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訂作一個會微笑的 DNA

科景_96
・2011/02/10 ・1659字 ・閱讀時間約 3 分鐘 ・SR值 575 ・九年級
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Original publish date:Jun 09, 2006

編輯 Keelungman 報導

結合創意巧思與電腦程式的自動設計,訂作一個任意形狀的二維 DNA 奈米元件將不再是夢想。

來自加州理工學院的 Paul W. K. Rothemund,於 2006 年三月份的 nature 雜誌上發表一個重要的研究進展:現在我們可以利用相當簡 單的方法,將一段單股的長鍊 DNA 折疊成任意的二維形狀,甚至可以 在這個奈米器件上繪製任意的圖案。

http://www.dna.caltech.edu/~pwkr/i/twosmileys-topo-tilted2.jpg” border=”0″>

會微笑的 DNA (圖片來源 Paul W.K. Rothemund’s web site)

一般來說,DNA 以雙股螺旋的型態穩定存在。當 DNA 分離成單股的狀 態時,很容易發生同一條 DNA 上的鹼基彼此配對,糾結成一個複雜的 線團,這種型態通常被稱為二級結構。經過適當的設計,這種二級結 構可以再自我組織成特定的幾何結構,如 2004 年時一組美國的研究 團隊,成功地利用單股 DNA 合成出奈米八面體。但是這種設計的難度 相當高:鹼基序列必須只讓 DNA 的特定區域間彼此相接,卻又不能讓 這條 DNA 出現另一種組合方式;再者當特定的二級結構完成時,如何 誘導該結構拼湊成最終的形狀,這些都是亟待挑戰的課題。

這位加州理工的科學家提出了一個絕妙的點子:既然我們希望這個 DNA 摺紙要固定成想要的形狀,那不妨釘個釘書針上去!這個訂書針 由寡聚核苷酸 (oligonucleotide) 製成,上面有幾段序列,可以跟單 股 DNA 上不同位置的序列對應,如此便可將 DNA 上不同的位置經由 這個釘書針釘在一起。而且這種釘書針有個特異功能,如果單股 DNA 自己已先折疊成我們所不期待的二級結構,它可以鑽進去把這個結構 解開!這種寡聚核苷酸長度短容易定做 (一般約 32 個鹼基),但它可 容許的編碼尺度足以標定複雜的平面結構。

他構思一種可以任意訂作的二維 DNA 奈米元件:首先設計一個想要的 二維形狀,然後拉一條線在圖案內來回填滿這個圖形,此時要考慮每 條線的寬度與長度必須能配合雙股 DNA 的尺寸單位,設計完成後這條 線可以視為該圖案的骨架。下面的步驟交給電腦程式規劃,程式會自 動標定出適合安插釘書針的位置,讓寡聚核苷酸序列穿過許多縫隙 處,使最終產生出來的 DNA 圖案不致於鬆散不成形。如果這條用來當 骨架的單股 DNA 是已知的序列,那麼程式也會設計出所有需要的寡聚 核苷酸序列。

他利用 M13mp18 genomic DNA 來示範他的點子。該 DNA 經小幅度剪 裁後可摺疊 100 層,需要約 200 到 250 支寡聚核苷酸釘書針。他測 試過正方形、長方形、星形、空心的三角形,以及一個可愛的笑臉圖 案。將單股 DNA 與訂製的寡聚核苷酸泡在一起,兩個小時內逐步將溫 度由攝氏 95 度降到攝氏 20 度,最後將樣品滴在雲母基板上由 AFM 掃描影像。結果顯示他的製程可以成功地將 DNA 折疊成所設計的圖 案,這位科學家並宣稱他的方法有著相當高的產率與良率。

經由適當設計,我們可以在這種釘書針上增加一段序列,該序列會自 我組合成一個啞鈴狀的二級結構,當 DNA 二維圖形完成後,可以從 AFM 掃描影像分辨出來。由於特定的釘書針只在圖形上的特定位置出 現,所以可以利用這種方法在 DNA 二維圖形上畫出想要的圖案。整段 DNA 圖形約可容納 200 根釘書針,也就表示該圖案可以擁有 200 個畫素。在實驗中科學家示範了在 200 奈米大小的 DNA 畫布上繪製 出美洲地圖。另外,在寡聚核苷酸上還可以增加一段未配對的鹼基序 列,當單股的 DNA 圖形組合完畢後,這些未配對的段落將會導引整張 DNA 圖案與其他的未配對序列互相連接,如此可將不同塊 DNA 零件兜 出更大的奈米器件。

這位科學家相信,這次所開發的方法將有無窮的發展潛力。這套 DNA 摺紙術應該可以直接應用到建構三維的奈米結構,而且只要有不具週 期性的百萬鹼基單股 DNA,這套方法應該可以直接製造出微米尺度的元件。

參考來源:

相關連結:

本文版權聲明與轉載授權資訊:

  • [Sep 02, 2004] 強勁的分子發動機—RNA奈米馬達(nano-motor)
  • [Jan 03, 2003] 生物+電子﹕碳奈米管來牽線
  • [Mar 05, 2002] 奈米技術進程-DNA機械操作改良
  • [Aug 18, 2000] 一種夾子—-DNA馬達的出現

  • 文章難易度
    科景_96
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    寵物過敏原有很多種,避免飲食過敏困擾,可選擇單一/特殊肉種寵物飼料
    鳥苷三磷酸 (PanSci Promo)_96
    ・2023/06/06 ・2173字 ・閱讀時間約 4 分鐘

    本文由 新萃 Nutri Source 委託,泛科學企劃執行。

    你有發現家裡的狗狗經常舔自己四肢,或是身上出現不明紅疹?當心這可能是過敏反應。寵物和人類一樣,也會有過敏反應,過敏可依照「來源」分為三種:吸入性過敏、接觸性過敏和食物性過敏。

    寵物的過敏源有哪些?

    不管是哪一種過敏反應,在人的身上都比較容易發現和排除。但狗狗的過敏卻很難處理,如果是接觸性或吸入性過敏,即使你把家裡打掃得很乾淨,還是無法排除帶狗出去散步時可能接觸到的環境過敏原。因此,對飼主來說,最容易控制的是食物性過敏。

    食物性過敏是怎麼發生的呢?其實,「食物過敏」這個詞並不太準確。正確的臨床醫學用詞是「食物不良反應」(Adverse Food Reaction, 簡稱AFR)(Jackson, H. , 2009),指的是吃下食物後身體產生各種不良反應。並進一步分為食物過敏(Food Allergy)和食物不耐受(Food Intolerances)兩種。

    如果你看過動漫作品《工作細胞》,你就會知道過敏其實只是免疫系統對特定成分產生的過度反應,因此全名為「過分敏感」;而食物不耐受則並非免疫性反應,而是消化系統無法代謝或對該生物體有毒,例如狗不能吃洋蔥或巧克力,否則會致死等等。

    由於寵物沒有選擇權,只能吃飼主提供的食物,如果飼料中恰好有會造成牠 AFR 的成分,就可能產生各種症狀。除了腸胃發炎和拉肚子外,最明顯的外在症狀就是皮膚問題,包括搔癢、脫毛和紅疹等。後者容易被誤判為皮膚性疾病,讓許多飼主狂跑獸醫院的同時,獸醫也難以對症下藥。

    雖然曾有研究透過讓醫師用血液或唾液是否檢測出 IgE 抗體來判斷狗是否過敏(Ermel, R et al.,1997),但最新的研究卻發現,無論使用無論血清的 IgE 抗原或是唾液裡的 IgM 或 IgA 抗原都無法有效檢測出狗狗的過敏來源(Udraite Vovk Let al., 2019 & Lam ATH et al., 2019),甚至會造成偽陽性誤判。因此,目前學界公認唯一能識別食物過敏原的方法就是「食物排除法」(Food Elimination Method)。

    以食物排除法,找出毛孩的食物過敏原!

    食物排除法的原理相當簡單粗暴,類似我們過去在學校做的實驗一樣,抓出「控制組與對照組」。首先,將狗狗的食物換成牠沒吃過、單一來源且易消化的高蛋白質或水解蛋白質;同時嚴格限制牠對其他食物接觸,包括其他人餵食或路上亂吃等可能性都要注意,此為「對照組」,如此持續 8~12 週,觀察皮膚是否有改善。如果確實有改善,那就證明了確實是 AFR 而非皮膚病。

    下一步我們可以進行「食物挑戰」,在每餐食物中逐一嘗試可能的過敏原(例如常見的牛肉、雞蛋等),有如「控制組」,等到症狀又出現,就可以確認哪種食物成分是過敏原,未來就可以在飼料中排除,讓狗狗健康快樂地成長。

    這個方法需要飼主的大力配合和耐心紀錄,不僅要在漫長的試驗期,更需要在控制期一一排除所有不可能之後,才能找到答案。而其中最困難的部分,也是實驗的基礎可能是第一步:「提供狗狗牠從未吃過,且肉品單一的蛋白質」,這點對多數飼主來說幾乎是不可能的任務,因為大部分的寵物飼料成分都很複雜。不要說狗狗了,搞不好你連自己沒吃過什麼恐怕都不知道。

    飼料成分多而雜,可選單一肉種飼料降低過敏。

    那該怎麼進行食物排除法呢?別擔心,沒有找不到的肉品,只有勇敢的狗狗。市面上已經有了針對過敏狗狗的低敏飼料,新萃推出了一系列低敏肉,包含單一肉種的袋鼠肉、鹿肉以及野豬等相比牛豬羊等較不容易取得的肉類,是進行食物排除法第一步測試的首選。

    此外,新萃牌無論哪種飼料都有美國專利 Good 4 Life® 奧特奇專利保健元素,能促進飼料中的營養都被狗狗完整吸收。不僅過敏的狗狗能吃,有消化不良症的狗狗也適用。

    新萃商品選擇的是單一/特殊肉種的成分,低敏感肉品讓寵物吃了更安心。

    參考資料

    1. Thus for the purpose of this discussion, although the term food allergy is used throughout, it should be recognized that this term is a presumptive clinical diagnosis and adverse food reaction is a more accurate term for these canine cases. – Consensus
    2. Jackson, H. (2009). Food allergy in dogs – clinical signs and diagnosis.. Companion Animal Practice.
    3. Assessment of the clinical accuracy of serum and saliva assays for identification of adverse food reaction in dogs without clinical signs of disease – PubMed (nih.gov)
    4. Lam ATH, Johnson LN, Heinze CR. Assessment of the clinical accuracy of serum and saliva assays for identification of adverse food reaction in dogs without clinical signs of disease. J Am Vet Med Assoc. 2019 Oct 1;255(7):812-816. doi: 10.2460/javma.255.7.812. PMID: 31517577.
    5. Direct mucosal challenge with food extracts confirmed the clinical and immunologic evidence of food allergy in these immunized dogs and suggests the usefulness of the atopic dog as a model for food allergy. – Consensus
    6. Ermel, R., Kock, M., Griffey, S., Reinhart, G., & Frick, O. (1997). The atopic dog: a model for food allergy.. Laboratory animal science.
    7. https://www.moreson.com.tw/moreson/blog-detail/furkid-knowledge/pet-knowledge/dog-food-allergen-TOP10/
    8. 狗狗因為食物過敏而搔癢不舒服,為什麼做「過敏原檢測」沒什麼用?
    9. 【獸醫診間小教室】狗狗皮膚搔癢難改善?小心食物過敏! – 汪喵星球 (dogcatstar.com)
    10. 寵物知識+/毛孩對什麼食物過敏?獸醫:驗血完全不準!診斷法只有一個 | 動物星球 | 生活 | 聯合新聞網 (udn.com)
    11. Is there a gold-standard test for adverse food reactions? – Veterinary Practice News
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    最理想的元素週期表?其實元素週期表有很多種!——《元素週期表:複雜宇宙的簡潔圖表》
    日出出版
    ・2023/06/10 ・2017字 ・閱讀時間約 4 分鐘

    國小高年級科普文,素養閱讀就從今天就開始!!

    前面幾章都在談元素週期表,但還有一個重要面向沒有提到。為什麼有這麼多元素週期表出版,而且為什麼現在的教科書、文章、網路,提供這麼多種元素週期表?有沒有「最理想的」元素週期表?追求最理想的元素週期表有意義嗎?如果有,我們在找出一份最佳週期表的過程中取得那些進展?

    種類數量可觀的元素週期表

    愛德華.馬蘇爾斯(Edward Mazurs)關於週期表歷史的經典著作中,收錄自一八六○年代首張元素週期表繪出以來,大約七百張的元素週期表。

    馬蘇爾斯的書本出版已過了四十五年左右;之後,期間至少又有三百張週期表問世,如果再加上網路上發表的就更多了。為什麼會有這麼多元素週期表,這件事情需要好好解釋。當然,這些元素週期表中,許多並沒有新的資訊,有些從科學的觀點來看甚至前後矛盾。但即使刪除這些具有誤導性的表,留下的數量還是非常可觀。

    元素週期表的變體:有圓形的還有立體的?

    我們在第一章看過元素週期表的三個基本形式:短元素週期表中長元素週期表長元素週期表。這三類基本上都傳達差不多的訊息,但相同原子價(編按:原子的價數,金屬為正價、非金屬為負價)的元素,在這些表中有不同的分族。

    此外,有些週期表不像我們一般認識的表格那樣四四方方。這種變體包括圓形橢圓的週期系統,比起長方形的元素週期表,更能強調元素的連續性。不像在長方形的表上,在圓形或橢圓形的系統中,週期的結尾不會中斷,例如氖和鈉、氬和鉀。

    但是,不像時鐘上的週期,元素週期表的週期長度不同,因此圓形元素週期表的設計者需要想辦法容納過渡元素的週期。例如本菲(Benfey)的元素週期表(圖 37),過渡金屬排列的地方從主要的圓形突出來。也有三維的元素週期表,例如來自加拿大蒙特簍的費爾南多.杜福爾(Fernando Dufour)所設計的(圖 38)。

    圖 37/本菲(Benfey)的圓形元素週期表。圖/《元素週期表:複雜宇宙的簡潔圖表
    圖 38/費爾南多.杜福爾(Fernando Dufour)的三維元素週期表。圖/《元素週期表:複雜宇宙的簡潔圖表

    但我認為,這些變體都只是改變週期系統的描繪形式,它們之間並無根本上的差異。稱得上重要變體的,是將一個或多個元素放在和傳統元素週期表中不同的族。討論這點之前,我先談談元素週期表一般的設計。

    元素週期表的概念好像很簡單,至少表面上是,因此吸引業餘的科學家大展身手,發展新的版本,也常宣稱新的版本某些地方比過去發表的更好。

    當然,過去有過幾次,化學或物理學的業餘愛好者或外行人做出重大貢獻。例如第六章提過的安東.范登.布魯克,他是經濟學家,也是首先想到原子序的人,他在《自然》等期刊發展這個想法。另一個人是法國工程師夏爾.雅內(Charles Janet),他在一九二九年發表「左階式元素週期表」(Left-step periodic table),後來持續受到週期表的專家和業餘愛好者的關注(圖 39)。

    圖 39/夏爾.雅內(Charles Janet)的左階式元素週期表。圖/《元素週期表:複雜宇宙的簡潔圖表

    「理想」的追求

    那麼,追求最理想的元素週期表真的有意義嗎?我認為,這個問題的答案取決於個人對週期系統的哲學態度。一方面,如果一個人相信,元素性質近似重複的現象是自然世界的客觀事實,那麼他採取的態度是實在論。對這樣的人而言,追求最理想的元素週期表非常合理。最能代表化學週期性事實的就是最理想的元素週期表,即便這樣的表還沒制訂出來。

    另一方面,工具論者或反實在論者看待元素週期表,可能會認為元素的週期性是人類強加給自然的性質。若是如此,就不必熱切尋找最理想的元素週期表,畢竟這種東西根本不存在。對約定俗成論者或反實在論者來說,元素究竟如何呈現並不重要,因為他們相信我們處理的,不是元素之間的自然關係,而是人造關係。

    ——本文摘自《【牛津通識課10】元素週期表:複雜宇宙的簡潔圖表》,2023 年 4 月,日出出版,未經同意請勿轉載。

    日出出版
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    毛孩自然天性 DNA 大公開:耐吉斯獵食客全肉骨營養
    鳥苷三磷酸 (PanSci Promo)_96
    ・2023/06/09 ・2472字 ・閱讀時間約 5 分鐘

    本文由 耐吉斯 委託,泛科學企劃執行。

    我們都知道選擇吃什麼東西,會影響你的身心健康。但你有沒有想過,你養的寵物沒得選,只能吃你餵的東西,那麼,要怎麼餵才能確保牠們健康呢?本文將介紹兩種全肉骨食法:BARF 和 PMR,以及寵食大廠耐吉斯最新產品獵食客 PREYER,讓您的毛小孩在家也能享受最自然的食物。

    全肉骨食法:貓和狗的天然飲食

    根據科學家對貓和狗的研究,貓和獅子等近親動物是純粹的全肉骨肉食動物。從牙齒結構、胃酸濃度到腸胃道長度等特徵,都顯示牠們適應了以肉為主的飲食。

    狗則是在從灰狼馴化成狗的過程中,漸漸留下能消化如小麥稻米等澱粉的突變。儘管現在的狗具備雜食性,但根據生物學,它們仍被歸類為「食肉目動物」。這或許讓人有些意外,因為大多數人習慣將狗視為雜食動物。

    圖/envato

    BARF 飲食法:全肉骨的健康餵食

    1980 年,澳洲獸醫 Dr. Ian Billinghurst 發現,將生帶骨肉餵給自己生病的狗後,狗的健康有了顯著改善。他因此發明了 BARF 飲食法(Bone And Raw Food/Biologically Appropriate RAW Food),並致力於推廣這種以全肉骨為主的飲食。

    BARF 飲食法強調均衡飲食,除了攝取動物性蛋白質外,還需要從骨頭、羽毛、毛髮、內臟中獲得必要的營養素。

    近年來,BARF 飲食法的概念也在不斷演進和擴展。除了純肉骨的飲食比例,一些 BARF 飼主也進一步注重提供有機食材、草飼牛肉、有機蔬菜等,以確保寵物獲得最高品質的食物。根據 BARF 的飲食比例(7:1:1:1),寵物可以獲得來自各種食材的營養。

    PMR 飲食法:貓的理想飲食

    對於貓這種純肉食動物,更適合採用類似原始獵物的飲食模式,即 PMR 飲食法(Prey Model Raw)。PMR 飲食法強調以肉為主,遵循更高的肉食比例,以滿足貓的營養需求。

    圖/envato

    1. 肉類:主要來源

    貓在野外主要以肉類為食,因此 PMR 飲食法的核心是提供新鮮的肉類。這包括鮮肉、家禽、兔肉、魚肉等。肉類提供了豐富的動物性蛋白質,是貓身體所需的重要營養成分。

    2. 骨頭:提供鈣和磷

    野生獵物中的骨頭是貓得到鈣和磷等重要礦物質的來源。在 PMR 飲食法中,骨頭是必不可少的食材。適合給貓食用的骨頭包括雞骨頭、鴨骨頭、兔骨頭等。重要的是確保骨頭是生鮮的,經過適當的處理(如砸碎或剁碎)以避免危險。

    圖/envato

    3. 內臟:提供必需營養素

    內臟是貓獲取維生素、礦物質和其他必需營養素的重要來源。肝臟、心臟和腎臟是常見的內臟選擇。這些內臟含有豐富的維生素 A、維生素 B、鐵、鋅等營養素,對於貓的整體健康至關重要。

    4. 毛髮和羽毛:提供纖維和其他營養

    貓通常在進食時會吞食部分毛髮和羽毛,在這原始獵物中的羽毛提供了豐富的纖維素,這有助於排除消化系統中的不需要物質。

    然而現代的飼主越來越關注原料的來源和安全性。因此,在 PMR 飲食法中,少量的羽毛可以用植物纖維來取代,這是一個安全、健康且具有功能性的選擇。

    植物纖維來自植物組織的碎屑,它們富含了纖維素的部分,有助於促進腸道健康和正常的消化運動。透過添加植物纖維,貓咪可以獲得額外的纖維素來支持消化系統的正常運作,同時確保其安全衛生和營養均衡。

    圖/envato

    寵食大廠的新產品:耐吉斯獵食客 PREYER

    為了讓主人們更方便地餵養寵物毛小孩,寵食大廠耐吉斯獵食客 PREYER 推出了一系列新產品。主打寵物的營養革新:全肉骨 2.0—未來獵物!這款產品符合 BARF 和 PMR 全肉骨的飲食比例(BARF→7:1:1:1、PMR→8:1:1),屏除過度加工,百分百呈現全肉骨營養,將完整一隻雞的天然營養榨入凍乾生食餐裡。凍乾生食餐具復水性,只需加水,即可還原出最天然且高營養的一餐。

    獵食客 PREYER 的獨特之處在於它提供了均衡的肉食比例,同時考慮到貓和狗的不同營養需求。對於貓,它提供了符合 PMR 飲食法比例的食物,讓貓能夠享受到最適合自己的飲食。對於能消化植物性食物的狗,獵食客 PREYER 則添加了 10% 的植物食材,滿足了狗的營養需求。

    結語

    選擇正確的飲食對於寵物的健康至關重要。了解貓和狗的天然飲食模式,例如全肉骨食法,可以幫助主人為毛小孩提供最適合的食物。耐吉斯獵食客 PREYER 作為寵物界的飲食趨勢,符合全肉骨食法的比例,讓您的毛小孩在家也能享受到最自然、最健康的飲食。

    參考資料

    鳥苷三磷酸 (PanSci Promo)_96
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