1926年，穆勒發現經X射線照射過的果蠅所生的下一代，有很高的比例會產生性狀改變。經過多次實驗後，他於1927年發表論文，公開X射線會造成遺傳基因突變的實驗結果。論文一出立即造成轟動，因為這代表從此就能視實驗需要，以人工的方式產生大量突變，不用再被動地苦等自然突變。

摩根發現果蠅的生命週期短，從卵到成蠅僅需十天左右，一年之內可以繁衍三十代，拿來做遺傳實驗再適合不過，。1906 年，他發現果蠅的染色體只有四對，並辨認決定出性別的 X 染色體與 Y 染色體。摩根將白眼果蠅與另一隻正常的紅眼雌蠅交配，結果生出來的皆是紅眼。他再讓這批子代彼此交配，果然第二子代的果蠅中就有部分白眼，而且紅眼與白眼的比例恰是 3:1，完全符合孟德爾定律，也說明了白眼基因是隱性基因。