目前唯一出土過丹尼索瓦人的地點，是西伯利亞南部的丹尼索瓦洞穴（丹尼索瓦人就是以此命名），此處也是已知尼安德塔人居住過最東邊的地方。由於丹尼索瓦洞穴內氣候乾燥又寒冷，因此也成為了保存古代 DNA 的寶地，貢獻了不少尼安德塔人與丹尼索瓦人的高品質基因組。而最近發表的論文又報告一個取自此處的古代基因組，但是她不是丹尼索瓦人，也不算尼安德塔人，而是兩者的後裔！