《神的演化》指出，部落時期的神祇只需能夠作戰，保佑狩獵採集順利，農耕時期的神祇則需保障作物豐收，君主帝國中的神祇要有助於統馭人民，而工業和資訊時代的神已不再需 要扮演物質生活的保障者，卻得填補現代世界帶給人類的心靈空虛，並闡明某種更高目的，某種可讓我們組織日常生活、分辨善惡、弄懂禍福意義的根據於是，神祇的功能、意義和面目不斷轉換，而正是這樣轉換讓祂得以在人類各個不同的歷史時期中留存。

那為什麼他對於安妮的死充滿巨大的悲傷呢？在 19 世紀時期，醫療的技術與觀念並還未非常發達，對於許多疾病（例如細菌感染）經常是束手無策，小孩的免疫能力本來就比較弱；因此，當時小孩夭折的狀況比例很高，藉由宗教的慰藉，一般的人都可以找到心靈上的出口而不至於太過悲痛，甚至生得更多。由於達爾文已經對於宗教信仰失去信心，他拒絕接受是上帝所給的懲罰之說法。