摩根發現果蠅的生命週期短，從卵到成蠅僅需十天左右，一年之內可以繁衍三十代，拿來做遺傳實驗再適合不過，。1906 年，他發現果蠅的染色體只有四對，並辨認決定出性別的 X 染色體與 Y 染色體。摩根將白眼果蠅與另一隻正常的紅眼雌蠅交配，結果生出來的皆是紅眼。他再讓這批子代彼此交配，果然第二子代的果蠅中就有部分白眼，而且紅眼與白眼的比例恰是 3:1，完全符合孟德爾定律，也說明了白眼基因是隱性基因。