在微生物生態學的領域裡,研究人員在意的是某個環境裡會出現什麼樣的微生物,來執行那一個地方特殊的化學反應。每個地方的地質岩石組成不同,所以風化後形成的土壤就會有不同化學組成,而不同的化學組成就可能形塑出特有的微生物世界。在這些年學術界累積的經驗裡看來,各地土壤的化學組成和微生物組成各異。但是要來當做定人生死的證據,要先證實根據化學及微生物特質,各地的土壤真的不一樣。研究人員採取案發現場玉米田的土,現場附近河堤的土,距離兩公里遠玉米田裡的土,距離更遠的玉米田裡的土來進行測試。又因為土地上是否種植作物(玉米)有可能影響化學及微生物特質,作者也分別採了種有玉米或長久休耕的土壤樣本。他們分析了土壤裡的元素組成及微生物 DNA 組成後,發現無論在化學或微生物組成上,只有在案發現場的樣本跟嫌犯車上的樣本有極高的相似度,其它地方來的樣本都有很明顯的差異,而且離越遠差越多。這些樣本在微生物組成上較容易發生改變,如果在微生物組成上,代表兩個樣本不久前來自同一個地方;而樣本裡的化學組成不容易改變,可以在時間距離比較久遠時當做可靠的證據。
Concheri G, Bertoldi D, Polone E, Otto S, Larcher R, et al. (2011)
Chemical Elemental Distribution and Soil DNA Fingerprints Provide the Critical Evidence in Murder Case Investigation.
PLoS ONE 6(6): e20222.
1990 年,融合蛋白 CD4 免疫黏附素(CD4 immunoadhesin)誕生。這項設計,是為了對付令人類聞風喪膽的 HIV 病毒。
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我們知道 T 細胞是人體中一種非常重要的白血球。在這些 T 細胞中,大約有六到七成表面帶有一個叫做「CD4」的輔助受體。CD4 會和另一個受體 TCR 一起合作,幫助 T 細胞辨識其他細胞表面的抗原片段,等於是 T 細胞用來辨認壞人的「探測器」。表面擁有 CD4 受體的淋巴球,就稱為 CD4 淋巴球。
麻煩的來了。 HIV 病毒反將一軍,竟然把 T 細胞的 CD4 探測器,當成了自己辨識獵物的「標記」。沒錯,對 HIV 病毒來說,免疫細胞就是它的獵物。HIV 的表面有一種叫做 gp120 的蛋白,會主動去抓住 T 細胞上的 CD4 受體。
而另一端的 Fc 區域則有兩個重要作用:一是延長融合蛋白在體內的存活時間;二是理論上能掛上「這裡有敵人!」的標籤,這種機制稱為抗體依賴性細胞毒殺(ADCC)或免疫吞噬作用(ADCP)。當免疫細胞的 Fc 受體與 Fc 區域結合,就能促使免疫細胞清除被黏住的病毒顆粒。
不過,這裡有個關鍵細節。
在實際設計中,CD4免疫黏附素的 Fc 片段通常會關閉「吸引免疫細胞」的這個技能。原因是:HIV 專門攻擊的就是免疫細胞本身,許多病毒甚至已經藏在 CD4 細胞裡。若 Fc 區域過於活躍,反而可能引發強烈的發炎反應,甚至讓免疫系統錯把帶有病毒碎片的健康細胞也一併攻擊,這樣副作用太大。因此,CD4 免疫黏附素的 Fc 區域會加入特定突變,讓它只保留延長藥物壽命的功能,而不會與淋巴球的 Fc 受體結合,以避免誘發免疫反應。
從 DNA 藍圖到生物積木:融合蛋白的設計巧思
融合蛋白雖然潛力強大,但要製造出來可一點都不簡單。它並不是用膠水把兩段蛋白質黏在一起就好。「融合」這件事,得從最根本的設計圖,也就是 DNA 序列就開始規劃。
我們體內的大部分蛋白質,都是細胞照著 DNA 上的指令一步步合成的。所以,如果科學家想把蛋白 A 和蛋白 B 接在一起,就得先把這兩段基因找出來,然後再「拼」成一段新的 DNA。
一九三〇年代,沃爾科特去世的四年後,劍橋大學最具影響力的古植物學家蘇厄德(Albert Charles Seward)決定加入辯論,卻在後來被古生物學家肖普夫(William Schopf)形容是「讓煮熟的鴨子飛了」。蘇厄德在史稱「隱藻化石爭議」的事件中嚴格審視前寒武紀化石證據,得出結論認為這完全是一廂情願,所謂的化石與現存物種之間沒有明顯關係,大型結構並未顯示出由較小細胞組成的特徵。