朱鷺在一九五二年時被日本政府指定為特別天然紀念物，那時只剩下二十四隻個體。到了這個地步，保護這個物種的難度已變得相當高，滅絕可以說只是時間的問題。當個體數低到一定程度以下，要防止物種滅絕幾乎不可能。
可繁殖後代之族群的整體基因，稱作基因庫，但如果個體數很少，基因庫自然也會非常少。這麼小的基因庫內，雖然仍可以交配，卻會成為近親交配。即使個體數增加，也常無法順利復育物種。
在日本朱鷺的基因庫還很大的時候，引進中國朱鷺雜交，應可增加遺傳多樣性。然而，如果個體數在一定程度以下，便無力回天。
當鳥與哺乳類的個體數少到一定程度，物種便很難避免走向滅絕的命運。
人類社會相當忌諱近親交配，稱為亂倫。先不管避免近親交配在社會學上的根據，至少在生物學上，近親交配會產生所謂的「近交衰退」。由於人類基因中存在著所謂的有害基因，當有害基因為顯性，可能會使個體在短時間內被自然淘汰掉，進而使該基因消失。因此，很少人會具有顯性的有害基因。當有害基因為隱性，必須為同型合子（同一染色體的同一位置有相同的遺傳基因型），才能使該基因表現出來。如果某個家族中存在這種隱性有害基因，在近親交配時，就有很大的機會出現同型合子，這就是所謂的近交衰退。
不僅是人類，哺乳類與鳥類也常有近交衰退的問題。當野生動物族群的個體數少到一定程度，就難以避免物種走向滅絕的命運，近交衰退就是一大原因。
不過，如果家族中不存在有害基因，就算近親交配生下後代，也不會出現近交衰退。
順帶一提，我們在第二章中曾提到，賽馬中，純種馬的父系血統全都可追溯到三隻雄性種馬。雖然還不到近親交配，但遺傳上的親緣仍可算是相當接近。牠們的後代都可以跑得很快，但一般認為，牠們都具有隱性的有害基因，故純種馬的壽命比一般馬還要短。
不只是哺乳類與鳥類，只要是有性生殖（除了自體受精之外）的生物，就會出現近交衰退的情況，譬如昆蟲。
昆蟲中，白紋夜蛾（Xestia c-nigrum）是一個很有名的例子。若在實驗室裡讓牠們近親交配，第一子代就會顯現出近交衰退的影響。隨著代數的增加，畸形個體的比例與幼蟲死亡率會逐漸增加。過了五代，連卵都沒辦法受精，進而使整個族群滅絕。
我在四十年前左右，曾飼養過一種叫做長谷川天牛（Teratoclytus plavilstshikovi）的天牛，並曾想要以近親交配的方式繼代培養。當時長谷川天牛相當稀有，一隻可以賣到七千日圓的價格，不過我並不是想靠這個賺錢。總之，我試著用近親交配的方式培養後代，但要不了幾代，個體便頻繁出現後腿內彎的畸形。
近年來，民間吹起了一波鍬形蟲養殖的熱潮。許多昆蟲愛好者都曾嘗試過近親交配，想培養出又大又漂亮的品系，但後來幾乎都因為近交衰退而失敗。彩虹鍬形蟲（Phalacrognathus muelleri）、巴布亞金色鍬形蟲（Lamprima adolphinae）在經過數代的近親交配後，甚至會出現繁殖率降低而絕後的結果。一般認為，整個族群的共同祖先體內，隱性有害基因的質與量，決定了族群會不會出現近交衰退。
我過去以近親交配培養的長谷川天牛個體中，或許就含有「有害基因」。
那麼，為什麼這些「有害基因」不會消失？一般來說，有害基因應該都會被淘汰。既然這些基因會一直存續至今，或許表示這些基因有「好的一面」。有些「有害基因」因為有好的一面，而仍可保留在族群內。
舉例來說，鐮刀型紅血球疾病是一種遺傳性疾病。患者的紅血球外型如鐮刀狀，運送氧氣的能力相當低，會引發貧血。患者的血紅素基因序列與一般人不同，使紅血球無法順利運送氧氣，進而導致貧血。具有這種基因，且為同型合子的個體，會有嚴重貧血症狀；異型合子的個體則可以正常生活，不會產生出現嚴重貧血情況。不過，這種基因可以提高對瘧疾的耐性。事實上，瘧疾嚴重的區域內，具有這種基因，且為異型合子的個體會有較高的生存機率。日本幾乎沒有人具有鐮刀型紅血球基因，但在瘧疾嚴重的非洲，卻有很多人具有這個基因。或許是因為這個基因能提高對瘧疾的抗性，所以這個基因才會存續下來吧。