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細菌如何趨吉避凶?「趨化性」的運作原理——《直視全貌》

臉譜出版_96
・2017/12/19 ・3221字 ・閱讀時間約 6 分鐘 ・SR值 535 ・七年級

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  • 文/約翰.米勒 John H. Miller|卡內基梅隆大學(Carnegie Mellon University)社會和決策科學系的經濟學暨社會科學教授,也是聖塔菲研究所的外聘教師。現居美國賓州匹茲堡。

水和石頭在受到外力時選擇的路徑看起來很巧妙(雖然其實是受重力的影響)能向我們證明聰明並不受限於有智慧的生物。當我們回過頭來檢視生物時,這個主題還會變得更加有趣,因為生物做抉擇的競技場,和我們珍視的事物更是貼近。荷蘭科學家安東尼.范.雷文霍克(Antonie van Leeuwenhoek)把顯微鏡改良到能觀察單細胞生物之後,他注意到細胞以明顯有目標的方式移動。

往後數百年間,許多研究人員又更進一步發現某些類型的細胞和生物體會根據環境裡的化學信號引導自己的運動。

趨化性:生物隨化學信號改變運動方向

這種現象統稱為化學趨向性(chemotaxis),簡稱趨化性。我們可以從一種行動緩慢的細菌——大腸桿菌,來了解趨化性的運作方式。大腸桿菌的外表有好幾根半剛性的螺旋狀鞭毛。這些鞭毛各自附著於一個化學發動機,受其驅使並分別朝向正、反向轉動。當鞭毛以逆時鐘方向轉動,它們就全部排列整齊成如同一個軟木塞開瓶器的螺旋鑽,開始推動細菌,沿著筆直路徑前進。順時鐘方向轉動則會拆開螺旋,於是鞭毛就朝四面八方揮舞,而細菌開始任意翻滾。我們觀察到這種細菌的運動會在任意翻滾和筆直前行之間來回交替。

大腸桿菌外表有好幾根半剛性的螺旋狀鞭毛,驅使它移動,圖/by sbtlneet@pixabay。

儘管這些行為看起來很有限,卻也足以讓細菌前往它需要去的地方。假定我們滴一滴化學物質到細菌的世界中。那滴物質會開始緩慢擴散,形成一種化學梯度,滴劑滴落的位置濃度很高,距離定點越遠,濃度也越低。假如我們滴進去的化學物質是糖之類的滋養糧食。一旦滴劑開始擴散,細菌會表現出一些有趣的行為。儘管細菌定然交替進行著筆直前進和翻滾的運動,但兩種動作花的時間已經開始依照所面朝的方向而改變。當細菌朝著滴劑移動,它往往花較長時間筆直前行,翻滾的時間則就較短。

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當它的走向遠離滴劑,細菌則往往花較長時間翻滾。這類行為大體會讓細菌逐步攀登較高的化學梯度(圖 6.1)。相同道理,倘若化學物質是細菌想避開的東西,那麼當細菌的走向對準物質源頭,它就會傾向於較常翻滾;若走向遠離,它就較少翻滾,細菌也能因此脫離濃度較高的範圍。

我們知道,細菌完全沒有神經元或其他可以構成腦子的明顯部位,然而它卻有辦法朝向好東西靠近,並遠離壞東西。案例中,分子替代了腦子。儘管明確的分子機制和化學反應說起來有點複雜(起碼對經濟學家來講是複雜了點),細菌總歸就是由一套複雜系統掌控,而這套系統則是由依循化學規則彼此互動的分子所構成。

圖 6.1 受到外界刺激的細菌運用化學趨化性尋找目標。細菌的起點位於圖示左上方,座標(0,200),目標位於右下方( 200,0)。細菌交替進行翻滾(完整繞圈,隨機調整行進方向)和筆直前行的動作。筆直前行的時間和沿途遇上的(從目標擴散而來的)分子數量變化成比例—就本模擬情況,雙方關係取決於一種新、舊定點與目標相隔距離的概率函數。從附圖可見,這項簡單的行為足夠引領細菌朝向目標前進,並逗留在目標附近。

分子與受體結合,觸動陣級聯反應

當兩個分子相遇,當中的一個或兩個都可能出現變化。這種變化和分子實際外形息息相關,而且科學界投入很大部分的心力,專注探究蛋白質鏈如何摺出種種分子結構。偶爾會有某種分子和另一種分子「匹配」,使受體分子有所改變。有時分子則能相互增補或移除化學基,約略於開啟或關閉一種化學開關。一個分子持著這些核心能力,再攙入幾十億年份的演化作用,調節出種種不同回饋迴路和經歷一連串的蛻變歷程,最後才得以出現一些相當精妙的行為。

簡單的趨化性過程大致如下所述。當我們把一滴化學物質擺進環境,滴劑中數量龐大的分子(為了方便,就說有 6×1023 個左右)便立刻開始擴散。一段時間之後,這種擴散作用會形成一種梯度,當我們離開原來那滴物質愈遠,分子數量也愈少。

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細菌在它的世界四處遊走,一邊也會遇見這些分子。細菌胞膜外側有受體,能輕易地與分子黏合——常見的比喻就是把分子想成鑰匙,能插進上頭有像是鎖的受體並把它開啟。當一個分子和受體結合,它就會觸動細胞內部,觸動陣陣級聯反應(cascade),並促使細菌表現出兩種重要的行為。

細菌在它的世界四處遊走,一邊也會遇見這些分子,圖/by geralt@pixabay。

當細菌遇到一種它討厭的分子與受體結合時,受體因此觸發的第一種反應就是向細胞內部釋出一群新分子——為避免混淆,我們就稱後面這群新分子為信號。信號會促使細菌表現一陣陣級聯反應,把初始信號傳播出去,最後生成一種為時短暫的新信號,從而逆轉鞭毛發動機。

一般狀況中,這些發動機都朝逆時鐘方向轉動(約每分鐘六千轉),也就是筆直向前泳動,但當發動機逆轉時,鞭毛就全都斜向歪扭,而細菌開始翻滾。短效期信號引發翻滾後,發動機很快的便恢復常態旋轉,細菌也回歸正道。倘若和外表受體結合的並不是令它討厭的分子,而是種能誘引它的物質,那麼,這類逆轉信號就會比較少,細菌也就較少翻滾。所以,分子誘發的方式產生了一種適應力強的行為:當細菌身處它喜歡的物質附近,它往往就會筆直前行,一旦遇上了討厭物質,它就會改變方向。

當細菌遇到一種它討厭的分子與受體結合時,受體因此觸發的第一種反應就是向細胞內部發出信號,圖/by WikiImages@pixabay。

第二種與外界分子結合的行為,牽涉外表受體本身的回饋迴路之一。外界分子與受體的結合和受體的敏感度息息相關,這也因此和某些內在變化的成因有緊密關聯。隨著結合現象愈頻繁,受體本身對外界分子的敏感度就會降低,其實也就是其適應了外界的平均化學物質含量——並延續一分鐘左右的短暫期間。當它喜愛的分子和受體結合,立刻(如前面討論)會減少翻滾次數,同時促使受體降低對喜愛物質的敏感程度,並延長時間。

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倘若往後的幾分鐘內,細菌遇上了相仿濃度的誘引物質,它的翻滾頻率並不會縮減,而是依然保持常態。這種回饋機制讓細菌得以「記住」短暫過往。所以,倘若它發現自己身處片刻之前的相同處境,就會回復自己(偶爾翻滾)的常態行為,唯有當它感測出有別於短暫過往的改變,才會再度改變這個模式。一旦細菌發現自己身處與過往相似的情況時,這種記憶就會誘發細菌的探索行為。

外界分子與受體的結合和受體的敏感度息息相關,圖/by skeeze@pixabay。

前面我們專注探討細菌遇上喜愛或討厭物質時的狀況。另一方面,倘若它同時遇上了這兩種物質,又會發生什麼事?此時,細菌必須評估喜愛物質的潛在效益和討厭物質的潛在損失,並權衡取捨做出決定。這道問題最早在一八八八年由德國萊比錫大學的植物學教授威廉.普費弗(Wilhelm Pfeffer)率先探究,他發現,結果取決於兩種物質的相對濃度——倘若喜愛物質的濃度勝過討厭物質的濃度,則細菌就會向前行進,反之則遠離。

所以細菌尋覓好東西、避開壞東西的決策程序,也可以在兩種物質同時出現時做出取捨,細菌因此也擁有一套好惡偏私的標準。

 

 

本文摘自《直視全貌:穿越過度簡化的迷障,從複雜理論探索科學、商業與社會文化的新視角》臉譜出版。

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臉譜出版有著多種樣貌—商業。文學。人文。科普。藝術。生活。希望每個人都能找到他要的書,每本書都能找到讀它的人,讀書可以僅是一種樂趣,甚或一個最尋常的生活習慣。

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蓋房子高手?建築業的未來新星:科氏芽孢桿菌——《細菌群像》
麥田出版_96
・2023/03/12 ・1528字 ・閱讀時間約 3 分鐘

  • Bacillus cohnii   
  • 科氏芽孢桿菌
  • 形狀:圓
  • 直徑:0.6 至 0.7 微米
  • 前進:使用布滿細胞表面的鞭毛
科氏芽孢桿菌。圖/《細菌群像》。

會產生石灰的細菌

細菌不僅可以用於生產食物或提煉金屬,還可以用來建造橋樑和房屋。

例如科氏芽孢桿菌,這是一種一點都不起眼,但會產生石灰的細菌。它喜歡鹼性的生活環境,像是酸鹼值可達八的馬糞裡。但它也生活在鹼性更強的環境,全世界都有其蹤跡,甚至在歐洲、非洲、南美、土耳其的鹼湖裡,它會利用溶在湖裡的碳酸鹽產生石灰。

此細菌最初是在一九九○年代初期,德國微生物及細胞培養保藏中心的細菌學家在尋找偏好鹼性環境的新菌種時所發現,當時的土壤樣本來自一個鹼性土壤的牧場,裡面還殘留著馬糞。

科氏芽孢桿菌除了能夠忍受酸鹼值超過十二的強鹼,相當於氣味刺鼻的氨水的酸鹼值,還能形成孢子渡過長時間的乾旱期。細菌孢子的特性是具有極強的抵抗力,可以存活數十年或數百年,在特定的條件下甚至超過數百萬年(球形離胺酸芽孢桿菌(→ 78頁)還有發芽的能力。

科氏芽孢桿菌的名字源自於德國細菌學家費迪南.尤利烏斯.科恩(Ferdinand Julius Cohn),細菌學的奠基者,也是一八七二年第一個鑑識出芽孢桿菌屬這種小桿形細菌的學者。

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研發能「自行修復」的混凝土

科氏芽孢桿菌能生活在鹼性環境中,能產生石灰,孢子經過長時間還具有發芽能力。結合這三種特性,令建築業對之產生興趣。一位荷蘭微生物學家專門研究會產生石灰的細菌,並嘗試研發出一種能自行修復的混凝土。

科學家試圖利用科氏芽孢桿菌研發出能自行修復的混凝土。圖/envatoelements

他的做法是將細菌孢子與銨鹽、磷酸鹽及養分混合在一起,封裝於黏土球裡,然後將這粒只有幾公厘大小的顆粒加入強鹼性的混凝土中。混凝土硬化後若一直保持緊密,便無事發生。但如果出現裂縫,開始長時間滲水,細菌孢子就會開始萌發。當細菌繁殖分裂,會消耗添加進去的物質,並不斷產生碳酸鈣填補裂縫。一道幾公釐寬的裂縫,只需數天時間即可修補完畢。

如此一來,科氏芽孢桿菌就可以解決混凝土結構出現裂縫的難題,否則定期必須進行的繁複維修,造成的損失可高達數十億歐元。除此之外,此細菌也能用在保護現存的建築物,在噴塗混凝土或修復液中皆已測試添加此細菌,用在已出現細微裂縫的建築構件上。

不過,此項產品至今尚未成熟,黏土顆粒仍然占據太多空間,進而影響混凝土的穩定性。還有載體材質、養分及混凝土之間的交互作用,以及孢子平均分布與釋放,與石灰形成的速度及過程等等,都還在改良中。如今,研究人員也測試其他能形成石灰的細菌是否適用。不過無論如何,科氏芽孢桿菌可說是混凝土生物修復劑的先鋒。

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科氏芽孢桿菌這類會產生石灰的細菌,現在也運用在其他目的上。一家德國公司利用它來黏走採礦產生的灰塵。方法是將細菌加入培養液裡,灑在布滿灰塵的泥土上,六至四十八小時內就會產生石灰,將灰塵顆粒黏在一起形成砂岩,即固化灰塵。從前為了抑制灰塵,礦業公司必須使用大量的水,如今,藉由細菌的幫忙,就可以省下這些水了。

——本文摘自《細菌群像:50種微小又頑強,帶領人類探索生命奧祕,推動科學前進的迷人生物》,2023 年 3 月,麥田出版,未經同意請勿轉載。

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1992,麥田裡播下了種籽…… 耕耘多年,麥田在摸索中成長,然後努力使自己成為一個以人文精神為主軸的出版體。從第一本文學小說到人文、歷史、軍事、生活。麥田繼續生存、繼續成長,希圖得到眾多讀者對麥田出版的堅持認同,並成為讀者閱讀生活裡的一個重要部分。

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高效率生存!生物界的空間利用大師:遍在遠洋桿菌——《細菌群像》
麥田出版_96
・2023/03/11 ・1874字 ・閱讀時間約 3 分鐘

  • Candidatus Pelagibacter ubique 
  • 遍在遠洋桿菌
  • 外觀:通常如月牙般略彎之小桿 
  • 長:0.37 至 0.89 微米 寬: 0.12 微米至 0.20 微米
遍在遠洋桿菌。圖/《細菌群像》。

高效率利用生存空間

假使將我們肚裡大腸桿菌的體型比作兔子,遍在遠洋桿菌的體型就如同小老鼠。這種無所不在的海洋細菌不只是能獨立生存的細菌中體積最小的[1],可能也是全世界最有效率也最成功的生物。每公升的海水裡,就有數以百萬計這種細菌,據推測,遠洋桿菌屬的總菌量在地球上高達 1027 至 1028,這個數目是宇宙中目前可觀測到之恆星數量的十萬至一百萬倍。

但這種細菌所創下的紀錄不只這項: 海水所含養分非常貧乏,微生物要生存,就必須主動將所需養分分子輸送進細胞內部。這會消耗能量,最後也一定會有所剩餘。遍在遠洋桿菌則生活在極限邊緣:擁有正好足夠其吸收養分及生長繁殖所需的能量,剛剛好,不多也不少。

遍在遠洋桿菌可說是生物界的空間利用大師,其用來維持新陳代謝和繁殖的胞內空間,少到令人難以想像。細胞內三分之二的空間用於新陳代謝,剩下的三分之一被遺傳物質占滿。在小小的空間裡備有感應系統,能偵測含碳、氫、鐵化合物及光線的位置,擁有必要的運輸系統,以及一切所需的酵素,能自行生產二十種維持生命不可或缺的胺基酸。

體積若是再小,就只能放棄全部或部分的新陳代謝。例如,更小的病毒基本上就是壓縮緊密的基因,會侵入其他生物的細胞中,將別人的新陳代謝系統據為己用。

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如果養分充足,細胞內無須再具備持家基因,生活在這種環境的細菌或古菌的確可以小過遍在遠洋桿菌。例如生殖道黴漿菌(Mycoplasma genitalium),這是一種對人類致病的病原體,會在尿道、子宮等黏膜造成感染,體積僅有三百乘以六百奈米左右,但無法獨立生存[2]。二○一五年有學者聲稱在地下水裡發現更小的細菌,但直至今日為止尚未能成功培養,因此學界相當懷疑是否真實存在。

精簡而高效的演化結果

此外,遍在遠洋桿菌的維生機制,效率也出奇地高。它只有一百三十萬組鹼基對,共含約一千四百個基因,是至今已知可獨立生存的物種中最少的。沒有任何多餘的東西,只有必要的配置。甚至連遺傳密碼,也似乎為了減少能量消耗而有過最佳化的調整。

一如其他生物,遠洋桿菌的遺傳密碼由四種鹼基 A(腺嘌呤)、C(胞嘧啶)、G(鳥嘌呤)、T(胸腺嘧啶)所組成。但比起其他細菌,遠洋桿菌裡 A 與 T 出現較為頻繁,此點便是出於效能,因為 C 與 G 含有較多的氮(而這在海水中是稀有元素),製造起來較為困難,如同人們以盡可能節省墨水的方式寫作一樣。

遍在遠洋桿菌在其所屬的立克次體目裡,算是特異獨行的一支。因為除了它之外,所有立克次體目的細菌,都必須在其他生物細胞內才能存活,其中也有不少病原菌,例如普氏立克次體菌,流行性斑疹傷寒的病原菌,透過蝨子傳染。

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生物學家研究遍在遠洋桿菌並不只因為其驚人的能源效能和基因體的構造,對生態而言,它也相當重要。因為所有遠洋桿菌加起來的重量,比全球海洋魚類總重量還要多,且占有海洋細菌生物量的四分之一;在溫暖的夏季,甚至可能高達二分之一。由於它的主要食物來自死亡生物殘留下來的可溶性有機物,因此在地球的碳循環上,也扮演一個重要的角色。

遍在遠洋桿菌加起來的重量,比全球海洋魚類總重量還要多。圖/envatoelements。

由於數量實在太龐大,因此也容易引起敵人的覬覦:至今已知有數種病毒,會侵占並消滅此種細菌。

遲至二○○二年,人們才知道遍在遠洋桿菌的存在。在那之前,人們只認得它的 rRNA(核糖體核糖核酸)序列,是一九九○年研究人員在北大西洋馬尾藻海的海水樣本裡所發現。這也是首批運用當時最新的序列鑑定方法檢測到的細菌之一,但當時無法成功地培養出來。最後研究人員用了養分很低的培養基,以及高度稀釋的樣本,並添加一種能附著在核糖體上的染劑用以判別才成功。

註解

  • [1] 審定注:一些寄生型細菌和古菌更小。
  • [2] 審定注:該菌倚賴人類細胞裡的現成養分存活。

——本文摘自《細菌群像:50種微小又頑強,帶領人類探索生命奧祕,推動科學前進的迷人生物》,2023 年 3 月,麥田出版,未經同意請勿轉載。

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征服極端低溫!具有超強耐寒能力的細菌:冷紅科爾韋氏菌——《細菌群像》
麥田出版_96
・2023/03/10 ・1718字 ・閱讀時間約 3 分鐘

  • Colwellia psychrerythraea 
  • 冷紅科爾韋氏菌
  • 形狀:小桿狀
  • 顏色:淺紅色
  • 長:2.5 至 3.5 微米
  • 直徑:0.5 微米
  • 前進:使用鞭毛
冷紅科爾韋氏菌。圖/《細菌群像》。

攝氏 –196 度的世界

據當今研究結果所知,在生命出現的早期,地球上炎熱期與冰凍期交互出現,前者平均溫度可達攝氏五十度,後者溫度可低至地表完全凍結。火山爆發及隕石和小行星的撞擊,使地球溫度升高,經由化學反應及後來出現的生物反應消耗大氣層中的二氧化碳,又使地表變冷凍結。

對大多數的生物來說,今日地球是個既濕又冷的家。地表面積超過百分之七十全是海洋,其中三分之二又是寒冷的深海帶,終年溫度只有攝氏二至三度。地表上所有水域裡,淡水僅占百分之二點五,溫度卻也沒有太大差別:百分之九十的淡水,都儲存在極地冰塊及散布地球各處的冰河裡。

自人類開始定時測量並記錄溫度後,最低溫的紀錄是在南極測得的攝氏零下八十九點二度,不過那裡的溫度也從未上升到比結冰點還高。比較重要的是,有些地方雖有溫暖期,但在夜間或冬天會變得異常寒冷,像亞洲一些地方最高溫可達攝氏四十九度,但低溫時也會降到零下五十度。因此不難想像,為何這麼多的細菌都具有高溫差環境的適應力。

所有在低溫環境仍然活躍的細菌中,冷紅科爾韋氏菌特別引人注目:這種微生物在攝氏零下十度還可四處遊走,在攝氏零下二十度還能繼續生長分裂繁殖。甚至在攝氏零下一百九十六度超低溫環境,研究人員還可觀察到其新陳代謝的運作。

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冷紅科爾韋氏菌能在液態氮(這可是能將花朵瞬間凍成易碎玻璃的物質)中將胺基酸吸收並用來組成自己的細胞。此特性要歸功於它的保暖聚合物及在細胞外作用的酵素,讓它被包覆在網狀的分子結構裡,就像穿了一件毛衣,保護其免於水分形成整齊的冰晶結構。耐寒細菌的細胞壁結構類似液晶,在極冷和高壓下仍然可以保持液態,這也解釋了為何它同時也耐高壓。

掌握低溫生物技術

科爾韋氏菌屬發現於一九八八年,發表研究結果的作者建議以美國微生物學家麗塔.科爾韋(Rita Colwell)之名來命名,以示敬意。科爾韋生於一九三四年,在一九六○年代發現沿海水域有霍亂弧菌,而且常寄生在以藻類為食的浮游性橈腳類[1]動物上。

在氣候溫暖或養分過剩導致藻類大量繁殖時,就會吸引這些細小的甲殼類動物前來,細菌也就隨之而來。科爾韋發現這項事實後,立即成立安全用水供應網,設法以盡可能簡單的工具,例如自造的過濾器,防止因飲用水造成的傳播感染。

此後,她還與其他伙伴一起創立 CosmosID 公司,以期快速檢驗出環境樣本中的細菌。為了向她致敬,南極一座山塊[2]就以她的名字命名。冷紅科爾韋氏菌的種小名 psychrerythraea,則由希臘文 psychros(冷)及拉丁文 erythraeus(紅色)組成,因這個細菌嗜寒並含有紅色色素。

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科爾韋氏菌被應用於許多生物技術上。圖/envatoelements

冷紅科爾韋氏菌也可以在無氧的環境中存活,還可利用各種結構簡單或結構複雜的有機化合物做為養分。由於這種細菌能分解很多種含氮化合物,甚至還能利用硫來產能,因此相當適合利用它在寒冷地區處理環境污染問題。

除此之外,此種細菌也可能促進新疫苗的發明。科學家將病原菌重要的代謝基因替換成冷紅科爾韋氏菌的代謝基因,得到以下結果:病原菌在低溫下正常生長,但在常溫時停止生長,細胞逐漸死亡。這種弱化後的病原菌可用在活體疫苗,使身體在不受危害的狀況下產生足夠的免疫力。此法已在動物實驗中證實可行。

註解

  • [1] Copepoda,橈腳類或譯橈足類,海洋中數量眾多的一群甲殼動物。
  • [2] massif,又稱地塊,地質學中的一個結構單元,比構造板塊要小。

——本文摘自《細菌群像:50種微小又頑強,帶領人類探索生命奧祕,推動科學前進的迷人生物》,2023 年 3 月,麥田出版,未經同意請勿轉載。

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