傳統 2D 標示區域的參考腦圖，短短幾年內便在艾倫腦科學研究所經歷多次進化。第一次的進化是「電子化」與「互動查詢」，整合多套不同年齡、切片方向、物種的參考圖譜於同一查詢介面，可即時切換。接著，第二次進化是對「腦區功能的探索」，約 2 萬種已知的基因，先後在全腦進行大規模的基因表現調查，用全新的觀點賦予腦功能分區新的定義。第三次再進化是加入的「神經連結路徑」，讓不同腦區之間協同運作的網路，有一個明確描述的藍圖。