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未來的生物科技發展方向—合成生物學

活躍星系核_96
・2015/09/01 ・1599字 ・閱讀時間約 3 分鐘 ・SR值 521 ・七年級

文 / 李根濤、李金燁 (2015年 長庚大學 國際基因工程機械競賽團隊。)

隨著DNA被發現、分子生物學的掘起後,人類開始懂得如何透過改造生物的基因讓社會變成更為美好,但目前要理解生物的原理和應用方法也是有一定的困難,所以科學家就思考如何把生物的技術變成SOP (standard operationg procedure),由此產生了一個新的科學領域——「合成生物學」(synthetic biology)。

什麼是「合成生物學」?

我們看到深海中的水母發出柔和的螢光,那是它產生的螢光蛋白質在發揮作用;玫瑰花散發花香,那是它產生芳香類有機化合物……生物因其DNA序列不同、DNA表現程度不同,形成大自然多樣多姿的美態。

在這些具有特定功能與表現的DNA片段的研究和發現過程中,科學家們開始試圖用另一種角度看待它,將DNA視為由大大小小的「零件」組成,各司其職執行著特殊的「任務」,也能像小時候我們玩的積木一樣,想要做什麼就可以做什麼,也是因為這個概念而發展出「生物積木」(biobrick),讓大家不再覺得生物的改造是件難事。

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source:bioon
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合成生物學是一個跨領域的科目,它結合了數學、化學、電腦軟體、工程、生物等技術範疇,因此人才需求不斷提升。目前發展的情況其實和過去的電腦科技頗為相似:在今天,電腦科技影響著每一個人,而在未來合成生物學也勢必會領導著不同領域的發展,包括醫學、製藥、化工、能源、材料、農業等。

source:igem
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國際基因工程機械競賽(iGEM)

國際基因工程機械競賽(International Genetically Engineered Machine Competition, iGEM),期望通過競賽的形式,回答合成生物學中的核心問題 —— 能否在活細胞中使用可互換的標準化「生物積木」(biobrick)構建簡單的生物系統,並且加以操縱。

所謂「積木」,就是上述提到的含有特定DNA的「生物元件」,可以被自由「剪輯」(digestion)、「修飾」(modification)、「拼接」(ligation),構建新的系統。

每支參賽隊伍都會由大會提供和使用標準化後的「生物積木」,利用標準化的基因工程方法,組裝成不同功能的人工生物系統,並進行操縱和測量。比賽裡會要求學生們自己選擇題目,利用課餘時間合作完成相應的實驗、電腦模擬計算,和工程應用等工作,充分鍛煉了學生的獨立工​​作能力和團隊協作能力,同時也培養了學生對於科學的熱情。

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參賽學生可將研究所取得的有用成果提交給iGEM的競賽委員會,供全球的科學家共享參賽隊伍的研究成果。此外這項競賽也為不同國家、不同專業的大學生提供了一個相互交流的國際舞台。

iGEM

關於我們——長庚大學學生研究團隊

2015年的冬天,一群不同專業背景的學生走在一起(包括生醫系、生技系、化材系、電子系、資管系),共17名同學。透過在課堂上和專題研究所學到的知識應用到我們的社會。而我們主要研究的主題是口腔癌的檢測。

在台灣致死率排名前五的癌症有肺癌、乳癌等,但是大眾對於口腔癌相對而言比較陌生。因此今年長庚大學的研究團隊希望透過設計口腔癌的篩檢方法,而且讓大眾了解口腔癌防治的重要性。目前團隊已鎖定了口腔癌患者口水裡的一種蛋白質—IL-8 (Interleukin 8),透過這蛋白質能告訴我們到底有沒有患癌,也稱為「生物標記」(biomarker)。透過使用酵母菌(Yeast)和大腸桿菌(E.coli)為工程菌,把「生物積木」送進細菌裡。當細菌們遇到IL-8蛋白的時候,會激發細菌產生綠螢光蛋白(GFP),再利用光學儀器測量綠螢光蛋白的亮度,從而初步判斷是否患有口腔癌。

今年的9月中,我們研究團隊會把成果帶到美國波士頓參加國際基因工程機械競賽(iGEM),希望把這個成果與其他國家的人分享以及交流意見。

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iGEM1

參考來源:

  • 合成生物學
  • Cultivation of Synthetic Biology with the iGEM Competition
  • [JOURNAL OF ADVANCED COMPUTATIONAL INTELLIGENCE, v. 17, (2), 2013, p. 161-166}]
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活躍星系核_96
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活躍星系核(active galactic nucleus, AGN)是一類中央核區活動性很強的河外星系。這些星系比普通星系活躍,在從無線電波到伽瑪射線的全波段裡都發出很強的電磁輻射。 本帳號發表來自各方的投稿。附有資料出處的科學好文,都歡迎你來投稿喔。 Email: contact@pansci.asia

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人與 AI 的關係是什麼?走進「2024 未來媒體藝術節」,透過藝術創作尋找解答
鳥苷三磷酸 (PanSci Promo)_96
・2024/10/24 ・3176字 ・閱讀時間約 6 分鐘

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本文與財團法人臺灣生活美學基金會合作。 

AI 有可能造成人們失業嗎?還是 AI 會成為個人專屬的超級助理?

隨著人工智慧技術的快速發展,AI 與人類之間的關係,成為社會大眾目前最熱烈討論的話題之一,究竟,AI 會成為人類的取代者或是協作者?決定關鍵就在於人們對 AI 的了解和運用能力,唯有人們清楚了解如何使用 AI,才能化 AI 為助力,提高自身的工作效率與生活品質。

有鑑於此,目前正於臺灣當代文化實驗場 C-LAB 展出的「2024 未來媒體藝術節」,特別將展覽主題定調為奇異點(Singularity),透過多重視角探討人工智慧與人類的共生關係。

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C-LAB 策展人吳達坤進一步說明,本次展覽規劃了 4 大章節,共集結來自 9 個國家 23 組藝術家團隊的 26 件作品,帶領觀眾從了解 AI 發展歷史開始,到欣賞各種結合科技的藝術創作,再到與藝術一同探索 AI 未來發展,希望觀眾能從中感受科技如何重塑藝術的創造範式,進而更清楚未來該如何與科技共生與共創。

從歷史看未來:AI 技術發展的 3 個高峰

其中,展覽第一章「流動的錨點」邀請了自牧文化 2 名研究者李佳霖和蔡侑霖,從軟體與演算法發展、硬體發展與世界史、文化與藝術三條軸線,平行梳理 AI 技術發展過程。

圖一、1956 年達特茅斯會議提出「人工智慧」一詞

藉由李佳霖和蔡侑霖長達近半年的調查研究,觀眾對 AI 發展有了清楚的輪廓。自 1956 年達特茅斯會議提出「人工智慧(Artificial Intelligence))」一詞,並明確定出 AI 的任務,例如:自然語言處理、神經網路、計算學理論、隨機性與創造性等,就開啟了全球 AI 研究浪潮,至今將近 70 年的過程間,共迎來三波發展高峰。

第一波技術爆發期確立了自然語言與機器語言的轉換機制,科學家將任務文字化、建立推理規則,再換成機器語言讓機器執行,然而受到演算法及硬體資源限制,使得 AI 只能解決小問題,也因此進入了第一次發展寒冬。

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圖二、1957-1970 年迎來 AI 第一次爆發

之後隨著專家系統的興起,讓 AI 突破技術瓶頸,進入第二次發展高峰期。專家系統是由邏輯推理系統、資料庫、操作介面三者共載而成,由於部份應用領域的邏輯推理方式是相似的,因此只要搭載不同資料庫,就能解決各種問題,克服過去規則設定無窮盡的挑戰。此外,機器學習、類神經網路等技術也在同一時期誕生,雖然是 AI 技術上的一大創新突破,但最終同樣受到硬體限制、技術成熟度等因素影響,導致 AI 再次進入發展寒冬。

走出第二次寒冬的關鍵在於,IBM 超級電腦深藍(Deep Blue)戰勝了西洋棋世界冠軍 Garry Kasparov,加上美國學者 Geoffrey Hinton 推出了新的類神經網路算法,並使用 GPU 進行模型訓練,不只奠定了 NVIDIA 在 AI 中的地位, 自此之後的 AI 研究也大多聚焦在類神經網路上,不斷的追求創新和突破。

圖三、1980 年專家系統的興起,進入第二次高峰

從現在看未來:AI 不僅是工具,也是創作者

隨著時間軸繼續向前推進,如今的 AI 技術不僅深植於類神經網路應用中,更在藝術、創意和日常生活中發揮重要作用,而「2024 未來媒體藝術節」第二章「創造力的轉變」及第三章「創作者的洞見」,便邀請各國藝術家展出運用 AI 與科技的作品。

圖四、2010 年發展至今,高性能電腦與大數據助力讓 AI 技術應用更強

例如,超現代映畫展出的作品《無限共作 3.0》,乃是由來自創意科技、建築師、動畫與互動媒體等不同領域的藝術家,運用 AI 和新科技共同創作的作品。「人們來到此展區,就像走進一間新科技的實驗室,」吳達坤形容,觀眾在此不僅是被動的觀察者,更是主動的參與者,可以親身感受創作方式的轉移,以及 AI 如何幫助藝術家創作。

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圖五、「2024 未來媒體藝術節——奇異點」展出現場,圖為超現代映畫的作品《無限共作3.0》。圖/C-LAB 提供

而第四章「未完的篇章」則邀請觀眾一起思考未來與 AI 共生的方式。臺灣新媒體創作團隊貳進 2ENTER 展出的作品《虛擬尋根-臺灣》,將 AI 人物化,採用與 AI 對話記錄的方法,探討網路發展的歷史和哲學,並專注於臺灣和全球兩個場景。又如國際非營利創作組織戰略技術展出的作品《無時無刻,無所不在》,則是一套協助青少年數位排毒、數位識毒的方法論,使其更清楚在面對網路資訊時,該如何識別何者為真何者為假,更自信地穿梭在數位世界裡。

透過歷史解析引起共鳴

在「2024 未來媒體藝術節」規劃的 4 大章節裡,第一章回顧 AI 發展史的內容設計,可說是臺灣近年來科技或 AI 相關展覽的一大創舉。

過去,這些展覽多半以藝術家的創作為展出重點,很少看到結合 AI 發展歷程、大眾文明演變及流行文化三大領域的展出內容,但李佳霖和蔡侑霖從大量資料中篩選出重點內容並儘可能完整呈現,讓「2024 未來媒體藝術節」觀眾可以清楚 AI 技術於不同階段的演進變化,及各發展階段背後的全球政治經濟與文化狀態,才能在接下來欣賞展區其他藝術創作時有更多共鳴。

圖六、「2024 未來媒體藝術節——奇異點」分成四個章節探究 AI 人工智慧時代的演變與社會議題,圖為第一章「流動的錨點」由自牧文化整理 AI 發展歷程的年表。圖/C-LAB 提供

「畢竟展區空間有限,而科技發展史的資訊量又很龐大,在評估哪些事件適合放入展區時,我們常常在心中上演拉鋸戰,」李佳霖笑著分享進行史料研究時的心路歷程。除了從技術的重要性及代表性去評估應該呈現哪些事件,還要兼顧詞條不能太長、資料量不能太多、確保內容正確性及讓觀眾有感等原則,「不過,歷史事件與展覽主題的關聯性,還是最主要的決定因素,」蔡侑霖補充指出。

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舉例來說,Google 旗下人工智慧實驗室(DeepMind)開發出的 AI 軟體「AlphaFold」,可以準確預測蛋白質的 3D 立體結構,解決科學家長達 50 年都無法突破的難題,雖然是製藥或疾病學領域相當大的技術突破,但因為與本次展覽主題的關聯性較低,故最終沒有列入此次展出內容中。

除了內容篩選外,在呈現方式上,2位研究者也儘量使用淺顯易懂的方式來呈現某些較為深奧難懂的技術內容,蔡侑霖舉例說明,像某些比較艱深的 AI 概念,便改以視覺化的方式來呈現,為此上網搜尋很多與 AI 相關的影片或圖解內容,從中找尋靈感,最後製作成簡單易懂的動畫,希望幫助觀眾輕鬆快速的理解新科技。

吳達坤最後指出,「2024 未來媒體藝術節」除了展出藝術創作,也跟上國際展會發展趨勢,於展覽期間規劃共 10 幾場不同形式的活動,包括藝術家座談、講座、工作坊及專家導覽,例如:由策展人與專家進行現場導覽、邀請臺灣 AI 實驗室創辦人杜奕瑾以「人工智慧與未來藝術」為題舉辦講座,希望透過帶狀活動創造更多話題,也讓展覽效益不斷發酵,讓更多觀眾都能前來體驗由 AI 驅動的未來創新世界,展望 AI 在藝術與生活中的無限潛力。

展覽資訊:「未來媒體藝術節——奇異點」2024 Future Media FEST-Singularity 
展期 ▎2024.10.04 ( Fri. ) – 12.15 ( Sun. ) 週二至週日12:00-19:00,週一休館
地點 ▎臺灣當代文化實驗場圖書館展演空間、北草坪、聯合餐廳展演空間、通信分隊展演空間
指導單位 ▎文化部
主辦單位 ▎臺灣當代文化實驗場

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人類有可能扮演上帝嗎?喬治.丘奇的基因科學之夢(下)——《未來的造物者》
臉譜出版_96
・2023/11/13 ・4303字 ・閱讀時間約 8 分鐘

人類改良

二○一三年,「去滅絕」觀念在集結分子生物學者、環保主義者與記者的 TED x 去滅絕研討會上廣受接納,與會者討論了讓長毛象、袋狼(Tasmanian tiger)等物種起死回生的可能性。布蘭特在會上發表了一場引人深思的演說,論及生物多樣性的喪失,以及利用丘奇的科技再次賦予滅絕動物生命的機會。他藉著研討會與 TED 平臺推出「基因重現及復原計畫」(Revive and Restore),旨在調查生物滅絕的原因、保存生物學與遺傳上的多樣性,並且應用生物科技修復我們的生態系統。

布蘭特的 TED 演講大受好評,同時卻也令許多人又驚又怒,一些科學家、環保主義者聽到布蘭特想讓滅絕已久的生物死而復生,不禁感到十分驚恐。這可不僅是複製現存的動物那麼簡單——也不是在複製曾經生存在地球上的動物——而是模糊了現存與滅絕動物之間原本分明的壁壘。況且,丘奇也表明自己不僅對長毛象與鴿子感興趣,還想拿尼安德塔人(Neanderthal)的 DNA 來做實驗——他不僅想復活其他動物,甚至想改良人類。

尼安德塔人。圖/wikimedia

你也許和過去的科學家一樣,認為尼安德塔人是原始的次人類物種,基本上就是粗獷、野蠻版的人類。不過從近期的研究看來,尼安德塔人其實十分聰明,他們不僅建造了有組織的文明,以物種而言也十分成功,存活了二十五萬年。(作為對比,研究者認為最古老的智人〔Homo sapiens〕生存於三十萬年前的地球。)尼安德塔人的身體能有效保溫,因此能在嚴酷的環境生存,而且他們非常強壯——這部分倒是符合人們對他們的刻板印象——卻也擁有良好的精細肌動技能(fine motor skills),能夠做到精細的動作。若製作智人與尼安德塔人(Homo neanderthalensis)的雜交種,或許就能創造較健壯的人類物種,這種新尼安德塔人可能可以面對現代的氣候變遷難題與極端天氣事件,也比較有可能在遷徙至全新環境時存活下來。

目前已經有人定序歐洲與亞洲出土的幾組尼安德塔人化石基因體,接下來科學家便能小片段分析與合成此基因體,在人類幹細胞中拼組出正確的尼安德塔人 DNA 序列,如此一來,理論上就能做出尼安德塔人複製體了。我們來聽聽丘奇的說明吧:

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你會先從成年人類的幹細胞基因體著手,逐步反向操作回推至尼安德塔人基因體,或者是合理程度上相近的基因體。這些幹細胞可以生產組織與細胞。假如未來社會接受複製動物的觀念,也重視真正的人類多樣性,那甚至能將完整的尼安德塔人複製出來。

出生於現代的尼安德塔人當然會面臨許多挑戰,舉例而言,典型的西方人飲食多為乳製品、精緻穀物製品與加工食品,即使是鐵胃的尼安德塔人可能也無法消化塔可鐘(Taco Bell)的起司玉米片多力多滋瘋狂塔可餅——你如果沒吃過,可以把它想像為多力多滋做成的塔可餅,裡頭包著調味過的廉價絞肉與抗結劑做成的切達起司混合物。尼安德塔人再怎麼健壯,兩份塔可餅下肚後,他們——還有他們的史前消化系統——想必也會舉旗投降。

塔可鐘的起司玉米片多力多滋瘋狂塔可餅。圖/Taco Bell

你或許認為復活尼安德塔人這種想法糟糕至極,那如果我們單純借用幾段尼安德塔人基因,稍微修改人類自己的身體呢?你想想看,尼安德塔人可是沒有乳糜瀉(celiac disease)這種疾病,不會像現代一些人一樣對麩質過敏而導致身體疼痛。他們的免疫反應與我們不同,研究者也許能藉助尼安德塔人免疫系統,找出根治類風溼關節炎(rheumatoid arthritis)、多發性硬化症(multiple sclerosis)與克隆氏症(Crohn’s disease)等自體免疫疾病的方法。此外,尼安德塔人的骨骼非常堅硬,我們也許能借用骨骼密度相關的基因,用以治療數億女性在逐漸老化時不得不面對的骨質疏鬆問題。

***

你也許會覺得混合尼安德塔人與智人基因並讓代理孕母生下這樣的融合生物,聽起來完全就是恐怖片或反烏托邦科幻小說的劇情——沒錯,許多虛構作品的確探討了類似的議題,而在大部分故事中,人類試圖改變上帝偉大的計畫時,往往會招致災難。這類作品包括:H.G.威爾斯(H. G. Wells)的《攔截人魔島》(The Island of Dr. Moreau,一八九六)、阿道斯.赫胥黎(Aldous Huxley)的《美麗新世界》(Brave New World,一九三一)、法蘭克.赫伯特(Frank Herbert)的《沙丘》(Dune,一九六五)、娥蘇拉.勒瑰恩(Ursula Le Guin)的《黑暗的左手》(The Left Hand of Darkness,一九六九)、南希.克雷斯(Nancy Kress)的《西班牙乞丐》(Beggars in Spain,一九九一),以及理查.摩根(Richard Morgan)的《碳變》(Altered Carbon,二○○二)。這同時也是《星艦迷航記》(Star Trek)與漫威(Marvel)X戰警(X-Men)系列頻頻討論的議題,後者的反派角色萬磁王(Magneto)甚至打算「讓智人臣服於變種人!」。

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綜觀歷史,無論是科學或社會都不樂見任何人扮演上帝,甚至是談論扮演上帝相關的議題。瑪麗.雪萊僅僅是撰寫了關於怪物的故事——並不是創造出真正的怪物——就因為故事太具顛覆性而不敢以本名出版作品,以免政府剝奪她扶養孩子的權利。

桃莉羊被複製出來時引起許多恐慌。圖/giphy

桃莉羊成功複製出來時,全球各地無數人召開了緊急會議與記者會,幾乎無人注意到桃莉羊計畫明文道出的宗旨:增進我們對生物發育過程中細胞變化的瞭解。人們迅速做出了極端負面的反應,密蘇里大學聖路易斯分校(University of Missouri in St. Louis)醫學倫理學者隆納.孟松(Ronald Munson)博士對《紐約時報》表示:「精靈已經從神燈裡放出來了。」他接著質問道:下一步會是什麼,難道要用十字架上的一滴血把耶穌基督也複製出來?波士頓大學(Boston University)公共衛生學院公衛法律系主任喬治.安納斯(George Annas)教授也對生物學與遺傳學界表示譴責。「正確的反應該是驚恐才對。」他說道,並聲稱按邏輯推演,下一步想必就是複製人類了。「父母並沒有權利收集孩子的細胞,做出那個孩子的複製品。大眾對於複製人的反對聲浪是對的。」蘇格蘭教會甚至正式頒布教令,要求聯合國通過具約束力的禁令,禁止複製生物行為。該教會引用《舊約》的《耶利米書》(Jeremiah)1:4-5,表明人類不可取代上帝:「耶和華……〔說〕:『我未將你造在腹中,我已曉得你;你未出母胎,我已分別你為聖。』」美國總統比爾.柯林頓特地舉辦一場活動並安排電視轉播,在活動上宣布禁止聯邦政府提供經費給任何複製人類相關的研究計畫。

CNN與《時代》(Time)雜誌在一九九七年三月一日發表的調查結果顯示,多數美國人突然對核轉置技術——生物複製技術之一——產生了明確的意見。現在說來你也許會覺得難以置信,不過在桃莉羊誕生前,那些人大多從未花心思想過複製生物議題,也從沒思考過核轉置技術相關的問題。那份調查中,三分之一填答者表示他們為桃莉羊的存在深感不安,甚至願意參加反對生物複製的公眾示威與抗議。在桃莉羊問世將近二十五年後的今日,我們獲得了重要的知識、新生物科技,以及對生命運作模式更廣泛的理解。地球可還沒被惡魔複製羊攻占呢。多虧了桃莉羊,科學家開始複製成人的幹細胞,進而創造出人工「誘導性多功能幹細胞」(induced pluripotent stem cell,iPSC),並將之用於醫學研究。有了 iPSC 之後,利用胚胎做研究的需求減少了,多少消弭了胚胎研究多年來引起的倫理疑慮。研究者能用 iPSC 研究老化過程——並且首次將成年細胞再程序化,表現出年輕細胞的特性。這類研究開啟了新一道大門:人類也許能使用各種幹細胞療法治療疾病,畢竟解藥若出自病人自身的遺傳密碼,那就不可能受免疫系統排斥了。今天已經有許多再生醫學療法可用以治療血液相關疾病,其中包括白血病、淋巴癌(lymphoma)與多發性骨髓瘤(multiple myeloma),以及心衰竭等其他退行性疾病。

研究者能用 iPSC 研究老化過程——並且首次將成年細胞再程序化,表現出年輕細胞的特性。圖/giphy

要改變人們的信念與觀感往往要花費大量時間,而這也無可厚非——我們畢竟受數百年的著作與根深柢固的社會價值觀影響。科學家經常在無預警的情況下發表驚天動地的新發現,當我們面對這些挑戰現存思想的新聞時,自然會感到震驚、疑惑,甚至是焦慮,而有時連科學界內部人士也會感到不安。當丘奇的生物去滅絕想法廣泛傳開後,《科學人》(Scientific American)的編審委員會在二○一三年寫了一篇帶諷刺意味的譴責文章,主要論點是丘奇花在這份實驗性技術上的金錢,應該用在傳統保育行動上才對。丘奇自己也在《科學人》發表一篇文章反駁他們,在文中鎮定地說明讓滅絕生物復活的目的,並表示自己的計畫不是為了製作「絕種生物的完美活體複製品,也不是為了成為實驗室或動物園裡一次性的展演」。他解釋道,他的研究重點是探討我們能對現存生態系統做出的調整,以確保在人為環境變遷過後,人類仍能存活下去。

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截至二○二○年十二月,丘奇與他的哈佛研究團隊已逐步逼近他們複製長毛象的「巨大」目標了。亞洲象的基因體和長毛象約有百分之九十九.九六相似,然而剩下那百分之○.○四加總起來卻等同DNA序列當中的一百四十萬處差異。這些差異大多無關緊要,不過在我們寫這本書的目前為止,丘奇團隊已辨識出一千六百四十二段重要的不相似基因,仍須持續做研究才有可能複製出長毛象。團隊還在努力逐一設計、測試與微調他們在實驗室裡培養的細胞,希望能製作出正確的基因序列,讓類似長毛象的亞洲象得以存活下來。他們希望能用長毛象與亞洲象相似的基因作為基底,只不過這頭大象會擁有長毛象濃密的毛髮、適應嚴寒氣候的血紅素、積存多層脂肪的能力,以及其他優點,例如可讓鈉離子通透的細胞膜,這對長毛象適應冬季嚴苛環境大有幫助。在調整出正確的特性組合之後,研究團隊便能將這些改良版皮膚細胞注入幹細胞,做出活生生的(有點長毛的)長毛象。丘奇與德州企業家班恩.拉姆(Ben Lamm)在二○二一年九月成立了巨大公司(Colossal),專門支援他們的長毛象研究計畫。

假使成功製造出長毛象,這些二十一世紀版的長毛象將會居住在新的家園裡——一個靈感起源於小說家麥克.克萊頓(Michael Crichton)作品的新家,只不過這地方不會取名為侏儸紀公園,而會以更新世為名。更新世公園(Pleistocene Park,沒錯,真的是這個名字)是位於西伯利亞的實驗區,許多原生物種在多年工業化衝擊過後,終於得以重返這個自然保護區,在此再野化(rewild)的物種包括雅庫特馬、加拿大馬鹿、美洲野牛、犛牛等動物。若將修改版長毛象野放於此,就能看出大動物踩踏雪地與永凍土是否能改善氣候問題了。

——本文摘自《未來的造物者》,2023 年 11 月,臉譜出版,未經同意請勿轉載。

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臉譜出版有著多種樣貌—商業。文學。人文。科普。藝術。生活。希望每個人都能找到他要的書,每本書都能找到讀它的人,讀書可以僅是一種樂趣,甚或一個最尋常的生活習慣。

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人類有可能扮演上帝嗎?喬治.丘奇的基因科學之夢(中)——《未來的造物者》
臉譜出版_96
・2023/11/12 ・4139字 ・閱讀時間約 8 分鐘

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猝睡症

在研究路上,丘奇認識了哈佛分子生物學者吳昭婷(Chao-ting Wu)博士。吳十分欣賞他不受拘束的工作態度與創意,也支持他瘋狂的想法,兩人墜入愛河,在一九九○年結婚。他們在數年後生了個女兒,女兒的睡眠模式和父親同樣不尋常。吳提議父女都去做檢查,結果丘奇和女兒都被診斷出猝睡症(narcolepsy)。丘奇意識到自己若接受標準治療就會失去清醒夢狀態,於是他決定接受嗜睡症狀,繼續照常生活。他不再開車,但也學了一些保持清醒的方法,例如站立或在雙腳之間轉移重心。

儘管與眾不同,丘奇仍在家人幫助下活出精采的人生,他深受家人啟發,開始大力支持其他人的想法。到了二○○○年代初期,他門下已有背景各異的學生,發表論文數也多達數百,其中許多篇奠定了現今合成生物學的基礎。二○○四年一篇論文提出平價 DNA 合成方法,並示範了將一條條 DNA 印在微型晶片上的技巧。二○○九年一篇重大的研究論文中,丘奇提出能同時分析數百萬份基因體序列的新科技。那之後,丘奇想到了加速基因建造與拼組過程的方法:他想將生物演化應用在實驗室裡。還記得先前介紹的青蒿素嗎?在研究青蒿素合成方法的過程中,研究團隊費了約二千五百萬美元與約一百五十人一年份的辛勞——而當時的任務僅是稍微調整數十段基因,和合成一整隻生物相比差得太遠了。丘奇認為不必從零編寫一份完美的 DNA 密碼,而是能讓機器從設計草圖開始自動發展出多種變化,之後再挑選出最成功的幾個版本。

合成生物學

他和實驗室一小群人還真製造出這麼一臺機器,它是機械手臂、燒瓶、管線與偵測器組成的四不像,全都由電腦操作。他們的第一場實驗是稍微改變一株大腸桿菌,讓它生產更多茄紅素(lycopene)——讓番茄呈紅色的類胡蘿蔔素。機器做出了一百五十億個新菌株,每一株的遺傳密碼都經過調整,有些菌株能生產比原菌株多達四倍的茄紅素。丘奇將這種方法稱為「多路自動化基因體工程」(multiplex automated genome engineering,MAGE),這可以算是生物演化,只不過是加強版演化。他還想到幾種實際應用方法,例如創造各不相同的人類細胞株做研究使用——有了這種方法,科學家就能瞭解突變造成疾病的機制等等,有機會大幅改變我們醫學與醫療發展。我們或許可以設計出對病毒有抗性的幹細胞,將它們用於細胞療法,或者也可以設計並培養對疾病有抗性的新器官。我們理論上還能調整基因體之後用體外受精技術讓受精卵在母體子宮著床,最後生下對病毒有抵抗力的嬰兒。

我們理論上能調整基因體之後用體外受精技術讓受精卵在母體子宮著床,最後生下對病毒有抵抗力的嬰兒。圖/giphy

但是說到底,丘奇最重大的貢獻可能是在二○一二年發現輕易改變 DNA 序列、修改基因功能的方法,進而奠定 CRISPR 技術的基礎。CRISPR 是基因編輯的科技基石,全稱為「常間回文重複序列叢集」(clustered regularly interspaced short palindromic repeats,CRISPR),這是基因體當中特定一種重複的 DNA 序列,序列無論是正讀或反讀都一樣。廣泛而言,這是一種有廣泛用途的技術,可用以改正基因缺陷,還可用以創造生命力較頑強的植物或消滅病原體。

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丘奇和從前的博士後學生——哈佛博德研究所(Broad Institute)的張鋒(Feng Zhang)——合力在《科學》期刊發表數篇論文,提出了用 CRISPR 技術引導細菌酶 Cas9 精準剪切人類細胞 DNA 的方法。他們以微生物學者伊紐曼.夏彭蒂耶(Emmanuelle Charpentier)與生物化學學者珍妮佛.道納(Jennifer Doudna)早先的發現為基礎;夏彭蒂耶、道納兩人當時分別在瑞典優密歐微生物研究中心(Umeå Centre for Microbial Research)與加州大學柏克萊分校做研究,她們發明了用 CRISPR 關聯蛋白質(CRISPR associated proteins)這種酶有效剪貼 DNA 的方法。她們的 CRISPR 系統在二○一○年代引起了一波淘金狂潮,致使兩人在二○二○年獲得諾貝爾化學獎,成為有史以來第一個贏得諾貝爾科學獎項的全女性團隊。丘奇雖也有貢獻卻未得獎,但他不以為忤,反而對記者表示「我覺得這個選擇非常棒……那是關鍵的新發現」,並接著誇讚夏彭蒂耶與道納優秀的工作成果。

過去二十年來,丘奇平均每年合作成立一家新公司,主要是為了幫助自己門下最有潛力的博士後研究員離開實驗室、正式出社會。他另外申請了六十份專利、輔導了新一代基因工程師,協助新世代研究者塑造明日世界。到了二○○○年代中期,他萌生了重新發明塑膠杯的想法,只不過這次不用石化材料。簡單而言,丘奇團隊將微生物的遺傳訊息再程序化,讓微生物吃下糖之後生產聚羥基丁酸酯(polyhydroxybutyrate),這種強韌且可生物分解的材料能用以短時間容納液體,對攤販而言再適合不過。團隊在二○○九年甘迺迪表演藝術中心(Kennedy Center)一場演出的中場休息時間首次推出新產品,杯子上貼著得意洋洋的宣言:「百分之百植物製成的塑膠。」

以植物為原料製成的可口可樂寶特瓶。圖/讀新聞學英文

丘奇另外和一小支科學家團隊提出了腦科學計畫(BRAIN Initiative),結合國家科學基金會、國防高等研究計畫署等公私部門的力量,試圖解析大腦的運作原理。他在二○○五年推出個人基因體計畫(Personal Genome Project),用以交流基因體、健康與遺傳特徵等公眾數據。為了推動計畫,丘奇與科學界許多著名人物公開了自己的基因體數據,希望能促使人們自由分享數據,以便讓科學家研究人類的基因與遺傳特徵,並且開啟關於個人遺傳密碼透明度與隱私的討論。公開自身基因體數據的人包括受過太空人訓練的投資者與慈善家艾絲特.戴森(Esther Dyson)、哈佛醫學院的科技主任約翰.哈拉姆卡(John Halamka)、客製化醫療保健公司賽歐納(Sciona)的創辦人羅莎琳.吉爾(Rosalynn Gill)、知名心理學者與作家史迪芬.平克(Steven Pinker),而丘奇本人當然也參與其中。十組基因體並不算太多,而數據本身雖然沒有署名,這十位著名人物的身分還是對大眾公開了,所以不可能完全保證他們的隱私。他們願意提供資料,完全是多虧了丘奇的請託。

復活

讀到此處,你想必看得出丘奇是聰慧且願意挑戰自己與他人的思想家、啟發人心的導師,也許還有一口氣接下太多計畫的毛病。換言之,他就是那種會去研究如何讓絕種動物復活的研究者——而他特別想復活的動物,正是四千年前在更新世(Pleistocene)絕跡的長毛象。

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四千年以前,長毛象已經在地球極北存活數千年。你可以將牠們想像為大象的近親,只不過身上長著粗糙的毛髮與多層脂肪以便抵抗冰河時期的嚴寒,還有可用以覓食的長象牙。(過了很久很久以後,創作者從牠們身上得到靈感,創造了《星際大戰》〔Star Wars〕中的虛構生物「班薩」〔bantha〕。)我們不清楚長毛象滅絕的確切原因,不過研究者認為是人類狩獵與氣溫變化減少了長毛象族群數目與食物來源。

長毛象算是「關鍵物種」(keystone species),生態系統裡其他物種在許多方面都仰賴牠們的存在,才得以穩定生存。長毛象成群行動、找尋可食用的枯草時會將樹木撞倒,也會將雪層壓實,保持永凍土層的穩定。一旦長毛象與其他大型草食動物不再吃枯草也不再將雪地壓實,生態系統就發生了變化:表面的雪層融得快了些,以致永凍土遭受陽光直射,開始以驚人的速率融化並將溫室氣體釋放到大氣中,造就了惡性循環。氣溫升高導致冰雪加速消融,釋放出更多溫室氣體,使得氣溫繼續提升,就這麼不斷循環下去。若能使長毛象起死回生,野放到加拿大與俄羅斯,那或許有機會修復失衡的生態系統,而且——老實說吧——如果能用這種方式抵抗氣候變遷造成的生存危機,那不是超級新奇、超級酷嗎?

長毛象模型。圖/wikimedia

丘奇花了不少心思考慮去滅絕(de-extinction)的執行方法,不過第一個做這種嘗試的人並不是他。全世界第一隻哺乳類複製動物——桃莉羊(Dolly the sheep)——誕生於一九九六年,牠之所以能被複製出來是多虧了一種稱為「核轉置」(nuclear transfer)的技術,而這種技術開啟了讓滅絕生物起死回生的大門。核轉置的主旨在於將一顆完整細胞的細胞核小心翼翼地抽取出來,置入同物種或近親物種的卵子,餘下步驟則近似製作試管嬰兒的方法:雜交卵子置入動物子宮後著床,若一切順利,孕母將會在孕期結束時產下健康的雜交動物。在二○○○年,世上最後一頭庇里牛斯山羊(一種野生的山羊)死了,不過人們用液態氮將那最後一頭山羊的細胞保存下來,後來到了二○○三年,研究者成功用核轉置方法複製出一頭小羊——可惜牠出生後只活了短短幾分鐘。核轉置技術雖能用以複製動物,但也有其限制,只有保有完整且具功能性之基因體的動物才有機會被複製出來——舉例而言,研究者必須要有冷凍保存得異常完好的動物屍體,而北極圈內恰巧有好幾隻保存完好的長毛象屍體。然而即使在屍體存在且保存完好的情況下,讓滅絕物種起死回生的研究也不一定能成功,複製出來的動物也許無法存活。這種動物早已在數千年前絕跡,牠的基因體想必無法適應今日的地球環境。

因此,丘奇想到了另一種解決辦法:他想反其道而行,以近親物種完整、健康的細胞為起點,再加入滅絕物種留存下來的基因片段,一步步倒推回去。我們以旅鴿(passenger pigeon)為例,這種鴿子一度遍布全美,數以百萬計的鴿群從天上飛過時,甚至能遮蔽白晝陽光,但牠們卻在一九一四年絕跡了。我們能使用目前仍存活的近親物種——野鴿(rock pigeon)——的幹細胞,讓旅鴿重回地球。我們可以將旅鴿的部分基因置入野鴿幹細胞,接著轉形(transform)到精子細胞,再注入卵子細胞後發育成受精卵,最後生出帶有旅鴿特徵的野鴿。

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這類想法深深吸引了創辦《全球概覽》(Whole Earth Catalog)期刊與尖端線上服務「The WELL」的科技界傳說級人物史都華.布蘭特(Stewart Brand),以及生技業經理(也是布蘭特之妻)萊恩.菲蘭(Ryan Phelan)。布蘭特、菲蘭與丘奇聯手推出了去滅絕關鍵物種的新計畫,其中包括旅鴿與長毛象——確切而言,是有點長毛的長毛象,畢竟他們製作出的不會是真正的長毛象,而是和長毛象現存親緣關係最近的物種——亞洲象——幹細胞基因剪接(splicing)後誕生的生物。

——本文摘自《未來的造物者》,2023 年 11 月,臉譜出版,未經同意請勿轉載。

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臉譜出版_96
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