腸道環境內有著由眾多腸道微生物所構成的複雜生態系，其中，最為大眾所知的就是腸內菌了，不過既然是生態系，那就一定有腸內菌的天敵。近期發表的研究就指出，除了腸內菌，我們的腸道還有大量專門感染細菌的病毒 – 噬菌體的存在，而且這些噬菌體大部分都是新種，或許具有醫學上的應用潛力。

在實驗室中，可以控制要讓哪種共生菌進入小烏賊體內，還可以把發光的蛋白質標在費雪弧菌的細胞上，以便觀察它們如何進入烏賊的發光器。這樣一來，研究人員就能見證共生關係的發生。

水螅上的共棲菌如何影響神經系統的放電，以及如何影響水螅的行為。這樣的研究對應到人類，就和最近很夯的：腸腦軸線 (gut-brain axis) 有關。所謂的「腦腸軸線」，是指腸與腦兩個器官間有神經網路讓彼此，連結溝通。近年來科學家發現，藉由這條專線，腸內的菌群可以影響大腦的發育、功能與內分泌系統；而大腦也利用這條熱線控制腸胃道內的內分泌與免疫反應，進而影響了腸道內的菌群組成。

日本東京大學的研究團隊在蛾類身上發現一種共生細菌─「沃巴赫氏菌 (Wolbachia pipientis) 」會取代宿主的性別決定系統，使其性別決定系統退化而失去正常機能。這項研究成果已經在1月4日的《Biology Letter》線上版發表。