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複製自己長達五萬年的「複製苔」

chaosERIS
・2012/01/06 ・974字 ・閱讀時間約 2 分鐘 ・SR值 506 ・六年級

一項最新研究指出,一種遍佈夏威夷群島的苔蘚群落似乎是來自一株複製自己長達五萬年的個體—它也許會成為地球上最古老的多細胞生物之一。

Sphagnum palustre苔蘚的泥炭沉積物在北半球到處可見,但生長在夏威夷的同種苔蘚卻只依靠複製來繁殖,完全不需要性,也不需要製造孢子。

所有採集到的苔蘚樣本都共享一種罕見的遺傳標記,這暗示了他們起源自一株也許是在幾萬年前被風帶到夏威夷群島的創始者(founder)苔蘚。

「既然S. palustre是雌雄異株,擁有雌株與雄株,那麼當初隨風飄到夏威夷群島的那株苔蘚便不可能進行有性生殖了。」此研究的共同作者Eric Karlin說,他是紐澤西拉馬坡學院(Ramapo College)的植物生態學家。「在這種情況下,你會預期是一株創始者苔蘚有這個罕見的特徵,而不太可能是許多創始者苔蘚都具有相同的罕見特徵。」

古老的苔蘚有驚人的歧異度

在夏威夷大島(Big Island)的可哈納(Kohala)山峰上,發現了一塊23900年歷史的泥炭塊內含有化石化的S. palustre遺跡。從這些遺跡看來,Karlin和他的同事們推論這種苔蘚在夏威夷的歷史至少和那些化石一樣長,甚至更久遠也說不定。

為了尋求答案,研究團隊分析現今苔蘚族群的基因多樣性,並決定其突變的速率(mutation rate)。藉由此突變速率,他們能估計不同的苔蘚族群是從多久之前開始分歧的—大約五萬年前。

這些苔蘚的遺傳分析也顯示出驚人的多樣性—挑戰了一般認為無性繁殖的產物因為沒有經過DNA交換而遺傳多樣性很低的想法。「他們並不是完全一樣,因為突變永遠都在發生,」Karlin說:「所以只要給一段足夠的時間,你會發現來自同一複製苔的子代們彼此在基因上完全不相同。」「不過,在島上也許有我們還沒研究的植物族群也有相似的歷史。」

外來苔蘚對當地植物造成大麻煩

由於缺乏有性繁殖,這些苔蘚似乎是被困在可哈納的山峰上,Karlin說道。有性繁殖—製造出在空中傳播的孢子—是讓植物傳播到別處的必須條件。但是人類在無意識間伸出了援手,幫助苔蘚擴展他們的地盤。在上個世紀中,人們利用苔蘚包裹東西,因此幫助這物種橫跨夏威夷大島如同橫跨瓦胡島(Oahu)般。

「這些苔蘚在引進的地方大發生,尤其是在瓦胡島。」Karlin說。然而,苔蘚的成功建立在其它當地植物上。「這真是個大問題。苔蘚完全改變了地表層的生態。地表上不是土壤,而是鋪了一層厚厚的苔蘚,許多當地植物的種子無法在苔蘚層上生長。」

資料來源 : Moss Has Cloned Itself for 50,000 Years, Study Says

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揭開人體的基因密碼!——「基因定序」是實現精準醫療的關鍵工具

科技魅癮_96
・2021/11/16 ・1998字 ・閱讀時間約 4 分鐘

為什麼有些人吃不胖,有些人沒抽菸卻得肺癌,有些人只是吃個感冒藥就全身皮膚紅腫發癢?這一切都跟我們的基因有關!無論是想探究生命的起源、物種間的差異,乃至於罹患疾病、用藥的風險,都必須從了解基因密碼著手,而揭開基因密碼的關鍵工具就是「基因定序」技術。

揭開基因密碼的關鍵工具就是「基因定序」技術。圖/科技魅癮提供

基因定序對人類生命健康的意義

在歷史上,DNA 解碼從 1953 年的華生(James Watson)與克里克(Francis Crick)兩位科學家確立 DNA 的雙螺旋結構,闡述 DNA 是以 4 個鹼基(A、T、C、G)的配對方式來傳遞遺傳訊息,並逐步發展出許多新的研究工具;1990 年,美國政府推動人類基因體計畫,接著英國、日本、法國、德國、中國、印度等陸續加入,到了 2003 年,人體基因體密碼全數解碼完成,不僅是人類探索生命的重大里程碑,也成為推動醫學、生命科學領域大躍進的關鍵。原本這項計畫預計在 2005 年才能完成,卻因為基因定序技術的突飛猛進,使得科學家得以提前完成這項壯舉。

提到基因定序技術的發展,早期科學家只能測量 DNA 跟 RNA 的結構單位,但無法排序;直到 1977 年,科學家桑格(Frederick Sanger)發明了第一代的基因定序技術,以生物化學的方式,讓 DNA 形成不同長度的片段,以判讀測量物的基因序列,成為日後定序技術的基礎。為了因應更快速、資料量更大的基因定序需求,出現了次世代定序技術(NGS),將 DNA 打成碎片,並擴增碎片到可偵測的濃度,再透過電腦大量讀取資料並拼裝序列。不僅更快速,且成本更低,讓科學家得以在短時間內讀取數百萬個鹼基對,解碼許多物種的基因序列、追蹤病毒的變化行蹤,也能用於疾病的檢測、預防及個人化醫療等等。

在疾病檢測方面,儘管目前 NGS 並不能找出全部遺傳性疾病的原因,但對於改善個體健康仍有積極的意義,例如:若透過基因檢測,得知將來罹患糖尿病機率比別人高,就可以透過健康諮詢,改變飲食習慣、生活型態等,降低發病機率。又如癌症基因檢測,可分為遺傳性的癌症檢測及癌症組織檢測:前者可偵測是否有單一基因的變異,導致罹癌風險增加;後者則針對是否有藥物易感性的基因變異,做為臨床用藥的參考,也是目前精準醫療的重要應用項目之一。再者,基因檢測後續的生物資訊分析,包含基因序列的註解、變異位點的篩選及人工智慧評估變異點與疾病之間的關聯性等,對臨床醫療工作都有極大的助益。

基因定序有助於精準醫療的實現。圖/科技魅癮提供

建立屬於臺灣華人的基因庫

每個人的基因背景都不同,而不同族群之間更存在著基因差異,使得歐美國家基因庫的資料,幾乎不能直接應用於亞洲人身上,這也是我國自 2012 年發起「臺灣人體生物資料庫」(Taiwan biobank),希望建立臺灣人乃至亞洲人的基因資料庫的主因。而 2018 年起,中央研究院與全臺各大醫院共同發起的「臺灣精準醫療計畫」(TPMI),希望建立臺灣華人專屬的基因數據庫,促進臺灣民眾常見疾病的研究,並開發專屬華人的基因型鑑定晶片,促進我國精準醫療及生醫產業的發展。

目前招募了 20 萬名臺灣人,這些民眾在入組時沒有被診斷為癌症患者,超過 99% 是來自中國不同省分的漢族移民人口,其中少數是臺灣原住民。這是東亞血統個體最大且可公開獲得的遺傳數據庫,其中,漢族的全部遺傳變異中,有 21.2% 的人攜帶遺傳疾病的隱性基因;3.1% 的人有癌症易感基因,比一般人罹癌風險更高;87.3% 的人有藥物過敏的基因標誌。這些訊息對臨床診斷與治療都相當具實用性,例如:若患者具有某些藥物不良反應的特殊基因型,醫生在開藥時就能使用替代藥物,避免病人服藥後產生嚴重的不良反應。

基因時代大挑戰:個資保護與遺傳諮詢

雖然高科技與大數據分析的應用在生醫領域相當熱門,但有醫師對於研究結果能否運用在臨床上,存在著道德倫理的考量,例如:研究用途的資料是否能放在病歷中?個人資料是否受到法規保護?而且技術上各醫院之間的資料如何串流?這些都需要資通訊科技(ICT)產業的協助,而醫師本身相關知識的訓練也需與時俱進。對醫院端而言,建議患者做基因檢測是因為出現症狀,希望找到原因,但是如何解釋以及病歷上如何註解,則是另一項重要議題。

從人性觀點來看,在技術更迭演進的同時,對於受測者及其家人的心理支持及社會資源是否相應產生?回到了解病因的初衷,在知道自己體內可能有遺傳疾病的基因變異時,家庭成員之間的情感衝擊如何解決、是否有對應的治療方式等,都是值得深思的議題,也是目前遺傳諮詢門診中會詳細解說的部分。科技的初衷是為了讓人類的生活變得更好,因此,基因檢測如何搭配專業的遺傳諮詢系統,以及法規如何在科學發展與個資保護之間取得平衡,將是下一個基因時代的挑戰。

更多內容,請見「科技魅癮」:https://charmingscitech.pse.is/3q66cw

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科技魅癮_96
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