長扁朽木蟲科卻是其中相當鮮為人知且物種數超少的小科，外型修長扁平而體色黯淡，外型與長朽木蟲科 （Melandryidae） 的成蟲形態相似，故一開始時被置於該科下，後來分類學者比較了幼蟲形態後，認為本科較接近於長頸蟲科 （Stenotrachelidae） 和瘤擬步形蟲科 （Zopheridae），進而認為長扁朽木蟲應獨立成科，而近年分子序列的分析也支持長扁朽木蟲並非長朽木蟲科下的類群。