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基因編輯一定有風險,評測 CRISPR 工具的脫靶率

活躍星系核_96
・2019/03/25 ・2415字 ・閱讀時間約 5 分鐘 ・SR值 604 ・九年級

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  • 本文來自《领研网》。撰文/戚譯引。

中國科學家發表兩篇 Science 論文,對多種基因編輯工具進行「測評」。兩項研究都指出,被學界看好的單鹼基編輯工具有著極高的脫靶風險,其中一項還提出了全新的脫靶率檢測技術「 GOTI 」。

圖/pixabay

CRISPR 基因編輯技術已經發展出多種形式,然而它們都隱含著同樣的風險,那就是脫靶(off-target——意外編輯了基因組中其他的基因,造成不可預測的後果。在去年底引發巨大爭議的賀建奎事件中,許多科學家就表達了同樣的擔憂:這次編輯究竟有沒有發生脫靶?你怎麼證明沒有脫靶?

學術界早就意識到脫靶問題的存在,但量化評估十分困難。3月1日,中國科學家為主的兩個團隊在 Science發表論文,每篇論文只有兩頁,卻揭示了同一個重要的資訊:

基因編輯有風險,其中單鹼基編輯系統(base editor)脫靶尤其嚴重。

什麼是單鹼基編輯?

單鹼基編輯技術由 CRISPR-Cas9 改進而來。CRISPR 技術的基本原理,就是用 RNA 引導 Cas9 等核酸內切酶對 DNA 上的目的地區域進行編輯,可以刪除或啟動目標基因。核酸內切酶有許多種,Cas9 是其中最早被發現、應用最廣泛的,此後被發現的酶還有 Cpf1、Cas12b、Cas13 等。

Cas9 同時對 DNA 的雙鏈進行剪切,形成雙鏈斷裂(double strand breaks,DSBs),修復的過程中容易產生新的突變。而單鹼基編輯器對 Cas9 進行了改進,並添加了脫氨酶(deaminase),只對 DNA 的一條鏈進行切割,然後精確地對一個鹼基進行修改。

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去氧核醣核酸(DNA)的雙股螺旋結構。在該結構中的原子是按元素進行顏色編碼,還有兩個鹼基對的詳細結構示於右下角。圖/wikimedia

根據目標鹼基的不同,單鹼基編輯工具可分成兩類,一類是胞嘧啶單鹼基編輯器(cytidine base editor,CBE),將胞嘧啶(C)轉換成胸腺嘧啶(T);另一類是腺嘌呤鹼基編輯器(adenine baseeditor,ABE),將腺嘌呤(A)轉換成鳥嘌呤(G)。

單鹼基編輯看起來操作更精確,因而被寄予厚望。但這次的兩篇 Science 論文對不同編輯技術的脫靶率進行了評估,發現胞嘧啶單鹼基編輯器具有極高的風險。

全基因組範圍的脫靶效應:自然突變的兩倍

圖/pixabay

中國科學院遺傳與發育生物學研究所高彩霞團隊用水稻進行實驗,發現 CBE 會引發全基因組範圍的脫靶效應,其引發的突變數量大約是自然環境下發生突變的兩倍(DOI: 10.1126/science.aaw7166)。

高彩霞團隊借助全基因組測序技術,對三種應用廣泛的單鹼基編輯工具 BE3、高保真 BE1(HF1-BE3)和 ABE 進行了檢驗。與野生型對照組和 ABE 相比,BE3 和 HF1-BE3(均屬於 CBE)引發了數量顯著更多的單核苷酸變異(single nucleotide variant,SNV),主要是將基因組中其他部位的胞嘧啶也變成了胸腺嘧啶。

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研究還發現,脫靶預測演算法 Cas-OFFinder 預測並不準確。在接受 BE3 編輯的植株中,只有 6 處突變發生在預測的 3 個突變部位中;而在接受 HF1-BE3 和 ABE 編輯的植株中,沒有一處突變發生在預測的部位中。

GOTI:評估脫靶的新方法

圖/pixabay

中國科學院神經科學研究所楊輝團隊和史丹佛大學 Lars M. Steinmetz 團隊合作的研究,也得出了相似的結論:Cas9 和 ABE 引發的單核苷酸變異較少,而 CBE 讓突變的數量翻了 20 (DOI: 10.1126/science.aav9973)。

該研究的另一亮點在於提出了全新的脫靶評估技術 GOTI(Genome-wide Off-target analysis byTwo-cell embryo Injection):在小鼠胚胎卵裂球的二細胞期,對其中一個細胞進行基因編輯,並進行螢光蛋白 tdTomato 標記;隨後,在胚胎發育的第 14.5 天用流式細胞儀(FACS)將兩個細胞的子代進行分離,分別進行測序。

借助 GOTI 技術,科學家第一次能夠對脫靶進行全面的量化評估。楊輝團隊對 CRISPR-Cas9、BE3 和 ABE7.10 進行了檢驗,全部 12 組中發生的插入/缺失(indel)數量在 0 到 4 之間,並且沒有一個發生在預測的脫靶部位。

實驗發現,在經過 BE3 編輯的胚胎中平均發生 283 個 SNV;相比之下,經過 ABE7.0 編輯的胚胎平均發生 10 個 SNV,與自然突變的數量無顯著差異。而且, BE3 編輯引發的一些突變發生在原癌基因或抑癌基因上,這進一步提示了可能的致癌風險。

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臨床應用要謹慎

圖/pixabay

Science 採訪了業內人士對此的看法。

  • 哈佛大學化學家、第一代鹼基編輯器的發明者劉如謙(David Liu)認為:基因編輯的錯誤整體上仍屬罕見,不太可能對實驗室應用造成影響,但足以為那些想要在病人身上進行試驗的人敲響警鐘。
  • Cas-OFFinder 的發明者、來自韓國國立首爾大學(Seoul National University)的 Jin-Soo Kim 說:「這兩篇論文很有趣,也很重要。現在重要的是找出是哪一種成分引發了其他突變,以及如何減少或消除它。」
  • 麻省總醫院(Massachusetts General Hospital)病理學家、劉如謙的合作夥伴 J. Keith Joung 認為:對編輯器中的脫氨酶或其他成分進行改進或許能夠減少脫靶效應。

基因編輯療法被寄予厚望。在治療鐮刀形紅血球貧血症萊伯氏先天性黑蒙症方面,相關治療手段已進入臨床試驗階段。而這兩項研究進一步提示了基因編輯技術可能存在的風險,再次說明了在投入臨床應用前進行充分安全性評估的必要性。

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活躍星系核_96
778 篇文章 ・ 128 位粉絲
活躍星系核(active galactic nucleus, AGN)是一類中央核區活動性很強的河外星系。這些星系比普通星系活躍,在從無線電波到伽瑪射線的全波段裡都發出很強的電磁輻射。 本帳號發表來自各方的投稿。附有資料出處的科學好文,都歡迎你來投稿喔。 Email: contact@pansci.asia

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伺服器過熱危機!液冷與 3D VC 技術如何拯救高效運算?
鳥苷三磷酸 (PanSci Promo)_96
・2025/04/11 ・3194字 ・閱讀時間約 6 分鐘

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本文與 高柏科技 合作,泛科學企劃執行。

當我們談論能擊敗輝達(NVIDIA)、Google、微軟,甚至是 Meta 的存在,究竟是什麼?答案或許並非更強大的 AI,也不是更高速的晶片,而是你看不見、卻能瞬間讓伺服器崩潰的「熱」。

 2024 年底至 2025 年初,搭載 Blackwell 晶片的輝達伺服器接連遭遇過熱危機,傳聞 Meta、Google、微軟的訂單也因此受到影響。儘管輝達已經透過調整機櫃設計來解決問題,但這場「科技 vs. 熱」的對決,才剛剛開始。 

不僅僅是輝達,微軟甚至嘗試將伺服器完全埋入海水中,希望藉由洋流降溫;而更激進的做法,則是直接將伺服器浸泡在冷卻液中,來一場「浸沒式冷卻」的實驗。

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但這些方法真的有效嗎?安全嗎?從大型數據中心到你手上的手機,散熱已經成為科技業最棘手的難題。本文將帶各位跟著全球散熱專家 高柏科技,一同看看如何用科學破解這場高溫危機!

運算=發熱?為何電腦必然會發熱?

為什麼電腦在運算時溫度會升高呢? 圖/unsplash

這並非新問題,1961年物理學家蘭道爾在任職於IBM時,就提出了「蘭道爾原理」(Landauer Principle),他根據熱力學提出,當進行計算或訊息處理時,即便是理論上最有效率的電腦,還是會產生某些形式的能量損耗。因為在計算時只要有訊息流失,系統的熵就會上升,而隨著熵的增加,也會產生熱能。

換句話說,當計算是不可逆的時候,就像產品無法回收再利用,而是進到垃圾場燒掉一樣,會產生許多廢熱。

要解決問題,得用科學方法。在一個系統中,我們通常以「熱設計功耗」(TDP,Thermal Design Power)來衡量電子元件在正常運行條件下產生的熱量。一般來說,TDP 指的是一個處理器或晶片運作時可能會產生的最大熱量,通常以瓦特(W)為單位。也就是說,TDP 應該作為這個系統散熱的最低標準。每個廠商都會公布自家產品的 TDP,例如AMD的CPU 9950X,TDP是170W,GeForce RTX 5090則高達575W,伺服器用的晶片,則可能動輒千瓦以上。

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散熱不僅是AI伺服器的問題,電動車、儲能設備、甚至低軌衛星,都需要高效散熱技術,這正是高柏科技的專長。

「導熱介面材料(TIM)」:提升散熱效率的關鍵角色

在電腦世界裡,散熱的關鍵就是把熱量「交給」導熱效率高的材料,而這個角色通常是金屬散熱片。但散熱並不是簡單地把金屬片貼在晶片上就能搞定。

現實中,晶片表面和散熱片之間並不會完美貼合,表面多少會有細微間隙,而這些縫隙如果藏了空氣,就會變成「隔熱層」,阻礙熱傳導。

為了解決這個問題,需要一種關鍵材料,導熱介面材料(TIM,Thermal Interface Material)。它的任務就是填補這些縫隙,讓熱可以更加順暢傳遞出去。可以把TIM想像成散熱高速公路的「匝道」,即使主線有再多車道,如果匝道堵住了,車流還是無法順利進入高速公路。同樣地,如果 TIM 的導熱效果不好,熱量就會卡在晶片與散熱片之間,導致散熱效率下降。

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那麼,要怎麼提升 TIM 的效能呢?很直覺的做法是增加導熱金屬粉的比例。目前最常見且穩定的選擇是氧化鋅或氧化鋁,若要更高效的散熱材料,則有氮化鋁、六方氮化硼、立方氮化硼等更高級的選項。

典型的 TIM 是由兩個成分組成:高導熱粉末(如金屬或陶瓷粉末)與聚合物基質。大部分散熱膏的特點是流動性好,盡可能地貼合表面、填補縫隙。但也因為太「軟」了,受熱受力後容易向外「溢流」。或是造成基質和熱源過分接觸,高分子在高溫下發生熱裂解。這也是為什麼有些導熱膏使用一段時間後,會出現乾裂或表面變硬。

為了解決這個問題,高柏科技推出了凝膠狀的「導熱凝膠」,說是凝膠,但感覺起來更像黏土。保留了可塑性、但更有彈性、更像固體。因此不容易被擠壓成超薄,比較不會熱裂解、壽命也比較長。

OK,到這裡,「匝道」的問題解決了,接下來的問題是:這條散熱高速公路該怎麼設計?你會選擇氣冷、水冷,還是更先進的浸沒式散熱呢?

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液冷與 3D VC 散熱技術:未來高效散熱方案解析

除了風扇之外,目前還有哪些方法可以幫助電腦快速散熱呢?圖/unsplash

傳統的散熱方式是透過風扇帶動空氣經過散熱片來移除熱量,也就是所謂的「氣冷」。但單純的氣冷已經達到散熱效率的極限,因此現在的散熱技術有兩大發展方向。

其中一個方向是液冷,熱量在經過 TIM 後進入水冷頭,水冷頭內的不斷流動的液體能迅速帶走熱量。這種散熱方式效率好,且增加的體積不大。唯一需要注意的是,萬一元件損壞,可能會因為漏液而損害其他元件,且系統的成本較高。如果你對成本有顧慮,可以考慮另一種方案,「3D VC」。

3D VC 的原理很像是氣冷加液冷的結合。3D VC 顧名思義,就是把均溫板層層疊起來,變成3D結構。雖然均溫板長得也像是一塊金屬板,原理其實跟散熱片不太一樣。如果看英文原文的「Vapor Chamber」,直接翻譯是「蒸氣腔室」。

在均溫板中,會放入容易汽化的工作流體,當流體在熱源處吸收熱量後就會汽化,當熱量被帶走,汽化的流體會被冷卻成液體並回流。這種利用液體、氣體兩種不同狀態進行熱交換的方法,最大的特點是:導熱速度甚至比金屬的熱傳導還要更快、熱量的分配也更均勻,不會有熱都聚集在入口(熱源處)的情況,能更有效降溫。

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整個 3DVC 的設計,是包含垂直的熱導管和水平均溫板的 3D 結構。熱導管和均溫板都是採用氣、液兩向轉換的方式傳遞熱量。導熱管是電梯,能快速把散熱工作帶到每一層。均溫板再接手將所有熱量消化掉。最後當空氣通過 3DVC,就能用最高的效率帶走熱量。3DVC 跟水冷最大的差異是,工作流體移動的過程經過設計,因此不用插電,成本僅有水冷的十分之一。但相對的,因為是被動式散熱,其散熱模組的體積相對水冷會更大。

從 TIM 到 3D VC,高柏科技一直致力於不斷創新,並多次獲得國際專利。為了進一步提升 3D VC 的散熱效率並縮小模組體積,高柏科技開發了6項專利技術,涵蓋系統設計、材料改良及結構技術等方面。經過設計強化後,均溫板不僅保有高導熱性,還增強了結構強度,顯著提升均溫速度及耐用性。

隨著散熱技術不斷進步,有人提出將整個晶片組或伺服器浸泡在冷卻液中的「浸沒式冷卻」技術,將主機板和零件完全泡在不導電的特殊液體中,許多冷卻液會選擇沸點較低的物質,因此就像均溫板一樣,可以透過汽化來吸收掉大量的熱,形成泡泡向上浮,達到快速散熱的效果。

然而,因為水會導電,因此替代方案之一是氟化物。雖然效率差了一些,但至少可以用。然而氟化物的生產或廢棄時,很容易產生全氟/多氟烷基物質 PFAS,這是一種永久污染物,會對環境產生長時間影響。目前各家廠商都還在試驗新的冷卻液,例如礦物油、其他油品,又或是在既有的液體中添加奈米碳管等特殊材質。

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另外,把整個主機都泡在液體裡面的散熱邏輯也與原本的方式大相逕庭。如何重新設計液體對流的路線、如何讓氣泡可以順利上浮、甚至是研究氣泡的出現會不會影響元件壽命等等,都還需要時間來驗證。

高柏科技目前已將自家產品提供給各大廠商進行相容性驗證,相信很快就能推出更強大的散熱模組。

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用迷幻藥治憂鬱?基因編輯療法將通過批准?——2023 最值得關注十大科學事件(上)
PanSci_96
・2023/01/30 ・2348字 ・閱讀時間約 4 分鐘

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在 2022 年裡,我們見證了低軌通訊衛星在戰爭中的作用、Omicron 肆虐與次世代疫苗、韋伯太空望遠鏡捕捉系外生命印記、銀河中心黑洞初次現身、人類精準回擊小行星、台灣 CAR-T 首例、特斯拉的平價人形機器人、與超強的 LaMDA 跟 ChatGPT AI 語言模型!

2023 年能更刺激嗎?有哪些值得我們關注的科學大事呢?

我們綜合整理了 Nature、Science、Scientific American、NewScientist、富比世雜誌、經濟學人雜誌,結合泛科學的觀察與期待程度,提出這份「2023 最值得關注十大科學事件」;今年的科學界將會熱鬧非凡,令人目不暇給!

No.10 病原體通緝名單

2022 年 11 月,法國科學家在 bioRxiv 上發表了從西伯利亞永凍土中復活的多種病毒;這些「殭屍病毒」中最古老的已經有 48500 歲,在溫度升高後,這些病毒都復甦了過來……。雖然這批古老病毒只能感染變形蟲,但也暗示著,冰層之下存在更多正在休眠、極可能對哺乳動物或人類造成危險的病毒。

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隨著氣溫與海溫升高,這些不定時病毒炸彈正在醞釀著。

世界衛生組織將在今年發布修訂後的「重點病原體清單」,至少 300 位科學家嚴謹審查超過 25 個病毒與細菌家族的各種證據,針對目前還未知、但可能造成全球疫情的未知疾病 Disease X 做出預測,擬出一份優先名單。被列入名單的病原體通緝犯將會被重點研究調查,以利未來開發疫苗、治療與診斷技術。

被列入優先名單的病原體將會被重點研究調查。圖/Envato Elements

No.9 新一代 mRNA 疫苗

乘著在 COVID-19 大流行間快速成熟的 mRNA 疫苗研發平台,許多疫苗正蓄勢待發。

BNT 在 2023 年初針對瘧疾、肺結核和生殖器皰疹的 mRNA 疫苗開始了首次人體實驗;也與輝瑞合作,研發能降低帶狀皰疹發病率的疫苗。另一家 mRNA 大廠莫德納,也在研發能預防生殖器皰疹和帶狀皰疹病毒疫苗。

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除此之外,莫德納開發的黑色素瘤 mRNA 疫苗與默克的藥物合併療法,在去年底公布中期臨床試驗結果,顯示能降低 44% 的死亡率及復發風險,臨床試驗也將在 2023 年進入最後階段。

這些將在 2023 年揭曉的成果,將拓展人類使用 mRNA 疫苗對抗疾病的手段。

新一代 mRNA 疫苗正蓄勢待發。圖/Envato Elements

No.8 CRISPR 療法獲批准

由於之前的臨床試驗結果很不錯,CRISPR 基因編輯療法極有可能會在今年首次正式通過批准!

這種 exagamlogene autotemcel(exa-cel)療法,是由美國波士頓的 Vertex Pharmaceuticals 和英國劍橋的 CRISPR Therapeutics 公司共同開發。用超簡化的方式來説,治療方法就是先收集一個人自己的幹細胞,接著用 CRISPR-Cas9 編輯修正幹細胞中有缺陷的基因,最後再把這些細胞輸回人體。

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Vertex 公司預計會在 3 月向美國 FDA 申請批准,讓 exa-cel 療法可以用於治療 β-地中海貧血或鐮狀細胞病的患者。

然而,隨著療法上市,相關的討論預期也將甚囂塵上……。

CRISPR 基因編輯療法極有可能在今年正式通過批准。圖/Envato Elements

No.7 阿茲海默有藥醫

美國 FDA 將在年初宣布,Eisai 製藥公司和 Biogen 生技公司開發的 lecanemab,是否可以用來治療阿茲海默患者。

該藥物就像一台大腦專用的掃地機器人,為單克隆抗體,可以清除大腦中積累的 β 澱粉樣蛋白;在包含了 1785 名早期阿茲海默患者的臨床試驗中顯示,比起安慰劑,能減緩認知能力下降的速度約 27%。不過,有些科學家認為這效果只能說是還好,也有些擔心藥物不夠安全。

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無獨有偶,另一款由美國的 Anavex Life Sciences 開發的阿茲海默藥物 blarcamesine,目前也正在臨床試驗階段;它能啟動一種可提高神經元穩定性及相互連接能力的蛋白質,就像是幫神經元升級了連線速度與品質,估計在今年會持續帶來新消息。

blarcamesine 能幫神經元升級連線速度與品質。圖/Envato Elements

No.6 迷幻療法

2023 年,也極可能立下迷幻藥被用於醫療用途的里程碑。

多個相關臨床研究都進展到第三期,例如為 PTSD 創傷後症候群設計的新療法,結合了心理治療與 MDMA 亞甲二氧甲基苯丙胺,也就是所謂的搖頭丸,在臨床三期中,67% 的患者不再被診斷有 PTSD。

而來自迷幻蘑菇的裸蓋菇素,則被用來治療難治型憂鬱症,其臨床二期結果令人鼓舞。233 名難治型憂鬱症患者分成三組,在服用不同劑量裸蓋菇素後,每一組的憂鬱症量表分數都降低;而劑量最重的那組,其降幅最顯著。

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最後是 K 他命,竟然成為對抗酒精使用障礙的療法!酒精使用障礙包括酗酒、酒精依賴、成癮等,86% 的臨床試驗病人,在接受新療法後六個月,持續戒除酒精。

然而,也有科學家警告這些樂觀訊息中有炒作成份,就讓我們持續關注吧!

迷幻藥能有效治療病情!?圖/Envato Elements

看到這你可能會想,第六到十名怎麼都是跟醫療健康有關的大事件呢?別急!在下一篇中,我們接著介紹更精采的第五到第一名!

也歡迎大家跟我們分享,你知道的、即將在 2023 年發生的科學大事件!

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期待在 2023 年即將發生的科學大事件!圖/GIPHY

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你知道基因改造,那知道「基因編輯」技術嗎?讓專家一次告訴你!
台灣科技媒體中心_96
・2022/06/29 ・3505字 ・閱讀時間約 7 分鐘

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英國環境食品與鄉村事務部(DEFRA)於 2022 年提出的《基因技術(精準育種)法案》。
圖/envato

英國環境食品與鄉村事務部(DEFRA)於今(2022)年 5 月 25 日提出的《基因技術(精準育種)法案》(Genetic Technology (Precision Breeding) Bill),6 月 15 日已過二讀討論,6 月 28 日將進入下一個審議階段。該法案針對精準育種的動植物,以及由這些動植物生產出的食品與飼料,提供開放銷售相關的風險評估。

台灣科技媒體中心邀請專家說明目前的研究與技術,4 位專家皆解釋精準育種技術更能縮短育種作物的時程,並指出該法案可供臺灣參考的面向。

法案修訂,提升糧食生產策略的重要性

臺灣大學生物科技研究所教授 兼 生物資源暨農學院副院長 劉嚞睿 表示,目前各國用基因編輯技術,做為基礎開發的新興精準育種技術產品,管理方式並不一致。所以目前國際上,是否以基因改造生物的規範來管理新興的精準育種技術產品,仍未達成共識,會影響新興精準育種技術產品的開發。

成功大學生物科技與產業科學系副教授 郭瑋君 指出,過去,美國對科技作物相對開放,而多年來歐盟強力反對。英國作為歐洲的三大強權之一,提出此修訂案,開放精準育種作物的產業研發及銷售,反應出此技術不再只是美國自身的國際貿易考量,而是提升未來糧食生產的重要策略。

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英國開放精準育種技術,可能是提升糧食產量的重要策略。圖/envato

郭瑋君認為,這對全球有顯著的指標作用,相信此舉也會帶動歐盟未來思量修改相關法案。但郭瑋君也指出,該法案所提的專一基因編輯,在臺灣的精準育種技術只在研究單位進行,以分析作物的基因功能為主,目前仍未發展於產業育種。

郭瑋君表示,精準育種技術可以直接修改植物的基因,因此最大的潛力是可以去除造成植物生長弱勢的基因,而提高生長能力及永續栽培方法的應用。她說,精準育種技術可以顯著縮短育種時程,從 10 年縮短到 1 年半,這在因應氣候變遷造成每年極端氣候,加快培育有抗性的作物品種,有極大的助益。

郭瑋君舉例,自精準育種技術於 2013 年成功改變植物基因後,2017 年美國食品藥物管理局(FDA)即已核準了精準育種可抗旱的大豆、増加含油量的亞麻,及不會變黑的蘑菇上市。

臺灣大學農藝學系副教授 蔡育彰 表示,英國提出修訂精準育種法案,是繼美國、澳洲、日本等國之後,將基因編輯作物與基因改造作物做出區別。

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目前已訂定法規中允許的精準育種作物,主要是影響作物本身特定的基因表現。

精準育種可以大幅縮短育種時程、因應快速來臨的極端氣候。圖/envato

蔡育彰認為,這種改變原本特定基因表現的作物,與現行一般育種方法所育成的作物相似,若再輔以目前成熟的全基因組定序分析技術,可完整的比對出精準育種作物與對照品種的基因組序列差異,後續相關安全性評估可與過去一般品種育成的流程相似。

臺灣海洋大學水產養殖學系副教授/前系主任 龔紘毅,同時也是執行科技部、農委會與多項產學合作的計畫主持人。龔紘毅指出,精準育種技術幫助我們減少對農藥及抗生素的依賴,減少對環境的影響並改善動物福利,增加動植物的營養價值,從而提高糧食系統的生產力、復原力及可持續性。

龔紘毅說明,臺灣現在發展的精準育種技術有「基因體選育」(Genome selection)與「基因體編輯技術」,前者需要有明顯不同性狀的族群樣品並選育物種,但相對也會投入很高的成本,較適合少數高產量與高經濟規模的物種。

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臺灣現在發展的精準育種技術有「基因體選育」(Genome selection)與「基因體編輯技術」。
圖/envato

龔紘毅表示,臺灣在農業基因體學和遺傳技術有豐沛的能量及基礎研究,可借鏡英國法規,制定輕度監管的方式,釋放研發及促進農業產業發展的能量,且制定符合台灣最大效益的規則。龔紘毅提到,日本專家及政府在制訂精準育種法規的前瞻性、推廣經驗與鼓勵新創,也值得臺灣加以借鏡學習。

他指出,日本與臺灣均為水產消費大國,日本雖然在基因改造生物(GMO)法規上嚴格管理,但學界與政府認為基因編輯技術在精準育種具有龐大的發展潛力,因此在基因編輯法規超前部署,制定明確且兼顧產業發展與生物安全的法規制度。同時在科學教育及注重新興技術與民眾溝通、宣導和知的權利。

精準育種,相對縮短培育時程

劉嚞睿說明,依臺灣「食品安全衛生管理法」定義,基因改造是指使用基因工程或分子生物技術,將遺傳物質轉移或轉殖到活細胞或生物體,產生基因重組現象。基因改造技術食品含有外源基因,對人體健康與環境生態可能有影響。

不過他舉例,三種基因編輯技術中,其中兩種技術的衍生產品,不含有外源基因。所以除了歐盟仍以基因改造生物的規範進行管理以外,大多數國家認定風險與安全性應與傳統育種無異,故認為不屬於基因改造產品。

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劉嚞睿指出,基因編輯技術可在不含外源基因的情況下,精準快速的改變生物體內特定的基因序列,大幅縮短育種時間,帶動新興精準育種技術的發展。但此精準育種技術,透過人為的操控物種基因體,甚至影響物種的基因多樣性,仍引起諸多道德倫理與社會價值的矛盾與衝突。

用人為方式改變生物基因的精準育種技術,仍有道德倫理上的疑慮。圖/envato

蔡育彰說明,精準育種使用的基因編輯技術,與傳統基因改造不同,傳統基因改造是經由外加的基因。他指出,實際應用的困難在於,精準育種此技術應用在不同作物、品種和品系上,效率也都不同。由於目前法規允許的精準育種技術有限制 DNA 序列的變異型式,應用於許多現行栽培的作物種類上可能預期效果較有限。蔡育彰也提醒,精準育種技術的應用也需要對目標作物的基因組序列有完整的了解。

郭瑋君指出,基因改造主要技術核心是,永久放置「非植物」的基因片段於農作物體內,如抗病或抗蟲或抗農藥基因,可能來源是昆蟲或細菌,以提高基因改造作物的產量。因此這些外來基因在作物內會產生外來的蛋白質,可能栽種時造成其它生物如昆蟲的生長或演化上的變異,在食用時可能成為人類食物的過敏源。

郭瑋君解釋,精準育種技術是直接去除或變異「植物」本身的基因片段,最終的育種作物不會有外來的基因或蛋白質。

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與基因改造不同,精準育種的基因編輯技術,只會剔除、不會新增外來基因到農作物體內。圖/envato

龔紘毅解釋,精準育種中的基因編輯技術,讓科學家能幫助農民和生產者開發出有益處的植物和動物品種,這些也能通過傳統育種和自然過程發生,但基因編輯可以更有效和更精準的大幅縮短選育新品種所需的時間。

台灣科技媒體中心表示,目前英國的精準育種技術仍屬於基因改造生物(GMO)法規的監管下,若此法案通過,將有利於精準育種技術與產業發展,但是,使用精準育種技術的作物是否納入或獨立於「基改作物」的法規規範,仍待持續關注與討論。雖然英國、紐西蘭、澳洲等都有專家長年持續的討論基因改造作物與基因編輯作物的技術,但在臺灣仍十分缺少對此科學議題的專業看法與討論

台灣科技媒體中心總結,透過科學家說明目前的研究與技術,能幫助在科學技術被誤解之前,提供正確的資訊以利討論。雖然這次是在英國提出的精準育種法案,但未來臺灣若有相關發展,也可以做為參考的資料。

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基因編輯一定有風險,評測 CRISPR 工具的脫靶率
活躍星系核_96
・2019/03/25 ・2415字 ・閱讀時間約 5 分鐘 ・SR值 604 ・九年級

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  • 本文來自《领研网》。撰文/戚譯引。

中國科學家發表兩篇 Science 論文,對多種基因編輯工具進行「測評」。兩項研究都指出,被學界看好的單鹼基編輯工具有著極高的脫靶風險,其中一項還提出了全新的脫靶率檢測技術「 GOTI 」。

圖/pixabay

CRISPR 基因編輯技術已經發展出多種形式,然而它們都隱含著同樣的風險,那就是脫靶(off-target——意外編輯了基因組中其他的基因,造成不可預測的後果。在去年底引發巨大爭議的賀建奎事件中,許多科學家就表達了同樣的擔憂:這次編輯究竟有沒有發生脫靶?你怎麼證明沒有脫靶?

學術界早就意識到脫靶問題的存在,但量化評估十分困難。3月1日,中國科學家為主的兩個團隊在 Science發表論文,每篇論文只有兩頁,卻揭示了同一個重要的資訊:

基因編輯有風險,其中單鹼基編輯系統(base editor)脫靶尤其嚴重。

什麼是單鹼基編輯?

單鹼基編輯技術由 CRISPR-Cas9 改進而來。CRISPR 技術的基本原理,就是用 RNA 引導 Cas9 等核酸內切酶對 DNA 上的目的地區域進行編輯,可以刪除或啟動目標基因。核酸內切酶有許多種,Cas9 是其中最早被發現、應用最廣泛的,此後被發現的酶還有 Cpf1、Cas12b、Cas13 等。

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Cas9 同時對 DNA 的雙鏈進行剪切,形成雙鏈斷裂(double strand breaks,DSBs),修復的過程中容易產生新的突變。而單鹼基編輯器對 Cas9 進行了改進,並添加了脫氨酶(deaminase),只對 DNA 的一條鏈進行切割,然後精確地對一個鹼基進行修改。

去氧核醣核酸(DNA)的雙股螺旋結構。在該結構中的原子是按元素進行顏色編碼,還有兩個鹼基對的詳細結構示於右下角。圖/wikimedia

根據目標鹼基的不同,單鹼基編輯工具可分成兩類,一類是胞嘧啶單鹼基編輯器(cytidine base editor,CBE),將胞嘧啶(C)轉換成胸腺嘧啶(T);另一類是腺嘌呤鹼基編輯器(adenine baseeditor,ABE),將腺嘌呤(A)轉換成鳥嘌呤(G)。

單鹼基編輯看起來操作更精確,因而被寄予厚望。但這次的兩篇 Science 論文對不同編輯技術的脫靶率進行了評估,發現胞嘧啶單鹼基編輯器具有極高的風險。

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全基因組範圍的脫靶效應:自然突變的兩倍

圖/pixabay

中國科學院遺傳與發育生物學研究所高彩霞團隊用水稻進行實驗,發現 CBE 會引發全基因組範圍的脫靶效應,其引發的突變數量大約是自然環境下發生突變的兩倍(DOI: 10.1126/science.aaw7166)。

高彩霞團隊借助全基因組測序技術,對三種應用廣泛的單鹼基編輯工具 BE3、高保真 BE1(HF1-BE3)和 ABE 進行了檢驗。與野生型對照組和 ABE 相比,BE3 和 HF1-BE3(均屬於 CBE)引發了數量顯著更多的單核苷酸變異(single nucleotide variant,SNV),主要是將基因組中其他部位的胞嘧啶也變成了胸腺嘧啶。

研究還發現,脫靶預測演算法 Cas-OFFinder 預測並不準確。在接受 BE3 編輯的植株中,只有 6 處突變發生在預測的 3 個突變部位中;而在接受 HF1-BE3 和 ABE 編輯的植株中,沒有一處突變發生在預測的部位中。

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GOTI:評估脫靶的新方法

圖/pixabay

中國科學院神經科學研究所楊輝團隊和史丹佛大學 Lars M. Steinmetz 團隊合作的研究,也得出了相似的結論:Cas9 和 ABE 引發的單核苷酸變異較少,而 CBE 讓突變的數量翻了 20 (DOI: 10.1126/science.aav9973)。

該研究的另一亮點在於提出了全新的脫靶評估技術 GOTI(Genome-wide Off-target analysis byTwo-cell embryo Injection):在小鼠胚胎卵裂球的二細胞期,對其中一個細胞進行基因編輯,並進行螢光蛋白 tdTomato 標記;隨後,在胚胎發育的第 14.5 天用流式細胞儀(FACS)將兩個細胞的子代進行分離,分別進行測序。

借助 GOTI 技術,科學家第一次能夠對脫靶進行全面的量化評估。楊輝團隊對 CRISPR-Cas9、BE3 和 ABE7.10 進行了檢驗,全部 12 組中發生的插入/缺失(indel)數量在 0 到 4 之間,並且沒有一個發生在預測的脫靶部位。

實驗發現,在經過 BE3 編輯的胚胎中平均發生 283 個 SNV;相比之下,經過 ABE7.0 編輯的胚胎平均發生 10 個 SNV,與自然突變的數量無顯著差異。而且, BE3 編輯引發的一些突變發生在原癌基因或抑癌基因上,這進一步提示了可能的致癌風險。

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臨床應用要謹慎

圖/pixabay

Science 採訪了業內人士對此的看法。

  • 哈佛大學化學家、第一代鹼基編輯器的發明者劉如謙(David Liu)認為:基因編輯的錯誤整體上仍屬罕見,不太可能對實驗室應用造成影響,但足以為那些想要在病人身上進行試驗的人敲響警鐘。
  • Cas-OFFinder 的發明者、來自韓國國立首爾大學(Seoul National University)的 Jin-Soo Kim 說:「這兩篇論文很有趣,也很重要。現在重要的是找出是哪一種成分引發了其他突變,以及如何減少或消除它。」
  • 麻省總醫院(Massachusetts General Hospital)病理學家、劉如謙的合作夥伴 J. Keith Joung 認為:對編輯器中的脫氨酶或其他成分進行改進或許能夠減少脫靶效應。

基因編輯療法被寄予厚望。在治療鐮刀形紅血球貧血症萊伯氏先天性黑蒙症方面,相關治療手段已進入臨床試驗階段。而這兩項研究進一步提示了基因編輯技術可能存在的風險,再次說明了在投入臨床應用前進行充分安全性評估的必要性。

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活躍星系核_96
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活躍星系核(active galactic nucleus, AGN)是一類中央核區活動性很強的河外星系。這些星系比普通星系活躍,在從無線電波到伽瑪射線的全波段裡都發出很強的電磁輻射。 本帳號發表來自各方的投稿。附有資料出處的科學好文,都歡迎你來投稿喔。 Email: contact@pansci.asia