好看的電影應該要存在哪裡?CD、隨身碟、還是你的電腦 D 槽?科學家對此有些不一樣的想法。既然是科學家,存影片的方式當然也要很科學,最近,由美國國家衛生研究院(National Institutes of Health)資助的科學團隊首度將原始電影編碼於活的大腸桿菌 DNA 中,並且成功回放影片!
為什麼想用基因紀錄影像?因為它們可以存超多!
科學家在 7 月 12 日將實驗結果線上發表於《自然》(Nature)期刊,將這個前瞻的「分子錄影帶」(molecular ticker tape)想法公諸於世。在過去的研究中,科學家們已經能用 CRISPR 儲存細菌中的 DNA 序列;而這次的研究則證明了 DNA 不只可以用來編碼遺傳訊息,更可以將任意順序的訊息編碼進基因組中。
不過,為什麼研究者一開始會將腦筋動到 DNA 儲存上呢?那是因為 DNA 是我們目前已知最佳的儲存空間之一,在理論上,僅僅一公克的單鏈 DNA 就可以存下 455 艾位元組(Exabyte,EB)的內容,也就是大約「一千億」張 DVD的容量。這麼看起來,也就不難理解科學家們為何要努力地將大量的書籍資料、數位影像塞進小小的生物原料中。(也可能只是因為他們的 D 槽不夠存……)
在了解科學家是如何「拍電影」前,我們不妨回顧一下神奇的 CRISPR 究竟是何方神聖:CRISPR 在細菌裡扮演著免疫系統的角色,當細菌受到病毒感染時,CRISPR 就會切除部分外來的 DNA 並將之儲存於自己的基因組,方便細菌在往後利用這些儲存的資料去辨識病毒、防禦未來的攻擊。而現在為科學家所青睞的 CRISPR/Cas9 技術就是利用這樣的原理,將特定的訊息編進基因之中。(詳見此文)
你有看過這隻可愛小馬嗎?圖/by Eadweard MuybridgeAnimation, public domain, wikimedia commons
那麼,研究團隊究竟要如何將馬兒的影片儲存於核苷酸中呢?
每個核苷酸都有一個含氮鹼基作為核心,而 DNA 裡會出現的含氮鹼基有 A(腺嘌呤)、G(鳥嘌呤)、C(胞嘧啶)、T(胸腺嘧啶)四種,科學家便以此作為編碼依據,使用三元組表格去定義不同的像素顏色。他們將四個核苷酸定義為一個像素集(研究團隊將之標示為 pixet),而每個像素集中的像素(pixel)則分散於圖像上。
每個像素都要仔細編碼,才能再度建出小馬。圖/研究圖片
而後科學家把賽馬動畫中的五幀圖畫以上述方式編碼,再將匯集過的寡核苷酸利用電穿孔技術植入大腸桿菌(os:好痛)。在五天的過程中,他們用轉譯過的 DNA 順序去處理細菌,接著,他們便能用定序細菌 DNA 的方式來「撥放」電影,重建的精準度高達 90%。聽起來很厲害吧?恩……這部神奇的生物電影看起來是這樣子的:
1990 年,融合蛋白 CD4 免疫黏附素(CD4 immunoadhesin)誕生。這項設計,是為了對付令人類聞風喪膽的 HIV 病毒。
-----廣告,請繼續往下閱讀-----
我們知道 T 細胞是人體中一種非常重要的白血球。在這些 T 細胞中,大約有六到七成表面帶有一個叫做「CD4」的輔助受體。CD4 會和另一個受體 TCR 一起合作,幫助 T 細胞辨識其他細胞表面的抗原片段,等於是 T 細胞用來辨認壞人的「探測器」。表面擁有 CD4 受體的淋巴球,就稱為 CD4 淋巴球。
麻煩的來了。 HIV 病毒反將一軍,竟然把 T 細胞的 CD4 探測器,當成了自己辨識獵物的「標記」。沒錯,對 HIV 病毒來說,免疫細胞就是它的獵物。HIV 的表面有一種叫做 gp120 的蛋白,會主動去抓住 T 細胞上的 CD4 受體。
而另一端的 Fc 區域則有兩個重要作用:一是延長融合蛋白在體內的存活時間;二是理論上能掛上「這裡有敵人!」的標籤,這種機制稱為抗體依賴性細胞毒殺(ADCC)或免疫吞噬作用(ADCP)。當免疫細胞的 Fc 受體與 Fc 區域結合,就能促使免疫細胞清除被黏住的病毒顆粒。
不過,這裡有個關鍵細節。
在實際設計中,CD4免疫黏附素的 Fc 片段通常會關閉「吸引免疫細胞」的這個技能。原因是:HIV 專門攻擊的就是免疫細胞本身,許多病毒甚至已經藏在 CD4 細胞裡。若 Fc 區域過於活躍,反而可能引發強烈的發炎反應,甚至讓免疫系統錯把帶有病毒碎片的健康細胞也一併攻擊,這樣副作用太大。因此,CD4 免疫黏附素的 Fc 區域會加入特定突變,讓它只保留延長藥物壽命的功能,而不會與淋巴球的 Fc 受體結合,以避免誘發免疫反應。
從 DNA 藍圖到生物積木:融合蛋白的設計巧思
融合蛋白雖然潛力強大,但要製造出來可一點都不簡單。它並不是用膠水把兩段蛋白質黏在一起就好。「融合」這件事,得從最根本的設計圖,也就是 DNA 序列就開始規劃。
我們體內的大部分蛋白質,都是細胞照著 DNA 上的指令一步步合成的。所以,如果科學家想把蛋白 A 和蛋白 B 接在一起,就得先把這兩段基因找出來,然後再「拼」成一段新的 DNA。