如今人人對 COVID-19（武漢肺炎、新冠肺炎）都不陌生，生活也受到它的影響。其實它進入人類世界還不到 2 年，仍然算是很新的傳染病。
武漢肺炎的病原體叫作 SARS 二世冠狀病毒（SARS-CoV-2），研究者從來沒有由一種生物，取得如此龐大又全面的資料。至今世界各地報告超過 200 萬個病毒基因組，能建構相當雄偉的演化樹，追蹤病毒的變化。
病毒不斷突變，但是有利的很少。有害的突變會被淘汰，不影響利害的可能留下、可能淘汰，有利的則有機會增加存在感。
但是某個突變的效果，不一定有利或是有害。可能受到外在環境的差異影響之外，該突變與其他遺傳變異的組合也很關鍵。實際的狀況或許是，A 突變在一版基因組中毫無影響，在另一版卻大有助益。
另一方面，判斷某個突變「有利」也不容易。細胞實驗、動物實驗的結果，未必和現實世界一致，現實世界的不同時間、地點，效果也不見得一樣。
現實世界中一年半競爭下來，有 4 款病毒和近親相比具有許多新突變，可謂「總加速師」，存在感又在幾個月內大增。它們在四個地方獨立誕生，各有優勢，展現出病毒適應人類的多變可能性。
英國誕生的 Alpha 傳染力增強，成功在世界各地廣傳，全盛時期佔世界一半。一年防守有成的台灣，也被這款病毒入侵，造成社區感染。
南非誕生的 Beta 閃躲抗體的能力最佳，至今為最善於逃避免疫的款式。不過傳染力沒那麼強，沒有廣傳全世界。
巴西誕生的 Gamma，逃避抗體和傳染的能力，似乎介於英國和南非總加速師之間，在南美洲導致大爆炸，但是沒有征服世界。
人們注意到 3 款總加速師的幾個月後，印度誕生的 Delta 脫穎而出。它閃避抗體的能力不如南非前輩，傳染力卻比英國前輩更高，即使打過疫苗的人，也有相當比例還會感染，甚至是傳染。
病毒感染細胞，以及抗體捕捉病毒時必需接觸，所以立體結構很重要。病毒的形狀改變得多，更能躲避抗體，卻不可避免會影響與細胞的親和度，因此兩方面不能都無限進步。
Beta 發展出至今最佳的閃躲模式，Delta 整體卻更加平衡，在當今的世道下更有優勢，成為已知傳染力最強的品系，如今膨脹到佔世界疫情八成。
Delta 品系的傳染力增強，一項原因是其 S 蛋白質（spike protein）上的 P681R 突變，它能提升 S 蛋白質兩部分 S1、S2 的切割效率，讓病毒更容易入侵細胞。以細胞進行體外試驗，Delta 的傳染力比 Alpha 更強，如果將 P681R 去除則會喪失優勢。
然而，只有 P681R 一處突變似乎沒什麼用。也有其它同類配備此一突變，卻沒有明顯變強；而武漢的原版病毒加上 P681R，傳染力還是原版病毒。道理也就是前文提到：
一個突變有利或有害，要看它與其他遺傳變異組合的效果。
Delta 於世界廣傳下，也入侵廣州，讓中國專家獲得一批資訊。初步分析指出，和其餘病毒品系相比，
Delta 感染者平均的潛伏期更短，病毒增加的速度更快，上呼吸道的病毒量常常比較多，接觸者被傳染的比例有所增加，還有很高比例是被出現症狀以前的確診者傳染。
全世界回報的狀況大致看來，部分接種過疫苗的人仍然會感染 Delta，甚至發展為重症。
不過各種疫苗對 Delta 仍有相當的保護能力，能降低重症的機率，加速身體排除病毒，減低再傳染的機率。也就是說，面對更加適應當今環境的 Delta 品系，疫苗儘管無法完全阻止傳染，依舊能降低傷害。
往好處想，病毒會適應，人體的免疫系統也是。在疫苗或活病毒的訓練下，免疫系統多半能提升對病毒的抵抗力，減輕症狀，縮短病毒能醞釀並傳播的時間，降低傷害與再傳染的機率。只是達到新的平衡以前，智人勢必將付出不少代價。
人類與 SARS 二世冠狀病毒的世界大戰進入第二年，雙方互相適應，交戰仍然激烈。比起預測未來，科學家更擅於解釋過去。病毒與人類的未來將會如何，沒有人能肯定。這場多年抗戰，不知道會打到幾年。
1. New SARS-CoV-2 variants have changed the pandemic. What will the virus do next?
2. The mutation that helps Delta spread like wildfire
3. Transmission dynamics and epidemiological characteristics of Delta variant infections in China
本文亦刊載於作者部落格《盲眼的尼安德塔石匠》暨其 facebook 同名專頁。