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【Gene思書齋】運用量子生物學解開生命之謎

Gene Ng_96
・2018/03/16 ・3573字 ・閱讀時間約 7 分鐘 ・SR值 568 ・九年級

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老實說,當我一看到「量子生物學」這名詞時,我還以為又是詐騙 XD

怎麼說呢?量子力學,本來就是個乍看之下很玄的學科,因為有大多觀念和事實是完全違反日常直覺而匪夷所思的,而真的有接觸過量子力學的人又不多,這就給了許多偽科學的倡導者一個好機會,胡亂把量子力學的專有名詞套在一堆超能力、氣場、靈魂、心靈感應等的解釋上,甚至還自創各種似是而非的名詞,所有的亂入又完全沒有任何科學根據,叫嚴謹的科學工作者感到非常反感。

可是一讀了這本認真討論量子生物學的好書《解開生命之謎:運用量子生物學,揭開生命起源與真相的前衛科學》Life on the Edge: The Coming of Age of Quantum Biology),卻真是令人腦洞大開!《解開生命之謎》作者吉姆.艾爾—卡利里( Jim Al-Khalili )和約翰喬伊.麥克法登( Johnjoe McFadden ),一位是貨真價實的量子物理學家,一位是位分子遺傳學家。艾爾 — 卡利里同時也是位著名的科普作家,著有暢銷科普好書《悖論:破解科學史上最複雜的九大謎團》Paradox: The Nine Greatest Enigmas in Science)。

《解開生命之謎》這本好書由學術和科普都有卓越貢獻的兩位科學家來探討,是不可多得的優異作品,不僅生動有趣,連學界人士相信都能從中有不少收獲;因為這是本為生物學家推介量子力學的概念的科普好書,《解開生命之謎》 當然也能當作所有對量子力學感興趣的朋友的最佳參考書,無論對生物學感不感興趣。

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神秘又基礎的量子力學

量子力學,是現代物理學和化學的基礎,也是電子、電機、材料、化工等工程學科的基礎,所以這本好書不僅生命科學家讀起來會腦洞大開,相信物理學家、化學家和工師學家等等來讀,也能激發出許多跨領域研究的好靈感!

雖然我不是物理學家,可是大學上普通物理和物理化學時,一定需要學習量子力學的一些基礎,尤其是原子結構等等。對我們這些非物理學家,修習量子力學的部分,常常是需要頗多腦力的,因為量子的世界實在太過詭異。

例如光為何是波又能是粒子?為何粒子能夠同時出現在不同地方?粒子為何能夠穿透障礙?為何基本粒子能夠隔空傳遞能量?總之,量子力學有許多玄妙之處。儘管看似玄妙,這些理論背後,都有堅實的數學基礎,以及紮實的實驗結果,並不是科學家純粹的天馬行空!在數學、實驗及想象力之間達成完美的平衡,讓科學成為最令人著迷和引人入勝的偉大心智活動!

儘管過去有許多物理學家參與推動分子生物學的革命,量子力學似乎就和生物學較不相關。既然這本《解開生命之謎》 探討的是量子生物學,那麼生命系統卻和量子力學有何相關呢?偶爾我們會學到一些量子力學在生醫研究或檢驗上的應用,例如正電子發射計算機斷層掃描(Positron emission tomography,簡稱 PET),或者螢光共振能量轉移(Förster resonance energy transfer, fluorescence resonance energy transfer(FRET))在 DNA 定序新技術上的應用等等。

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量子力學是研究微觀世界的粒子,我們很清楚,在我們熟知的世界裡頭,熱力學和古典力學就足以解釋我們生活中遇到的幾乎所有現象了!如果基本粒子是物理的基礎,那為我們不能像基本粒子那樣穿牆或同時出現在不同地方?原因是因為在我們認知的世界尺度中,有量子的相干性,把量子的效應抵消,熱力學的作用遠大過量子力學的效應。

量子力學如何應用於生物學?

不僅是生物學家難以想像量子力學在生物系統上的應用,恐怕許多對生命科感到非常有興趣的物理學家或化學家,大多不知量子力學能夠用來理解生物系統的現象吧?可是《解開生命之謎》這本由一流的物理學家和分子遺傳學家所寫的好書,就提出許多實例,指出量子力學確實能用來理解一些有趣的生物現象,而且比許多其他理論的預測更精準。這整本書談到的,絕對是最嚴謹的科學,比一堆實際壓根兒不懂量子力學的神棍,卻亂用量子力學來招搖撞騙來強行解釋氣場、靈魂、心靈感應等等怪力亂神的東西,還有趣多了!

有些生物能夠感應地球磁場,是廣為大家所知的,我碩士班時就是研究蜜蜂磁場感應的,和物理系的同學一起合作,用磁力顯微鏡和電子順磁共振的方法,分析蜜蜂腹部細胞內的磁鐵奈米顆粒的物理性質。《解開生命之謎》也解釋了有些動物如何感應地球的磁場,使用的居然是量子力學的性質。

《解開生命之謎》也解釋了有些動物如何感應地球的磁場,使用的居然是量子力學的性質!(想不到吧~)圖/By earl258 @ flickr, CC BY-NC 2.0

像是酵素活性、嗅覺、光合作用是生物化學和分子生物學教科書都會詳述的,真沒想到原來它們也都和量子力學有關。例如嗅覺,有些化學結構相似分子,聞起來卻不太相同,可是相反的有些化學結構看似差異不小的分子,聞起來卻很相似,古典理論對這的解釋仍有不足,於是有科學家提出用量子振動理論來解釋,振動頻率接近的分子,聞起來相似,這補足了古典理論無法解釋之處;酵素的活性,卻能夠用量子穿隧效應來解釋,為何酵素能夠降低反應所需的能量;在光合作用中,被光子激發的電子,需要快速地在幾個分子中流到抵達反應中心,這很難用隨機漫步解釋光合作用的高效率,可是用量子力學提出的激子同時經由不同路徑到達反應中心,卻能夠更好地解釋光合作用的高效率。

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這些對生命現象更好的解釋,正是物理學和生物學跨領域結合的最佳範例!在將近廿年前,我選擇到清華大學唸生命科學系,也就是我剛就職任教的科系,目標很明確,就是要學習現代生物學。而現代生物學的方法和觀念,並非完全由生物學家建立的,而是由物理學家、化學家、數學家等等其他自然科學家所一同奠定的。清華生科有一半的教授,大學部是非生命科學相關科系出身的,而是主修物理、化學或化工等科系的,這也是清華生科相較其他大學的生物系或生命科學系最特別的一點,跨領域地研究生命科學,更是令我們驕傲的一點。我們大一時,普通物理的上下學期各有四學分,比工學院一些科系上下學期各三學分還多,同時我們也需要修習有機化學和物理化學。

物理化學跨領域合作,破解生命奧秘

雖然如果不讀《解開生命之謎》,還真不知量子力學在生物學上是有應用價值的,可是量子力學之父薛丁格(Erwin Schrodinger,1887-1961)的經典著作《生命是什麼?》(What is Life?),這本演講稿集,旨在引介與探討生命物質的物理基礎,激發了許多物理學家和生物學家。催生了 DNA 結構的發生,並導致分子生物學的誕生,這是一段佳話。

在鈔票上的這位就是薛丁格。By Österreichische Nationalbank (Self-scanned) [Public domain], via Wikimedia Commons

物理學家和化學家一同加入破解生命的奧秘而創立分子生物學的歷史,在非常知名的分子生物學歷史學者賈德森(Horace Freeland Judson,1931-2011)的巨著《創世第八天》(The Eighth Day of Creation: Makers of the Revolution in Biology) 中,有很詳盡的描述。這部巨著有繁體中文版的三部曲:《創世第八天:二十世紀分子生物學革命首部曲 DNA》《創世第八天:二十世紀分子生物學革命二部曲 RNA》《創世第八天:二十世紀分子生物學革命三部曲 蛋白質》

如果《創世第八天》探討的是分子生物學的過去,《解開生命之謎》談的就是分子生物學的未來。由這些探討科學史和科學的未來的好書,我們能夠很清楚的得知,跨領域的學習和合作是能夠產生一加一大於二的效果的!未來理工科系的大學生跨科系選修課程,以及研究生和科學家跨科系尋求合作,將會是很有效益的工作。

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《解開生命之謎》提到的,相信一定是冰山一角而已,未來分子生物學和量子力學的雙劍合璧的量子生物學相信會產生更多有趣且紮實的研究,甚至量子生物學也會成為許多大學會開設的課程,在這天的到來前,我們先來用《解開生命之謎》來嘗個鮮吧!

本文原刊登於 The Sky of Gene

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Gene Ng_96
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來自馬來西亞,畢業於台灣國立清華大學生命科學系學士暨碩士班,以及美國加州大學戴維斯分校(University of California at Davis)遺傳學博士班,從事果蠅演化遺傳學研究。曾於台灣中央研究院生物多樣性研究中心擔任博士後研究員,現任教於國立清華大學分子與細胞生物學研究所,從事鳥類的演化遺傳學、基因體學及演化發育生物學研究。過去曾長期擔任中文科學新聞網站「科景」(Sciscape.org)總編輯,現任台大科教中心CASE特約寫手Readmoo部落格【GENE思書軒】關鍵評論網專欄作家;個人部落格:The Sky of Gene;臉書粉絲頁:GENE思書齋

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AI 能像人類一樣思考?諾貝爾物理學獎研究助力人工智慧模擬人類大腦
PanSci_96
・2024/11/14 ・2117字 ・閱讀時間約 4 分鐘

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即使再怎麼模仿,AI 終究無法以與生物相同的方式思考吧?畢竟電腦的電子元件和我們大腦中的神經細胞結構截然不同。再怎麼模仿,AI 終究無法以與生物相同的方式思考吧?

錯,可以。

2024 年諾貝爾物理學獎跌破所有專家的眼鏡,頒給了兩位研究機器學習的科學家——約翰·霍普菲爾德(John Hopfield)和傑佛瑞·辛頓(Geoffrey Hinton)。他們以「人工」的方法打造了類神經網路,最終模擬出生物的「智慧」,奠定了當代深度學習的基礎。

為什麼解決人工智慧發展瓶頸的,竟然會是物理學?物理要怎麼讓 AI 更像人類?

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從巴甫洛夫的狗到赫布理論:理解學習的基礎

為了解答這個疑問,我們需要一些背景知識。

20 世紀初,俄羅斯心理學家巴甫洛夫發現,狗在食物還沒入口前,就會開始分泌唾液。他進行了一系列實驗,改變食物出現前的環境,比如讓狗習慣在聽到鈴聲後馬上得到食物。久而久之,狗只要聽到鈴聲,就會開始分泌唾液。

大約 50 年後,神經科學家赫布(Donald Hebb)提出了一個假說:大腦中相近的神經元,因為經常同時放電,會產生更強的連結。這種解釋稱為「赫布理論」,不僅奠定了神經心理學的發展,更成為現代深度學習的基礎。

然而,赫布理論雖然描述了鄰近神經元的關係,卻無法解釋大腦如何建構出如此複雜的聯想網路。

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霍普菲爾德網路:物理學家對神經網路的貢獻

然而,赫布理論雖能描述神經元之間的關係,卻缺乏數學模型。物理學家約翰·霍普菲爾德從數學家約翰·康威(John Conway)的「生命遊戲」(Game of Life)中獲得靈感,試圖建立一個可以在電腦上運行的記憶系統。

霍普菲爾德受「生命遊戲」啟發,嘗試建立電腦記憶系統。圖/envato

「生命遊戲」由數學家康威(John Conway)發明,玩家開始時有一個棋盤,每個格子代表一個細胞,細胞可以是「活」或「死」的狀態。根據特定規則,細胞會根據鄰居的狀態決定下一次的生存狀態。康威的目的是展示複雜的系統不一定需要複雜的規則。

霍普菲爾德發現,這個遊戲與赫布理論有強大的關聯性。大腦中的大量神經元,在出生時處於初始狀態,經過刺激後,神經元間的連結會產生或斷裂,形成強大的記憶系統。他希望利用這些理論,創造一個能在電腦上運行的記憶系統。

然而,他面臨一個難題:赫布理論沒有明確的數學模型來決定神經元連結的規則。而在電腦上運行,必須要有明確的數學規則。

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物理學的啟發:易辛模型

霍普菲爾德從物理學的研究中找到了類似的模型:易辛模型(Ising Model)。這個模型用於解釋鐵磁性物質的磁性特性。

在鐵磁性物質中,電子具有「自旋」,自旋產生磁矩。電子的自旋方向只有「向上」或「向下」,這就像生命遊戲中細胞的「生」或「死」。鄰近的電子會影響彼此的自旋方向,類似於細胞之間的互動。

易辛模型能用數學描述電子間的相互影響,並通過計算系統能量,得出自旋狀態的分佈。霍普菲爾德借用了這個概念,將神經元的互動視為電子自旋的互動。

他結合了康威生命遊戲的時間演化概念、易辛模型的能量計算,以及赫布理論的動態連結,創造了「霍普菲爾德網路」。這讓電腦能夠模擬生物大腦的學習過程。

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突破瓶頸:辛頓與波茲曼機

約翰·霍普菲爾德於1982年發明聯想神經網路,即「霍普菲爾網路」。圖/wikimedia

然而,霍普菲爾德網路並非完美。它容易陷入「局部最小值」的問題,無法找到系統的全局最優解。為了解決這個問題,加拿大計算機科學家傑佛瑞·辛頓(Geoffrey Hinton)提出了「波茲曼機」(Boltzmann Machine)。

辛頓將「模擬退火」的概念引入神經網路,允許系統以一定的機率跳出局部最小值,尋找全局最優解。他還引入了「隱藏層」的概念,將神經元分為「可見層」和「隱藏層」,提高了網路的學習能力。

受限波茲曼機(Restricted Boltzmann Machine)進一步簡化了模型,成為深度學習的基礎結構之一。這些創新使得 AI 能夠更有效地模擬人類的思維和學習過程。

AI 的未來:跨學科的融合

霍普菲爾德和辛頓的工作,將物理學的概念成功應用於人工智慧。他們的研究不僅解決了 AI 發展的瓶頸,還奠定了深度學習的基礎,對現代 AI 技術產生了深遠的影響。因此,2024 年諾貝爾物理學獎頒給他們,並非意外,而是對他們在跨學科領域的重大貢獻的肯定。

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AI 的發展,離不開物理學、生物學、數學等多學科的融合。霍普菲爾德和辛頓的工作,正是這種融合的典範。未來,隨著科學技術的進步,我們有理由相信,AI 將越來越接近人類的思維方式,甚至可能超越我們的想像。

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從太陽發光到生命突變,一切都歸功於量子穿隧效應?
PanSci_96
・2024/10/19 ・1962字 ・閱讀時間約 4 分鐘

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在這個充滿光與生命的宇宙中,我們的存在其實與一種看不見的力量密切相關,那就是量子力學。沒有量子力學,太陽將不會發光,地球上的生命將無法誕生,甚至整個宇宙的運行規則都會截然不同。這些微觀層次的奧秘深深影響了我們日常生活的方方面面。

其中,量子穿隧效應是一個看似違背直覺但至關重要的現象,從太陽的核融合反應到基因的突變,這種效應無處不在,甚至還牽動著當今的高科技產業。

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什麼是量子穿隧效應?

我們可以將量子穿隧效應比作一個奇妙的穿牆術。想像一下,你身處一個被高牆包圍的城市,牆外是未知的世界。通常,如果你要越過這道牆,需要極大的力量來翻越它,或者用工具打破它。然而,在量子的世界裡,情況並不如此。

在微觀的量子力學世界中,粒子同時具有波的特性,這意味著它們並不完全受限於傳統物理的規則。當一個微觀粒子遇到能量障礙時,即使它沒有足夠的能量直接穿過障礙,卻仍有一定機率能出現在障礙的另一邊,這就是「量子穿隧效應」。粒子彷彿直接在牆上挖了一條隧道,然後穿越過去。

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這聽起來像魔法,但它背後有深刻的物理學道理。這個現象的發生取決於量子粒子的波動性質以及能量障礙的高度和寬度。如果障礙較矮且較窄,粒子穿隧的機率就較高;反之,障礙越高或越寬,穿隧的機率則會降低。

太陽發光:核融合與量子穿隧效應的結合

量子穿隧效應的存在,讓我們能夠理解恆星如何持續發光。以太陽為例,太陽內部的高溫環境為核融合反應提供了所需的能量。在這個過程中,氫原子核(質子)需要克服極大的電磁排斥力,才能彼此靠近,進而融合成為氦原子核。

然而,單靠溫度提供的能量並不足以讓所有質子進行核融合。根據科學家的計算,只有約10的 434 次方個質子中,才有一對具備足夠的能量進行核融合。這是一個極小的機率。如果沒有量子穿隧效應,這種反應幾乎不可能發生。

幸好,量子穿隧效應在這裡發揮了關鍵作用。由於量子粒子具有波動性,即便質子沒有足夠的能量直接跨越能量障礙,它們仍然能透過穿隧效應,以一定機率克服電磁排斥力,完成核融合反應。這就是為什麼太陽內部的核融合能夠源源不斷地發生,並且持續產生光與熱,讓地球成為適合生命生存的家園。

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量子穿隧效應與生命的演化

除了恆星的發光之外,量子穿隧效應還對生命的誕生和演化起到了關鍵作用。地球上物種的多樣性,很大一部分源於基因突變,而量子穿隧效應則幫助了這一過程。

DNA 分子是攜帶遺傳訊息的載體,但它的結構並不穩定,容易在外界因素影響下發生變異。然而,即使沒有外界因素的干擾,科學家發現 DNA 仍會自發性地發生「點突變」,這是一種單一核苷酸替換另一種核苷酸的突變形式。

量子穿隧效應讓氫原子隨時可能在 DNA 結構中進行位置轉換,從而導致鹼基對的錯位,這在 DNA 複製過程中,可能會引發突變。這些突變若保留下來,就會傳遞給下一代,最終豐富了基因與物種的多樣性。

量子穿隧幫助促進 DNA 突變,協助生命的演化與物種多樣性。圖/envato

半導體技術中的量子穿隧效應

除了在宇宙和生命中發揮作用,量子穿隧效應還影響著我們的日常生活,尤其在現代科技中。隨著半導體技術的發展,電子設備的體積不斷縮小,這也讓電子元件的性能面臨更大的挑戰。

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在微小的電子元件中,量子穿隧效應會導致電子穿過元件中的障礙,產生不必要的漏電流。這種現象對電晶體的性能帶來了負面影響,因此設計師們需要找到方法來減少穿隧效應的發生,以確保元件的穩定性。

雖然這是我們不希望見到的量子效應,但它再次證明了量子力學在我們生活中的深遠影響。設計更有效的半導體元件,必須考慮到量子穿隧效應,這讓科學家與工程師們需要不斷創新。

量子力學是我們宇宙的隱藏力量

量子穿隧效應看似深奧難懂,但它對宇宙的運作和生命的誕生至關重要。從太陽的核融合反應到基因突變,甚至現代科技中的半導體設計,量子力學影響著我們生活的方方面面。

在這個充滿未知的微觀世界裡,量子現象帶來的影響是我們難以想像的。正是這些看似不可思議的現象,塑造了我們的宇宙,讓生命得以誕生,科技得以發展。當我們仰望星空時,別忘了,那閃耀的光芒,背後藏著的是量子力學的奇妙力量。

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量子革命來襲!一分鐘搞定傳統電腦要花數千萬年的難題!你的電腦是否即將被淘汰?
PanSci_96
・2024/10/17 ・2050字 ・閱讀時間約 4 分鐘

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量子電腦:解碼顛覆未來科技的關鍵

2023 年,Google 發表了一項引人注目的研究成果,顯示人類現有最強大的超級電腦 Frontier 需要花費 47 年才能完成的計算任務,Google 所研發的量子電腦 Sycamore 只需幾秒鐘便能完成。這項消息震驚了科技界,也再次引發了量子電腦的討論。

那麼,量子電腦為什麼如此強大?它能否徹底改變我們對計算技術的認知?

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量子電腦是什麼?

量子電腦是一種基於量子力學運作的新型計算機,它與我們熟悉的傳統電腦截然不同。傳統電腦的運算是建立在「位元」(bits)的基礎上,每個位元可以是 0 或 1,這種二進位制運作方式使得計算過程變得線性且單向。然而,量子電腦使用的是「量子位元」(qubits),其運算邏輯則是基於量子力學中的「疊加」與「糾纏」等現象,這使得量子位元能同時處於 0 和 1 的疊加狀態。

這意味著,量子電腦能夠在同一時間進行多個計算,從而大幅提高運算效率。對於某些非常複雜的問題,例如氣候模型、金融分析,甚至質因數分解,傳統電腦可能需要數千年才能完成的運算任務,量子電腦只需數分鐘甚至更短時間便可完成。

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Google、IBM 和量子競賽

Google 和 IBM 是目前在量子計算領域中競爭最為激烈的兩大科技公司。Google 的 Sycamore 量子電腦已經展示出極高的計算速度,令傳統超級電腦相形見絀。IBM 則持續投入量子電腦的研究,並推出了超過 1000 個量子位元的系統,預計到 2025 年,IBM 的量子電腦將擁有超過 4000 個量子位元。

除此之外,世界各國和企業都爭相投入這場「量子霸權」的競賽,台灣的量子國家隊也不例外,積極尋求量子計算方面的突破。這場量子競賽,將決定未來的計算技術格局。

量子電腦的核心原理

量子電腦之所以能如此快速,是因為它利用了量子力學中的「疊加態」和「糾纏態」。簡單來說,傳統電腦的位元只能是 0 或 1 兩種狀態,而量子位元則可以同時處於 0 和 1 兩種狀態的疊加,這使得量子電腦可以在同一時間內同時進行多次計算。

舉例來說,如果一台電腦需要處理一個要花 330 年才能解決的問題,量子電腦只需 10 分鐘便可解決。如果問題變得更複雜,傳統電腦需要 3300 年才能解決,量子電腦只需再多花一分鐘便能完成。

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此外,量子電腦中使用的量子閘(quantum gates)類似於傳統電腦中的邏輯閘,但它能進行更複雜的運算。量子閘可以改變量子位元的量子態,進而完成計算過程。例如,Hadamard 閘能將量子位元轉變為疊加態,使其進行平行計算。

量子電腦能大幅縮短複雜問題的計算時間,利用量子閘進行平行運算。圖/envato

計算的效率

除了硬體技術的進步,量子電腦的強大運算能力也依賴於量子演算法。當前,最著名的兩種量子演算法分別是 Grover 演算法與 Shor 演算法。

Grover 演算法主要用於搜尋無序資料庫,它能將運算時間從傳統電腦的 N 遞減至 √N,這使得資料搜索的效率大幅提升。舉例來說,傳統電腦需要花費一小時才能完成的搜索,量子電腦只需幾分鐘甚至更短時間便能找到目標資料。

Shor 演算法則專注於質因數分解。這對於現代加密技術至關重要,因為目前網路上使用的 RSA 加密技術正是基於質因數分解的困難性。傳統電腦需要數千萬年才能破解的加密,量子電腦只需幾秒鐘便可破解。這也引發了全球對後量子密碼學(PQC)的研究,因為一旦量子電腦大規模應用,現有的加密系統將面臨極大的威脅。

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量子電腦的挑戰:退相干與材料限制

儘管量子電腦具有顛覆性的運算能力,但其技術發展仍面臨諸多挑戰。量子位元必須保持在「疊加態」才能進行運算,但量子態非常脆弱,容易因環境中的微小干擾而坍縮成 0 或 1,這種現象被稱為「量子退相干」。量子退相干導致量子計算無法穩定進行,因此,如何保持量子位元穩定是量子電腦發展的一大難題。

目前,科學家們正在探索多種材料和技術來解決這一問題,例如超導體和半導體技術,並嘗試研發更穩定且易於量產的量子電腦硬體。然而,要實現大規模的量子計算應用,仍需克服諸多技術瓶頸。

量子電腦對未來生活的影響

量子電腦的快速發展將為未來帶來深遠的影響。它不僅將推動科學研究的進步,例如藥物設計、材料科學和天文物理等領域,還可能徹底改變我們的日常生活。例如,交通運輸、物流優化、金融風險管理,甚至氣候變遷預測,都有望因量子計算的應用而變得更加精確和高效。

然而,量子計算的發展也帶來了一些潛在的風險。隨著量子電腦逐漸成熟,現有的加密技術可能會被徹底摧毀,全球的資訊安全體系將面臨巨大挑戰。因此,各國政府和企業已經開始研究新的加密方法,以應對量子時代的來臨。

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