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使用奈米科技新技術,快速篩檢敗血症病菌

活躍星系核_96
・2011/12/20 ・1713字 ・閱讀時間約 3 分鐘 ・SR值 584 ・九年級

本篇文章由台灣大學提供,PanSci歡迎台灣各科研單位提供您的最新訊息。

病菌檢測是許多重大疾病醫療的基礎,但是,檢測時間往往曠日費時,例如,讓病患飽受死亡威脅的急症之一的敗血症,病菌檢測時間往往需要2至5天。由中研院特聘研究員和臺大物理系合聘教授王玉麟所帶領的跨校研究團隊最近發表一項醫療檢測技術上的重大突破,他們利用奈米科技光譜技術可望將敗血症的檢測時間大幅縮減至三十分鐘(增快約百倍),可以有效提升疾病治癒率、避免藥物濫用、以及減少併發症等。

這個獨步全球的重大成果,已在知名國際期刊「自然通訊」《Nature Communications》於2011年11月15日刊登,它是利用「捕捉與偵測細菌雙功能快速檢驗晶片」來檢驗血液中細菌的新科技。它可以直接從血液捕捉細菌,加以濃縮並就地偵測細菌的光譜訊號,藉此辨別其種類,即得以幫助醫師快速決定如何有效使用抗生素,甚至可分辨此細菌是否具有抗藥性,可望克服抗藥性細菌的難題。此項堪稱醫病福音的重大發明也同時獲國際奈米科技網站媒體《Nanowerk》的報導。

此一研究論文的第一發表人,臺大高分子所助理教授劉定宇表示,這項發明是利用表面增強拉曼光譜技術(Surface-Enhanced Raman Spectroscopy,SERS)為基礎,製作「捕捉與偵測細菌雙功能快速檢驗晶片」,具有超高的靈敏度,在幾秒鐘之內就可以取得單隻細菌的光譜,因此,可望在短短三十分鐘內篩檢出敗血症病人血液中的細菌(正常細菌檢測程序則需時2-5天),因此,可以有效幫助醫師快速而有效的使用抗生素,減少濫用抗生素的情形。

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劉定宇進一步說明,這是一種奈米科技新技術,「捕捉與偵測細菌雙功能快速檢驗晶片」可以利用它表面上第一層的「萬古黴素」將血液中的細菌牢牢地抓住,以便第二層的「銀奈米粒子陣列」來放大細菌表面分子的拉曼光譜訊號。就像每一種樂器都有自己特定的音色一樣,每一種分子也都有自己特定的 「分子拉曼光譜指紋」,因此科學家可以藉此光譜指紋來區分細菌的種類。

以敗血症為例,台大醫院創傷醫學部韓吟宜主治醫師表示,此一快速檢驗晶片檢測可望帶來的重大效益為:
(1) 檢驗方法大躍進:可在數十分鐘內得到初步檢驗結果,較傳統細菌培養方法,檢測速度增快很多(並可判別此細菌是否具有抗藥性),而檢測準確率也可望提升(敗血症病人的血液培養只有30%呈陽性結果;敗血症休克病人50至60%會有陽性培養結果);
(2) 降低敗血症病患的併發症與死亡率:在第一時間依檢驗結果指導敗血症抗生素的選擇,不再憑經驗選擇用藥(empirical use),可大幅提升敗血症患者的存活率,降低器官衰竭的發生;
(3) 抗生素管制:避免了抗生素濫用、抗藥性細菌的發展;
(4) 減少醫療支出:因為提升了疾病治癒率、避免藥物濫用、減少併發症等。

此外,此快速檢測平台檢測技術的潛在效益亦十分可觀,它不僅能針對血液臨床檢體來使用,也可將此奈米檢測技術推廣至環境污染(水質檢測)、食品藥品微生物(大腸桿菌、塑化劑等)檢測,甚至病毒、癌症篩檢等多方面來使用。實為病菌檢測技術和促進健康環境和醫療效益的世紀性貢獻。

這項發明是中研院原分所王玉麟特聘研究員(台大物理系合聘教授)所帶領的跨領域團隊經過多年努力的研究成果之一。本篇論文的第一作者為台灣大學高分子所專案計畫助理教授劉定宇,其他作者包括台灣大學凝態中心王俊凱研究員、陽明大學微免所林奇宏教授、台灣大學光電所博士班學生蔡焜棟及中研院原分所王懷賢(SERS晶片發明人之一)、陳玉、陳友暄、趙元駿、張軒豪等人,通訊作者為王玉麟。

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本研究由行政院國科會奈米國家型科技計畫、閎康科技股份有限公司、中央研究院深耕計畫與教育部五年五佰億學術邁頂計畫共同支持完成。

「捕捉與偵測細菌雙功能快速檢驗晶片」示意圖 此晶片的核心技術是在銀粒子奈米陣列(銀色)上覆蓋一層萬古黴素(綠色),利用它來捕捉血液中的細菌(白色),而將血液中的血球(紅色)排除在外。被捕捉的細菌可以藉由表面增強拉曼光譜(SERS)快速地被偵測到。此研究結果發表於近期的Nature Communications中。

論文連結:Functionalized arrays of Raman-enhancing nanoparticles for capture and culture-free analysis of bacteria in human blood

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活躍星系核(active galactic nucleus, AGN)是一類中央核區活動性很強的河外星系。這些星系比普通星系活躍,在從無線電波到伽瑪射線的全波段裡都發出很強的電磁輻射。 本帳號發表來自各方的投稿。附有資料出處的科學好文,都歡迎你來投稿喔。 Email: contact@pansci.asia

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不是不會髒,而是更難沾:耐污馬桶的表面科學
鳥苷三磷酸 (PanSci Promo)_96
・2026/09/22 ・3364字 ・閱讀時間約 7 分鐘

本文與 Panasonic 合作,泛科學撰文 

●以下科學研究內容作為知識分享,不直接與Panasonic A La Uno全自動洗淨馬桶產品功能連結

在做家務的痛苦排行榜上,「刷馬桶」絕對名列前茅。明明天天都在沖水,但過不了幾天,馬桶內壁邊角總會浮現黃黃的水垢、角落發黑的霉斑,甚至是那些刷掉又長出來的粉紅色污垢(黏質沙雷氏菌)。

許多市售衛浴設備常標榜「神奇抗污」或「永久不沾」,讓人誤以為安裝後便能永保潔淨。然而從材料科學的角度來看,世上並無能使污垢憑空消失的魔法。所謂「耐污」的實質機制,並非打造完全不沾染髒污的材質,而是調整表面的物理與化學屬性,使水垢和微生物難以強力附著。一旦降低了污垢與內壁之間的附著力,透過日常水流沖刷,便能輕易地將髒污帶走。

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為什麼污垢「黏不住」? 

要搞懂為什麼某些特殊表面能做到「耐污」,我們得先像偵探一樣,拆解馬桶裡的髒污究竟是怎麼「抓緊」材料表面的。馬桶內壁的污垢主要有兩大難纏的元兇:

  1. 水垢與礦物沉積*1:我們日常使用的自來水中含有鈣、鎂等金屬離子。當水滴在表面經歷反覆的濕潤與蒸發乾燥循環時,這些離子會逐漸結晶析出,變成硬度極高、緊緊「卡」在微觀縫隙裡的礦物質水垢。
  2. 生物膜與有機物*2:包含尿液中的無機鹽、油脂殘留,以及細菌入侵後分泌出像超強膠水一般的聚合物,所組成的黏滑防禦大本營。
關鍵不是沖水,而是「這些污垢如何抓住表面」

這兩大類污垢想要在材料上「落腳」,前提是它們必須能在表面找到足夠的附著點與黏合力。那麼,材料科學家是如何讓這些髒污「站不穩」的呢?答案就藏在「表面能(Surface Energy)」與「濕潤性(Wettability)」這兩個核心概念中。

當我們把水滴在某個表面上時,水滴會聚成一顆圓滾滾的水珠,還是迅速攤平開來?這取決於表面的特性:

  • 疏水路線(Hydrophobic)*1:具備低表面能的疏水表面,能顯著減少水分子或污染物與表面之間的極性作用力與氫鍵。水滴在這種表面上會因為表面張力而收縮成水珠,當水珠滾動滑落時,就能順便把表面的灰塵與礦物質顆粒帶走,這就是著名的「自清潔效應」。
  • 親水路線(Hydrophilic / Superhydrophilic)*2:相反地,極度親水的超親水表面則會強烈地吸引水分子,在材料最外層形成一層薄薄的「水化層(Hydration Layer)」。這層水化層就像是實體的液體盾牌,讓油污、蛋白質或細菌無法直接接觸到材料基底,只能漂浮在水膜上方。

如果要用攀岩來比喻:傳統粗糙的表面就像是有許多凹槽的攀岩牆,髒污就像攀岩者,需要找到落腳點並用力撐住才能攀附;而我們做的是抽掉把手點,或是在把手上塗上潤滑油,讓髒污找不到施力點,自然難以停留。

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材料科學的核心:想辦法讓污垢「抓不住」

不給細菌「握手」的機會

解決了水垢,下一個更棘手的對手是「細菌」。

馬桶內壁那些黑黑粉粉、摸起來滑滑的污垢,在微生物學中被稱為「生物膜(Biofilm)」。細菌並不是孤立生長的,當單顆細菌落在表面後,如果覺得環境舒適,它就會開始分泌胞外聚合物(EPS),這是一種天然的超強膠水。細菌們用這種膠水把自己與同伴緊緊黏在一起,並築起堅固的防禦堡壘,這時一般的沖水就很難把它們沖洗乾淨了。

根據《Nature Communications》與《Microsystems & Nanoengineering》的學術期刊研究指出,要阻止生物膜形成,除了化學上的抗菌,材料的「表面微幾何結構」扮演了至關重要的角色。

材料科學領域中有一個著名的「附著點理論(Attachment Point Theory)」:

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  1. 粗糙與微孔洞表面:如果材料表面存在許多微小的裂縫、氣孔或微米級凹洞,細菌(體積通常約 1 到 3 微米)就會興高采烈地鑽進這些小凹槽裡。這些凹槽不僅提供了極佳的機械咬合支點,還能幫細菌擋掉水流的沖刷。
  2. 極致平滑與微結構表面:相反地,如果材料表面做到極致平滑,完全沒有微米級的缺陷;或者反過來設計出尺寸遠小於細菌的奈米結構,細菌的足跡構造(如鞭毛或纖毛)就無法在表面找到穩固的「接觸附著點(Contact Points)」。

當細菌發現自己在這個表面上連「手都握不緊」、隨時會被水流吹走時,它就無法順利定殖並分泌膠水築巢。此外,現代衛浴結構在設計時,也越來越強調「一體成形」與「無接縫工藝」。消除接縫與死角,等於直接拔除了細菌與水垢最喜歡的避風港。

阻止細菌、生物膜找不到「落腳點」

當材料、結構與流體科技組隊聯防 

了解了材料化學與微觀幾何,我們就能勾勒出一座現代耐污馬桶的完整防禦體系:【材料層(低附著力)】+【結構層(無縫平滑)】+【動態流體層(泡沫與水流剪切力)】= 高效清潔!

以市面上備受矚目的 Panasonic A La Uno 全自動洗淨馬桶為例,就是將材料科學、結構工程與流體力學發揮到極致的典型代表:

1. 材料層:有機玻璃系新素材

A La Uno 全自動洗淨馬桶採新開發的「有機玻璃系新素材」(以壓克力高分子為基礎研發的衛浴專用材料,這類高分子成形技術亦被廣泛運用於大型水族館高壓觀景窗與飛機機艙罩)。這種材料表面具備極佳的疏水性與耐水垢特性,水滴不易長時間攤平停留;材質堅固、不易破裂,耐刮、不易造成細小傷痕。通過實驗測試,這種素材配合泡沫洗淨,在沖洗後能有效沖刷掉高達 99.99% 的大腸桿菌,從源頭阻斷細菌定殖。

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2. 結構層:無接縫工藝與三重防濺防護

在宏觀結構上,A La Uno 全自動洗淨馬桶採用無水箱沖水與便器、溫水洗淨便座一體成型設計,減少傳統水箱與座體之間的結構層次及接縫,並搭配可動迴轉式排水系統完成沖洗。更貼心的是其「三重防護」設計:

  • 泡沫防護:在水面上製造一層充沛的泡沫緩衝層,有效抑制男性站立小便時的尿液與污水飛濺;
  • 外圍防護:馬桶邊界特別設計了高約 3mm 的水檔,防止液體延著外壁滴落至地板;
  • 測漏防護:便座與馬桶本體採用不外露的防護設計,避免液體從縫隙飛濺滲漏。
Panasonic A La Uno 全自動洗淨馬桶

3. 動態流體層:雙效泡沫洗淨、漩渦水流與 nanoe™ X

當污垢降落在馬桶內壁時,A La Uno全自動洗淨馬桶 的動態流體科技便接手進行徹底打掃。其「雙效泡沫洗淨」會先釋放直徑約 5mm 的「毫米泡沫」包裹並帶走大塊髒污,再透過直徑約 60微米的「微米泡沫」深入微觀縫隙,徹底溶解殘餘的油脂與細微污垢。接著,配合高度清潔力的「漩渦型強力水流」,利用旋轉產生的流體剪切力,一口氣將附著力已被削弱的污垢剝離並沖走。此外,Panasonic A La Uno 全自動洗淨馬桶還搭襯了 nanoe™ X 健康科技,釋放氫氧離子有效抑制異味與髒污,維持空氣與內壁的良好衛生狀態。

科技讓生活變輕鬆,但物理法則依然誠實

從材料化學的低表面能設計,到微觀幾何的附著點控制,再到流體力學的水流沖刷,一座現代抗污馬桶的演進,縮影了人類如何運用基礎科學來解決日常生活痛點的智慧。

我們習慣將衛生清潔想像成一場與細菌髒污的硬碰硬死鬥。然而,A La Uno全自動洗淨馬桶 等現代衛浴技術的突破,展示了材料科學的另一種聰明思維:不靠強酸強鹼硬打,而是透過物理與化學邏輯,將「污垢固著」的機率降到最低。

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當材料科學與現代衛浴技術結合,刷馬桶不再是一件令人頭痛的辛苦瑣事。透過這些前沿科技的加持,我們得以從繁重的家務勞動中解放,享受更加乾淨、舒適且有品質的日常生活。

*1 參考論文:A metallic anti-biofouling surface with a hierarchical topography containing nanostructures on curved micro-riblets

*2 參考論文:Brushing up functional materials

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小感染竟釀致命危機!醫揭「敗血症」4大警訊,血液淨化術成保命關鍵
careonline_96
・2026/10/01 ・2272字 ・閱讀時間約 4 分鐘

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小感染變大危機!敗血症重症死亡率恐達5成治療分秒必爭!早期導入血液淨化術保護器官,專科醫師圖文解說

輕微感染恐引發死亡率極高的敗血症!若出現發燒伴隨心跳加快、呼吸急促、低血壓或意識改變等警訊應即刻就醫。及早導入血液淨化術能濾除毒素、平息免疫風暴,成為保命關鍵。

一名40多歲家族有糖尿病史的女性護理師,日前因泌尿道感染引發高燒,雖第一時間前往急診,但病程進展迅速,已演變成敗血症階段。醫療團隊立即安排廣效性抗生素、大量輸液,並同時使用兩線高劑量升壓劑,她的血壓與病況仍然難以控制,且全身已開始出現水腫。經檢驗後發現,該護理師感染毒性極強的克雷伯氏肺炎桿菌(Klebsiella pneumoniae),因年紀較輕,免疫反應強烈導致體內發炎反應居高不下,在醫療團隊建議下,導入血液淨化術治療,透過特殊吸附膜快速清除血液中過量的細胞激素與細菌毒素,她終於成功撤除升壓劑,並漸漸恢復清醒,脫離險境。

感染引發全身性發炎,敗血症重症死亡率上看五成

一般常見的局部感染如肺炎、泌尿道感染或蜂窩性組織炎等,在適當抗生素治療下多能獲得控制,但若病原體或其毒素入侵血液循環,引發全身性免疫失控反應,就會演變成危及生命的敗血症。衛生福利部雙和醫院重症科主任曾健華醫師說明,敗血症是感染合併全身性發炎反應,細菌從原發部位擴散至血流,促使免疫系統產生過度反應,進而演變成全身性的破壞,一旦併發敗血症,全身血管擴張、器官灌流不足,重症死亡率將驟升至4至5成以上。臨床治療上,更是一場與時間賽跑的硬仗。

心跳加快、血壓驟降莫輕忽,四大關鍵警訊應立刻就醫

許多病友常將敗血症初期徵兆誤認為普通感冒或一般發燒而延誤就醫,使病情在短時間內迅速惡化。曾健華醫師強調,從局部感染演變成全身性敗血症,可能僅需數小時到一、兩天,若發現在發燒之外,合併出現心跳加快、呼吸急促、血壓偏低、意識改變等警訊,即表示發炎反應已波及全身,絕非單純局部感染,必須立刻就醫,以免錯失搶救黃金期。

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敗血症四大關鍵警訊

任何人都可能因感染而引發敗血症,但在臨床上,高齡長者、糖尿病病友、慢性疾病患者或長期服用類固醇等免疫功能較差的族群,罹病與重症風險顯著偏高。曾健華醫師呼籲,要防範敗血症,最根本的方法是從源頭阻斷局部感染,例如糖尿病病友應妥善照顧足部傷口以防蜂窩性組織炎、容易嗆咳的長輩應加強吞嚥訓練或評估管灌以降低吸入性肺炎風險、平時不要憋尿並保持充足水分以預防泌尿道感染等,落實日常感染控制才能減少發病機率。

傳統抗生素與升壓劑遇瓶頸,血液淨化術及時清除毒素與細胞激素

在敗血症的常規治療上,會使用抗生素並配合輸液與升壓劑來維持血壓與血液灌流。倘若病友的血壓仍無法回穩、發炎反應持續惡化時,體內往往充斥著過量的發炎介質與毒素。曾健華醫師進一步解釋,血液淨化術的原理就像替免疫風暴「退燒」,透過深頸靜脈或股靜脈建立導管管路,將血液引流至具有特殊吸附膜的人工腎臟機器中,把過多的細胞激素與細菌毒素濾除,將免疫反應調節回合理的範圍,不僅能避免過度發炎破壞自體器官,更能大幅減少過量輸液造成肺水腫與組織水腫等負擔。

敗血症治療血液淨化術

敗血症治療分秒必爭,把握黃金期爭取器官修復契機

曾健華醫師指出,每年9月13日為世界敗血症日,面對敗血症的威脅,臨床最令人遺憾的往往是病友隱忍不適、延誤治療,等到出現多重器官衰竭時才就診,大幅增加了救治難度。提醒民眾,若有發現感染症狀,甚至出現呼吸急促、心跳加快、血壓偏低或意識改變等異常徵兆,應立即前往醫院診斷與治療,並在關鍵時刻善用血液淨化術等治療方式阻斷發炎惡化,才能有效降低死亡風險,為器官爭取修復與康復的契機!

敗血症高風險與防範對策

筆記重點整理

● 敗血症本質上是感染合併全身性發炎反應,細菌從原發部位擴散至血流,促使免疫系統產生過度反應,進而演變成全身性的破壞,臨床治療是一場與時間賽跑的硬仗。

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● 從局部感染演變成全身性敗血症,時間可能僅需數小時到一、兩天,若發現患者在發燒之外,合併出現心跳加快、呼吸急促、血壓偏低、意識改變等警訊,即表示發炎反應已波及全身,需立刻就醫診治。

● 在敗血症的常規治療上,會使用抗生素並配合輸液與升壓劑來維持血壓與血液灌流。倘若病友的血壓仍無法回穩、發炎反應持續惡化時,體內往往充斥著過量的發炎介質與毒素。

● 血液淨化術的原理就像替免疫風暴「退燒」,透過深頸靜脈或股靜脈建立導管管路,將血液引流至具有特殊吸附膜的人工腎臟機器中,把過多的細胞激素與細菌毒素濾除,將免疫反應調節回合理的範圍,不僅能避免過度發炎破壞自體器官,更能大幅減少過量輸液造成肺水腫與組織水腫等負擔。

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DNA-PAINT:轉瞬標記 奈米解析
顯微觀點_96
・2024/10/03 ・3586字 ・閱讀時間約 7 分鐘

本文轉載自顯微觀點

圖/顯微觀點

DNA-PAINT:易脫落的奈米「漆」

DNA-PAINT 屬於單分子定位顯微術(SMLM)大家族一員,它突破繞射極限的途徑類似 PALM 與 STORM:以閃爍(blinking)的螢光讓多個目標分子的位置輪番呈現,最後將多次定位影像以電腦疊合重建成完整的超解析分子地圖。結合電腦運算輔助和光學成像的統計原理,DNA-PAINT 可以達成極端細緻的 RESI 定位術,清楚區別兩個距離不到 1 奈米的螢光來源。

單看字面,DNA-PAINT 給人「以 DNA 作為油漆」的印象。事實稍有不同,這種技術以 DNA 作為「點累積奈米成像術」(PAINT , Point Accumulation for Imaging in Nanoscale Topography)的探針。接上螢光染劑的短小 DNA 片段,可以靈敏標記蛋白質、染色體以及許多細胞內構造。

DNA-PAINT 的特別之處,在於利用「不牢固」的螢光標記製造閃爍效果。不同於 PALM, STORM 以光調控「固著在目標上」的螢光來源,DNA-PAINT 使用與目標連結力量薄弱的螢光探針,結合目標之後會快速分離。只有在探針與目標結合的瞬間,同時被激發光照射,探針上的螢光團才能發出螢光。目標分子與螢光探針分離後,依然保有和下一個探針結合的能力,因此不必擔心螢光團的放光能力衰退。

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Dna Barcoded Labeling Probes For Highly Multiplexed Exchange Paint Imaging
DNA-PAINT 原理:Docking strand(嵌合序列)附著在人造 DNA 構造上,溶液中漂浮著成像序列(Imager strand),成像序列上的螢光團不容易被激發(膚色)。成像序列與嵌合序列結合時,螢光團才會被激發(橘紅色) 圖片來源:Agasti, Sarit S., et al. Chemical science 8.4 (2017): 3080-3091.

DNA-PAINT 使用的 DNA 探針片段長度不超過 10 個鹼基,又稱寡核苷酸(oligonucleotides 或oligomers)。這些短小 DNA 片段可以附加上螢光染劑的螢光團分子,成為螢光探針。

DNA 探針的結合對象是另一段互補的 DNA 片段,此互補序列會預先透過抗體與定位目標連結,等待 DNA 探針前來結合。DNA 探針因為具有螢光團,被稱為「成像片段(imager strand)」,而牢固於目標的互補序列則稱為「嵌合片段(docking strand)」。對生物細胞進行 DNA-PAINT 時,嵌合片段與目標分子之間常有抗體或配體做為銜接,需要類似免疫螢光染色的前置作業,目標表面的抗原也可以因應實驗需求進行設計。

因為兩個短小 DNA 片段之間的結合力有限,成像片段與嵌合片段結合後會快速分離。而螢光團只有在結合目標時才容易放光,因此可以形成閃爍的螢光定位標記。經由電腦疊合閃爍的定位影像,DNA-PAINT 可以達成 10 奈米左右的超解析定位,若沒有序列成像的幫助,依然無法突破奈米以下解析度的光學障礙。

Direct Visualization Of Single Nuclear Pore Complex Proteins Using Genetically‐encoded Probes For Dna‐paint
以 DNA-PAINT 對細胞核膜上的 Nup96 核孔蛋白進行 3D 定位。在圖 a. 中,不同的螢光色彩象徵不同的空間深度。圖 b. 箭頭所指處,則是成對出現的 Nup96 蛋白。比例尺:圖 a. 2000nm, 圖 b. 50 nm. 圖片來源:Schlichthaerle, Thomas, et al. Angewandte Chemie 131.37 (2019): 13138-13142.

核孔複合體(Nuclear Pore Complex)上的 Nup96 蛋白是科學家經常探索的重要目標,即使是超解析顯微術也未能在自然狀態下呈現其構造。隆曼團隊以 RESI 對 Nup96 進行定位,不但清楚定位出符合電子顯微鏡拍攝的 8 對 Nup96 蛋白沿著核孔形成環狀結構,還能清楚呈現每對蛋白之間的 11 奈米的間距。

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結合序列成像(Sequential Imaging)與 DNA-PAINT 兩種技術,RESI 讓科學家得以運用一般門檻的顯微儀器、耗材,就能達到超乎以往想像的定位解析度。而 DNA-PAINT 這種巧妙的定位方法並非一蹴而就,而是數種有趣的技術累積而成。

PAINT 起源:不穩定又不專一的尼羅紅

PAINT(Point Accumulation for Imaging in Nanoscale Topography, 點累積奈米成像術)系列定位法的螢光探針由一個螢光染劑分子與一個分子探針(probe)構成。親和性抗體、寡核苷酸(短小 DNA 片段)都可作為分子探針的材料,再由此探針結合目標分子或其上的抗體。除了 DNA-PAINT, PAINT 家譜上還有 FRET-PAINT, Exchange-PAINT, u-PAINT 等不同特質的成員。

在 2006 年由沙羅諾夫(A. Sharonov)和霍克崔瑟(R. M. Hochstraser)發表的第一代 PAINT 中,僅僅使用螢光染料尼羅紅(Nile Red)為標記。這種染劑在含水溶劑中無法發光,必須進入磷脂層等非極性環境才能展現其螢光活性。

因此尼羅紅無須結合探針,只要以低濃度加入樣本溶液中,就能觀察到其進入細胞膜脂雙層、大型磷脂囊泡(large unilamella vesicles)表層等疏水性環境中,受到激發放出螢光。尼羅紅與磷脂層的親和性不強,很快就會再次脫離,也容易遭到光漂白(photobleaching)而失去螢光,因此可作為一種閃爍的螢光定位標記。

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尼羅紅可以結合所有疏水性(hydrophobic)的構造,無法真的標記特定分子,缺乏分子生物學重視的專一性。但它開啟了 PAINT 以「不牢固螢光染劑」增進解析度的先河。與多數螢光顯微術追求螢光團穩定性與強度的定位技巧背道而馳。

Image 2
圖 a. 以尼羅紅標記磷脂層的直接成像;圖 b. 以 PAINT 技術進行上千次成像重建後的磷脂層定位。兩者定位解析度形成強烈對比。圖 c. 為 uPAINT 概念:接受激發光(綠色)照耀的螢光探針才會發光(紅色),漂浮在激發光範圍外的螢光探針保持黯淡(粉紅),即使未結合目標的探針也能發光,且僅能標記細胞膜表面的目標。圖片來源:Nieves, Daniel J., et al. Genes 9.12 (2018): 621.

4 年後,吉安諾內(G. Giannone)和荷西(E. Hosy)以具目標專一性的配體,例如抗體蛋白,連接螢光團形成螢光探針,達成具有專一性的 PAINT 超解析定位。透過進步的生化技術製作配體,這種技術幾乎可以定位所有類型的目標,因此被命名 universal-PAINT, 簡稱 uPAINT。

uPAINT 可以提升多種目標的定位解析度,但其螢光探針即使游離在溶液中,也能接受激發、放出螢光,形成背景雜訊。且結合螢光染劑的抗體無法穿透細胞膜,因此只能定位細胞膜上的目標。

因此 uPAINT 必須限縮激發光照射的範圍,對準目標、減少雜訊,例如微調全內反射顯微鏡(TIRF)的角度,形成「高傾斜層光照明」(Highly Inclined and Laminated Optical sheet, HILO)以限定激發範圍。

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同在 2010 年,隆曼與史坦豪爾(C. Steinhauer)嘗試以寡核苷酸為探針,定位 DNA 摺紙構造(DNA origami structure)上的目標,達到了奈米等級的解析度。DNA-based Point Accumulation for Imaging in Nanoscale Topography 正式誕生,善用「不牢固的螢光探針」與電腦運算的輔助,以一般螢光顯微鏡就能突破繞射極限。

無限調色的虛擬油漆:Exchange-PAINT

2014 年,隆曼與同事阿凡達尼歐(M. S. Avendaño)、沃爾斯坦(J. B. Woehrstein)發表 DNA-PAINT 的巧妙變化,除了同時以不同探針標記不同構造,達成精準的多重定位(multiplexed localization),更實現以一種螢光超解析定位多種目標,讓多重標記的潛力加速實現。

這種多重標記被隆曼與同事稱為 Exchange-PAINT,同樣使用 DNA 片段作為探針。在同一個樣本的 10 種不同目標上,連結了 10 種不同的嵌合片段(docking strands),隆曼等人再以 10 種互不干涉的短小 DNA 序列(orthogonal sequences)作為成像片段(imager strands)。

他們每次只加入一種成像片段,針對一種目標進行閃爍(blinking)定位,並由電腦套上特定顏色,接著洗去既有成像片段,再加入下一種成像片段。最後將所有目標的獨立定位圖疊合起來,便能得到完整的奈米級定位。

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Multiplexed 3d Cellular Super Resolution Imaging With Dna Paint And Exchange Paint 2
圖 a.為 Exchange-PAINT 概念,每一輪定位針對一種目標,完成後洗去探針,再加入下一種探針進行定位,最後將每一輪的定位影像疊合起來。圖 c., 圖 d. 表現 Exchange-PAINT 的多工能力, 1 個 DNA 摺紙樣本上的 10 種不同目標可以依序定位,賦予顏色(實際上使用相同螢光染劑,不同成像片段),再以電腦重建疊合。每一種目標的定位都進行了 7500 次拍攝。圖 d., 圖 e. 中的比例尺為 25nm. 圖片來源:Jungmann, Ralf, et al.  Nature methods 11.3 (2014): 313-318.

只需要一種螢光染劑接上多種成像片段,Exchange-PAINT 便能以基本的實驗設備達到多重目標的超解析定位,不像多重標記的 DNA-PAINT 受限於染劑顏色數目,Exchange-PAINT 的門檻在於互不相干寡核甘酸片段的數目,在實驗中幾乎不可能窮盡。而可以使用一般螢光顯微鏡與螢光染劑達到埃(ångström)解析度的 RESI 技術,就是將 Exchange-PAINT 的多種目標定位應用於單種目標定位,透過不同探針標記同種目標製造發光順序落差,大幅提升解析度。

在「眼見為真」的生物學影像趨勢中,「增加偵測光子數量」是螢光顯微技術提升解析度的基礎光學原理,也是最主流的技術改良方向。而 DNA-PAINT 系列技術跳脫了對光子數量的追求,不受螢光染劑的光漂白及螢光壽命限制,以快速脫落的探針另闢蹊徑,使低成本的超解析影像得以實現,更展現生物物理學蘊藏的廣泛技術可能性。

參考資料:

  • DNA-PAINT 的最新應用:RESI序列成像解析度增強術
  • Jungmann, Ralf, et al.  Nature methods 11.3 (2014): 313-318.
  • Agasti, Sarit S., et al.  Chemical science 8.4 (2017): 3080-3091.
  • Nieves, Daniel J., Katharina Gaus, and Matthew AB Baker. Genes 9.12 (2018): 621.
  • Schlichthaerle, Thomas, et al.  Angewandte Chemie 131.37 (2019): 13138-13142.
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顯微觀點_96
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