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路殺是意外,「路殺社」也是意外:公民科學路殺社的成功心法

研之有物│中央研究院_96
・2019/10/30 ・4632字 ・閱讀時間約 9 分鐘 ・SR值 471 ・五年級

本文轉載自中央研究院研之有物,泛科學為宣傳推廣執行單位

  • 採訪編輯|歐宇甜、美術編輯|林洵安

路殺社成立故事

2011 年 8 月創立的路殺社,成員已有一萬七千多名,是全世界首創利用社群媒體收集路殺資料的社團,目前上傳網站資料已逾十萬筆。運作這麼龐大的線上社團和資料庫,有什麼成功的「眉角」?路殺社社長林德恩以及中研院資訊科學研究所莊庭瑞副研究員,娓娓道來他們一路破關前行的精彩故事。

路殺社兩大幕後推手:路殺社社長暨特有生物研究保育中心助研究員林德恩 (右),以及中研院資訊科學研究所副研究員莊庭瑞 (左),在充滿野生氣息的南投特有生物研究保育中心,回顧路殺社成立、茁壯的過程。攝影│林洵安

林老師一直都在研究路殺問題嗎?

路殺社社長林德恩(以下簡稱為林):其實我是做動物的生理跟生態學研究的,專長是爬行類。長年研究發現:台灣的蛇很多,但在野外一百天可能只有不到二十天碰得到,卻常看到馬路上稀有蛇種被車壓死。於是我想:既然活蛇不好找,何不乾脆找死的,透過蛇類的路殺資料來推測族群狀況和分布地點。

2008 年,特生中心培訓志工幫忙調查全台物種分布,我負責爬行類的培訓。蛇具危險性、不易找,大家對牠的恐懼感也大,我就訓練志工記錄死蛇,門檻較低。因為這個機緣,我開始做起動物的路殺調查。

對生態研究來說,找死蛇比活蛇容易得多,因為蛇多是夜行性,體型長,在馬路上移動慢,加上大家討厭牠、不會留情,被車子壓死的機率較高。而且蛇有鱗片,死後外形能保持完整、留在路面的時間較長。

路殺蛇類遺體。圖片來源│林德恩

後來為什麼會想成立路殺社呢?

林:路殺是意外,創立路殺社也是個意外!

2009 年臉書進來台灣,為了方便志工聯絡,我在臉書成立「特生中心爬行類志工聯誼社」。我看社團裡什麼都沒有,隨手丟進一張路殺蛇類照片。結果一傳十、十傳百,大家紛紛把自己「壓箱底」的路殺照片上傳……一周後,社員暴增到兩百多人,我才驚覺臉書的傳播功能有多強大。

不過,最初的社員多是生態圈的老師、學生,大家習慣記錄珍稀物種,採樣嚴重偏差。於是有人建議:是不是把社團的功能改一下,擴大收集各種路殺動物的資料呢?我想臉書是免費的、操作方便,失敗了也沒負擔,決定試看看。後來又有人提議社團改叫「路殺社」,聽起來跟路透社很像。

透過臉書來收集路殺資料,會碰上什麼問題嗎?

林:當路殺社逐漸成長後,遇到第一個關卡是:上傳的資料要怎麼建檔?

我們起初以完全人工的方式,只要有人上傳一筆,就在 Excel 輸入一筆,並把照片抓下來、編號……。可是社團一天有一、兩百筆資料,我和助理又常跑野外,每次回來都要往前回溯數百、甚至上千筆資料,臉書文章洗版速度又很快,助理追資料追得精疲力竭。

幸好,我們很快碰到貴人相助!

那時在莊庭瑞老師實驗室工作的鄧東波先生在網上尋找研究素材,意外發現這個古怪的社團:人家都是在臉書上「曬」漂亮的動物照片,我們卻是秀路死動物照片。 他是學資料科學,馬上就知道我們用臉書收集資料的工作有多「笨」,於是熱心的給了我們一些建議。

我心想:你可以給建議,就表示有辦法解決囉!於是,我邀請他與莊老師來幫忙。

莊老師認為用臉書收集資料有哪些問題呢?

中研院莊庭瑞(以下簡稱為莊):臉書是適合大家交流、互動的社群網站,但不是很好的資料收集平台,有一些先天的缺陷:

  1. 臉書是商業公司,路殺社依附在其下,要同意臉書的使用條款,而且社團可能隨時被關閉。
  2. 大家上傳的高解析度照片,臉書會自動壓縮,再撈回來的皆是低解析度照片。
  3. 早期手機拍攝照片,很多沒有內建拍攝位置的空間資訊。即使有,上傳臉書後都會被清除,照片是在哪拍的只能仰賴作者的文字資訊。但有人用門牌號碼 ,有人用電線桿或配電箱的編號、知名景點或道路名稱,形式非常混亂。為此,我們還曾經設計一個爬蟲程式,先把每筆資料從臉書抓回來,再透過「自然語言」技術將文字位置資訊,轉換成經緯度的空間座標。

2013 年,特生中心委託我的實驗室處理資料時,我心想,資料先傳到臉書,再撈回來處理,明明大家上傳的照片和資訊是完整的,撈回來卻是殘缺的。因此,我打算做新的資料蒐集與處理流程,建置新的研究型網站為資料蒐集中心,說服社員先上傳資料到新的網站。

但光是這一關,就花掉三年時間!

用網站收集資料應該更有效率,為什麼反而不容易達成?

主要是使用者的習慣問題!大家會覺得:臉書很好用啊,為什麼要再申請一個網站的新帳號?

為了符合使用者習慣,我們一開始是做手機 App,讓大家透過 App 先傳資料到臉書,再傳到網站。但除了前面提過的問題,智慧型手機的作業系統 Android 、 iOS 皆會改版,臉書更是經常改版,每當它們一改,手機 App 就要跟著改。

後來我們決定讓手機 App 上傳的資料不先到臉書,而是先進網站,但舊社員果然抱怨這樣繞了一條路、不自然。中間我們又嘗試:手機 App 上傳的資料同時到臉書與網站,只是這樣跟臉書的連動性依然很高,臉書一改版,手機 App 就會當掉……。

就這樣來回調整好多次,才改成現在的模式:不用手機 App,而是開發成網頁型式的 App,我們稱作 Web App。

Web App 在手機環境的操作方式跟手機 App 類似,可以將使用者回報的資料直接上傳到我們建置的網站「台灣動物路死觀察網」,雖然功能上稍微受到限制,維護成本大大降低。再由網站自動將統一格式的資料發文到臉書上的路殺社社團,讓社員覺得好像是自己發文到臉書上,總算兼顧了使用者習慣和資料品質(呼~)。

我們也不斷跟社員說明,直接上傳到路殺社網站對他大有好處!因為上傳臉書的照片,日後抓回來解析度會變差,上傳網站等於幫忙他保存歷年的高解析度照片與觀測紀錄,還可以畫成統計圖,回顧自己的的觀測歷程。更重要的是,可以保障上傳者及物種的隱私,避免詳細的地點資訊直接暴露在公開的社團。

「台灣動物路死觀察網」 (Taiwan Roadkill Observation Network)目前的功能與介面已很完整。特生中心與中研院資訊所的合作計畫進行了四年,在後期莊庭瑞做了決定,持續調整資料流程,但把網站製作與維護的工作委託給拾穗者文化的張藝鴻。如此一來,在合作計畫結束之後,仍能保障網站的經營維護與永續發展。 圖片來源│台灣動物路死觀察網

除了使用者習慣,在網路上經營萬人規模的志工社團,還要考慮什麼?

莊:路殺社成功的另一個關鍵,就是上傳照片與資料的開放授權。

過去在生態領域,志工幫研究人員做的資料大多歸屬研究人員管理使用,最後發表或歸檔,再利用率比較低。如果路殺社也用這樣模式,大家可能想,我們的資料都被研究人員拿去用,當我看到其他社友的照片或資料很不錯,自己不能隨意使用,必須透過研究人員,或是另外開口去要,很不方便啊。

簡言之,同一個團體共同蒐集、建置的資料庫,應該讓成員都可以使用!

我一開始接觸路殺社這類由公眾參與建立的資料庫,即積極推動開放授權的觀念,讓參與建立資料庫的眾人,也能自由使用成果資料。這類似維基百科的概念,眾人協作生產有文字、也有影像的著作內容,這著作可再授權給眾人改寫、編輯。參與者只要同意這樣的安排,就可以加入一起編寫,這對公眾有很大的吸引力。

我們推動社員使用 CC 授權條款 (Creative Commons Licenses) 釋出自己的照片給公眾,或更開放一點,將照片釋出到公眾領域 (Public Domain),讓任何人以任何方法自由運用。

林:有趣的是,一般網站要作者開放授權,通常難度很高,但路殺社都是動物死亡照片,大家較不在意,多半樂意配合。原本我們最大的缺點,卻變成最大的優點 (笑)。

在莊老師的協助下,路殺社的資料處理和著作權問題逐步得到解決,運作步上軌道,現在是透過網站收集與自動化處理資料。網站程式原始碼也可以開放給大眾運用,國內外許多團體紛起效尤,在臉書設立各種收集資料的社團。

路殺社資料越來越多,物種鑑定是否也是個問題?

林:的確!每筆路殺資料一定要正確鑑定物種,才會有價值。

起初幫忙鑑定者,多是生態界的教授、專家,只要有人丟照片,馬上有人搶著辨認,碰到不易辨認的還會展開激烈討論。

那時大家是覺得好玩,因為活體的特徵容易辨識,一旦被壓死,則要透過微小特徵去分辨,好像在練功。厲害的人只需觀察一根羽毛,就知道是哪種鳥,是公的還是母的。而且剛開始資料量不多,鑑定完成率有九成五以上!

但時間一久,問題來了。這些專家都有自己的工作,不可能天天掛在網上幫忙鑑定,加上資料越來越多,現在一年有幾萬筆,工作量大到無法想像,目前完成率只剩下七成。

最近我正設計一個破關遊戲程式,訓練志工鑑定能力。先將已鑑定的照片按照難度分階:初階是完整、好鑑定,中階是稍有破碎、特徵還在,高階是破損嚴重、只剩一點特徵,再設計是非題、選擇題或連連看,讓志工一路「練功」,達到某個程度還有考試,及格後就具備初階鑑定師資格並發給正式證書。如果未來能培養出一大批熱心的業餘鑑定師,網站就能自主運作了。

真是關關難過關關過啊!未來路殺社還有什麼計劃嗎?

林:最重要的工作是「系統化路死動物全台同步大調查」(路殺社 2.0)。目前網站上幾萬筆資料,雖然可以呈現一些現象,但無法做科學性的分析與比較。例如:當你問我全台一年路死多少動物?我無法估算。

因為過去社員都是隨機調查,任何時間、地點,只要看到就記錄,缺點是「努力量不一樣」。某個地方成為路殺熱點,可能是常常有人做調查,許多地方不是沒有路殺,只是沒人記錄。

為了解決這個問題,我們開始推動系統化調查。簡單來說,是把台灣分成 5 公里 乘 5公里,共 1440 個方格,開放社員認領。每個方格有三種不同變項,包括:八種生態氣候分區 (影響動物族群跟分布)、三種道路密度 (高、中、低密度)、四種道路型態(省道、縣道、鄉道、其他)。

第一階段,我們依生態氣候分區的面積比例,分層逢機挑選具有代表性的 252 個方格來調查:每個生態氣候分區兼顧三種道路密度,每種道路密度兼顧四種道路型態,務求做到真正的公平調查。資料來源│台灣動物路死觀察網、圖說重製│林洵安

社員可根據自己方便挑選方格並組隊,在每年 1、4 、7、10 月,去認領的方格做調查,路線要固定,每條路最少做三公里長度,一個區域至少做兩條不同型態的道路。

本來擔心沒人理我們,還好大家很支持!(汗!)第一階段 252 個格子都達成,未來將擴增到 420 個格子,透過取樣調查方式,研究者就有相同時間、相同努力量的資料可以做精確分析了。

路殺社從臉書起家,成員來自四面八方、各式各樣的專業與人才,彼此之間並不認識,但能夠同心協力走到今天,真的難能可貴。未來希望有更多人加入我們,讓這把改善路殺、保育動物的火苗繼續壯大,一同守護台灣的野生動物。

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本文轉載自中央研究院研之有物,原文為公民科學萬人齊發!路殺社的成功心法,泛科學為宣傳推廣執行單位

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研之有物│中央研究院_96
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研之有物,取諧音自「言之有物」,出處為《周易·家人》:「君子以言有物而行有恆」。探索具體研究案例、直擊研究員生活,成為串聯您與中研院的橋梁,通往博大精深的知識世界。 網頁:研之有物 臉書:研之有物@Facebook

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用這劑補好新冠預防保護力!防疫新解方:長效型單株抗體適用於「免疫低下族群預防」及「高風險族群輕症治療」
鳥苷三磷酸 (PanSci Promo)_96
・2023/01/19 ・2874字 ・閱讀時間約 5 分鐘

國民法官生存指南:用足夠的智識面對法庭裡的一切。

本文由 台灣感染症醫學會 合作,泛科學企劃執行。

  • 審稿醫生/ 台灣感染症醫學會理事長 王復德

「好想飛出國~」這句話在長達近 3 年的「鎖國」後終於實現,然而隨著各國陸續解封、確診消息頻傳,讓民眾再度興起可能染疫的恐慌,特別是一群本身自體免疫力就比正常人差的病友。

全球約有 2% 的免疫功能低下病友,包括血癌、接受化放療、器官移植、接受免疫抑制劑治療、HIV 及先天性免疫不全的患者…等,由於自身免疫問題,即便施打新冠疫苗,所產生的抗體和保護力仍比一般人低。即使施打疫苗,這群病人一旦確診,因免疫力低難清除病毒,重症與死亡風險較高,加護病房 (ICU) 使用率是 1.5 倍,死亡率則是 2 倍。

進一步來看,部分免疫低下病患因服用免疫抑制劑,使得免疫功能與疫苗保護力下降,這些藥物包括高劑量類固醇、特定免疫抑制之生物製劑,或器官移植後預防免疫排斥的藥物。國外臨床研究顯示,部分病友打完疫苗後的抗體生成情況遠低於常人,以器官移植病患來說,僅有31%能產生抗體反應。

疫苗保護力較一般人低,靠「被動免疫」補充抗新冠保護力

為什麼免疫低下族群打疫苗無法產生足夠的抗體?主因為疫苗抗體產生的機轉,是仰賴身體正常免疫功能、自行激化主動產生抗體,這即為「主動免疫」,一般民眾接種新冠疫苗即屬於此。相比之下,免疫低下病患因自身免疫功能不足,難以經由疫苗主動激化免疫功能來保護自身,因此可採「被動免疫」方式,藉由外界輔助直接投以免疫低下病患抗體,給予保護力。

外力介入能達到「被動免疫」的有長效型單株抗體,可改善免疫低下病患因原有治療而無法接種疫苗,或接種疫苗後保護力較差的困境,有效降低確診後的重症風險,保護力可持續長達 6 個月。另須注意,單株抗體不可取代疫苗接種,完成單株抗體注射後仍需維持其他防疫措施。

長效型單株抗體緊急授權予免疫低下患者使用 有望降低感染與重症風險

2022年歐盟、英、法、澳等多國緊急使用授權用於 COVID-19 免疫低下族群暴露前預防,台灣也在去年 9 月通過緊急授權,免疫低下患者專用的單株抗體,在接種疫苗以外多一層保護,能降低感染、重症與死亡風險。

從臨床數據來看,長效型單株抗體對免疫功能嚴重不足的族群,接種後六個月內可降低 83% 感染風險,效力與安全性已通過臨床試驗證實,證據也顯示針對台灣主流病毒株 BA.5 及 BA.2.75 具保護力。

六大類人可公費施打 醫界呼籲民眾積極防禦

台灣提供對 COVID-19 疫苗接種反應不佳之免疫功能低下者以降低其染疫風險,根據 2022 年 11 月疾管署公布的最新領用方案,符合施打的條件包含:

一、成人或 ≥ 12 歲且體重 ≥ 40 公斤,且;
二、六個月內無感染 SARS-CoV-2,且;
三、一周內與 SARS-CoV-2 感染者無已知的接觸史,且;
四、且符合下列條件任一者:

(一)曾在一年內接受實體器官或血液幹細胞移植
(二)接受實體器官或血液幹細胞移植後任何時間有急性排斥現象
(三)曾在一年內接受 CAR-T 治療或 B 細胞清除治療 (B cell depletion therapy)
(四)具有效重大傷病卡之嚴重先天性免疫不全病患
(五)具有效重大傷病卡之血液腫瘤病患(淋巴肉瘤、何杰金氏、淋巴及組織其他惡性瘤、白血病)
(六)感染HIV且最近一次 CD4 < 200 cells/mm3 者 。

符合上述條件之病友,可主動諮詢醫師。多數病友施打後沒有特別的不適感,少數病友會有些微噁心或疲倦感,為即時處理發生率極低的過敏性休克或輸注反應,需於輸注時持續監測並於輸注後於醫療單位觀察至少 1 小時。

目前藥品存放醫療院所部分如下,完整名單請見公費COVID-19複合式單株抗體領用方案

  • 北部

台大醫院(含台大癌症醫院)、台北榮總、三軍總醫院、振興醫院、馬偕醫院、萬芳醫院、雙和醫院、和信治癌醫院、亞東醫院、台北慈濟醫院、耕莘醫院、陽明交通大學附設醫院、林口長庚醫院、新竹馬偕醫院

  • 中部

         大千醫院、中國醫藥大學附設醫院、台中榮總、彰化基督教醫療財團法人彰化基督教醫院

  • 南部/東部

台大雲林醫院、成功大學附設醫院、奇美醫院、高雄長庚醫院、高雄榮總、義大醫院、高雄醫學大學附設醫院、花蓮慈濟

除了預防 也可用於治療確診者

長效型單株抗體不但可以增加免疫低下者的保護力,還可以用來治療「具重症風險因子且不需用氧」的輕症病患。根據臨床數據顯示,只要在出現症狀後的 5 天內投藥,可有效降低近七成 (67%) 的住院或死亡風險;如果是3天內投藥,則可大幅減少到近九成 (88%) 的住院或死亡風險,所以把握黃金時間盡早治療是關鍵。

  • 新冠治療藥物比較表:
藥名Evusheld
長效型單株抗體
Molnupiravir
莫納皮拉韋
Paxlovid
倍拉維
Remdesivir
瑞德西韋
作用原理結合至病毒的棘蛋白受體結合區域,抑制病毒進入人體細胞干擾病毒的基因序列,導致複製錯亂突變蛋白酵素抑制劑,阻斷病毒繁殖抑制病毒複製所需之酵素的活性,從而抑制病毒增生
治療方式單次肌肉注射(施打後留觀1小時)口服5天口服5天靜脈注射3天
適用對象發病5天內、具有重症風險因子、未使用氧氣之成人與兒童(12歲以上且體重至少40公斤)的輕症病患。發病5天內、具有重症風險因子、未使用氧氣之成人與兒童(12歲以上且體重至少40公斤)的輕症病患。發病5天內、具有重症風險因子、未使用氧氣之成人(18歲以上)的輕症病患。發病7天內、具有重症風險因子、未使用氧氣之成人與孩童(年齡大於28天且體重3公斤以上)的輕症病患。
*Remdesivir用於重症之適用條件和使用天數有所不同
注意事項病毒變異株藥物交互作用孕婦哺乳禁用輸注反應

免疫低下病友需有更多重的防疫保護,除了戴口罩、保持社交距離、勤洗手、減少到公共場所等非藥物性防護措施外,按時接種COVID-19疫苗,仍是最具效益之傳染病預防介入措施。若有符合施打長效型單株抗體資格的病患,應主動諮詢醫師,經醫師評估用藥效益與施打必要性。

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資料科學與研究資料管理的最前沿:2022 國際資料週
研究資料寄存所 (depositar)_96
・2022/10/07 ・5342字 ・閱讀時間約 11 分鐘

想和來自全世界的科學家、研究者、政策制定者、企業領袖等一起討論資料議題,想跟上資料科學與研究資料管理最前沿的腳步?國際資料週(International Data Week, IDW)是最好的選擇之一。

國際資料週是什麼?

「國際資料週」是由研究資料聯盟(Research Data Alliance, RDA)以及國際科學理事會(Internatioanl Science Counci, lSC)所屬的資料委員會(Committee on Data, CODATA)、世界資料系統(World Data System, WDS)所共同舉辦的資料科學盛事。自 2016 年起,通常每兩年舉辦一次,吸引近千名全球參與者。因為 COVID-19,2020 年的大會延到今年六月在首爾舉行。

國際資料週的議程由兩個大型研討會構成。例如 2022 的國際資料週,即結合了 RDA 第 19 次大會(RDA 19th Plenary Meeting)與 2022 年的科學資料會議(SciDataCon 2022 )這兩項會議。RDA 大會專注於促進資料分享與再利用的討論,SciDataCon 則著墨在研究資料的前沿議題。

2022 為 IDW 第 3 次舉行,議程為期 5 天,於今年的 6 月 20-24 日,在南韓首爾舉行,主題為「用資料改善世界」(Data To Improve Our World)。因  COVID-19 疫情,採實體與虛擬會議併行,議程總計約 150 場次。在 8 月底,RDA 大會與 SciDataCon 已將多數議程的錄影開放給所有人線上觀看(連結見本文最末)。

研究資料寄存所(depositar) 團隊也參與了本次會議,我們除加入各場次的討論外,亦參加海報徵件,向所有與會者說明我們近來在研究資料管理上的工作。筆者參與會議的部分場次,礙於篇幅,以下僅紀錄筆者感興趣的報告與討論。

場次紀錄:如何提高研究成果的可再重現或可複製性?

SUPPORTING RESEARCH TRANSPARENCY, ACCOUNTABILITY, AND REPRODUCIBILITY: LESSONS FROM THE TRENCHES

本場次專注討論研究成果在「運算」上的可再重現(reproducibility)或可複製性(replicability)。

有關研究成果可否被重現或複製,攸關該研究的可信度與透明性。美國國家學院(The National Academy of Science, Engineer, Medicine)在 2019 年出版了《科學的可重現與可複製性》報告,是研究者可參考的重要指引。

研究不可重現的原因眾多,在本場次中,來自 AGU 的 Shelly Stall 即指出,如紀錄不足、報告不透明、數位技術過時、或嘗試重現的過程有缺陷等,皆可能是研究結果無法重現的原因;要改善這類狀況,則可從分享資料與工作流程、對數位物件編配持續識別碼、強化資料引用、建立數位物件的說明等方面著手進行。

對此,來自 CURE 的講者們亦分享其機構內的作法。CURE 是由康乃爾大學、北卡羅萊納大學教堂山分校、以及耶魯大學等組成的聯盟,致力於倡議並實作研究在運算領域的可重現性。CURE 的運作環繞著四個基本原則:(1) 透明、近用、信任 (2) 可使用性 (3) 獨立性 (4) 出版前的研究重現(pre-publication)。

上述四個原則的完整說明,可在 CURE 的網頁上取得,例如獨立性即意味著可重現性必須「能在獨立的運算環境,交由獨立的第三方來確認」。

CURE 的成員亦分享了其如何實踐計算上的可重現性。例如康乃爾的社會科學中心的講者即表示,他們提供了全整合的服務(All-in-one service),除提供程式碼驗證的服務外,亦有經營資料儲存庫,將研究重現所需的資料悉數打包,存放於該機構的服務內,供他人使用或引用。

BEYOND MACHINE-ACTIONABLE DMPS – LET’S GO FORWARD TOGETHER!

本場次介紹「機器可操作的資料管理方案(machine-actionable Data Management Plans, maDMPs)」的近來發展。

DMP 是描述研究資料將如何被蒐集、使用、管理、(短期或長期)保存、分享等歷程的文件(有關 DMP 的介紹可見此)。 傳統上在撰寫 DMP 時,多是仰賴書寫以整理多方資料整理的工具與資源;而若完成的內容要挪作他用,亦多只能以人工手動進行。

為使 DMP 的內容能取用不同機器的資料,並在機器間進行順暢流通,RDA 自 2017 年起組成工作小組,擬定共通的控制語彙,以在人類可讀的條件下,實現機器可操作的 DMP。

經歷了數年的發展,採用該語彙的 maDMPs 服務亦已逐漸成形。在介紹何謂 maDMP 時,本場次講者 Tomasz Miksa 即指出,maDMP 就如各系統間的「膠水」,它能連結各個不同的研究系統,並自動將資料搬進搬出。

目前已邁入實作階段的 maDMPs 服務有歐盟資助的 Argos,其與歐盟的 OpenAIRE 和 EOSC 的相關服務進行整合,可讓研究者迅速取用不同平台的資料。

圖/Argos

DAMAP 則是另一類似的工具,其遵循 Science Europe 出版的「國際合用的研究資料管理實用指南」,以引導使用者填寫 DMP,而 DAMAP 在欄位設計上,亦遵循 RDA 工作小組所制定的標準,其匯出的 DMP 資料因此可被採用相同標準的服務自動取用。

DATA PUBLISHING IN THE OPEN SCIENCE ERA

本場次討論在自然科學領域,發布研究資料的相關議題,也討論如何消彌資料發布的障礙。

分享研究資料是開放科學的重要實踐項目之一,但在實踐上時常遭遇眾多複雜的阻礙。本場次的講者之一 Ohseok Kwon 教授分享了一篇 2014 年發表於 BMC Public Health 期刊上的文章,該文章透過實證研究,歸納出 6 類的資料分享障礙:技術、動機、經濟、政治、法律、倫理,並再進一步細分為 20 種不同的阻礙,如資料並未搜集(技術型阻礙)、欠缺信任(政治型阻礙)等。資料分享的複雜性可見一斑。

類似的研究,2021 年發表於 Scientifc Data 的研究,在向 199 名論文作者詢問資料後,亦彙整了其中 67 個拒絕分享資料的理由,「沒時間找資料」和「資料遺失」高居其中前兩名。

資料分享的困境,亦可從研究的準備工作就見端倪。來自密西根大學圖書館的報告者指出,根據其對該校所有的 DMP 進行分析的結果,僅有約 21% 的 DMP 會包含後設資料的陳述、僅有約 32% 包含了研究流程文件化的陳述,而若進一步深究兩者皆有提及的 DMP,更僅剩約 9% 左右。報告者 Jake Carlson 指出,這反映了研究人員普遍仍未意識到後設資料與文件化的建立,對研究資料分享至關重要,這是未來須強化的地方。

要改變資料分享與寄存的文化,由單一研究機構著力十分有限,跨學術機構的結盟時常是必要的。由十多個學術機構組成的「資料策展網絡(Data Curation Network, DCN)便是這樣的聯盟。

類似 DCN 的跨機構網絡,匯集了更充足的資源,可用以培訓來自各方的研究者,更完善地落實資料分享。相關網絡亦可為後續的資料策展提供一致的流程,並發展資料的策展標準。例如 DCN 即發展出了「資料策展入門(Data Curation Premier),針對不同類型的資料(如 PDF、Google 文件、Twitter 推文等)提供收藏上應有的考量與實作,供相關人員參考。

本場次的最後一部分,是由韓國科學技術研究院(Korea Institute of Science and Technology, KITSI)報告其對「資料論文」(Data Paper)的研究。資料論文是研究領域近來用以確保資料品質的重要方式之一。 根據 KITSI 的分析,全球資料論文的產量約自 2016 年後大幅上升,Elsevier 的加入,看來是造成明顯變化的主因。

CODATA-RDA SCHOOLS FOR RESEARCH DATA SCIENCE GROUP UPDATES AND NEW CHALLENGES

本場次由 CODATA-RDA School of Research Data Science 發起,討論該短期學校在經營永續性上的可能財務模式。

當代科學使用並生產了各式各樣的資料,研究人員是否具備充足的資料技能,往往是研究能否順利推展的關鍵。為此,CODATA 和 RDA 自 2016 年起,建立了 CODATA-RDA School(下稱「學校」),學校以數天至數週短期課程的方式,培力來自各國(特別是中低收入國家)研究人員相關的資料技能。

自 2016 年至今,學校所開設的課程總計已吸引逾 800 名的參與者。但如同研究資料會面臨如何永續保存的問題,資料學校也持續面臨組織如何方能永續有效運作的問題。

資料來源/CODATA-RDA Data Schools – Ignition Report

CODATA-RDA School 目前的經費主要來自各國政府或私部門所資助的專案經費(project funds)。計畫經費的使用有著用途固定、明確的優點,但也時常受到資金提供者的各種限制。

為了打造長期運作的模式,學校擘劃了兩種未來可能發展方向:小幅擴展、大幅擴展,並評估了兩類發展方式各別所需的活動及人事需求。

學校並設想了五種可能的資金來源:專案經費、CODATA 國家會員的額外資助、高教機構或研究組織的訂閱或貢獻、參與者付費、募資捐款,這五類來源可能交雜構成了未來的財務模式。

報告者也分析了各項經費來源的優缺點。例如「參與者付費」的優點,可能是學生會有較強的學習動機,學生也有正當理由去找尋不同來源的經費支持;但缺點則是學生可能對課程有較高的期待,而目前僅靠志願講師擔綱的課程,可能無法達到對應的要求等。

議程並邀請參與者針對各種可能資金來源集思廣益,例如提供可能資金贊助者的名單、或建立需求者間的國際網絡等,都是會議上曾被提出的建議。

或許是議程本身定位在意見蒐集,本場次在討論上並未有明確的結論。但可預見的是,隨著資料的重要性日益提升,這些與資料基礎建設攸關的學術財務或行政議題,在未來只會越來越受到重視,並不斷浮上檯面被討論。

海報:研究資料寄存所推展研究資料管理的現況 – ADVOCATING GOOD DATA PRACTICES: FROM RESEARCH DATA REPOSITORY TO RESEARCH DATA MANAGEMENT

除工作坊的議程外,RDA 大會歷來亦會有海報徵件的活動,讓研究者能透過自製海報,向與會者展示近來的工作成果。研究資料寄存所(depositar)在本次會議中也投稿海報,並順利入選

作為資料儲存庫的經營者,我們以「提倡良好的資料實務:從研究資料儲存庫到研究資料管理」為題,簡述台灣在研究資料管理的現況與背景、depositar 在推廣研究資料管理上的實踐、所習得的教訓、並描繪了研究資料管理與資料儲存庫的互動關係。

小結

確保資料具良好品質、可相互操作、可長期保存等特性,是以資料為底的科學研究能被持續推展的基礎。參與跨國界的科學合作,它們更是須被優先處理的基本議題。這些基本議題時常是由技術、經濟、政策、與法律等多面向交織而成,它們也構成了 International Data Week 多數議程的討論核心。

略嫌可惜的是,台灣對於這些基礎議題的討論與實踐仍少,國際會議的參與人數也不多。

但無論如何,2022 年國際資料週的所有場次(含 SciDataCon 2022 和 RDA Plenary 19)錄影均已在 8 月底公開,如有興趣一覽本次議程內容,可至以下網址,再次回顧這個全球的科學資料盛事。

研究資料寄存所 (depositar)_96
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研究資料寄存所 (depositar) 是由研究人員建立的線上資料儲存庫。所有人都能使用這個平台,自由地儲存、尋找、再次使用研究資料。

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品種狗狗的行為,有關遺傳,非關品種
寒波_96
・2022/06/08 ・3228字 ・閱讀時間約 6 分鐘

國民法官生存指南:用足夠的智識面對法庭裡的一切。

人類培育下,如今狗狗們有眾多「品種(breed)」,它們其實仍然屬於同一個物種,只是體形、外觀等特徵差異明顯。不同狗狗和人一樣有個性差異,屬於同一品種的不同個體,也會有類似的行為、個性嗎?

上述問題需要不少資料與交叉比對的分析,才有機會回答。於 2022 年發表,花費多年搜集材料的論文報告,狗的行為確實與遺傳有關,但是同一品種狗的行為並不一致。例如拉布拉多和拉布拉多不同,邊境牧羊犬和邊境牧羊犬不同,拉布拉多和邊境牧羊犬卻可能相同……[參考資料 1, 2, 3]

飼主各自貢獻資料,以供分析的狗狗們。圖/達爾文方舟(Darwin’s Ark)網站

寵物狗的公民科學

成為馴化動物超過一萬年來,狗狗們千變萬化,過往研究證實很多外貌與型態特徵可以遺傳,例如毛色、體型、藍眼睛。但是對於行為方面的了解比較少,而且想來也更難研究,畢竟行為不像顏色、尺寸那樣能直接識別與量化。

若想釐清狗狗的行為,和遺傳、品種的關係,需要搜集很多品種,每一品種都包括多位個體,以及牠們的基因組定序,再加上大批各種特徵的紀錄,才能獲得比較可靠的答案。

任何研究團隊光靠自己,都不可能取得如此龐大的資料量。研究者們成立「達爾文方舟(Darwin’s Ark)」網站,算是公民科學的應用,邀請許多飼主各自上傳狗狗的資訊,從中進一步分析(大部分參與者應該是美國人和美國狗)。

這項研究採用的資料包括來自 18385 狗的資訊,大約一半是「比較純的品種狗」;又從其中 2155 狗取得遺傳訊息,純種狗、混種狗都有。根據人為定義,全部共有 128 款品種。

大量分析的結果,簡化以後長這樣……意思到惹,不解釋。圖/參考資料 1

個體×遺傳×品種:相關性與相關性

論文做了一大堆統計學分析,基本上是這種關聯性分析、那種關聯性分析、這種關聯性和那種關聯性的關聯性分析,層層疊疊,一定很合統計魔人的胃口。有興趣的讀者請自行觀摩體驗,我只講我的理解。

結合基因體學與關聯性分析,光是原理並不太難。基因組上每個 DNA 位置有 ATCG 四種可能,比方說某個位置,不同個體為 A 或 C,配備 A 的狗都親人、C 的狗都兇兇,那麼便能推測,A 變異與親近人類有所關聯,C 變異的效果相反。

實際狀況卻複雜很多。例如配備 A 的狗有 70% 親人、C 的狗有 55% 兇兇,並非 100% 的狗都有影響。或是同一種行為,涉及多個遺傳變異,例如基因組上有 50 處位置影響親人、30 處影響兇人。反正就是有一大堆可能的組合與關聯性,樣本愈大、分項愈多,需要愈繁複的統計學分析。

要是鑽進論文的分析迷宮,恐怕很容易失掉方向,繞不出來,反而搞不懂問題是什麼,我們直接跳到外面。

另一批大量分析簡化後的結果……讀者們自行品味就好,BJ4。圖/參考資料 1

外貌形態與內在行為,都受遺傳影響

一番分析後得知,不論體型、外觀等外在特徵,或是行為這類內在特徵,都與遺傳相關,只是不同特徵的程度有別,有些相關性非常高,有些沒那麼高。因此狗狗的行為,確實取決於相當的遺傳成分。

假如每款品種狗的個體們,彼此都表現共通的行為,那麼我們應該能看到:某個品種多半都展現某些行為,而不同品種間情慾交流的混血狗,也會獲得不同品種各有比重的行為。

實際上發現,某些行為確實和少數品種的關聯性比較高,但是多數行為似乎不分品種。江湖傳說中的兇狗不見得更容易兇,容易激動的品種也不一定激動。另一方面,不同品種的狗狗,也可能表現類似的行為。

所有狗狗一起考慮,總共偵測到基因組上 11 處位置(以及 136 處沒那麼確定),可能和行為有關。鍵盤分析它們影響的基因,大部分在腦部的表現較高。

還好沒有脫離想像,不然要是影響行為的基因在腸道大量表現,該怎麼解釋?!

人擇結果:以貌取狗,不管內在

上述的分析方式,只能判斷遺傳與表現的關聯性,無法證實因果關係,不過還是能提供有意義的指引。

大量交叉比對得知,與行為有關的遺傳變異,在不同品種間缺乏明確的差異,這大概就是不同品種內,行為缺乏一致性的根本原因。相對地,和外型有關的某些 DNA 變異,在不同品種間差異明顯。

人類與狗相處的歷史超過一萬年,可是絕大部分品種狗的歷史並不久遠。早於 200 年前的狗狗,不是沒有人為選擇培育,卻著重在工作上的狩獵、守衛、駝獸等功能性特色。

要等到 160 年前,也就是 50 到 80 代以前的狗狗開始,人類才大量刻意創造出不同的品種,形成馬爾濟斯、拉布拉多、雪納瑞、貴賓狗、巴哥犬等多采多姿的品種狗。

或許有讀者認為,品種狗的行為之所以缺乏各自的特異性,是由於各品種經歷的時間太短,不足以產生差異,但是這是錯的。因為絕大部分品種狗的歷史雖短,人擇依然已經足以造成明顯的影響,反映在不同品種間,有別的毛色、體型等外觀特徵。

同一批分析指出,行為與型態一樣都可以遺傳,理論上也可以由人擇控制。然而,不同品種的狗狗,行為與個性依然有不少共通性,品種間卻缺乏明顯差異,品種內的不同個體並不一致

根據這些資訊,我們似乎可以這麼說:近兩百年來的品種培育,人類更偏好挑選外在特色,以貌取狗,不那麼在乎狗狗內在的行為。

最後也提醒各位讀者,作為寵物飼養的品種狗,只是如今全世界龐大狗群的一小部分而已。眾多的狗狗們,有些是人類親近的伴侶,還有些順利融入各地的半野生或野生環境。然而,也有不少所謂的流浪狗,成為人類與自然生態系的禍患。養狗要有責任感,不要因衝動而養狗,養了就不要直接棄養。

延伸閱讀

參考資料

  1. Morrill, K., Hekman, J., Li, X., McClure, J., Logan, B., Goodman, L., … & Karlsson, E. K. (2022). Ancestry-inclusive dog genomics challenges popular breed stereotypes. Science, 376(6592)
  2. Your dog’s breed doesn’t determine its personality, study suggests
  3. Massive study of pet dogs shows breed does not predict behaviour

本文亦刊載於作者部落格《盲眼的尼安德塔石匠》暨其 facebook 同名專頁

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寒波_96
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生命科學碩士、文學與電影愛好者、戳樂黨員,主要興趣為演化,希望把好東西介紹給大家。部落格《盲眼的尼安德塔石器匠》、同名粉絲團《盲眼的尼安德塔石器匠》。