答案可能在哪裡出錯、能設計實驗將問題「逼」出來,並且願意為最終的量產品質負起責任。

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大眾習慣將雲端想像成輕盈、無重量的空間。但現實中,雲端是由龐大的機房架構而成,裡面裝滿了晶片、管線、泵浦與冷卻液。虛擬算力的每一次擴張,都會在實體世界留下發熱的足跡。散熱工程師的價值,就是不讓這筆物理帳單,被埋沒在光鮮亮麗的投影片背後。

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AI 破解生命密碼!AlphaFold 3 揭開蛋白質折疊的終極謎團
PanSci_96
・2024/10/07 ・1624字 ・閱讀時間約 3 分鐘

AlphaFold的誕生:人工智慧的奇蹟

2018 年,Google 旗下的 DeepMind 團隊推出了第一代 AlphaFold,這是一款基於深度學習的 AI 模型,專門用於預測蛋白質的三維結構。AlphaFold 的命名取自「fold」一詞,意為折疊,指的是蛋白質在胺基酸鏈構成後迅速摺疊成其功能所需的三維結構。

AlphaFold 的突破在於其能夠預測出蛋白質折疊的可能性,這是一個傳統計算方法無法達到的領域。第一代 AlphaFold 在國際 CASP 比賽中取得了一定的成功,雖然其預測準確度尚未達到實驗室標準,但其潛力讓科學家們充滿期待。

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為什麼蛋白質結構預測如此重要?

蛋白質是生命的基石,它們的功能取決於其複雜的三維結構。然而,僅靠實驗技術來解析蛋白質的結構既昂貴又耗時。過去科學家依賴於如 X 光晶體繞射等技術來解析蛋白質的結構,然而這種方法雖然精確,但往往需要數年時間來得出一個結論。

到目前為止,人類已知的蛋白質數據庫中,全球僅解析了大約 22 萬種蛋白質的結構,這遠遠不足以滿足生物學和醫學研究的需求。尤其是人類的許多蛋白質結構仍然未知,這成為阻礙醫學進步的一個主要瓶頸,特別是在藥物開發和疾病治療上,因此如何加速對蛋白質的結構的解析至關重要。

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AlphaFold 2:技術飛躍

2020 年,AlphaFold 2 橫空出世,改進了多項技術,預測準確度大幅,幾乎達到了與實驗結果相媲美的程度。這一成就震驚了全球生物學界,許多科學家開始將 AlphaFold 2 應用於實際研究中。

AlphaFold 2 的成功源自於其三大技術革新:

  • 注意力機制:模仿人類的思維模式,從大局出發,關注蛋白質結構中的每一個細節,進而提高預測的準確性。
  • 多序列比對功能:通過搜尋類似的胺基酸序列,推斷新的蛋白質結構。
  • 端到端預測模式:利用深度學習神經網路,不斷反饋預測結果,持續優化模型。
AlphaFold 2 預測準確度大幅提升。 圖/envato

AlphaFold 3:下一代 AI 的力量

隨著 AlphaFold 2 的成功,DeepMind 並未停止其腳步。2024 年 5 月,AlphaFold 3 正式推出,這標誌著 AI 技術在生物學領域的又一個里程碑。AlphaFold 3 的改進再次吸引了科學界的目光,它強化了注意力機制,並引入了擴散模型,這使其能夠更快且更準確地預測複合蛋白質的結構。

擴散模型是一項關鍵技術,它能夠生成大量的可能蛋白質結構,並快速篩選出最可能的解答。與此同時,AlphaFold 3 還內建了「減幻覺」功能,這讓其在產生結果時能夠避免過多不切實際的預測,提升了結果的可信度。

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AlphaFold 的實際應用:醫學與藥物開發

AlphaFold 3 的誕生,不僅是一個技術突破,還為醫學和藥物開發帶來了巨大的希望。過去,癌症治療中的標靶藥物需要經過漫長的實驗才能確定其作用原理,然而現在,通過 AlphaFold 的預測,科學家可以更加精確地針對癌細胞中的錯誤蛋白質,設計出更有效的藥物。

除此之外,AlphaFold 3 還在抗病毒藥物、抗生素以及阿茲海默症等領域展現了潛力。其能夠預測蛋白質與其他分子(如DNA、RNA)的交互作用,這使得研發新藥的過程大大加速。

AlphaFold 3 的挑戰與未來

儘管 AlphaFold 3 取得了驚人的進展,但其仍然面臨一些挑戰。首先,目前 AlphaFold 3 的模型尚未完全開源,這限制了研究人員對其內部運作的了解。為此,一些科學家已聯名要求 DeepMind 開放其程式碼,以便進行更深入的研究和應用。

不過,隨著 AlphaFold 3的逐步推廣,生物學家相信它將繼續改變生物學研究的方式。未來,這項技術有望在解決更多未解難題中發揮關鍵作用,並為醫學領域帶來更大的突破。

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鱸魚精有抗疲勞的健康食品認證!累了可以依靠它嗎?自己在家也可以做嗎?
Evelyn 食品技師_96
・2023/01/18 ・3215字 ・閱讀時間約 6 分鐘

有沒有聽過開刀手術、懷孕生產過後要喝一碗鱸魚湯補身體呢?每當有親友開完手術時,通常會燉煮一鍋鮮美的鱸魚湯,期望讓術後的患者能快速癒合傷口,恢復元氣[1]

不過現在市面上已經有「鱸魚精」這樣方便又營養的產品,讓消費者免去熬煮魚湯的麻煩,即開即飲,這跟一般在家做的滴魚精有什麼不同呢?

金目鱸魚,其體背與各鰭皆為褐色,腹部為淡褐色,尾鰭圓形不分叉,可用來製造鱸魚精。圖 / 農委會

在家做的滴魚精和工廠做的鱸魚精之差異

一般在家裡自製的滴魚精,不外乎就是將魚肉放進密閉容器中,以類似蒸箱的方式加熱,讓這些肉滴出具有營養價值的精華——蛋白質和少量支鏈胺基酸(branched-chain amino acid, BCAA)。

支鏈胺基酸包含纈胺酸(valine)、白胺酸(leucine)及異白胺酸(isoleucine),是骨骼肌主要胺基酸成分,也是重要的能量來源。補充支鏈胺基酸除了可延長肌肉耐力外,亦能促進肌蛋白合成並減少分解作用,有助於組織建構及修復[2]

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魚肉雖然是優質的蛋白質來源,但大分子蛋白質還是必須經過胃腸道消化,分解成小分子胺基酸才能被身體吸收。

所以飲用魚精,能讓無法正常咀嚼、飲食,僅能飲用流質食物的人,或是對蛋白質、胺基酸有額外需求者(例如消化功能不良、大手術病患、懷孕等),得以迅速補充營養。

但其實滴魚精的支鏈胺基酸含量並不如一般市售的鱸魚精來得多。因一般市售的鱸魚精的加工方式更為嚴苛,能夠從肉中萃出更多的支鏈胺基酸及胜肽。

那麽鱸魚精是用什麼特殊加工技術製造的呢?

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自家製與工廠製的鱸魚精,作法差在哪裡呢? 圖/GIPHY

超高壓加工所萃出的支鏈胺基酸含量可提高十倍

鱸魚精產品以「品純萃」為例,其採用「超高壓加工[註]輔助酵素水解法」,將處理好的鱸魚肉放入密閉的軟性包材中,加入蛋白分解酵素,同時對它施加 0.2~400 MPa 的壓力(近 4,000 大氣壓)。

如此極大的壓力,增加了酵素與蛋白質的作用及水解效果,使鱸魚精中游離支鏈胺基酸的含量提高至 279 mg / mL。

相較於傳統熱萃取的方式(也就是在家自製的方式)僅能萃出 21 mg / mL 的游離支鏈胺基酸,超高壓加工輔助酵素水解法約提高 10 倍的營養成分萃取,使原料的利用率與產率大幅提升[3, 4, 5]

而這項優秀的萃取技術已經完成了專利申請。

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雞精也是似類似的道理,雖然沒有用到 HPP 技術,但它也是透過長達 10 小時「高溫高壓」的隔水蒸煮,將雞肉中長鏈的蛋白質,轉化為人體易吸收的支鏈胺基酸和小分子胜肽[6]

這些嚴苛的加工條件,不是在家自己 DIY 能夠輕易達成的。

白蘭氏有公開其製造加工雞精的流程影片,可點下方的影片直接觀看。

白蘭氏雞精製作過程。/ YouTube

鱸魚精和雞精的營養差異

所以喝魚精或雞精,主要就是在補充支鏈胺基酸,有助於減少運動所產生之身體疲勞。除了可延長肌肉耐力外,亦可降低運動後會造成疲勞的血液生化指標,如肌酸激酶活性、乳酸去氫酶活性及乳酸等,以維持較佳的運動表現[7]

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當然上述兩項產品皆通過健康食品「抗疲勞」認證,擁有小綠人標章,筆者依衛生福利部審核通過之健康食品資料查詢,將擁有健康食品認證的鱸魚精與雞精做個比較。

其中雞精除了抗疲勞,還多了一項免疫調節的保健功效,研究發現,支鏈胺基酸也有助於促進免疫細胞增生的功能,或促進吞噬細胞及自然殺手細胞的活性[2]

不過,根據 110 年「超高壓輔助鱸魚副產物之發酵水解物對調節血壓功能性與產品開發的評估」報告,超高壓加工輔助商業酵素水解發酵鱸魚副產物經動物試驗及體外試驗的結果顯示,具有調節高血壓的效果[8]

所以這些蛋白質水解物不只可抗疲勞,還具有免疫調節或調節高血壓的功效,說不定鱸魚精未來還會再多一項「輔助調節血壓功能」的健康認證。

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品純萃鱸魚精(左)和白蘭氏雞精(右)的營養標示,兩者皆標示出保健功效之相關成份含量。圖 / 品純萃大買家

哪些人不適合喝魚/雞精?

魚 / 雞精雖然是健康食品,可以補充營養和體力,但衛生福利部食品藥物管理署不建議以下 4 類族群天天飲用:

  1. 慢性腎臟病患者:魚/雞精內含豐富鉀離子與蛋白質,可能加重腎臟負擔。
  2. 高血壓患者:魚/雞精的鈉含量可能偏高,易造成血壓升高。
  3. 痛風患者:魚/雞精屬普林類食品,可能易導致尿酸升高,不利於痛風控制。
  4. 楓糖尿症患者:此種罕見疾病無法代謝支鏈胺基酸,魚/雞精內所含胺基酸可能導致疾病惡化[9]

我有需要喝魚/雞精嗎?

對於健康的人來說,吃魚/雞肉當然比喝魚/雞精更營養。

以蛋白質為例,鱸魚每 100 克有 20 克的蛋白質,魚精則約含有 2.5 克左右;而去皮的雞胸肉每 100 克有 22 克的蛋白質,雞精則約含有 8 克左右,肉的蛋白質含量會比「魚/雞精」高得多。

且吃魚/雞肉可攝取到更多元的胺基酸、維生素 B 群和鐵等更多成分,營養會更完整且更美味。

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若覺得疲累,喝「魚/雞精」或許有助於改善疲勞,但如果是長期工作壓力累積的的疲勞,喝「魚/雞精」只能治標,不治本,還是得改變不良的生活習慣才能有效改善疲勞喔!

註解

超高壓加工(high pressure processing, HPP):包括動態高壓加工(High Dynamic Pressure Processing, HDPP)與高靜水壓加工(high hydrostatic pressure processing, HSPP)技術。

前者是運用衝擊波使加工原料更為均勻細碎化;後者是以水作壓力介質對原料進行加壓作用。屬非熱加工技術,優點在於食品風味不會受到高溫破壞,與新鮮原料較為相近,也具殺菌的效果。

目前全球已開發應用的產品包括肉製品、果汁和飲料、蔬菜製品、水產品等種類,但因高壓加工的成本遠高於熱加工技術,故在商業化應用的進展較為緩慢[10]

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參考資料

  1. 行政院農業委員會,2009。追溯鱸魚補身的秘密。食農教育資訊整合平臺
  2. 黃桂英、洪可珎、田宛容,2019。雞精~真「滴」營養嗎?。國泰綜合醫院營養通訊 108,1-4
  3. 食力 foodNEXT,2021。【食聞】什麼是「HPP」技術?用來製作鱸魚精,竟能保存更多營養?
  4. 林雨欣、李季樺、林家驊、顏薏貞、莊曜陽、陳冠文,2017。水產食品中超高壓加工技術的應用與發展現況。海大漁推 47,17-32。
  5. 金利食安科技股份有限公司,2017。專利編號 TW I600379 B。臺北市:經濟部智慧財產局。
  6. 白蘭氏,雞精製作過程
  7. Coombes, J. S. and McNaughton, L. S. 2000. Effects of branched-chain amino acid supplementation on serum creatine kinase and lactate dehydrogenase after prolonged exercise. Journal of sport medicine and physical fitness 40: 3 240.
  8. 陳冠文,2022。超高壓輔助鱸魚副產物之發酵水解物對調節血壓功能性與產品開發的評估。計畫編號 MOST 108-2221-E-019-040-MY3。臺北市:國家科學及技術委員會。
  9. 衛生福利部食品藥物管理署,2018。送長輩滴雞精,真能讓他們「補身體」嗎?。食藥好文網。
  10. 吳思節、劉育姍、徐源泰,2021。新型態高壓加工技術-蔬果產品加值應用之新契機。農業科技決策資訊平台
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Evelyn 食品技師_96
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一名食品技師兼食品生技研發工程師,個性鬼靈精怪,對嗅覺與味覺特別敏銳,經訓練後居然成為專業品評員(專業吃貨)?!因為對食品科學充滿熱忱,希望能貢獻微薄之力寫些文章,傳達食品科學的正確知識給大家!商業合作請洽:10632015@email.ntou.edu.tw