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一組新「積木」簡化複雜分子的合成

only-perception
・2011/08/28 ・1154字 ・閱讀時間約 2 分鐘 ・SR值 600 ・九年級

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「組裝」化學物質可以像拼拼圖一樣。Illinois 大學化學家已開發出一種組裝方法,從一種強大且有希望的抗氧化劑起頭,能更有效率地建立複雜的分子。

由化學教授 Martin Burke 所領導,該團隊將其研究發表在 Angewandte Chemie 期刊上,並成為該期封面報導。

Burke 的小組因開發出一種合成技術,稱為 iterative cross-coupling (ICC,疊代交錯耦合)而聞名,該技術利用簡單、穩定的化學「積木(building blocks)」以一種反覆反應的方式有序地結合。有超過 75 種以上的「積木」可在市面上買到,製藥公司與其他實驗室利用 ICC 創造出複雜的小分子,那可能具醫療性質。

「那有預先安裝好的官能度(functionality)與立體化學(stereochemistry)故每樣東西都已在「積木」中設置好,而你所要做的是將它們耦合在一起,」研究生,也是本研究的第一作者 Seiko Fujii 表示。

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此外,ICC 受限於只能有某一種極性的分子。現在,該小組開發出反極性 ICC(reverse-polarity ICC),那允許化學家優化 ICC 製程以符合目標分子的電子結構。極性上的相反使得全新類型的「積木」成為可能,故研究者能更有效率地合成分子,甚至建構出標準 ICC 製造不出來的分子。

例如,在論文中,該小組使用這種新方法來製造 synechoxanthin(發音為 sin-ecko-ZAN-thin,一種芳香族類胡蘿蔔素),這種分子首度於 2008 年從細菌中分離出來,有很大的希望能成為一種抗氧化劑。研究指出,synechoxanthin 能使製造它的細菌在高度氧化的環境中活命、茁壯生長。

「我們是經歷過許多氧化壓力的人,而且那真的對人體健康有害,」Burke 說,他亦在 Howard Hughes 醫學研究所任職。「那會導致如癌症、動脈粥狀硬化以及神經退化性失調這樣的疾病。證據強烈指出, synechoxanthin 是細菌對此問題之解決方案的主要部份。我們對於問這個問題感到很興奮:我們能從細菌身上學到什麼?那也能夠保護人類細胞嗎?」

關於 synechoxanthin 活性的研究,受限於從細菌培養中萃取出這種分子的困難度。Burke 的小組只用三種可輕易獲得、高度穩定且無毒的「積木」即成功將之合成。由於 ICC 的便利性,他們能製造相對大量的 synechoxanthin 以供研究,此外也能產製衍生物與天然物(natural product)進行比較試驗。

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“因為這種「積木式」的設計天生就具有彈性,一旦我們製造出天然物,我們就能製造任何衍生物,我們想簡化到只要把其中一個「積木」換成不同的,然 後使用反極性 ICC 使它們吸(snap)在一起,” Burke 說。”這就是合成威力如此強大之處。在一般情況下,最乾淨的實驗將需要一種除非你將它拼湊出來,否則不會存在的分子。”

研究者也能夠使用被「標記」螢光或放射性染料的積木,使其分子以及活性更易研究。例如,Fujii 下個計畫是合成 synechoxanthin 以其具有標籤的無極性衍生物,讓 NMR 成像能夠揭露其在細胞膜內的位置與定向,也許還能提供其活性的線索。

「在我們把所有的分子弄到手之後,我們對於能夠在模型細胞膜中測試它們的抗氧化活性真的感到很振奮,」 Fujii 說。

資料來源:PHYSORG.com: A new set of building blocks for simple synthesis of complex molecules [August 23, 2011]

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原發表於 Only Perception

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only-perception
153 篇文章 ・ 1 位粉絲
妳/你好,我是來自火星的火星人,畢業於火星人理工大學(不是地球上的 MIT,請勿混淆 :p),名字裡有條魚,雖然跟魚一點關係也沒有,不過沒有關係,反正妳/你只要知道我不是地球人就行了... :D

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毒藥的歷史:死亡、救贖與科學的交匯點——《毒藥的滋味》
PanSci_96
・2024/09/03 ・2429字 ・閱讀時間約 5 分鐘

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奪命計劃的冷酷藝術

在犯罪史上,謀殺是特別令人髮指的罪行;而在各種殺人手法之中,只有寥寥幾種會像毒藥那樣,令人有如此奇特的病態迷戀。與一時腦熱的衝動謀殺相比,毒殺所涉及的事前規劃與冷酷的算計,完全符合法律術語中的「惡意預謀」(malice aforethought)定義。毒殺需要預先籌畫並了解受害者的習慣,也必須考慮如何下毒。有些毒藥只要幾分鐘就能奪人性命,其他則可以長期慢性下毒,逐漸在體內積累,最終導致受害者必然的死亡。

這本書沒有要列出下毒者及受害者的清單,而是要探討毒物的性質,以及它們如何在分子、細胞和生理層面影響人體。每種毒藥都有獨特的致死機制,受害者所經歷的各種症狀往往都是線索,有助於抽絲剝繭找出他們被下了什麼毒。在少數情況下,這些知識有助於給予適當的治療,讓受害者能完全康復。但在大多數情況下,就算知道是什麼毒物對於治療也沒有幫助,因為根本沒有解藥。

毒殺因冷酷計劃與預謀惡意而特別令人髮指。 圖/envato

雖然毒物(poison)和毒素(toxin)這兩個詞經常互換使用,但嚴格來說它們並不相同。「毒物」是任何會對身體造成傷害的化學物質,可以是天然的,也可以是人造的,而「毒素」通常是指生物所製造的致命化學物質。不過如果你是被下毒的一方,那麼兩者的差異就只是學術討論了。

毒物的兩面性:從致命陷阱到救命藥

toxikon 這個字源自古希臘文,意思是「箭頭浸泡的毒物」,指的是塗抹在箭頭上以導致敵人死亡的植物萃取物。當 toxikon 這個字與希臘文的「研究」logia 相結合,就成為我們現在的「毒理學」或「毒素研究」(toxicology)這個詞。毒物一詞源自拉丁語的 potio,意思是「喝」,之後慢慢演變成古法語中的 puison 或 poison。「毒物」這個字在一二○○年首次出現在英語中,意思是「致命的藥水或物質」。

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從生物體中獲得的毒物通常是許多化學物質的混合物。例如,致命的茄科植物(也稱為顛茄)的粗萃物相當危險,從這些萃取物中也可以純化出化學物質阿托品(atropine)。同樣的,毛地黃花(foxglove)的植物本身也有毒,還能從中萃取出單一的化學物質毛地黃(digoxin)。

有一些歷史悠久的毒藥是混合幾種不同的毒物製作而成,例如「托法娜仙液」(Aqua tofana)就是混合了鉛、砷和顛茄的毒藥。

在瓶子裡人畜無害的化學物質最後怎麼會變成屍體裡發現的毒?無論是哪一種毒藥,在死亡發生之前都會有三個不同階段:下毒、行動和效果。

下毒有四種途徑:消化、呼吸、吸收或注射。也就是說,它們可能是被吃掉或喝掉,透過腸道進入體內;吸入肺部;直接透過皮膚吸收;或是透過注射到肌肉或血液中進入體內。兇手選擇何種方式讓毒物進入受害者體內,取決於毒物的性質。儘管有毒氣體已被用於殺戮,但這涉及一定程度的技術難度,因此並不實用,而且這種手法通常難以針對特定個人。

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透過眼睛和嘴巴的皮膚或黏膜吸收可能非常有效:兇手不必與受害者有任何接觸,甚至在中毒當下還能留在附近。光是將毒藥塗抹在受害者即將接觸的物品上就足以導致死亡。混合在食物或飲料中為大多數毒物提供了一條簡單的途徑,特別適用於固體結晶毒物,因為它們可以簡單灑在飯菜上或溶解在飲料中就好。

不過有一些毒物必須注射到體內才能發揮作用,有時候這是因為毒藥是一種蛋白質,如果加入食物攝取,就很容易被腸胃分解。此外,兇手一定要離受害者夠近才能注射毒物。

毒藥可透過皮膚、食物、或注射進入體內,兇手無需直接接觸即可致命。 圖/envato

毒藥如何摧毀人體機制?

現在我們來看毒物的核心:它們如何破壞身體的內部運作?

毒物確切的作用方式五花八門,而它們的效果則揭曉了許多人類生理學的奧秘。許多毒物會攻擊神經系統,破壞控制身體正常功能且高度複雜的電子訊號:如果阻斷的是心臟各部分之間的交流,可以視為毒物使心臟停止跳動並導致死亡;如果破壞控制呼吸的橫隔膜肌肉調節,同樣也會使呼吸停止,導致窒息而亡。

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也有些毒物會偽裝,隱藏真實身分後進入身體細胞,這些毒物的外型與細胞的重要成分極為相似,但不完全相同,因此可以進入細胞的新陳代謝過程,但無法執行正確的生化功能。毒物會假冒體內的細胞分子,使得細胞的化學作用緩慢停止,最終死亡。當死亡的細胞夠多,整個身體就會跟著死去。

如果不同的毒物以不同的方式發揮作用,不難想像受害者所經歷的症狀也會不同。以大多數消化型的毒物而言,無論作用方式為何,人體的第一反應通常是嘔吐和腹瀉,試圖藉此從體內清除毒物;影響心臟神經和電流訊號的毒物則會導致心悸,最終導致心跳停止;影響細胞化學性質的毒物通常會引起噁心、頭痛和嗜睡的症狀。毒物的作用及可怕後果的故事在本書中比比皆是。

雖然大多數人認為毒物是致命的藥物,但科學家也已經使用與毒物完全相同的化學物質來梳理細胞和器官內部的分子和細胞機制,利用這些資訊開發能夠治療和治癒多種疾病的新藥。舉例來說,科學家透過研究毛地黃植物中的毒物如何影響身體,成功研發出了治療充血性心臟衰竭的藥物。

現代外科手術時使用的常規藥物,同樣也是透過了解顛茄如何影響人體運作後問世,這種藥物除了能預防術後併發症,甚至還能治療在化學戰中受害的士兵。由此可知,化學物質的本質沒有好壞之分,它只是一種化學物質。造成差異的是使用這種化學物質的意圖:是要保護生命,或是奪去生命。

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——本文摘自《毒藥的滋味:11種致命分子與使用它們的凶手》,2024 年 7 月,方舟文化,未經同意請勿轉載。

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PanSci_96
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最理想的元素週期表?其實元素週期表有很多種!——《元素週期表:複雜宇宙的簡潔圖表》
日出出版
・2023/06/10 ・2017字 ・閱讀時間約 4 分鐘

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前面幾章都在談元素週期表,但還有一個重要面向沒有提到。為什麼有這麼多元素週期表出版,而且為什麼現在的教科書、文章、網路,提供這麼多種元素週期表?有沒有「最理想的」元素週期表?追求最理想的元素週期表有意義嗎?如果有,我們在找出一份最佳週期表的過程中取得那些進展?

種類數量可觀的元素週期表

愛德華.馬蘇爾斯(Edward Mazurs)關於週期表歷史的經典著作中,收錄自一八六○年代首張元素週期表繪出以來,大約七百張的元素週期表。

馬蘇爾斯的書本出版已過了四十五年左右;之後,期間至少又有三百張週期表問世,如果再加上網路上發表的就更多了。為什麼會有這麼多元素週期表,這件事情需要好好解釋。當然,這些元素週期表中,許多並沒有新的資訊,有些從科學的觀點來看甚至前後矛盾。但即使刪除這些具有誤導性的表,留下的數量還是非常可觀。

元素週期表的變體:有圓形的還有立體的?

我們在第一章看過元素週期表的三個基本形式:短元素週期表中長元素週期表長元素週期表。這三類基本上都傳達差不多的訊息,但相同原子價(編按:原子的價數,金屬為正價、非金屬為負價)的元素,在這些表中有不同的分族。

此外,有些週期表不像我們一般認識的表格那樣四四方方。這種變體包括圓形橢圓的週期系統,比起長方形的元素週期表,更能強調元素的連續性。不像在長方形的表上,在圓形或橢圓形的系統中,週期的結尾不會中斷,例如氖和鈉、氬和鉀。

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但是,不像時鐘上的週期,元素週期表的週期長度不同,因此圓形元素週期表的設計者需要想辦法容納過渡元素的週期。例如本菲(Benfey)的元素週期表(圖 37),過渡金屬排列的地方從主要的圓形突出來。也有三維的元素週期表,例如來自加拿大蒙特簍的費爾南多.杜福爾(Fernando Dufour)所設計的(圖 38)。

圖 37/本菲(Benfey)的圓形元素週期表。圖/《元素週期表:複雜宇宙的簡潔圖表
圖 38/費爾南多.杜福爾(Fernando Dufour)的三維元素週期表。圖/《元素週期表:複雜宇宙的簡潔圖表

但我認為,這些變體都只是改變週期系統的描繪形式,它們之間並無根本上的差異。稱得上重要變體的,是將一個或多個元素放在和傳統元素週期表中不同的族。討論這點之前,我先談談元素週期表一般的設計。

元素週期表的概念好像很簡單,至少表面上是,因此吸引業餘的科學家大展身手,發展新的版本,也常宣稱新的版本某些地方比過去發表的更好。

當然,過去有過幾次,化學或物理學的業餘愛好者或外行人做出重大貢獻。例如第六章提過的安東.范登.布魯克,他是經濟學家,也是首先想到原子序的人,他在《自然》等期刊發展這個想法。另一個人是法國工程師夏爾.雅內(Charles Janet),他在一九二九年發表「左階式元素週期表」(Left-step periodic table),後來持續受到週期表的專家和業餘愛好者的關注(圖 39)。

圖 39/夏爾.雅內(Charles Janet)的左階式元素週期表。圖/《元素週期表:複雜宇宙的簡潔圖表

「理想」的追求

那麼,追求最理想的元素週期表真的有意義嗎?我認為,這個問題的答案取決於個人對週期系統的哲學態度。一方面,如果一個人相信,元素性質近似重複的現象是自然世界的客觀事實,那麼他採取的態度是實在論。對這樣的人而言,追求最理想的元素週期表非常合理。最能代表化學週期性事實的就是最理想的元素週期表,即便這樣的表還沒制訂出來。

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另一方面,工具論者或反實在論者看待元素週期表,可能會認為元素的週期性是人類強加給自然的性質。若是如此,就不必熱切尋找最理想的元素週期表,畢竟這種東西根本不存在。對約定俗成論者或反實在論者來說,元素究竟如何呈現並不重要,因為他們相信我們處理的,不是元素之間的自然關係,而是人造關係。

——本文摘自《【牛津通識課10】元素週期表:複雜宇宙的簡潔圖表》,2023 年 4 月,日出出版,未經同意請勿轉載。

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寫在起司工廠邀請函背面的曠世巨作:元素週期表出現的這一天——《元素週期表:複雜宇宙的簡潔圖表》
日出出版
・2023/06/09 ・1127字 ・閱讀時間約 2 分鐘

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雖然門得列夫一直思考著元素、原子量、分類,但是足足想了十年之久,才終於迎來「我發現了!」這個時刻,就是一八六九年二月十七日這一天,也許可以訂為「我發現了!」紀念日。這一天,他取消了以顧問身分視察起司工廠的行程,決定投入研究他日後最膾炙人口的代表作——元素週期表

真正的發現

首先,他在起司工廠邀請函的背後,把幾個元素的符號列成兩行:

接著,他列出一個稍微更大的陣列,包括十六個元素:

當天晚上,門得列夫就把整個元素週期表都畫了出來,包括六十三個已知元素。此外,這張表還留了幾個空格給當時未知的元素,甚至預測這些未知元素的原子量。

他將這張表複印兩百份,寄給整個歐洲的化學家。同年三月六日,門得列夫的同事在俄羅斯化學學會一場會議上宣布這項發現。一個月內,這個新成立的學會就在期刊上刊登了一篇文章,另一篇更長的則在德國發表。

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多數關於門得列夫的大眾讀物和紀錄片會說他在夢中想到他的元素週期表,或在玩紙牌接龍時把牌當成一個個元素。這兩個故事,尤其後者,現在已經被許多門得列夫的傳記作者視為是杜撰的,例如科學史家麥克.戈爾丁(Michael Gordin)。

原則的堅持

還是回來討論門得列夫的科學方法吧。他和對手洛塔爾.邁耶爾很大的不同是,他不相信所有物質的統一性,也不支持普洛特關於元素具有複合性質的假說。門得列夫也刻意與三元素組的想法保持距離。例如,他提出氟應該和氯、溴、碘放在一起,形成一個至少四個元素的族。

洛塔爾.邁耶爾專注於物理原則,主要關注元素的物理性質,而門得列夫則非常熟悉元素的化學性質。然而,說到分類元素最重要的標準時,門得列夫堅持以原子量排序,不容許有任何例外。當然,許多在門得列夫之前的人,例如尚古多、紐蘭茲、奧德林,以及洛塔爾.邁耶爾都承認原子量的重要性,儘管程度不一。但是門得列夫對原子量與元素的本質有更深層的哲學理解,得以一探尚未被人發現的元素,進入這個未知領域

——本文摘自《【牛津通識課10】元素週期表:複雜宇宙的簡潔圖表》,2023 年 4 月,日出出版,未經同意請勿轉載。

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