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天殺的月月!你的狼性呢?從 DNA 追尋狗勾起源!

寒波_96
・2021/02/24 ・4268字 ・閱讀時間約 8 分鐘 ・SR值 560 ・八年級

國小高年級科普文,素養閱讀就從今天就開始!!

狗是人類第一種馴化動物。考古學家花費許多心血想知道狗的起源,至今仍沒有肯定的答案。去年發表的研究由遺骸取得一批古狗 DNA,得知狗狗們早在一萬多年前,已經分化出 5 個遺傳支系。這篇論文非常熱門,排名 Altmetric 資料庫 2020 年的第 44 名。[1, 2, 3, 4, 5]

哈哈哈哈士奇。圖/取自 Husky dog is the best Comedian

超過一萬年前,世上已有 5 群狗狗

狗是由灰狼(Canis lupus)演變而來,有人認為狗只有一次起源,有人覺得不只一次。而地點也曖昧不明,歐洲、中東、東南亞、西伯利亞等地都有支持者(只能確定非洲和美洲可以排除)。

這項研究從歐洲、中東、西伯利亞多處的 27 個樣本取得 DNA,拼湊出古狗基因組,平均覆蓋率介於 0.1 到 11 之間,最古早的樣本年代為 10900 年前。

親戚關係上,論文發現歐洲、中東、西伯利亞、美洲這 4 個地區超過 7000 年前的狗,以及新幾內亞唱犬(New Guinea singing dog),可以定義出 5 個差異明確的遺傳分支。牠們自成一群,能追溯到同一支共同祖先,沒有和哪一群狼比較親近,與所有狼群都是平行關係。

古狗樣本們的取樣地點,親疏分析,親緣關係。圖/取自 [參考資料1]

族群分家後,累積出足以識別的遺傳差異需要一段時間。由此推論,狗最初馴化的年代超過一萬年,否則無法在距今一萬年前那個時候,已經分化成 5 個族群。地點則難以判斷,因為不同群狗狗在當時已經分別抵達各地,難以追溯最初的源頭。

要注意的是,遺傳上能追溯到同一個起源,不直接等於狗只被馴化一次。假如遺傳相似的不同族群,各自在不同地點馴化,如今也會由於牠們彼此 DNA 差異太少而難以分辨。

另外也不能排除的可能是:歷史上狗狗曾經被馴化過好幾次,至今已知的樣本中,卻沒能留下看得見的 DNA 紀錄。

各地狗狗們的遺傳組成。圖/取自 [參考資料1]

與人一同生活,被淘汰的狼性?

狗與狼分家不久,差異有限,彼此間仍然能生下後裔。藉由比對各地狗、狼的基因組,可以釐清發生過多少混血。

奇妙的是,世界各地的狼群,多半都能偵測到源於狗的 DNA;可是反過來,狗的基因組中都明顯缺乏來自狼的情慾流動(少數基因還是有的,例如藏獒的 EPAS1)。論文提到一點猜測是:遺傳交流獲得「狼性」的狗,都被人類放棄了。

狗和智人一同生活,人類移民的時候,共生的狗狗很可能也跟著遷徙。狗的遷徙路線和智人是否相似呢?

分析結果是,有些時候是直接的關係,例如新石器時代的農夫由中東移民歐洲時,中東狗的血緣也跟著進入歐洲。但是有時候則沒有關係,如青銅時代,草原人的 DNA 大量進入歐洲時,草原狗卻沒有。

一些狗群的遷徙路線與年代。圖/取自 [參考資料1]

另一點有趣的發現是,有些狗與人在遺傳交流的方向類似,年代卻明顯有別。例如遺傳上,歐洲人與美洲原住民更親近,和東亞人比較疏遠。歐亞大陸北方的遺傳交流,美洲原住民的祖先還在東北亞時,先融合西方血緣,後移民美洲,應該是造成此一現象的主因。

同樣的,歐洲狗也更接近西伯利亞與美洲原住狗,比較不像歐亞大陸東南方海外的新幾內亞唱犬、澳洲野犬(dingo)。過程仍不清楚,想來狗狗交流 DNA 的年代應該比人類晚一段時間,卻產生也類似的結果。

至於非洲的狗和中東古狗最接近,應該是源自其東北方的中東。但是中東的黎凡特地區的狗,遺傳上也經過明顯的變化,後來多出源自歐洲與伊朗的祖源,果然是自古以來交流頻繁之地。

這篇論文篇幅不長,不過內容豐富、圖示精美,回答的問題也很有學術價值,成為去年的熱門研究之一。它提供最關鍵的訊息是:狗在一萬多年前已經同時存在 5 個遺傳支系,因此狗最初馴化的年代,還要更早好幾千年。

美國的伊利諾州,出土一萬年前狗的遺骸,不同狗型態有別,其中一位類似如今的英國蹲獵犬(English Setter)。圖/取自 Country Life

發源於2萬多年前的西伯利亞?

狗狗馴化具體的時間、地點仍然成謎。今年新發表的一項研究,卻直接推測是 2 萬多年前的西伯利亞。主導這項研究的是杜倫大學(Durham University)的 Angela R. Perri 博士,長期鑽研古狗研究的她掌握哪些證據,才勇於大膽假設呢?[6, 7, 8]

比較沒有疑問的是,遺傳學估計狗與灰狼分家 4 萬年左右,因此馴化時刻不會超過 4 萬年。狗不與特定狼群更加親近,意謂當初有成員馴化為狗的那一群狼已經滅團。狗狗型態明確的最早化石距今 1.5 萬年,馴化的時刻顯然更早。

重要的線索存在美洲。美洲最早的狗至少超過一萬年,無疑是當年隨著智人一起移民。牠們獨自傳承一萬多年,卻在歐洲人幾百年前抵達以後,幾乎完全滅團。所幸抽取古代DNA 的技術成熟後,有不少美洲古狗被順利定序。

上圖是狗狗粒線體的親緣關係。下圖是人類族群間的親緣關係。圖/取自 [參考資料6]

冰河時期在北國,邊緣人遇見邊緣狼?

狗的粒線體單倍型可分為 4 大群:A、B、C、D。 北極區以外的美洲古狗皆屬於 A2b,其旗下有 A2b1、A2b2、A2b3、A2b4,共同祖先能追溯到 1.5 萬年前;A2b 和 A2a 則是 1.64 萬年前。再更往前追溯,則是 2.28 萬年前和 A1b 分家。

由此看來,美洲古狗和西伯利亞的同類是在 1.64 萬年前分家。不過狗(或介於狼與狗半路上的半馴化狗)尚未分家的共同祖先時期,應該超過 2 萬年。

各地狗狗的粒線體型號。圖/取自 [參考資料6]

綜合起來的推論是:2 萬多年前的西伯利亞為馴化起源地。當時冰河時期謀生不易,酷寒中的邊緣人碰見邊緣狼,兩者接觸機會不少,互助對雙方皆有利,便漸漸發展出合作關係。最初的狗狗在西伯利亞誕生以後,隨著美洲移民進入美洲。也往另一個方向傳入歐洲,還有其他地區。

此一劇本假設只有馴化一次,符合已知的遺傳證據,以及超過一萬年前,歐洲、中東、美洲皆已有狗的考古記錄。儘管證據不是那麼充分,依舊值得參考。

馴化為狗的古狼群,仍待追尋

狗衍生於狼,不了解狼的演化史,便不可能釐清狗的起源。去年發表的兩篇論文,總共由西伯利亞東部取得 6 個古狼基因組,最早距今超過 5 萬年,最晚的 1.41 萬年前。[9, 10]

和其餘研究的遺傳學分析一樣,馴化狗皆自成一群,與歐亞大陸的灰狼最接近。根據已知的樣本,西伯利亞的古狼們可以視為同一個遺傳族群,現在已經滅團,只剩下微薄的血脈殘存在某些灰狼族群中。因此這群西伯利亞古狼,和馴化狗之間應該沒有直接關係。

西伯利亞 6 位古狼、現代灰狼,和狗的親戚關係。圖/取自 [參考資料10]

去年另一研究分析古狼的粒線體 DNA,認為冰河時期結束後,各地區原本的狼,至少母系都消失了;如今各地的狼是又從白令(美洲與亞洲之間,冰河時期是陸地)起家,再移民到各地的。[11]

綜合已知情報,會發現一件奇妙的事。西伯利亞可能是狗的起源地,以及冰河時期之後,歐亞大陸各地灰狼的遺傳源頭。然而此一區域至今取得的古狼樣本,與現在的狼和狗,關係卻相當薄弱。

不論上述劇本幾分屬實,馴化為狗的古狼群仍待追尋。

延伸閱讀

參考資料

  1. Bergström, A., Frantz, L., Schmidt, R., Ersmark, E., Lebrasseur, O., Girdland-Flink, L., … & Skoglund, P. (2020). Origins and genetic legacy of prehistoric dogs. Science, 370(6516), 557-564.
  2. Of dogs and men
  3. Study of ancient dog DNA traces canine diversity to the Ice Age
  4. Ancient dog DNA reveals 11,000 years of canine evolution
  5. How dogs tracked their humans across the ancient world
  6. Perri, A. R., Feuerborn, T. R., Frantz, L. A., Larson, G., Malhi, R. S., Meltzer, D. J., & Witt, K. E. (2021). Dog domestication and the dual dispersal of people and dogs into the Americas. Proceedings of the National Academy of Sciences, 118(6).
  7. First people to enter the Americas likely did so with their dogs
  8. Ice age Siberian hunters may have domesticated dogs 23,000 years ago  
  9. Sinding, M. H. S., Gopalakrishnan, S., Ramos-Madrigal, J., de Manuel, M., Pitulko, V. V., Kuderna, L., … & Gilbert, M. T. P. (2020). Arctic-adapted dogs emerged at the Pleistocene–Holocene transition. Science, 368(6498), 1495-1499.
  10. Ramos-Madrigal, J., Sinding, M. H. S., Carøe, C., Mak, S. S., Niemann, J., Castruita, J. A. S., … & Gopalakrishnan, S. (2020). Genomes of Pleistocene Siberian wolves uncover multiple extinct wolf lineages. Current Biology.
  11. Loog, L., Thalmann, O., Sinding, M. H. S., Schuenemann, V. J., Perri, A., Germonpré, M., … & Manica, A. (2020). Ancient DNA suggests modern wolves trace their origin to a Late Pleistocene expansion from Beringia. Molecular ecology, 29(9), 1596-1610.

本文亦刊載於作者部落格《盲眼的尼安德塔石匠》暨其 facebook 同名專頁

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寒波_96
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生命科學碩士、文學與電影愛好者、戳樂黨員,主要興趣為演化,希望把好東西介紹給大家。部落格《盲眼的尼安德塔石器匠》、同名粉絲團《盲眼的尼安德塔石器匠》。

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貝多芬頭髮保存 DNA,讓台灣人肝同身受
寒波_96
・2023/04/26 ・2722字 ・閱讀時間約 5 分鐘

國小高年級科普文,素養閱讀就從今天就開始!!

貝多芬,是歷史上最知名的音樂家之一。2023 年問世的論文報告貝多芬的基因組,得知他有肝硬化的遺傳高風險,另外還感染 B 型肝炎病毒,令台灣人肝同身受。

符合一般人心目中貝多芬形象的畫像。圖/GL Archive/Alamy

貝多芬留下很多頭髮,哪些是真的?

貝多芬在公元 1770 年 12 月 16 日出生,1827 年 3 月 26 日去世。他在生前就非常知名,去世後名聲歷久不衰,相關研究很多,這項研究從遺傳學切入,獲得寶貴的新觀點。

貝多芬去世後留下一些遺物,但是不見得是真品。這項研究由 8 份獨立收藏的頭髮抽取 DNA,據說源自貝多芬不同年紀留下的頭髮。

8 份樣本,有 1 份「Kessler」的 DNA 含量不足,其餘 7 份足夠分析。5 份長期由不同人保存,遺傳訊息卻完全一致,應該就是貝多芬本人的。其餘 2 份看來分屬沒有關係的 2 個人,顯然不是貝多芬的頭毛。

很可能來自貝多芬的 5 份頭髮。圖/參考資料1

值得一提的是,「Hiller」頭毛之前檢驗出重金屬,有人藉此提出貝多芬去世前健康惡化,和重金屬中毒有關。但是這回得知這根本不是貝多芬的頭髮,推翻此一論點。

貝多芬的Y染色體,有點謎

從 5 個獨立來源獲得的古代 DNA,能拼湊出完整的基因組,覆蓋率高達 24。遺傳上看來是一位歐洲中部的男生,血緣上沒有特殊之處。Y 染色體型號為 I1a-Z139,也是歐洲的常見型號。

由不同頭髮中取樣拼湊而成的基因組,幾乎可以確認來自貝多芬本人。然而,和貝多芬家族如今的親戚比對,Y 染色體卻不一樣。

貝多芬整個基因組看來,與如今歐洲中部的人群最相似。圖/參考資料1

音樂家貝多芬在 1770 年出生,名字為 Ludwig van Beethoven。歷史可考有一位 1535 年出生、1609 年去世的祖先 Aert van Beethoven,比他更早好幾代,並且有男性後裔流傳至今。

歐洲的姓是父系傳承,Y 染色體也是;所以同姓的人 Y 染色體應該類似,只有歷代突變累積的少數差異。然而比對發現,如今五位貝多芬的 Y 染色體皆為 R-FT446200,和音樂家貝多芬不同。

如果歷史記載正確,這五位應該都是 Aert 的直系後裔。論文推測,從 Aert 到音樂家貝多芬的兩百多年間,或許發生過某些缺乏紀錄的事。

另一方面,貝多芬類似款式的 Y 染色體,如今依然存在,而且在歐洲人資料庫中可以搜尋到 5 款,估計共同祖先能追溯到一千年前。奇妙的是,五群人的姓氏都不一樣,而且都沒有人姓貝多芬。

如今姓貝多芬的人,Y 染色體都和音樂家貝多芬不一樣。Y 染色體和音樂家貝多芬一樣的人,都不姓貝多芬。圖/參考資料1

爆肝的遺傳風險

有很明確的記載指出,貝多芬 56 歲去世前便長期健康欠佳,有腸道和肝的毛病。另外聽力問題也很出名,身為史上一流音樂家,貝多芬的聽覺竟然從 20 多歲起逐漸退化,去世前聽力極差,原因成謎。

這些問題和遺傳有關嗎?人類遺傳學研究已經找到不少與疾病、健康有關的風險因子,檢查發現,聽力與腸道方面的毛病,貝多芬沒有配備哪些 DNA 變異明顯有關,後天因素的影響也許更大。

貝多芬的肝實際上大有問題,遺傳上看來,幾處基因上也具備高風險的變異。純以 DNA 來說有酗酒傾向,而他晚年確實會酗酒。

不過風險最明確的是 PNPLA3 基因,貝多芬在此基因 rs738409 位置,配備的一對變異與「肝硬化」高度相關,也就是先天上,肝硬化的機率更高。

貝多芬去世前留下的「Stumpff」頭髮,其中存在 B 型肝炎病毒的 DNA 片段。頭毛中竟然可以抓到 B 型肝炎病毒,奇怪的知識增加惹!圖/參考資料1

最終命運:肝硬化×酗酒×B型肝炎?

另一很難想像的發現是,貝多芬去世前不久留下的「Stumpff」頭髮中,偵測到 B 型肝炎病毒的 DNA 片段。

儘管出乎意料,最近確實有研究報告,在病患的頭髮中檢驗到 B 肝病毒。因此頭髮中的病毒 DNA 或許不是後人汙染,而真的是曾經感染貝多芬的病毒。

B 肝病毒有很多款,貝多芬感染的型號是歐洲常見款式 D2。他在 1827 年 3 月去世,留下這些頭髮的日期則早於 1826 年冬天,由此可知去世前幾個月,貝多芬正在感染 B 型肝炎。

即使體內有 B 肝病毒,也不見得能在頭髮中偵測到,所以更早留下的頭髮中沒有病毒,不等於他當時沒有感染。貝多芬也有可能是長期感染的慢性帶原者。

無人不知的貝多芬,我們懷念他。圖/小賈斯汀 VS 貝多芬 – 經典饒舌爭霸戰 #6(正體中文)

貝多芬中年起健康明顯走下坡,去世前幾年或許同時受到肝硬化、酗酒、B 型肝炎的夾擊,才會導致嚴重的肝病問題。

歷史記載 1826 年 12 月時,貝多芬出現黃疸、四肢腫脹,很像肝功能衰竭的症狀。他就此臥床,直到長眠。

貝多芬,我們懷念他。大家也要注意健康,小心肝。

延伸閱讀

參考資料

  1. Begg, T. J. A., Schmidt, A., Kocher, A., Larmuseau, M. H., Runfeldt, G., Maier, P. A., … & Krause, J. (2023). Genomic analyses of hair from Ludwig van Beethoven. Current Biology.
  2. Beethoven’s cause of death revealed from locks of hair

本文亦刊載於作者部落格《盲眼的尼安德塔石匠》暨其 facebook 同名專頁

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用數學看見微觀的生物演變!深研分子演化學 50 年的巴仁獎得主——李文雄專訪
研之有物│中央研究院_96
・2023/04/20 ・7970字 ・閱讀時間約 16 分鐘

國小高年級科普文,素養閱讀就從今天就開始!!

本文轉載自中央研究院「研之有物」,為「中研院廣告」

  • 採訪撰文/寒波
  • 責任編輯/簡克志
  • 美術設計/蔡宛潔

80 歲高壽的分子演化學家

您知道中央研究院有位相當低調的遺傳演化學大師嗎?此人開創了許多分子演化的數學分析方法,他就是生物多樣性研究中心的特聘研究員李文雄院士!數學是李文雄用來描述生物演化的工具,用 DNA 序列計算分子時鐘是他的重要貢獻。至今 80 歲高壽的李院士,是國內唯一獲得巴仁獎榮譽的得主,不僅培育眾多學生,並且依然在最前線探索未知。中研院「研之有物」專訪李文雄,邀請他分享在美國與臺灣的學研經歷及主要研究成果。

李文雄院士開創了許多分子演化領域的數學分析方法,對遺傳及演化學的發展影響甚遠。圖/研之有物

用數學在演化生物學領域開疆拓土

李文雄身為世界首屈一指的分子演化學家,也是經典教科書的作者,學分子演化的人肯定讀過他的書或論文。不過讓年輕學子們驚訝的是他大學就讀的科系,其實和生物及數學沒有直接關係,而是中原理工學院(中原大學前身)土木系。

李文雄表示,當年資訊閉塞,他像同學一樣照著聯考分數填志願,就這麼進了土木系。讀到大二接觸專業科目後,確認土木不是想要念的學門,便考慮投入數學或物理領域,又以數學比較得心應手。可惜他沒有考上數學碩士班,倒是考進了中央大學地球物理研究所。拿到碩士之後,李文雄更加確定比起物理,自己更適合念數學。

早年臺灣的進修資源很有限,李文雄選擇赴美深造,就讀布朗大學的應用數學博士班。當構思論文題目時,他想要找一個還沒有人用數學深入探討的領域,以便發揮所長。那時日本出身的遺傳學家根井正利(Masatoshi Nei)正好轉到布朗大學生物系授業,李文雄與他討論後,決定帶著數學專長投入尚待開拓的生物學,就此開啟 50 年輝煌的研究生涯。

李文雄在博士班前的求學之路,可以說比其他人多走了好幾步,但也練就了深思熟慮的精準眼光,「Make right choice!」是他學到最重要的能力。用數學來探討生物學,即為他一生最好的抉擇之一。

轉換跑道到生物學,李文雄幾乎沒有遇到太多困難,即使他是在博二暑假才開始學遺傳學,但數學好的人在群體遺傳學領域有些優勢,他受到師長賞識,只花費兩年就完成博士論文,再經歷一年威斯康辛大學麥迪遜分校的博士後研究,1973 年李文雄便前往德州大學休斯頓分校擔任助理教授,因為恩師根井正利在一年前已搬去那裏。

李文雄的恩師根井正利,國際知名分子演化學家,2013 年獲得日本京都獎。圖片為日本京都獎專訪片段。(Photo courtesy of The Inamori Foundation)資料來源/Kyoto Prize

「分子演化」探討微觀的生物演變

分子演化(molecular evolution)和我們一般認知的演化有什麼不同?生物以 DNA 承載遺傳訊息,基因又會產生蛋白質。分子演化學簡單說來,是以 DNA、蛋白質這類遺傳資訊探討生物隨時間演變的學問。

分子演化學在 1960、1970 年代,木村資生(Kimura Motoo)、威爾森(Allan Wilson)等前輩主要是以蛋白質序列作材料,由於蛋白質定序很慢成本也高,李文雄並沒有跟風投入研究。直到後來桑格(Sanger)的 DNA 定序方法 1977 年問世後,陸續有 DNA 資料發表,李文雄認為時機已到,便全心擁抱分子演化學的新天地,大獲成功,成為引領潮流的先驅者。

李文雄開始研究分子演化時已經有電腦,但當時還是卡片打孔的時代,計算過程相當繁複,不像現在有各種套裝軟體可以做數學統計分析。值得一提的是,今日相當受歡迎的分析軟體「MEGA」(Molecular Evolutionary Genetics Analysis),便是恩師根井正利與弟子們一起開發而成的。

在詳細講分子演化之前,我們還是先來複習一下遺傳學吧!

DNA、DNA 密碼子與氨基酸的對應案例。圖/研之有物(資料來源/Wikipedia

基因編碼以三個核苷酸為一組密碼子,並對應一個氨基酸(蛋白質的基本單位)。DNA 有 A、T、C、G 四種核苷酸,可以形成 64 種組合,而氨基酸只有 20 種,所以有些氨基酸對應兩種以上密碼子。

因此改變 DNA 的核苷酸,有時候不會改變氨基酸,此時稱為同義突變(synonymous mutation);有時候會改變氨基酸,此時稱為非同義突變(nonsynonymous mutation)。比較 DNA 序列和胺基酸序列變與不變之比例,就能大約估計天擇力量的影響,推測天擇是傾向去除突變還是選擇突變。這是分子演化常見的分析之一,李文雄的實驗室開發了數個被廣泛應用的分析方法。

在分子演化興起前,不同生物間的親疏關係,可以透過生物形態的相似程度建構演化樹,但形態資料很有限。比較生物 DNA 或蛋白質的資料,可以細緻地釐清物種間的親緣關係,對分類學的貢獻很大。

比方說早期演化學家會比較一群鳥類的嘴喙特徵,兩種鳥喙的形態差異較小,便代表其親緣關係較近;而分子演化學家則是比較這群鳥類的 DNA 或蛋白質序列的差異,更能釐清彼此的親緣關係。

形態是巨觀的,分子是微觀的。但我們也可以說每一處 DNA 或氨基酸位置都相當於一種形態。分子資料通常更容易取得,可提供比較的特徵數量也比形態還多很多,更容易計算。

現今探討親緣關係,最好能考慮不同材料,有多重證據的支持,因此分子演化的分析方法就相當重要。李文雄在親緣樹建構及統計評估的方法上有重要貢獻。

李文雄回憶,他的好朋友古德曼(Morris Goodman)當初便靠著分子生物學的方法,釐清人類和黑猩猩(chimpanzee)的遺傳親緣關係,要比和大猩猩(gorilla)更近,解決了爭議了數十年的「大猩猩—黑猩猩—人類的三角問題」,是一大貢獻。

大師傳承的軌跡:中性演化和分子時鐘

今日分子演化之所以和 50 年前有很大差別,其中就有來自李文雄的重要貢獻。李文雄建立了數學方法讓「分子時鐘」(molecular clock)理論得以實際應用至生物演化的分析。

分子時鐘的概念是:DNA(或蛋白質)序列的演化以等速進行。如果這個假設成立,則透過兩個物種之間 DNA 序列的差異,就可以估計分化的時間。也就是以分子的變化量為時鐘來計算這兩個物種分離後時間的流逝。

之所以可以這樣假設的基礎,是生物在一代代傳承下,由於突變之故,遺傳序列不斷累積新的變化,稱為「取代」(substitution);而取代的數量正比於世代數,例如每一代新增 5 處取代,差異 50 處便可回推經過 10 代。

分子時鐘的示意圖,DNA 序列的變化量正比於世代數。假設每條 DNA 序列花費 2500 年取代一個鹼基,圖中兩個現代物種的 DNA 相差四個鹼基,我們可以估計這兩個物種的演化時間相差一萬年,而共同祖先至少生活於 5000 年前。圖/研之有物(資料來源/University of California Museum of Paleontology

然而,這假設與傳統達爾文的天擇概念有很大的出入;因為分子時鐘這樣假設的意思就是說:大部分突變不會影響天擇,對生存競爭的影響可謂中性(neutral)。上述觀點也就是根井正利和李文雄的前輩:木村資生提出的「中性演化理論」。

木村資生認為,大多數遺傳分子的改變未必和天擇有關,個體間的遺傳多樣性往往是隨機變化的結果。當初這個論點引發很大爭議,後來又經過許多改版與補充,如今中性演化的觀點已被許多學者接受,分子層次的遺傳變異,常常不影響其天擇;新突變取代舊的遺傳訊息,未必是因為其有利於生存競爭,也常常只是運氣好而已。

中性演化理論提供了分子時鐘的理論基礎,帶來許多突破。例如受到注目的智人(Homo sapiens)起源問題,於 1980 年代根據各地人群間的遺傳差異程度,判斷歐亞人與非洲人分家只有數萬年,而非多地智人起源論主張的上百萬年,這便是「單地起源,智人出非洲說」的有力證據。

李文雄自己在 2000 年代初期也指導博士生陳豐奇(現職為臺灣國家衛生研究院的研究員),比較人類與人猿非編碼區的 DNA 序列,便估計出人類與黑猩猩分家約 600-700 萬年。

李文雄院士證明分子時鐘的運行速度和世代長短有關,世代愈短,演化速度愈快。圖/研之有物

李文雄在 1980 年代的一關鍵貢獻就是,率先用 DNA 序列評估分子時鐘的正確性,發現取代的速度並非等速。他證明分子時鐘運行的速度和世代長短有關:世代愈短,時鐘愈快。例如大鼠、小鼠的世代比人類的世代短得多,而牠們之間演化的速度,也是人類與人猿間的大約 5 倍。此一發現有助於更準確地估計兩個物種間的分家時間。

李文雄另一重大發現是,同一物種的兩性之間,生殖細胞的突變速度可能不一樣,男比女快。這在生物學上的理由是:生殖細胞的複製及分裂次數不同。女生的卵在出生前便已儲備好了,而男生的精子則是一輩子持續複製,所以男生生殖細胞的突變速率比女生快。

關於同一物種的性別演化差異,李文雄表示這是前輩霍爾丹(J. B. S. Haldane)提出的觀點。李文雄設計好 DNA 定序區間及物種,產生適合材料,於是就驗證了此假說。雖然講起來雲淡風輕,但若讀者了解遺傳學發展史應該會深受震撼,因為霍爾丹正是奠定族群遺傳學的三大名家之一,從霍爾丹到李文雄,我們可以看見大師傳承的軌跡。

遺傳與演化學最高榮譽:巴仁獎

靠著數學和分子生物學的分析,李文雄解決了許多演化生物學的難題。比如,他在 1991 年就以很有限的人類 DNA 序列資料,預估人類的 DNA 多樣性低於 0.1%,比果蠅的低不少,十年後大量的資料證明他的預估是正確的!還有,在 2001 年當黑猩猩的基因體資料還很有限時,他就預估出人類與黑猩猩的基因體相差只有 1.2%,這個預估引起很大的震撼,因為人類與黑猩猩看起來很不一樣,但當黑猩猩的基因體於 2005 年發表時,得到的答案與李文雄的預估完全一樣!

承上,李文雄陸續受到各界肯定,他於 1998 年被挖角到芝加哥大學擔任 George Beadle 講座教授(Beadle 為一位諾貝爾獎得主),並當選中研院院士。2003 年更獲得兩項重大榮譽:美國國家科學院院士和巴仁獎(Balzan Prize for Genetics and Evolution)。

要成為美國國家科學院的院士並不容易,對學者而言是極大的榮譽。例如:以中研院為例,最近的三任院長廖俊智、翁啟惠、李遠哲;以及超導物理學家吳茂昆、公衛學家陳建仁、經濟學家朱敬一、植物學家蔡宜芳等,每一位都是該領域世界級科學家。

獲頒巴仁獎則更為難得,李文雄是史上第三位得獎的遺傳與演化學家,也是第一位亞洲出身的巴仁獎得主。巴仁獎從 1978 年以來獎勵人文、哲學、物理科學、生物科學,或促進和平的傑出人士或組織。對演化學家來說,巴仁獎就是遺傳與演化學的最高榮譽。

李文雄在 2003 年獲得遺傳與演化學最高榮譽:巴仁獎。(Courtesy of The Balzan Prize)圖/李文雄

李文雄獲得巴仁獎時的引文如下:

「李文雄對分子演化做出了許多基礎性的貢獻。他開發並應用了數學技術來解決非常廣泛的問題,他的方法是屬於該領域最常用的方法。

隨著 1980 年代以來 DNA 序列數據的爆炸式增長,李文雄一直是通過比較 DNA 序列來推斷演化關係的方法的設計師。他在建立估計演化樹的準確程度和可以放在其中的統計置信度的方法方面特別有影響力。

以往解釋 DNA 數據的一個關鍵假設是 DNA序列的變化在演化時間上以恆定速率進行(所謂的分子時鐘)。該假設常被用於估算譜系分歧的時間。1980 年代,李文雄第一個證明分子時鐘的運行速度取決於世代的長短:世代越短,時鐘越快。因此,時鐘在大鼠和小鼠之間的演化速度是猴子和人類之間的演化速度的五倍。這一發現有助於更好地估計兩物種的分歧時間。

李文雄在證明 DNA的突變率在男性生殖細胞高於女性生殖細胞的工作也很有影響力。他已經在包括人類在內的高等靈長類動物以及囓齒動物證明了這一點。

除了開創性研究外,李文雄還在分子演化領域的教育上 扮演一核心人物。他的書被認為是該領域的權威。」

在獲得巴仁獎的遺傳及演化學家之中,第一位為 1984 年得獎的萊特(Sewall Wright,美國人),與前述提及的霍爾丹,同為族群遺傳學三大開創者之一;第二位則是 1991 年英國的梅納德史密斯(John Maynard Smith),再來就是 2003 年的李文雄。生物科學包含那麼多領域,遺傳及演化大約十年才得獎一次,讓李文雄覺得這項肯定十分難得。

李文雄的成就受到芝加哥大學的肯定,在 2004 年為他設立 James Watson 講座教授(Watson 以雙螺旋 DNA 模型得諾貝爾獎,是一家喻戶曉的名字),並提供研究資源。然而,過了四年之後,李文雄決定回到臺灣,提攜後進。

回歸臺灣,培育後進

2008 年,李文雄終於回到這塊多年成長的土地,擔任中研院生物多樣性研究中心的主任。除了自己的研究外,他特別重視兩件事:首先是和臺灣師範大學合辦「生物多樣性國際研究生博士學位學程」,在臺灣本土培育新生代的研究人員。

再來他號召成立「臺灣演化與計算生物學會」,成立的初衷是因為李文雄覺得臺灣研究演化的人不多,希望讓演化、生物資訊領域的人集中起來交流,尤其是讓年輕的研究者有練習發表的舞台,增加被認識的機會。擔任兩屆理事長後,李文雄交棒給臺灣大學的丁照棣教授,以及陽明交通大學的黃宣誠教授。

學會在李文雄奠定的基礎上持續前進,2012 年開始年年舉辦國際研討會,除了邀請外國學者參加,也會特別安排新進學者演講的場次,至於博士生、博士後,則設有專屬的口說與壁報比賽。另外為了兼善臺灣各地,年會舉辦的地點一年在臺北,另一年在臺北以外輪流,包括高雄、臺南、臺中、苗栗等地,展現兼顧不同區域的用心。

李文雄也鼓勵大家,多參加不同的研討會與加入學會。獲取新知對做研究的人相當重要,參加活動多看多聽多交流,都是寶貴的機會,不只能增加知識,有時候也能獲得他人幫助,有助於自己的研究。

回到臺灣以後,李文雄除了指導學生,本人依然站在研究的第一線,而且兼顧學術與應用的方向,合作對象眾多,議題包括鳥類羽毛的發育演化、微生物固氮作用的起源與演化,還有開發 C4 水稻(水稻是 C3 植物,希望能改造為光合效率更好的 C4 型態)等等。

近期值得一提的是,李文雄與合作團隊發表在分子演化頂級期刊《Molecular Biology and Evolution》的研究。他們探討新冠病毒棘蛋白(spike protein)的受體蛋白 ACE2 的演化,發現一些非人類的靈長類動物,有大量降低親和力的 ACE2 突變,讓這些猴子的 ACE2 不容易和病毒的棘蛋白結合,因此對病毒有很強的抵抗力。又發現有少數人的 ACE2 也帶有會抵抗病毒的突變。李文雄也說,如果人類與舊世界猴子的共同祖先的 ACE2 沒有突變成與棘蛋白更容易結合的話,也許新冠病毒就不會造成全球大流行,或是病毒的危害不至於那麼廣、那麼深!

李文雄與合作團隊分析了靈長類動物的 ACE2 的演化,ACE2 是新冠病毒感染宿主的結合受器。研究顯示,左側的舊世界猴子(獼猴、大猩猩、長尾猴)和人類一樣容易感染新冠病毒,右側的眼鏡猴與兩種新世界猴子(松鼠猴、金絨猴)則對新冠病毒具有很強的抵抗力。圖/研之有物(資料來源/中研院生多中心)

勇於追求「跨領域」研究,尋找新鮮的問題

李文雄入行 50 餘年一直活躍在第一線,作為參與者和見證人,最有資格回答「分子演化學在過去和現在有什麼不同?」。他表示,以前容易找到重要的題目,但是取得資料的速度很慢。現在隨著分子生物學及資訊科學技術的進步,比較容易取得大量資料,資料多就容易找到題目,寫論文不難,內容也會比較豐富。可是期刊的要求也變高,而且比較不容易找到新鮮的議題,如今剩下的題目,多半是舊題目的延伸,或是難度很高。還好,現在科技發展迅速,目前的難題也許在不久的將來,就可以解決!

李文雄還是如年輕時一般,善於尋覓突破機會。像是微生物的固氮作用,無疑是重要的問題,氮是所有生物的必要元素,但只有非常少數的微生物可以固氮!可是從前卻少有演化學者研究這個問題,這就會成為好的題材。

另一方面隨著技術進步,以前難如登天的問題,現在也可能有機會解答。上面提到人類與黑猩猩的 DNA 分歧只有 1.2%,但兩者間的差異除了非編碼區外,也有很多來自基因調控不同的區域,尤其是腦部發育。過去這幾乎是不可能探索的議題,如今難度雖大,卻是有希望解決的難題。總之,在李文雄的視角中,一直都有新鮮的問題。

科學隨著歲月累積,現在入行的新人,必須先具備的知識遠超過李文雄當年,必須勇於追求「跨領域」研究。李文雄建議大家,不論時代如何改變,都要確認自己的喜好與專長,才能有計劃地學習和投入。李文雄以自己為例,他不會做實驗,但為了解決他很感興趣的生物問題,他設立一分子生物學實驗室,拿到了很多實驗資料,進而解決了不少演化難題!

讓李文雄院士印象最深刻的研究是⋯⋯

演化生物學時常有驚奇的新發現。身為世界級的演化大師,李文雄漫長的研究生涯中,對哪件科學發現的印象最深刻呢?

答案十分有趣,竟然是「河馬是鯨魚和海豚最親近的親戚」!

鯨魚、海豚是由陸地回到海洋生活的哺乳類,很難想像牠們在演化樹上的位置很相近。然而,透過 DNA 分子的比對,演化學者發現在現存動物中,鯨豚最接近偶蹄目的河馬。

鯨豚與偶蹄類的親緣關係,偶蹄類動物中的河馬和鯨豚最為相近。圖/研之有物(資料來源/Systematic BiologyWikipedia

此外,李文雄認為黑猩猩與人類的差異也相當有趣!威爾森(Allan Wilson)在 1970 年代發現黑猩猩與人類的蛋白序列幾乎相同,雖然它們在外觀與行為上有很大的不同,所以威爾森認為基因調控的演化是造成黑猩猩與人類有不同外觀和行為的主要原因,但到底是哪些基因調控上的不同,至今還是個謎!

最後,李文雄對非洲維多利亞湖(Lake Victoria)慈鯛魚(cichlids)的大量種化現象,也感到非常的奧妙,為什麼在同一個湖泊裡可以演化出這麼多慈鯛魚物種呢?!

投身科學研究 50 多年,取得一項又一項重大成果,李文雄依然由衷保持對新知識的好奇與樂趣。

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研之有物│中央研究院_96
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演化作祟的痛覺機制:由大腦「下行」傳遞的過程,製造出人體天然的止痛劑——《超級感官》
天下文化_96
・2023/04/19 ・1816字 ・閱讀時間約 3 分鐘

國小高年級科普文,素養閱讀就從今天就開始!!
  • 艾瑪.楊恩(Emma Young)/著
  • 鄧子衿/譯

從痛覺受器傳出的損傷訊息「往上」傳遞到腦中痛覺相關部位的途徑,稱為「上行途徑」。但是光由這個途徑傳來的訊息,還不足以決定受到拍打、膝蓋紅腫或甚至子彈擊傷會有多痛。從腦部「往下」傳遞的訊息,能夠影響我們感覺到的疼痛有多深,以及疼痛是否會造成困擾。

感受不到的痛覺

著名的探險家兼反奴隸倡議家李文斯頓(David Livingstone)於 1843 年,在南非馬柏薩的美麗谷地設置了傳教所。他在《南非傳教之旅與探究》中寫道:「這裡發生了一件我在英國經常被問到的事情,如果不是朋友的懇求,我本來打算在老的時候才告訴我的孩子 ⋯⋯」

有群獅子一直攻擊牛隻,李文斯頓答應幫助當地人殺一兩頭獅子,希望其他獅子會嚇跑。他成功的射中一頭公獅,「我好好瞄準了牠的身體,開了兩槍。」但是那頭獅子沒有死。李文斯頓在填裝子彈要再次射擊時,聽到有人大叫,

我朝四周看了看,發現那頭獅子正朝我撲過來⋯⋯壓制住我的肩膀,我們同時都跌到了地上。牠就像是梗犬搖著老鼠,靠近我的耳朵,非常恐怖。這個衝擊讓我產生恍惚感⋯⋯像是在夢中,我感覺不到疼痛或是恐懼,不過我能清楚感覺當下發生的一切。那就像是受到氯仿影響的病人所描述的:看到了整個動手術的過程,但是沒有感覺到手術刀。

雖然李文斯頓的骨頭被「壓成碎片」,而且獅子在他的上臂留下了多達十一個齒痕,但是李文斯頓沒有感覺到疼痛,他接著描述說:「仁善的造物主,很慈悲的做好了準備,讓致死的疼痛減輕。」

如何才能幫助生存?

不只李文斯頓有這樣的經驗,一些戰場上發生的故事也能夠證明:身體受到傷害的部位中,傷害感測器瘋狂傳遞出訊息,但是人卻沒有感覺到疼痛。

一些戰場上發生的故事也能夠證明:身體受到傷害的部位中,傷害感測器瘋狂傳遞出訊息,但是人卻沒有感覺到疼痛。圖/envatoelements

不論如何,李文斯頓的解釋是完全不可能的。比較可能的是,當他的性命在危急之時,擾人的疼痛可能會阻止他做出任何有助於生存的事情,因此痛覺遭到腦部忽視或壓抑。(後來,另一個人射了獅子,獅子就跑去咬那個人了。這毫無疑問是有可能的,因為獅子的痛覺也受到壓抑了,但後來還是傷重而死。)

疼痛演化出來的目的,是讓自己遠離危險,並且從事有助於痊癒的行為,例如休息並且忍住不去使用受傷的部位,還有因此學到教訓。

不過感覺到疼痛,不一定就是好事。所以,倫敦大學學院的感覺神經科學家伊奈提(Giandomenico Iannetti)指出:「我們需要減緩疼痛,而且我們有減緩疼痛的方法。」但是伊奈提也說,如果是急性疼痛,「通常你感覺到的是對你有幫助的感覺。」 

人體的天然止痛劑

許多人或許都有過受傷(比如車禍或跌倒)時,剛開始感覺不到疼痛的經驗。這是因為大腦的保護機制,確保擾人的疼痛不會阻止人體做出任何有助於生存的事情,因此痛覺遭到腦部忽視或壓抑。圖/envatoelements

有許多不同的方式能夠影響你的感覺。人類的身體能夠製造止痛劑。傷害感測器傳來的訊息,就會引發各種抑制疼痛的化合物釋放出來,包括腦內啡(endorphin)腦克啡(enkephalin),這些是體內生成的類鴉片成分,能夠與 μ 類鴉片受體結合,而減緩疼痛。同時,大麻素(cannabinoid)也會釋放出來。 

2019年,一位蘇格蘭女性席捲了媒體頭條,因為科學家發現她有一個基因突變了,使得內生性大麻素訊息增強了。除了幾乎感覺不到疼痛,她每天總是樂陶陶的,從來都不會感到焦慮,只不過會受到記憶不良所苦。看來,她的自然狀態就是幾乎所有使用大麻的人,所想要經歷的狀態。 

這種重要的「腦部傳下」而非「身體傳上」的「下行」止痛過程,抑制住了來自於脊隨的損傷訊息,有效抑制了痛覺。

——本文摘自《超級感官:人類的32種感覺和運用技巧》,2023 年 3 月,下文化出版,未經同意請勿轉載。

天下文化_96
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天下文化成立於1982年。一直堅持「傳播進步觀念,豐富閱讀世界」,已出版超過2,500種書籍,涵括財經企管、心理勵志、社會人文、科學文化、文學人生、健康生活、親子教養等領域。每一本書都帶給讀者知識、啟發、創意、以及實用的多重收穫,也持續引領台灣社會與國際重要管理潮流同步接軌。